BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-246C21
Chromosome18 (Build37)
Map Location 22,097,260 - 22,304,299
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4921528I01Rik
Upstream geneRnf125, Rnf138, Mep1b, EG622978, Gm944, LOC665722, LOC225264, Klhl14
Downstream geneLOC546708, LOC100040547, Asxl3, Nol4, LOC100040579
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-246C21.bB6Ng01-246C21.g
ACCGA054870GA054871
length1,1401,175
definitionB6Ng01-246C21.b B6Ng01-246C21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,303,174 - 22,304,299)(22,097,260 - 22,098,419)
sequence
gaattctttttatcaacttcctgttgtgatgaatgcattctatagggagt
taagcattgtataatacagagaaaacgtccaagaaattcctactgtgccc
cttcgtatttatagtactgttgttcttttcagggagagcagctttactat
gtagcttcttagattttcttttatattgagtcagttccttcaaactatat
atgaattatatgcatatttccgcacactgaaatgtttgctgtttgttttc
taaagaaaatgccagaatgcaaggcttgtcagaattcttcttctccagac
atgaggataaaaggctttatgaaagtaaatcaacaaatacagaaggtgag
gtctgaacatgagccatgtagagaacgttctgtctgagtttgtgttcact
cagttgctaattcgtgatgtcagctatgtgatttcactaagaaataaata
ctatgtattcttattaacatagaatgggagataattaaaatataatattt
taatatattatgccattcacgagtagctagtaatcatcattgttgggaac
tttttctaactactgccactttgtttttgagttctgttatcatatgggga
aagtaagtccaaagtctcagatcctaggggatctgagaacttcccaatgc
ctgcgtagcttcccttgtaaggagacagttgtttgagtccagacatatca
aggagaaattctccatcttgctggcaaggtcaaactaagttcatgtttgt
gcctctttttctgattggtggaaactgccttgcttgacctcttatatcaa
aatatggatagacagtcctacatccacccactttttccttgctttatgtt
tttgtttttgttgttgttgttgttgtttgtttgtttgttgccttcaaggt
ttcaattcagcttccaagtttattctgcagtactgattaataaagtagtg
gcttgaatacaataaattgtcatctgcattgacctggtgtttggagttat
atgtgggatctaagccagaacctatggccaatgaatagatccaccacaac
agattggtttaatgattttgttatataaactttcgaaatgagttgaattt
taagtgttgcaataattgctggccacctttcgggtaattg
gaattcattatcatcactatgtccaagaagtactgtcatttgacttacca
aattcatgtaaattcttaattcctacttgacacatttaataatttcttac
agattatatttcccagaaatttgaatcaaacatgctgagaaaatgtacat
taaaattaaagacatttctggccagactgtcttggcgacttcatttctct
tctgttttcattagcatatgtgtgtgagtgcacacggatgccagcatgtg
ccaatgtgcccactggaagagatgtgagagaacaacctgtgctgagagat
caaagcctggttgtcaggtttacactgcaggtacatttaccttctgggcc
attccaggttctctttccattttctatgagatgagtggataattttgaaa
tcattgactcaggatacaggaaaggaatcataggcatgagatagagcatg
gtgctcatggcactgcattgctgccaatcctaacaaaagtagatccaacc
cagaatgtcacaacctgatgtcaagaacactcagcatccgagtctctaca
tctctaccttatgcaacccctggatgatgcacaacttgtagaactatccc
atctttactaagtaagaacaatgtgtaccatgaccttctgctctttagac
ttttgagagtgataacatatattttcatggttaccccaatcataaattgc
tctaagggcttagaataccacttcctgtggatggctagaactctctagaa
cagttaggtctgctgtcataggtatgttatctccacaaataatacaatgt
aaaagtagattgaaaagaaagatgctctgagaaaatatgtgggatttttg
gtgactttttcaaaacgaagggattttattaataaatatagttagatatg
ctgctggggtaaaaatggtgagatgttagagtggggaaactcccaataat
agaaagttaatatagaagcaaatcatcacaataagattcattcttattcc
attcctgtctacctgtatgaccgacgacgagccagatgcctatgacgagt
aagaaatgccttgttgatggacttggaaaatggggccaagcaaaggtcct
tcattagctcaaggaaacacttgccaaacaccagaactgtccttttccat
gccttaatatgctctgtgttcgttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_22303174_22304299
seq2: B6Ng01-246C21.b_43_1182 (reverse)

seq1  CAATTAACCGGAAAGGT-GCCAGC-ATTATTGCAACACTAAAAATTC-AC  47
      ||||| ||| ||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||| ||
seq2  CAATT-ACCCGAAAGGTGGCCAGCAATTATTGCAACACTTAAAATTCAAC  49

seq1  TCATTTCTGAAA--TTATATAAC-AAATCAT--AAACAATCTGTGGTG--  90
      ||||||| ||||  ||||||||| |||||||  || |||||||| |||  
seq2  TCATTTC-GAAAGTTTATATAACAAAATCATTAAACCAATCTGTTGTGGT  98

seq1  TGATCTA-TCATT-GCCATAGGTTCT-GCTTAGATCCAACATAATAACT-  136
       |||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| |||| |||||| 
seq2  GGATCTATTCATTGGCCATAGGTTCTGGCTTAGATCCCACAT-ATAACTC  147

seq1  CAAACACCAGGTCAATGCAGATGACAATTTATTGTATTCAAGCCACTAC-  185
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CAAACACCAGGTCAATGCAGATGACAATTTATTGTATTCAAGCCACTACT  197

seq1  TTATTAATCAGTACTGCAGAATAAACTTGGAAGCTGAATTGAAACC-TGA  234
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTATTAATCAGTACTGCAGAATAAACTTGGAAGCTGAATTGAAACCTTGA  247

seq1  AGGCAACAAACAAACAAACAACAACAACAACAACAAAAACAAAAACATAA  284
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAACAAACAAACAAACAACAACAACAACAACAAAAACAAAAACATAA  297

seq1  AGCAAGG-AAAAGTGGGTGGATGTAGGACTGTCTATCCATATTTTGATAT  333
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGGAAAAAGTGGGTGGATGTAGGACTGTCTATCCATATTTTGATAT  347

seq1  AAGAGGTCAAGCAAGGCAGTTTCCACCAATCAGAAAAAGAGGCACAAACA  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGTCAAGCAAGGCAGTTTCCACCAATCAGAAAAAGAGGCACAAACA  397

seq1  TGAACTTAGTTTGACCTTGCCAGCAAGATGGAGAATTTCTCCTTGATATG  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTTAGTTTGACCTTGCCAGCAAGATGGAGAATTTCTCCTTGATATG  447

seq1  TCTGGACTCAAACAACTGTCTCCTTACAAGGGAAGCTACGCAGGCATTGG  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGACTCAAACAACTGTCTCCTTACAAGGGAAGCTACGCAGGCATTGG  497

seq1  GAAGTTCTCAGATCCCCTAGGATCTGAGACTTTGGACTTACTTTCCCCAT  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTCTCAGATCCCCTAGGATCTGAGACTTTGGACTTACTTTCCCCAT  547

seq1  ATGATAACAGAACTCAAAAACAAAGTGGCAGTAGTTAGAAAAAGTTCCCA  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAACAGAACTCAAAAACAAAGTGGCAGTAGTTAGAAAAAGTTCCCA  597

seq1  ACAATGATGATTACTAGCTACTCGTGAATGGCATAATATATTAAAATATT  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGATGATTACTAGCTACTCGTGAATGGCATAATATATTAAAATATT  647

seq1  ATATTTTAATTATCTCCCATTCTATGTTAATAAGAATACATAGTATTTAT  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTAATTATCTCCCATTCTATGTTAATAAGAATACATAGTATTTAT  697

seq1  TTCTTAGTGAAATCACATAGCTGACATCACGAATTAGCAACTGAGTGAAC  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAGTGAAATCACATAGCTGACATCACGAATTAGCAACTGAGTGAAC  747

seq1  ACAAACTCAGACAGAACGTTCTCTACATGGCTCATGTTCAGACCTCACCT  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACTCAGACAGAACGTTCTCTACATGGCTCATGTTCAGACCTCACCT  797

seq1  TCTGTATTTGTTGATTTACTTTCATAAAGCCTTTTATCCTCATGTCTGGA  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTATTTGTTGATTTACTTTCATAAAGCCTTTTATCCTCATGTCTGGA  847

seq1  GAAGAAGAATTCTGACAAGCCTTGCATTCTGGCATTTTCTTTAGAAAACA  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAGAATTCTGACAAGCCTTGCATTCTGGCATTTTCTTTAGAAAACA  897

seq1  AACAGCAAACATTTCAGTGTGCGGAAATATGCATATAATTCATATATAGT  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCAAACATTTCAGTGTGCGGAAATATGCATATAATTCATATATAGT  947

seq1  TTGAAGGAACTGACTCAATATAAAAGAAAATCTAAGAAGCTACATAGTAA  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGGAACTGACTCAATATAAAAGAAAATCTAAGAAGCTACATAGTAA  997

seq1  AGCTGCTCTCCCTGAAAAGAACAACAGTACTATAAATACGAAGGGGCACA  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCTCTCCCTGAAAAGAACAACAGTACTATAAATACGAAGGGGCACA  1047

seq1  GTAGGAATTTCTTGGACGTTTTCTCTGTATTATACAATGCTTAACTCCCT  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAATTTCTTGGACGTTTTCTCTGTATTATACAATGCTTAACTCCCT  1097

seq1  ATAGAATGCATTCATCACAACAGGAAGTTGATAAAAAGAATTC  1126
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAATGCATTCATCACAACAGGAAGTTGATAAAAAGAATTC  1140

seq1: chr18_22097260_22098419
seq2: B6Ng01-246C21.g_66_1240

seq1  GAATTCATTATCATCACTATGTCCAAGAAGTACTGTCATTTGACTTACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTATCATCACTATGTCCAAGAAGTACTGTCATTTGACTTACCA  50

seq1  AATTCATGTAAATTCTTAATTCCTACTTGACACATTTAATAATTTCTTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCATGTAAATTCTTAATTCCTACTTGACACATTTAATAATTTCTTAC  100

seq1  AGATTATATTTCCCAGAAATTTGAATCAAACATGCTGAGAAAATGTACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTATATTTCCCAGAAATTTGAATCAAACATGCTGAGAAAATGTACAT  150

seq1  TAAAATTAAAGACATTTCTGGCCAGACTGTCTTGGCGACTTCATTTCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTAAAGACATTTCTGGCCAGACTGTCTTGGCGACTTCATTTCTCT  200

seq1  TCTGTTTTCATTAGCATATGTGTGTGAGTGCACACGGATGCCAGCATGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTTCATTAGCATATGTGTGTGAGTGCACACGGATGCCAGCATGTG  250

seq1  CCAATGTGCCCACTGGAAGAGATGTGAGAGAACAACCTGTGCTGAGAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGTGCCCACTGGAAGAGATGTGAGAGAACAACCTGTGCTGAGAGAT  300

seq1  CAAAGCCTGGTTGTCAGGTTTACACTGCAGGTACATTTACCTTCTGGGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCCTGGTTGTCAGGTTTACACTGCAGGTACATTTACCTTCTGGGCC  350

seq1  ATTCCAGGTTCTCTTTCCATTTTCTATGAGATGAGTGGATAATTTTGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAGGTTCTCTTTCCATTTTCTATGAGATGAGTGGATAATTTTGAAA  400

seq1  TCATTGACTCAGGATACAGGAAAGGAATCATAGGCATGAGATAGAGCATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGACTCAGGATACAGGAAAGGAATCATAGGCATGAGATAGAGCATG  450

seq1  GTGCTCATGGCACTGCATTGCTGCCAATCCTAACAAAAGTAGATCCAACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCATGGCACTGCATTGCTGCCAATCCTAACAAAAGTAGATCCAACC  500

seq1  CAGAATGTCACAACCTGATGTCAAGAACACTCAGCATCCGAGTCTCTACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGTCACAACCTGATGTCAAGAACACTCAGCATCCGAGTCTCTACA  550

seq1  TCTCTACCTTATGCAACCCCTGGATGATGCACAACTTGTAGAACTATCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTACCTTATGCAACCCCTGGATGATGCACAACTTGTAGAACTATCCC  600

seq1  ATCTTTACTAAGTAAGAACAATGTGTACCATGACCTTCTGCTCTTTAGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTACTAAGTAAGAACAATGTGTACCATGACCTTCTGCTCTTTAGAC  650

seq1  TTTTGAGAGTGATAACATATATTTTCATGGTTACCCCAATCATAAATTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGAGTGATAACATATATTTTCATGGTTACCCCAATCATAAATTGC  700

seq1  TCTAAGGGCTTAGAATACCACTTCCTGTGGATGGCTAGAACTCTCTAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGGGCTTAGAATACCACTTCCTGTGGATGGCTAGAACTCTCTAGAA  750

seq1  CAGTTAGGTCTGCTGTCATAGGTATGTTATCTCCACAAATAATACAATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAGGTCTGCTGTCATAGGTATGTTATCTCCACAAATAATACAATGT  800

seq1  AAAAGTAGATTGAAAAGAAAGATGCTCTGAGAAAATATGTGGGATTTTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTAGATTGAAAAGAAAGATGCTCTGAGAAAATATGTGGGATTTTTG  850

seq1  GTGAC-TTTTCAAAACGAAGGGATTTTATTAATAAATATAGTTAGATATG  899
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTTTTTCAAAACGAAGGGATTTTATTAATAAATATAGTTAGATATG  900

seq1  CTGCT-GGGTAAAAATGGTGAGATGTTAGAGTGGGGAAACTCCCAATAAT  948
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGGGGTAAAAATGGTGAGATGTTAGAGTGGGGAAACTCCCAATAAT  950

seq1  AGAAAAGTTAATATAGAAGCAAATCATCAACAATAAGATTCATTCTTATT  998
      || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AG-AAAGTTAATATAGAAGCAAATCATC-ACAATAAGATTCATTCTTATT  998

seq1  CCATTCCTGTCTACCTGTATGA-CGACGACGAGCAGGATG-CTATGACGA  1046
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| |||||||||
seq2  CCATTCCTGTCTACCTGTATGACCGACGACGAGCCAGATGCCTATGACGA  1048

seq1  GGTAAG--ATG-CTTG-TGAT-GACTTGGAAAATGGGGCC-AGCAAAAG-  1089
       |||||  ||| |||| |||| |||||||||||||||||| |||||| | 
seq2  -GTAAGAAATGCCTTGTTGATGGACTTGGAAAATGGGGCCAAGCAAAGGT  1097

seq1  CCTTCATTAAGCAAGGGGAACAC-TGC--AAAACCAGACATG--CTTTTC  1134
      |||||||||    | || ||||| |||  || ||||||  ||  ||||||
seq2  CCTTCATTAGCTCAAGGAAACACTTGCCAAACACCAGAACTGTCCTTTTC  1147

seq1  AATGCCTTAATATGCT-TGTG-TCGTTG  1160
       ||||||||||||||| |||| ||||||
seq2  CATGCCTTAATATGCTCTGTGTTCGTTG  1175