BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-260C13
Chromosome18 (Build37)
Map Location 14,187,049 - 14,370,139
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040094, LOC100040103
Upstream geneEG383354, LOC665379, LOC100040358, Zfp521
Downstream geneLOC100040391, LOC382096, LOC100040129, EG623867, Ss18, LOC100040446, Psma8, Taf4b, LOC669965, Kctd1, EG622268, LOC100040151
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-260C13.bB6Ng01-260C13.g
ACCGA065149GA065150
length1,233222
definitionB6Ng01-260C13.b B6Ng01-260C13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,187,049 - 14,188,281)(14,369,916 - 14,370,139)
sequence
gaattcactgtggccaaaattctgtctgcaaaacctatgactcatgtgaa
ttaaagttcagagtttcctgaattgagcgggctgtgattgtgcaaattta
atgctagataatgtagcacacttacacatttgctttcaggtttctgttac
cagagggaaaagtgctaagtcaggaggaactgttgccctgagtggtgaaa
gagtgctgcacagggaaggtagagatgcagggcatgcccttgcctgctgt
caccgctcggtgaccttgggcaattcatgtgacctcactggacctcaggt
gaaaagtgaattacggcaaatgctcctgggagtctcttcagccctcccag
gttctctgatggcacatgcagtttattactccagaaaatggcttataaac
acctgaaaatctactcagcaacatgagatgacaggtgtccccgttcacca
agtactggaaattggctgctttaccacagaggggcagggagacaaagaca
ctgagaccttgcccctggcactgtgtcctgttgagtttacagataaatgg
agacgcttgcccaccataaagggcaggttgggagctaggtgggtaatagg
acctaaattttaataagtatcagtagaaaacagccttggaattcagtgca
ctcagtaaaaccatgcaaatggctaacagtgagtctaaccaccaccaact
ttgagatgtgggaagtgtgtcacagagacatcaaaagcatggccaaagca
ttctggcactttgatccagagcacatgggtcaagggccaaagttgtgacc
gtggtcaatggcaccagggaacaagagtcacatgcagtcccaacattgta
tagcaagaagggtttcactgaggtaaaaggcaggcaaatatgtaattttt
ttttctataaagaagctgggaaaggcagattcaggcattcattcataagt
attcactttattggcttcatggcagtttctaacttacaacatcattatgt
tgatttagaaaatacttctttaccttaaacttcacaaaaaagtctacttc
tgactcattatcctattaatagaagatcttagcaaattatacaagcaatg
ttccatgtgcagtaagaagtgcctcccacaaataaatggtaatgtggaat
ggactcctcacgatgcaatgtggatgaatttacctgcagttgaaatgtga
gccataatgaacctctgttagtctcaagtctac

acaggaaatatttcatcatgctttgttctctgcaaagtgataaatgttga
tatgcactctgtttatttccaagtttgtttgctttgctcttccccagccc
tatggaaattcaggaaaatgaaagaatgctttttttagttgctgtagaca
gctaccattaggctcaaagggctatggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtct
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_14187049_14188281
seq2: B6Ng01-260C13.b_48_1280

seq1  GAATTCACTGTGGCCAAAATTCTGTCTGCAAAACCTATGACTCATGTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTGGCCAAAATTCTGTCTGCAAAACCTATGACTCATGTGAA  50

seq1  TTAAAGTTCAGAGTTTCCTGAATTGAGCGGGCTGTGATTGTGCAAATTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGTTCAGAGTTTCCTGAATTGAGCGGGCTGTGATTGTGCAAATTTA  100

seq1  ATGCTAGATAATGTAGCACACTTACACATTTGCTTTCAGGTTTCTGTTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAGATAATGTAGCACACTTACACATTTGCTTTCAGGTTTCTGTTAC  150

seq1  CAGAGGGAAAAGTGCTAAGTCAGGAGGAACTGTTGCCCTGAGTGGTGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGGAAAAGTGCTAAGTCAGGAGGAACTGTTGCCCTGAGTGGTGAAA  200

seq1  GAGTGCTGCACAGGGAAGGTAGAGATGCAGGGCATGCCCTTGCCTGCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCTGCACAGGGAAGGTAGAGATGCAGGGCATGCCCTTGCCTGCTGT  250

seq1  CACCGCTCGGTGACCTTGGGCAATTCATGTGACCTCACTGGACCTCAGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGCTCGGTGACCTTGGGCAATTCATGTGACCTCACTGGACCTCAGGT  300

seq1  GAAAAGTGAATTACGGCAAATGCTCCTGGGAGTCTCTTCAGCCCTCCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGTGAATTACGGCAAATGCTCCTGGGAGTCTCTTCAGCCCTCCCAG  350

seq1  GTTCTCTGATGGCACATGCAGTTTATTACTCCAGAAAATGGCTTATAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCTGATGGCACATGCAGTTTATTACTCCAGAAAATGGCTTATAAAC  400

seq1  ACCTGAAAATCTACTCAGCAACATGAGATGACAGGTGTCCCCGTTCACCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGAAAATCTACTCAGCAACATGAGATGACAGGTGTCCCCGTTCACCA  450

seq1  AGTACTGGAAATTGGCTGCTTTACCACAGAGGGGCAGGGAGACAAAGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTGGAAATTGGCTGCTTTACCACAGAGGGGCAGGGAGACAAAGACA  500

seq1  CTGAGACCTTGCCCCTGGCACTGTGTCCTGTTGAGTTTACAGATAAATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGACCTTGCCCCTGGCACTGTGTCCTGTTGAGTTTACAGATAAATGG  550

seq1  AGACGCTTGCCCACCATAAAGGGCAGGTTGGGAGCTAGGTGGGTAATAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGCTTGCCCACCATAAAGGGCAGGTTGGGAGCTAGGTGGGTAATAGG  600

seq1  ACCTAAATTTTAATAAGTATCAGTAGAAAACAGCCTTGGAATTCAGTGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAAATTTTAATAAGTATCAGTAGAAAACAGCCTTGGAATTCAGTGCA  650

seq1  CTCAGTAAAACCATGCAAATGGCTAACAGTGAGTCTAACCACCACCAACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTAAAACCATGCAAATGGCTAACAGTGAGTCTAACCACCACCAACT  700

seq1  TTGAGATGTGGGAAGTGTGTCACAGAGACATCAAAAGCATGGCCAAAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGATGTGGGAAGTGTGTCACAGAGACATCAAAAGCATGGCCAAAGCA  750

seq1  TTCTGGCACTTTGATCCAGAGCACATGGGTCAAGGGCCAAAGTTGTGACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGCACTTTGATCCAGAGCACATGGGTCAAGGGCCAAAGTTGTGACC  800

seq1  GTGGTCAATGGCACCAGGGAACAAGAGTCACATGCAGTCCCAACATTGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCAATGGCACCAGGGAACAAGAGTCACATGCAGTCCCAACATTGTA  850

seq1  TAGCAAGAAGGGTTTCACTGAGGTAAAAGGCAGGCAAATATGTAATTTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAGAAGGGTTTCACTGAGGTAAAAGGCAGGCAAATATGTAATTTTT  900

seq1  TTTTCTATAAAGAAGCTGGG-AAGGCAGATTCAGGCATTCATTCATAAGT  949
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTATAAAGAAGCTGGGAAAGGCAGATTCAGGCATTCATTCATAAGT  950

seq1  ATTCACTTTATTGGCTTCATGGCAGTTTCTAACTTAACAACATCATTATG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATTCACTTTATTGGCTTCATGGCAGTTTCTAACTT-ACAACATCATTATG  999

seq1  TTGATTTAGAAAATACTTCTTAACCTTAAACTTCAACAAAAAGTCTAC-T  1048
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| |
seq2  TTGATTTAGAAAATACTTCTTTACCTTAAACTTCACAAAAAAGTCTACTT  1049

seq1  CTGACTCA-TATCCTATT-ATAG-AGATC-TAGCAAATTATACAAGCAAA  1094
      |||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  CTGACTCATTATCCTATTAATAGAAGATCTTAGCAAATTATACAAGC-AA  1098

seq1  TGTTCCATGTGCAGTAAG-AGTGCTCCACAC-AATAAATGGAAATGTGAG  1142
      |||||||||||||||||| |||||  | ||| ||||||||| ||||||  
seq2  TGTTCCATGTGCAGTAAGAAGTGCCTCCCACAAATAAATGGTAATGTGGA  1148

seq1  ATGGACTCCTCACGATGGAAATGTGAGATG-ATTTA-CTGCAGTGTTGAA  1190
      |||||||||||||||| | |||||| |||| ||||| |||||  ||||||
seq2  ATGGACTCCTCACGAT-GCAATGTG-GATGAATTTACCTGCA--GTTGAA  1194

seq1  ATAGTGAGGCATTAGTAGAAACCTCTG-TAGTCTTCAAGTCTAC  1233
      || ||||| |||    |  |||||||| ||||| ||||||||||
seq2  AT-GTGAGCCAT---AATGAACCTCTGTTAGTC-TCAAGTCTAC  1233


seq1: chr18_14369916_14370139
seq2: B6Ng01-260C13.g_74_295 (reverse)

seq1  ACACATTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACCA  50
      |||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACA--CACACACACACACACACAGACACACACACACACACACACACCA  48

seq1  TAGCCCTTTGAGCCTAATGGTAGCTGTCTACAGCAACTAAAAAAAGCATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCTTTGAGCCTAATGGTAGCTGTCTACAGCAACTAAAAAAAGCATT  98

seq1  CTTTCATTTTCCTGAATTTCCATAGGGCTGGGGAAGAGCAAAGCAAACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCATTTTCCTGAATTTCCATAGGGCTGGGGAAGAGCAAAGCAAACAA  148

seq1  ACTTGGAAATAAACAGAGTGCATATCAACATTTATCACTTTGCAGAGAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGAAATAAACAGAGTGCATATCAACATTTATCACTTTGCAGAGAAC  198

seq1  AAAGCATGATGAAATATTTCCTGT  224
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATGATGAAATATTTCCTGT  222


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |