BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-247N22
Chromosome18 (Build37)
Map Location 3,547,741 - 3,683,944
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039273
Upstream geneLOC664794, Crem, EG621440, Cul2, EG621501, Bambi
Downstream geneLOC435549, EG664867, LOC621666, Lyzl1, LOC383374, LOC664909, Map3k8, Papd1, EG664931, LOC100039354, LOC433157, 9430020K01Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-247N22.bB6Ng01-247N22.g
ACCGA056094GA056095
length1,1261,081
definitionB6Ng01-247N22.b B6Ng01-247N22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(3,682,813 - 3,683,944)(3,547,741 - 3,548,825)
sequence
gaattcagacctcaggtcttgtggtcctttgataacagcaaagttggcat
cagaaacaagaggctcactgcagcctgctgaatgctaacccagcaaaaag
aattgtgagttcctggttcaaagagagaccctgcctctaagaaataaaat
agatacctgatgtgaactcccctcccccatctttctgtctctttctctct
ctgtgtctcaaacacacatacacagtggcagggggagggacagagagaga
gagagagagagagagagagagagagagagagagcactcgctagaaagaac
agagtgaaagtatcaaaggacagccaagtttttaatcctagtgcagctct
tgcaagatagaagctgttgatagttcttcagactcccatgcagtttggct
aaccatgcaacagtcacaacgatgctctgttaggctcttacattcctagc
actcaagacaaaccataatcttgagtatcacaaaacctttgtcttttccc
atcttctcttctgaccaaattgctggaaaactcaaattataatggaacta
atgagcataaaacctgtaggtggtttagaaatacttggtcctgtgtcaaa
cccacaaaaattctataaatgagacagcacccaaaggtgtgcacaggcct
ttgtgaggaagagactgatcttgacctacgaatggttggctggatttcct
gggtcctctgggtctttattaactactactttcttttgctgtttggttga
gacagggtctccatagctttagctaactcaccctgtagactacactagct
gcaaagataagtttttttactgccagggctttcctgccagggctctgtgt
tgagattacaggcatgtgccaccatgccaggccagaggacattttctaat
ggcatgactcttaacaagaataaagtattgttctaggtctttccataact
acttttttgaaatagccacatgatagaaataagatcagaaaaaaaaaaaa
aacctgtaactgagttgtatgatgatatacaccagtaccaagttggaaaa
gtttttttttacatatctattttgtttataataatatatgtatgcaggtg
ggttatgtgccatgtggaggttcaaa

gaattcactccacagcccaggagtgatccctctgtgtcaacctcctatgt
gctgaatctacaagtgtgagctggcatgccttgctggctcaggctatctt
taaaactataaatcttctagcagagaagctggccacaaaggaagacagag
aatgcctaaatggaagatgagggtttgggggcagagcattgaggtagagc
atttgcttagcatgtgtgatctgggatcctttctcagcactgacagaggc
aggtattagacttttaactgtgaacttcaaacctatgttcttcctttttg
taggcttaatgttaaaaaagaaaatcatttgtgaactgaaccctcacagc
ctggattggccagggtggaatgatctgagaggggcaagcaaagccagatg
cctccctgtacacttaatgaagtgttctccccctgttatctaaatggcga
gtgaaaaggaatccagggatacagacaaatcacaaaagaggctgggggaa
attagtgtgctgtttctcattaatgcatggcaacacagtgagtgttttag
aaggaatttcatgcctgggattccacagggctttgccacaggaagatcag
actcacactcactataaccatgaattagatttcaccccatagggaagagt
gcggcacttcccaagggaccttaactacatcctattatagaactcagcac
tgctagagagactttagaccacgtctttcctgatagacccaaggccacac
agcaacttagttgaattcttagactagaccctaatatgttttctttgggc
ctctgctgtctctccatagctgtgggcctcaattaacctttccgaacctt
taatttcattatctgtaaaatacaggtgataatagcacctatttcaaagg
cagattaaatgtgatctcacagagcaatacctggtattcgataagtactg
aatatgtgctagctgttattaagacaatatcatggtatgtgtacagggtg
tgtgtgtgactgcattcatgtgcacatgtgtgtgtgtgtgtgtgagaaag
agaagataagagagattcacccctgttacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_3682813_3683944
seq2: B6Ng01-247N22.b_47_1172 (reverse)

seq1  TTTG-ACCTCCACATGTGCACCATAACCCACCTGCATACATATATTTATT  49
      |||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||   |
seq2  TTTGAACCTCCACATG-GCA-CATAACCCACCTGCATACATATATT--AT  46

seq1  TATAAAC-AAATAGATATTGTTAAAAAAAAAACTTTTCCCAACTTGGTAC  98
      ||||||| ||||||||| |||  |||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TATAAACAAAATAGATA-TGT--AAAAAAAAACTTTT-CCAACTTGGTAC  92

seq1  T-GTGTATATCATCATAACAACTCAGTTACAGGTTTTTTTTTTTTTTCTG  147
      | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTATATCATCAT-ACAACTCAGTTACAGGTTTTTTTTTTTTTTCTG  141

seq1  ATCTTATTTCTATTCATGTGGCTATTTTCAAAAAGTAGTTATGGAAAGAC  197
      |||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTATTTCTA-TCATGTGGCTATTTCAAAAAAGTAGTTATGGAAAGAC  190

seq1  CTAGAACAATACTTTATTCTTGTTAAGAGTCATGCCATTAGAAAATGTCC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAACAATACTTTATTCTTGTTAAGAGTCATGCCATTAGAAAATGTCC  240

seq1  TCTGGCCTGGCATGGTGGCACATGCCTGTAATCTCAACACAGAGCCCTGG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCCTGGCATGGTGGCACATGCCTGTAATCTCAACACAGAGCCCTGG  290

seq1  CAGGAAAGCCCTGGCAGT-AAAAAACTTATCTTTGCAGCTAGTGTAGTCT  346
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAAGCCCTGGCAGTAAAAAAACTTATCTTTGCAGCTAGTGTAGTCT  340

seq1  ACAGGGTGAGTTAGCTAAAGCTATGGAGACCCTGTCTCAACCAAACAGCA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGTGAGTTAGCTAAAGCTATGGAGACCCTGTCTCAACCAAACAGCA  390

seq1  AAAGAAAGTAGTAGTTAATAAAGACCCAGAGGACCCAGGAAATCCAGCCA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAGTAGTAGTTAATAAAGACCCAGAGGACCCAGGAAATCCAGCCA  440

seq1  ACCATTCGTAGGTCAAGATCAGTCTCTTCCTCACAAAGGCCTGTGCACAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTCGTAGGTCAAGATCAGTCTCTTCCTCACAAAGGCCTGTGCACAC  490

seq1  CTTTGGGTGCTGTCTCATTTATAGAATTTTTGTGGGTTTGACACAGGACC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGGTGCTGTCTCATTTATAGAATTTTTGTGGGTTTGACACAGGACC  540

seq1  AAGTATTTCTAAACCACCTACAGGTTTTATGCTCATTAGTTCCATTATAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATTTCTAAACCACCTACAGGTTTTATGCTCATTAGTTCCATTATAA  590

seq1  TTTGAGTTTTCCAGCAATTTGGTCAGAAGAGAAGATGGGAAAAGACAAAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGTTTTCCAGCAATTTGGTCAGAAGAGAAGATGGGAAAAGACAAAG  640

seq1  GTTTTGTGATACTCAAGATTATGGTTTGTCTTGAGTGCTAGGAATGTAAG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTGATACTCAAGATTATGGTTTGTCTTGAGTGCTAGGAATGTAAG  690

seq1  AGCCTAACAGAGCATCGTTGTGACTGTTGCATGGTTAGCCAAACTGCATG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTAACAGAGCATCGTTGTGACTGTTGCATGGTTAGCCAAACTGCATG  740

seq1  GGAGTCTGAAGAACTATCAACAGCTTCTATCTTGCAAGAGCTGCACTAGG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCTGAAGAACTATCAACAGCTTCTATCTTGCAAGAGCTGCACTAGG  790

seq1  ATTAAAAACTTGGCTGTCCTTTGATACTTTCACTCTGTTCTTTCTAGCGA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAAACTTGGCTGTCCTTTGATACTTTCACTCTGTTCTTTCTAGCGA  840

seq1  GTGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCCC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCCC  890

seq1  TCCCCCTGCCACTGTGTATGTGTGTTTGAGACACAGAGAGAGAAAGAGAC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCTGCCACTGTGTATGTGTGTTTGAGACACAGAGAGAGAAAGAGAC  940

seq1  AGAAAGATGGGGGAGGGGAGTTCACATCAGGTATCTATTTTATTTCTTAG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGATGGGGGAGGGGAGTTCACATCAGGTATCTATTTTATTTCTTAG  990

seq1  AGGCAGGGTCTCTCTTTGAACCAGGAACTCACAATTCTTTTTGCTGGGTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGGTCTCTCTTTGAACCAGGAACTCACAATTCTTTTTGCTGGGTT  1040

seq1  AGCATTCAGCAGGCTGCAGTGAGCCTCTTGTTTCTGATGCCAACTTTGCT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTCAGCAGGCTGCAGTGAGCCTCTTGTTTCTGATGCCAACTTTGCT  1090

seq1  GTTATCAAAGGACCACAAGACCTGAGGTCTGAATTC  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCAAAGGACCACAAGACCTGAGGTCTGAATTC  1126


seq1: chr18_3547741_3548825
seq2: B6Ng01-247N22.g_68_1148

seq1  GAATTCACTCCACAGCCCAGGAGTGATCCCTCTGTGTCAACCTCCTATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCCACAGCCCAGGAGTGATCCCTCTGTGTCAACCTCCTATGT  50

seq1  GCTGAATCTACAAGTGTGAGCTGGCATGCCTTGCTGGCTCAGGCTATCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAATCTACAAGTGTGAGCTGGCATGCCTTGCTGGCTCAGGCTATCTT  100

seq1  TAAAACTATAAATCTTCTAGCAGAGAAGCTGGCCACAAAGGAAGACAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTATAAATCTTCTAGCAGAGAAGCTGGCCACAAAGGAAGACAGAG  150

seq1  AATGCCTAAATGGAAGATGAGGGTTTGGGGGCAGAGCATTGAGGTAGAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCTAAATGGAAGATGAGGGTTTGGGGGCAGAGCATTGAGGTAGAGC  200

seq1  ATTTGCTTAGCATGTGTGATCTGGGATCCTTTCTCAGCACTGACAGAGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTTAGCATGTGTGATCTGGGATCCTTTCTCAGCACTGACAGAGGC  250

seq1  AGGTATTAGACTTTTAACTGTGAACTTCAAACCTATGTTCTTCCTTTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATTAGACTTTTAACTGTGAACTTCAAACCTATGTTCTTCCTTTTTG  300

seq1  TAGGCTTAATGTTAAAAAAGAAAATCATTTGTGAACTGAACCCTCACAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTTAATGTTAAAAAAGAAAATCATTTGTGAACTGAACCCTCACAGC  350

seq1  CTGGATTGGCCAGGGTGGAATGATCTGAGAGGGGCAAGCAAAGCCAGATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATTGGCCAGGGTGGAATGATCTGAGAGGGGCAAGCAAAGCCAGATG  400

seq1  CCTCCCTGTACACTTAATGAAGTGTTCTCCCCCTGTTATCTAAATGGCGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTGTACACTTAATGAAGTGTTCTCCCCCTGTTATCTAAATGGCGA  450

seq1  GTGAAAAGGAATCCAGGGATACAGACAAATCACAAAAGAGGCTGGGGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAAGGAATCCAGGGATACAGACAAATCACAAAAGAGGCTGGGGGAA  500

seq1  ATTAGTGTGCTGTTTCTCATTAATGCATGGCAACACAGTGAGTGTTTTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTGTGCTGTTTCTCATTAATGCATGGCAACACAGTGAGTGTTTTAG  550

seq1  AAGGAATTTCATGCCTGGGATTCCACAGGGCTTTGCCACAGGAAGATCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAATTTCATGCCTGGGATTCCACAGGGCTTTGCCACAGGAAGATCAG  600

seq1  ACTCACACTCACTATAACCATGAATTAGATTTCACCCCATAGGGAAGAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACACTCACTATAACCATGAATTAGATTTCACCCCATAGGGAAGAGT  650

seq1  GCGGCACTTCCCAAGGGACCTTAACTACATCCTATTATAGAACTCAGCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGCACTTCCCAAGGGACCTTAACTACATCCTATTATAGAACTCAGCAC  700

seq1  TGCTAGAGAGACTTTAGACCACGTCTTTCCTGATAGACCCAAGGCCACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGAGAGACTTTAGACCACGTCTTTCCTGATAGACCCAAGGCCACAC  750

seq1  AGCAACTTAGTTGAATTCTTAGACTAGACCCTAATATGTTTTCTTTGGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACTTAGTTGAATTCTTAGACTAGACCCTAATATGTTTTCTTTGGGC  800

seq1  CTCTGCTGTCTCTCCATAGCTGTGGGCCTCAATTAACCTTTCCGAACC-T  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTCTGCTGTCTCTCCATAGCTGTGGGCCTCAATTAACCTTTCCGAACCTT  850

seq1  TAATTTCATTATCTGTAAAATACAGGTGATAATAGCACCTATTTCAAAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTCATTATCTGTAAAATACAGGTGATAATAGCACCTATTTCAAAGG  900

seq1  CAGATTAAATGTGATCTCACAGAGCAATACCTGGTATTCGATAAGTACTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTAAATGTGATCTCACAGAGCAATACCTGGTATTCGATAAGTACTG  950

seq1  AATATGTGCTAGCTGTTATTAAGACAATATCATGGTATGTGTACAAGGGT  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AATATGTGCTAGCTGTTATTAAGACAATATCATGGTATGTGTAC-AGGGT  999

seq1  GTGTGTGTGACTGCATTCATGTGCACATGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGA  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTGTGTGTGACTGCATTCATGTGCACATGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAAA  1049

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGTTTCACCCTGTTTACAA  1085
      ||||   ||| | |||||| |||||||   ||||||
seq2  GAGA---AGATA-AGAGAGATTCACCCCTGTTACAA  1081


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |