BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-266E10
Chromosome18 (Build37)
Map Location 16,574,857 - 16,715,510
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneChst9, LOC670012, LOC100040551, EG225228, LOC100040202, Ppia-ps18_172.1, EG665509
Downstream geneCdh2, LOC665519, 1700001G01Rik, 4921533I20Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-266E10.bB6Ng01-266E10.g
ACCGA069711GA069712
length1,1991,135
definitionB6Ng01-266E10.b B6Ng01-266E10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,574,857 - 16,576,082)(16,714,361 - 16,715,510)
sequence
gaattcatgaagctcttggttccttcttcagtaccataaaagttgggagt
gatggaaccatgtaaataggaagataagatggtcaagagcatcttttgtt
atacagttagttctaggccaccctgggctacatgaaaccctgtctcaaaa
aaatcataaaaatgacataaaagtcataaaagttcagcttattatgctga
acttgacaaaattagagtttatgataaacccattacaattctatctcttc
cagtttaaagtctcagtatctgtcgctaaaggtattctgagttacaagtc
ccttacccaatctcttagtaatgatacccacactcgaaatcaagcatggc
cttactatttccattcaagtgtaagttgaacatttatgttcactcaatct
ctttatctcaggaaactggggcaaggactgtaagggttttcttctgagtt
catcctctggccacctgactcatgcataggtgcttggtgcatgcttctta
caactggtgacatagactgggccatcaatgttgacaccgtgttccagcat
gtgcaaggtaaaaagcatggccacaatgcagttctaaacaagatcagaag
tcctgagccctgatgtctgttcttttaaatgactggcaggcagacatctg
aaaccccacactggaactggaaaggcagcctagcttaatatgcatattgt
actttttttttttttgacatggtaagcttgatttttcccctttttatgcg
tgatttagcaacttgtcttctgggagatcttcatggagcagtgtcctaga
atctgaagcaggcttctgttgttgctgagaagtgtcaagtagtgttccct
ctggttccaagcgcatgtgaagcagtacacaagggcatgcctaagctact
gacaagtgtttttcttgattaacaaggaactaaaatgctttactagacgc
agatcctcccaagaacaatgtacttgatgacactgcagtgatagcaaaca
cagtttcctgcctacatcagttagttgggatagaagacagtggcgactga
cctggagctgtacacaaacgttgatcagcccagatagcagagcaccagcc
gactgtagagacctcacctgaccacatcgagaacatggttattggatata
ctcaaaactgatattaagcacttagtaacgcgagagcctggccatgtat

gaattccagtcctgacatcttatggtggccaacagcaatgtggaaagtgt
aatctgaataaaccctttcctccctaatttgcttcgtggtcatgatgttt
gtgcagaaatagaaaccctgactagacaatatgtggtggctagctggaag
tttatcttcactttagctttccaggctatgattgagtcaaaagacaagta
gatatgcaaattaccaatacttcagaaggtctgtggcagtacatattttc
accagtaatggaggacaatacttgctacccacagccagggagcataatgt
gtcatggcacttattgttgtagtcagtttggtaaataaaatacccaacta
attcatgagtctcattatcattggatttgaacattttccacttgcttcag
aaccttttaatggtgttccatgcgtgaattattcctgtcttttgcagagt
gctataagacctttgacctccatgttccttgactttaaatttacttaatc
attactatgttgccttttgtttatgcagatagttcacttcattcttctgg
ttgtctatcacatgtctatcacaatgactgagtgtgaggctctgggttca
gtcacctaccctgccagagaggacatcagagagagagagaagcattgttt
gccccagcttgccacctgggtttcatggctttaactcctgttttgttgta
taacatttcagtttgcttgtgcacaaacttactagttttttttttttctt
ttactgtctatgggttttgaatagttacatagctacactaaatgataaac
ttatccacaatttacatgatttattttacatggtgtttcctaaattattt
gaatttatttgggaatacaccattttttctgtttttataaacctctttgt
gtatgtgcatgataaggaacgtatggacatgtttttgacggggcacaggt
ggtggcaatcagaggacacttggctgtcagtgacaccttttcacttgctt
gaagataagtgtcttgcatttgtcatattatgccaggttagcagatgaga
gctcagtgtctgtctctgctctcactcactgaggagtactgggggaacga
tggtgcataacacagtggcgattatacagctctgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_16574857_16576082
seq2: B6Ng01-266E10.b_49_1247

seq1  GAATTCATGAAGCTCTTGGTTCCTTCTTCAGTACCATAAAAGTTGGGAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGAAGCTCTTGGTTCCTTCTTCAGTACCATAAAAGTTGGGAGT  50

seq1  GATGGAACCATGTAAATAGGAAGATAAGATGGTCAAGAGCATCTTTTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAACCATGTAAATAGGAAGATAAGATGGTCAAGAGCATCTTTTGTT  100

seq1  ATACAGTTAGTTCTAGGCCACCCTGGGCTACATGAAACCCTGTCTCAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGTTAGTTCTAGGCCACCCTGGGCTACATGAAACCCTGTCTCAAAA  150

seq1  AAATCATAAAAATGACATAAAAGTCATAAAAGTTCAGCTTATTATGCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCATAAAAATGACATAAAAGTCATAAAAGTTCAGCTTATTATGCTGA  200

seq1  ACTTGACAAAATTAGAGTTTATGATAAACCCATTACAATTCTATCTCTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGACAAAATTAGAGTTTATGATAAACCCATTACAATTCTATCTCTTC  250

seq1  CAGTTTAAAGTCTCAGTATCTGTCGCTAAAGGTATTCTGAGTTACAAGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTAAAGTCTCAGTATCTGTCGCTAAAGGTATTCTGAGTTACAAGTC  300

seq1  CCTTACCCAATCTCTTAGTAATGATACCCACACTCGAAATCAAGCATGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACCCAATCTCTTAGTAATGATACCCACACTCGAAATCAAGCATGGC  350

seq1  CTTACTATTTCCATTCAAGTGTAAGTTGAACATTTATGTTCACTCAATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTATTTCCATTCAAGTGTAAGTTGAACATTTATGTTCACTCAATCT  400

seq1  CTTTATCTCAGGAAACTGGGGCAAGGACTGTAAGGGTTTTCTTCTGAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATCTCAGGAAACTGGGGCAAGGACTGTAAGGGTTTTCTTCTGAGTT  450

seq1  CATCCTCTGGCCACCTGACTCATGCATAGGTGCTTGGTGCATGCTTCTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTCTGGCCACCTGACTCATGCATAGGTGCTTGGTGCATGCTTCTTA  500

seq1  CAACTGGTGACATAGACTGGGCCATCAATGTTGACACCGTGTTCCAGCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGGTGACATAGACTGGGCCATCAATGTTGACACCGTGTTCCAGCAT  550

seq1  GTGCAAGGTAAAAAGCATGGCCACAATGCAGTTCTAAACAAGATCAGAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAAGGTAAAAAGCATGGCCACAATGCAGTTCTAAACAAGATCAGAAG  600

seq1  TCCTGAGCCCTGATGTCTGTTCTTTTAAATGACTGGCAGGCAGACATCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGCCCTGATGTCTGTTCTTTTAAATGACTGGCAGGCAGACATCTG  650

seq1  AAACCCCACACTGGAACTGGAAAGGCAGCCTAGCTTAATATGCATATTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCCACACTGGAACTGGAAAGGCAGCCTAGCTTAATATGCATATTGT  700

seq1  ACTTTTTTTTTTTTTGACATGGTAAGCTTGATTTTTCCCCTTTTTATGCG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTTTTTTTTTTGACATGGTAAGCTTGATTTTTCCCCTTTTTATGCG  750

seq1  TGATTTAGCAACTTGTCTTCTGGGAGATCTTCATGGAGCAGTGTCCTAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTAGCAACTTGTCTTCTGGGAGATCTTCATGGAGCAGTGTCCTAGA  800

seq1  ATCTGAAGCAGGCTTCTGTTGTTGCTGAGAAGTGTCAAGTAGTGTTCCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAAGCAGGCTTCTGTTGTTGCTGAGAAGTGTCAAGTAGTGTTCCCT  850

seq1  CTGGTTCCAAGCGCATGTGAAGCAGTACACAAGGGCATGCCTAAGCTACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTCCAAGCGCATGTGAAGCAGTACACAAGGGCATGCCTAAGCTACT  900

seq1  GACAAGTG-TTTTCTTGATTAACAAAGGAACTAAAATGCTTTACTAGACG  949
      |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGTGTTTTTCTTGATTAAC-AAGGAACTAAAATGCTTTACTAGACG  949

seq1  CAGATCCTCCCAAGAACAATGTACTTGATGACACTGCAGTGAATAGCAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAGATCCTCCCAAGAACAATGTACTTGATGACACTGCAGTG-ATAGCAAA  998

seq1  CACAAGTTTCCTGCCTACATCAGGTTAGTTGGGATAGAAGACAGT-GCGA  1048
      ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CAC-AGTTTCCTGCCTACATCA-GTTAGTTGGGATAGAAGACAGTGGCGA  1046

seq1  CCTGACCTGGGAAGCTGTACACAAACGTTGATCCAGCCCAGATAGCCAGA  1098
       |||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
seq2  -CTGACCTGG--AGCTGTACACAAACGTTGAT-CAGCCCAGATAG-CAGA  1091

seq1  GCACCAGCAGACTGTAGAGACTTCACCTGAACCCACATCAGAGAACCAGT  1148
      |||||||| |||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||   |
seq2  GCACCAGCCGACTGTAGAGACCTCACCTGA--CCACATC-GAGAAC--AT  1136

seq1  GGGTTTATTGGGATTACCTACAAAAACATGATATACTTTAAAGCAACTAA  1198
      ||  |||||||    |  |||  |||  |||||     | |||||  |  
seq2  GG--TTATTGG----ATATACTCAAAACTGATA-----TTAAGCACTT--  1173

seq1  AGTAACAGCGAGAGCCTGGGCTATGTAT  1226
      |||||| |||||||||| ||| ||||||
seq2  AGTAAC-GCGAGAGCCT-GGCCATGTAT  1199


seq1: chr18_16714361_16715510
seq2: B6Ng01-266E10.g_65_1199 (reverse)

seq1  CCAGAACCTGTATAACCGCCACCTGTGTTATAGCACACATCTGTCCCCCA  50
      |||| | |||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||  |||||||
seq2  CCAG-AGCTGTATAATCGCCA-CTGTGTTAT-GCAC-CATCGTTCCCCCA  46

seq1  GTACTCCTCAGGTGAGGTGAGAGGCAGAGACAGGAACACTGGAAGCTCTC  100
      |||||||||| |||| |||||| ||||||||||  ||||||  |||||||
seq2  GTACTCCTCA-GTGA-GTGAGA-GCAGAGACAG--ACACTG--AGCTCTC  89

seq1  AATCTGGCTAACCTGGCAT-ATATGACAAATGGCCAGACACCTTATC-TC  148
       |||| ||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||| ||
seq2  -ATCT-GCTAACCTGGCATAATATGACAAAT-GCAAGACA-CTTATCTTC  135

seq1  AAGCAAGGTGAAAGGTGTTCACTGACAGCCAAGGTTGTCCTCTGATTGCC  198
      |||||||   ||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||
seq2  AAGCAAGTGAAAAGGTG-TCACTGACAGCCAAG--TGTCCTCTGATTGCC  182

seq1  A-CACCTGTGCCCCGTCAAAAACATGTCCATACGTTCCTTATCATGCACA  247
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCTGTGCCCCGTCAAAAACATGTCCATACGTTCCTTATCATGCACA  232

seq1  TACACAAAGAGGTTTATAAAAACAGAAAAAATGGTGTATTCCCAAATAAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAAAGAGGTTTATAAAAACAGAAAAAATGGTGTATTCCCAAATAAA  282

seq1  TTCAAATAATTTAGGAAACACCATGTAAAATAAATCATGTAAATTGTGGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATAATTTAGGAAACACCATGTAAAATAAATCATGTAAATTGTGGA  332

seq1  TAAGTTTATCATTTAGTGTAGCTATGTAACTATTCAAAACCCATAGACAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTTATCATTTAGTGTAGCTATGTAACTATTCAAAACCCATAGACAG  382

seq1  TAAAAGAAAAAAAAAAAACTAGTAAGTTTGTGCACAAGCAAACTGAAATG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGAAAAAAAAAAAACTAGTAAGTTTGTGCACAAGCAAACTGAAATG  432

seq1  TTATACAACAAAACAGGAGTTAAAGCCATGAAACCCAGGTGGCAAGCTGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACAACAAAACAGGAGTTAAAGCCATGAAACCCAGGTGGCAAGCTGG  482

seq1  GGCAAACAATGCTTCTCTCTCTCTCTGATGTCCTCTCTGGCAGGGTAGGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAACAATGCTTCTCTCTCTCTCTGATGTCCTCTCTGGCAGGGTAGGT  532

seq1  GACTGAACCCAGAGCCTCACACTCAGTCATTGTGATAGACATGTGATAGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAACCCAGAGCCTCACACTCAGTCATTGTGATAGACATGTGATAGA  582

seq1  CAACCAGAAGAATGAAGTGAACTATCTGCATAAACAAAAGGCAACATAGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAGAAGAATGAAGTGAACTATCTGCATAAACAAAAGGCAACATAGT  632

seq1  AATGATTAAGTAAATTTAAAGTCAAGGAACATGGAGGTCAAAGGTCTTAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATTAAGTAAATTTAAAGTCAAGGAACATGGAGGTCAAAGGTCTTAT  682

seq1  AGCACTCTGCAAAAGACAGGAATAATTCACGCATGGAACACCATTAAAAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTCTGCAAAAGACAGGAATAATTCACGCATGGAACACCATTAAAAG  732

seq1  GTTCTGAAGCAAGTGGAAAATGTTCAAATCCAATGATAATGAGACTCATG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGAAGCAAGTGGAAAATGTTCAAATCCAATGATAATGAGACTCATG  782

seq1  AATTAGTTGGGTATTTTATTTACCAAACTGACTACAACAATAAGTGCCAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGTTGGGTATTTTATTTACCAAACTGACTACAACAATAAGTGCCAT  832

seq1  GACACATTATGCTCCCTGGCTGTGGGTAGCAAGTATTGTCCTCCATTACT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACATTATGCTCCCTGGCTGTGGGTAGCAAGTATTGTCCTCCATTACT  882

seq1  GGTGAAAATATGTACTGCCACAGACCTTCTGAAGTATTGGTAATTTGCAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAAAATATGTACTGCCACAGACCTTCTGAAGTATTGGTAATTTGCAT  932

seq1  ATCTACTTGTCTTTTGACTCAATCATAGCCTGGAAAGCTAAAGTGAAGAT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACTTGTCTTTTGACTCAATCATAGCCTGGAAAGCTAAAGTGAAGAT  982

seq1  AAACTTCCAGCTAGCCACCACATATTGTCTAGTCAGGGTTTCTATTTCTG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTCCAGCTAGCCACCACATATTGTCTAGTCAGGGTTTCTATTTCTG  1032

seq1  CACAAACATCATGACCACGAAGCAAATTAGGGAGGAAAGGGTTTATTCAG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAACATCATGACCACGAAGCAAATTAGGGAGGAAAGGGTTTATTCAG  1082

seq1  ATTACACTTTCCACATTGCTGTTGGCCACCATAAGATGTCAGGACTGGAA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACACTTTCCACATTGCTGTTGGCCACCATAAGATGTCAGGACTGGAA  1132

seq1  TTC  1150
      |||
seq2  TTC  1135


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |