BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-262F23
Chromosome18 (Build37)
Map Location 88,815,436 - 88,946,477
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665497, LOC100040003
Upstream geneLOC329008, LOC100039961, LOC100039972, LOC623177
Downstream geneLOC623208, Socs6, Rttn, Cd226, Dok6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-262F23.bB6Ng01-262F23.g
ACCGA066806GA066807
length1,1451,001
definitionB6Ng01-262F23.b B6Ng01-262F23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,945,340 - 88,946,477)(88,815,436 - 88,816,396)
sequence
gaattccacagttctgtggattgactcctacagcaatcacaagtgagaag
agtggaaacttcttgggcggttgtgcaaaatagagaatgtcatggagacg
gaactgccttcgagacatgcaggggagagactgtagaacagacccgacaa
tactgtgtttactagctagacatggtacagttccccagagccccagcact
tagagaagattgcatagggaggttgtagccattgtaagacaaccattttt
tctttgtgacagtcaatgatcttaatgtatttccaaataccctgtgtgtg
taatcttctcctggcaccagagaagcctgagatctatggactctagattc
tactcacaaaagttgatgatccagttctactaggcagaaaccagcctgcc
tgctcaactctattttaatctggaagtccacaatcaatttagagtcacag
tgttcccagtgccagcatttttgtttctgtacagccagtaaagttgtagc
agaattggaggcccatcattttccctaatggttcctggctctggtagaca
ccttctccacagtgctgtatgagttattaaaaaatgttcttggacaatgc
aaaattgagtgttactctaatttctagatttatggggtgaagtttttaga
tccagtgttactcatttttctatgaataattcaaagaaaaaagaatactc
tgtagagacttcgagcaatgaatataaaagtcaggacatcaagggaataa
tcatcctttaatcttttctttattaaattttaatttaaaagcatttggct
gaatattgttttacttccattatctttaaaaactcatggtgtttgcttgg
cattatttgtgtgcatataccaatacaatgatttgttattagtcgaaaca
cccctgtgtaaatagtgattgtttaatagctgttcttttaggagggaaag
ttagtggggtttttttttttttgtcaaaattaggttgcagcagtgatgat
aaacacatacatacacatacatacctacacatatcacacatgtggcatac
accaccatatgtacagcacaaacacatttatttccacattgcacactaac
acatacaccccacatgtacccacaattttatataactacctacac

gaattctatgtgtcatagttaaagtttaaaaaataatcaggcaataccta
taggaattacacactcagaagaataactccatctgcataatgctttagtc
agacgtgtttatcagccccaatggactatctacattggttttatttgttg
tagatgcaatcccaacactagttcatgagtaaaatgtattccctattaaa
aggtttttaaagaactcctataaagaataaatattctcattttaccctcc
cacaattgcactattcaggacccattaggaagtctctaaatgccatatag
aatacaattaatttgttccacttgttagtaaagctatggtcttagtagaa
gcaggaaggattttaaataccaacttattagactgcacttatgtgtactt
cacacacacaccccaatacatctcagctaagtttcaaccatgcttggaaa
caatttgatggaagcatcctaagaatgaggagcagaacctgaaagagctt
ctgtaagtacatacctgttggatttgatgaacagcacggggagatcagga
taccaaagcagagtatgtcaaaaggctagaaatgttgtcaacagcaggag
aggaggtatattatatataagacattttaagtcatagtaagacacacaac
tgattataaataatcagtgggctggggaatatgagtgacatgaacatata
atccatctcaaaggattcttctggctgatgtacagtgtacacaatgaaaa
ggcaacaggccagtcatgtgaaagacacgacatctaaagactgatttaac
aatccagataaagtttgatagaggctatagaggtgcattagcagaggaaa
taatgggtatttgggttcatgaggttacttcaaggtggaaccaatagaat
ttctaatggatggaaggttatccctcaaagtgaaaggatatacctgaaag
tctgtatcaaatacctggaaatacatgactgtcttttcttgagctgaagt
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_88945340_88946477
seq2: B6Ng01-262F23.b_45_1189 (reverse)

seq1  GTGTAGTATGTTATAT-AAATGTTGTGTACATGTGTGGTGTATGTGTT-G  48
      ||||||   ||||||| ||||  || ||||||||| |||||||||||| |
seq2  GTGTAGGTAGTTATATAAAATTGTGGGTACATGTGGGGTGTATGTGTTAG  50

seq1  TGTGC-ATGTGG-TATATATGTGTTTGTGCTGTACATATGGT-GTGTATG  95
      ||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGTGCAATGTGGAAATAAATGTGTTTGTGCTGTACATATGGTGGTGTATG  100

seq1  -CACATGTGTGATATGTGT-GGTATGTATGTGTATGTATGTGTTTATTCA  143
       |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CCACATGTGTGATATGTGTAGGTATGTATGTGTATGTATGTGTTTA-TCA  149

seq1  TTCACTGCTGCAACCTAATTTTGAC--AAAAAAAAAAACCCCACTAACTT  191
       ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
seq2  -TCACTGCTGCAACCTAATTTTGACAAAAAAAAAAAAACCCCACTAACTT  198

seq1  TCCCTCTTAAAAGAACAGCTATTAAACAATCACTATTTACACAGGGGTGT  241
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCTAAAAGAACAGCTATTAAACAATCACTATTTACACAGGGGTGT  248

seq1  TTCGACTAATAACAAATCATTGTATTGGTATATGCACACAAATAATGCCA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGACTAATAACAAATCATTGTATTGGTATATGCACACAAATAATGCCA  298

seq1  AGCAAACACCATGAGTTTTTAAAGATAATGGAAGTAAAACAATATTCAGC  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAACACCATGAGTTTTTAAAGATAATGGAAGTAAAACAATATTCAGC  348

seq1  CAAATGCTTTTAAATTAAAATTTAATAAAGAAAAGATTAAAGGATGATTA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGCTTTTAAATTAAAATTTAATAAAGAAAAGATTAAAGGATGATTA  398

seq1  TTCCCTTGATGTCCTGACTTTTATATTCATTGCTCGAAGTCTCTACAGAG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTGATGTCCTGACTTTTATATTCATTGCTCGAAGTCTCTACAGAG  448

seq1  TATTCTTTTTTCTTTGAATTATTCATAGAAAAATGAGTAACACTGGATCT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTTTTTTCTTTGAATTATTCATAGAAAAATGAGTAACACTGGATCT  498

seq1  AAAAACTTCACCCCATAAATCTAGAAATTAGAGTAACACTCAATTTTGCA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACTTCACCCCATAAATCTAGAAATTAGAGTAACACTCAATTTTGCA  548

seq1  TTGTCCAAGAACATTTTTTAATAACTCATACAGCACTGTGGAGAAGGTGT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCAAGAACATTTTTTAATAACTCATACAGCACTGTGGAGAAGGTGT  598

seq1  CTACCAGAGCCAGGAACCATTAGGGAAAATGATGGGCCTCCAATTCTGCT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCAGAGCCAGGAACCATTAGGGAAAATGATGGGCCTCCAATTCTGCT  648

seq1  ACAACTTTACTGGCTGTACAGAAACAAAAATGCTGGCACTGGGAACACTG  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTTTACTGGCTGTACAGAAACAAAAATGCTGGCACTGGGAACACTG  698

seq1  TGACTCTAAATTGATTGTGGACTTCCAGATTAAAATAGAGTTGAGCAGGC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCTAAATTGATTGTGGACTTCCAGATTAAAATAGAGTTGAGCAGGC  748

seq1  AGGCTGGTTTCTGCCTAGTAGAACTGGATCATCAACTTTTGTGAGTAGAA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGGTTTCTGCCTAGTAGAACTGGATCATCAACTTTTGTGAGTAGAA  798

seq1  TCTAGAGTCCATAGATCTCAGGCTTCTCTGGTGCCAGGAGAAGATTACAC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAGTCCATAGATCTCAGGCTTCTCTGGTGCCAGGAGAAGATTACAC  848

seq1  ACACAGGGTATTTGGAAATACATTAAGATCATTGACTGTCACAAAGAAAA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGGGTATTTGGAAATACATTAAGATCATTGACTGTCACAAAGAAAA  898

seq1  AATGGTTGTCTTACAATGGCTACAACCTCCCTATGCAATCTTCTCTAAGT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTTGTCTTACAATGGCTACAACCTCCCTATGCAATCTTCTCTAAGT  948

seq1  GCTGGGGCTCTGGGGAACTGTACCATGTCTAGCTAGTAAACACAGTATTG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGCTCTGGGGAACTGTACCATGTCTAGCTAGTAAACACAGTATTG  998

seq1  TCGGGTCTGTTCTACAGTCTCTCCCCTGCATGTCTCGAAGGCAGTTCCGT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGTCTGTTCTACAGTCTCTCCCCTGCATGTCTCGAAGGCAGTTCCGT  1048

seq1  CTCCATGACATTCTCTATTTTGCACAACCGCCCAAGAAGTTTCCACTCTT  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATGACATTCTCTATTTTGCACAACCGCCCAAGAAGTTTCCACTCTT  1098

seq1  CTCACTTGTGATTGCTGTAGGAGTCAATCCACAGAACTGTGGAATTC  1138
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTTGTGATTGCTGTAGGAGTCAATCCACAGAACTGTGGAATTC  1145


seq1: chr18_88815436_88816396
seq2: B6Ng01-262F23.g_64_1024

seq1  GAATTCTATGTGTCATAGTTAAAGTTTAAAAAATAATCAGGCAATACCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATGTGTCATAGTTAAAGTTTAAAAAATAATCAGGCAATACCTA  50

seq1  TAGGAATTACACACTCAGAAGAATAACTCCATCTGCATAATGCTTTAGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAATTACACACTCAGAAGAATAACTCCATCTGCATAATGCTTTAGTC  100

seq1  AGACGTGTTTATCAGCCCCAATGGACTATCTACATTGGTTTTATTTGTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGTGTTTATCAGCCCCAATGGACTATCTACATTGGTTTTATTTGTTG  150

seq1  TAGATGCAATCCCAACACTAGTTCATGAGTAAAATGTATTCCCTATTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGCAATCCCAACACTAGTTCATGAGTAAAATGTATTCCCTATTAAA  200

seq1  AGGTTTTTAAAGAACTCCTATAAAGAATAAATATTCTCATTTTACCCTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTTTAAAGAACTCCTATAAAGAATAAATATTCTCATTTTACCCTCC  250

seq1  CACAATTGCACTATTCAGGACCCATTAGGAAGTCTCTAAATGCCATATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATTGCACTATTCAGGACCCATTAGGAAGTCTCTAAATGCCATATAG  300

seq1  AATACAATTAATTTGTTCCACTTGTTAGTAAAGCTATGGTCTTAGTAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAATTAATTTGTTCCACTTGTTAGTAAAGCTATGGTCTTAGTAGAA  350

seq1  GCAGGAAGGATTTTAAATACCAACTTATTAGACTGCACTTATGTGTACTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAAGGATTTTAAATACCAACTTATTAGACTGCACTTATGTGTACTT  400

seq1  CACACACACACCCCAATACATCTCAGCTAAGTTTCAACCATGCTTGGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACCCCAATACATCTCAGCTAAGTTTCAACCATGCTTGGAAA  450

seq1  CAATTTGATGGAAGCATCCTAAGAATGAGGAGCAGAACCTGAAAGAGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTGATGGAAGCATCCTAAGAATGAGGAGCAGAACCTGAAAGAGCTT  500

seq1  CTGTAAGTACATACCTGTTGGATTTGATGAACAGCACGGGGAGATCAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAGTACATACCTGTTGGATTTGATGAACAGCACGGGGAGATCAGGA  550

seq1  TACCAAAGCAGAGTATGTCAAAAGGCTAGAAATGTTGTCAACAGCAGGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAAGCAGAGTATGTCAAAAGGCTAGAAATGTTGTCAACAGCAGGAG  600

seq1  AGGAGGTATATTATATATAAGACATTTTAAGTCATAGTAAGACACACAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGTATATTATATATAAGACATTTTAAGTCATAGTAAGACACACAAC  650

seq1  TGATTATAAATAATCAGTGGGCTGGGGAATATGAGTGACATGAACATATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTATAAATAATCAGTGGGCTGGGGAATATGAGTGACATGAACATATA  700

seq1  ATCCATCTCAAAGGATTCTTCTGGCTGATGTACAGTGTACACAATGAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATCTCAAAGGATTCTTCTGGCTGATGTACAGTGTACACAATGAAAA  750

seq1  GGCAACAGGCCAGTCATGTGAAAGACACGACATCTAAAGACTGATTTAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACAGGCCAGTCATGTGAAAGACACGACATCTAAAGACTGATTTAAC  800

seq1  AATCCAGATAAAGTTTGATAGAGGCTATAGAGGTGCATTAGCAGAGGAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAGATAAAGTTTGATAGAGGCTATAGAGGTGCATTAGCAGAGGAAA  850

seq1  TAATGGGTATTTGGGTTCATGAGGTTACTTCAAGGTGGAACCAATAGAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGGTATTTGGGTTCATGAGGTTACTTCAAGGTGGAACCAATAGAAT  900

seq1  TTCTAATGGATGGAAGGTTATCCCTCAAAGTGAAAGGATATACCTGAAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATGGATGGAAGGTTATCCCTCAAAGTGAAAGGATATACCTGAAAG  950

seq1  TCTGTATCAAA  961
      |||||||||||
seq2  TCTGTATCAAA  961


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |