BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-267A20
Chromosome18 (Build37)
Map Location 19,535,784 - 19,647,763
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665624
Upstream geneLOC100040658
Downstream geneLOC665629, Dsc3, Dsc2, Dsc1, Dsg1c, Dsg1a, Dsg1b, Dsg4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-267A20.bB6Ng01-267A20.g
ACCGA070286GA070287
length1,193896
definitionB6Ng01-267A20.b B6Ng01-267A20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,535,784 - 19,536,977)(19,646,870 - 19,647,763)
sequence
gaattcttggatcttaccatctaagcagtttagcataatcactgatttct
acattcactgagatactctatctcaataacatatatgagttggagaataa
taaacaaatacccctgaagtcaatctctggtgtcaaatacatgaagaccc
acatgcttatgtccacacacaaatacattcaattattatcatcattattg
ttaaggataataataaatatcctagttaactctagctgtcaatttgacat
attttagttttttgaatgagtttcacttggagagtgtccaaattggcctg
tggtcatgttttaaagattgtctttattaatgattgatggatagcaatat
cctcagctggtactcatgggctataaaataaagctataagcaagtgccag
agaatgcattgatgaatagtattcttccatattctctgcttcaattcctg
attgtgattccatcatagattccctcaatgatgaactataacctgtaaaa
tgaaataaaccctttctttcctaaattgtttctgatcatggtactcaaaa
cagtagcataaattaaattaagacaaataataatattaataataataaaa
atcatgactatatttataggcatgttaacttctattgttgttccaattgt
catacacaatcagtaatggtattttcagaatactatattaaacaatgttt
tctattcttctaaacaatacttttcctacttagaaaatacttgctatttt
aggactcaagtctaggtgaattggaccttttaggaaattttaaactggga
atttcttgtctttactttatatactaatatattctgtccttcaactgtta
ccaagtttagtttctgataacatatttcatgaactgtcaagaaataggag
caacaatgtgcatgtgtattatggcatctattctaagtcaccacttaaac
actgaaatttacatgtcttgctgattgtggaattcttcattgatctttaa
tatagagttaccttaacttttcttactgatacaagttccagcaaagtccg
ctcatctgtggcttaagcttacatttatggcatataaccatcctgcctgg
caatattttaaaggatcatggccacaaccagaatgttgatcgataattct
cacattgttgtctagattggaacaacaataattggtaaattgg

gaattctcaggaatttggtttttaatttctttccttttcatctgcaagaa
taagtggtggttacagacataatcaatagcatatgaggaagattaagtta
gtgttagaacttatatatgactttaaatgaatactgaattctgtttgggc
tgaatagcagaatgttatgtgctttctaatgactattcttttctgctaga
agtatttgcgccatttggagatgttcactctgtgataaattagtgtgatt
agagctggctagctacttgccatttgttactagacaggactgcaagtcag
attgtgctttgtcttgcctcaggtcagagagggcctgtacaggctttaat
gagactcaaccttaattctttacacttgacatgataatttttgtaagtca
caactgccttttacacatgggctgcatatttgttagtgaagtaaaaatat
catttgctccatgtgattcctttatgatctacttccttgtattgtactat
tctgaaaattgagaaagtctcctattgtgatttaatgaacaattttgcct
aactttggcaaaaattcagatgtattctctaagatgtttttaagactttt
ttccgtcttgtctggttggccctatgtatttgagtttagatgaagctcat
gatattttcttgtgttagcactagactacagtagagagttgttgttgaag
tagaagcctaaataacttttctgaaggacttgccatatttactgcctaga
tcaatgtccaattagaatgtcagtctacataaactgttctcttttatcac
tgaacagctatctgttccttttatactcaatcagtgaactgctgacttca
ttgccccccctgctacgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_19535784_19536977
seq2: B6Ng01-267A20.b_47_1239

seq1  GAATTCTTGGATCTTACCATCTAAGCAGTTTAGCATAATCACTGATTTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGGATCTTACCATCTAAGCAGTTTAGCATAATCACTGATTTCT  50

seq1  ACATTCACTGAGATACTCTATCTCAATAACATATATGAGTTGGAGAATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCACTGAGATACTCTATCTCAATAACATATATGAGTTGGAGAATAA  100

seq1  TAAACAAATACCCCTGAAGTCAATCTCTGGTGTCAAATACATGAAGACCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAAATACCCCTGAAGTCAATCTCTGGTGTCAAATACATGAAGACCC  150

seq1  ACATGCTTATGTCCACACACAAATACATTCAATTATTATCATCATTATTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTTATGTCCACACACAAATACATTCAATTATTATCATCATTATTG  200

seq1  TTAAGGATAATAATAAATATCCTAGTTAACTCTAGCTGTCAATTTGACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGATAATAATAAATATCCTAGTTAACTCTAGCTGTCAATTTGACAT  250

seq1  ATTTTAGTTTTTTGAATGAGTTTCACTTGGAGAGTGTCCAAATTGGCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAGTTTTTTGAATGAGTTTCACTTGGAGAGTGTCCAAATTGGCCTG  300

seq1  TGGTCATGTTTTAAAGATTGTCTTTATTAATGATTGATGGATAGCAATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCATGTTTTAAAGATTGTCTTTATTAATGATTGATGGATAGCAATAT  350

seq1  CCTCAGCTGGTACTCATGGGCTATAAAATAAAGCTATAAGCAAGTGCCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGCTGGTACTCATGGGCTATAAAATAAAGCTATAAGCAAGTGCCAG  400

seq1  AGAATGCATTGATGAATAGTATTCTTCCATATTCTCTGCTTCAATTCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGCATTGATGAATAGTATTCTTCCATATTCTCTGCTTCAATTCCTG  450

seq1  ATTGTGATTCCATCATAGATTCCCTCAATGATGAACTATAACCTGTAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGATTCCATCATAGATTCCCTCAATGATGAACTATAACCTGTAAAA  500

seq1  TGAAATAAACCCTTTCTTTCCTAAATTGTTTCTGATCATGGTACTCAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATAAACCCTTTCTTTCCTAAATTGTTTCTGATCATGGTACTCAAAA  550

seq1  CAGTAGCATAAATTAAATTAAGACAAATAATAATATTAATAATAATAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGCATAAATTAAATTAAGACAAATAATAATATTAATAATAATAAAA  600

seq1  ATCATGACTATATTTATAGGCATGTTAACTTCTATTGTTGTTCCAATTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGACTATATTTATAGGCATGTTAACTTCTATTGTTGTTCCAATTGT  650

seq1  CATACACAATCAGTAATGGTATTTTCAGAATACTATATTAAACAATGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACAATCAGTAATGGTATTTTCAGAATACTATATTAAACAATGTTT  700

seq1  TCTATTCTTCTAAACAATACTTTTCCTACTTAGAAAATACTTGCTATTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTCTTCTAAACAATACTTTTCCTACTTAGAAAATACTTGCTATTTT  750

seq1  AGGACTCAAGTCTAGGTGAATTGGACCTTTTAGGAAATTTTAAACTGGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTCAAGTCTAGGTGAATTGGACCTTTTAGGAAATTTTAAACTGGGA  800

seq1  ATTTCTTGTCTTTACTTTATATACTAATATATTCTGTCCTTCAACTGTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTGTCTTTACTTTATATACTAATATATTCTGTCCTTCAACTGTTA  850

seq1  CCAAGTTTAGTTTCTGATAACATATTTCATGAACTGTCAAGAAATAGGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTTTAGTTTCTGATAACATATTTCATGAACTGTCAAGAAATAGGAG  900

seq1  CAACAATGTGCATGTGTATTATGGCATCTATTCTAAGTCACCACTTAAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAATGTGCATGTGTATTATGGCATCTATTCTAAGTCACCACTTAAAC  950

seq1  ACTGAAATTTACATGTCTTGCTGATTGTGGAATTTCTTCATTGATCTTT-  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| 
seq2  ACTGAAATTTACATGTCTTGCTGATTGTGGAA-TTCTTCATTGATCTTTA  999

seq1  ATATAGGAGTTACCTTAACTTTTCTTACTGATACAAGTTCCAGCAAAGTC  1049
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATA-GAGTTACCTTAACTTTTCTTACTGATACAAGTTCCAGCAAAGTC  1048

seq1  CGCTCATCTGTGGTTTAAAGCTTACA-TTATGGCATATAA-CAT-CTGCC  1096
      ||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||| ||| |||||
seq2  CGCTCATCTGTGGCTT-AAGCTTACATTTATGGCATATAACCATCCTGCC  1097

seq1  TGGC-ATATTTTAAAGGATTAATTGCAACAAAACCAGAATTGTTGATCGA  1145
      |||| ||||||||||||| | || ||  || |||||||| ||||||||||
seq2  TGGCAATATTTTAAAGGA-TCATGGC--CACAACCAGAA-TGTTGATCGA  1143

seq1  TATATTCTCACATTGTTGCTTAGATTGGGACA--CATAATTGGTAAATTG  1193
      || |||||||||||||||  |||||||| |||   |||||||||||||||
seq2  TA-ATTCTCACATTGTTGTCTAGATTGGAACAACAATAATTGGTAAATTG  1192

seq1  G  1194
      |
seq2  G  1193


seq1: chr18_19646870_19647763
seq2: B6Ng01-267A20.g_70_965 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACGTAGCA-GGGGGGCAATGAA  49
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACGTAGCAGGGGGGGCAATGAA  50

seq1  GTCAGCAGTTCACTGATTGAGTAT-AAAGGAACAGATAGCTGTTCAGTGA  98
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCAGTTCACTGATTGAGTATAAAAGGAACAGATAGCTGTTCAGTGA  100

seq1  TAAAAGAGAACAGTTTATGTAGACTGACATTCTAATTGGACATTGATCTA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGAGAACAGTTTATGTAGACTGACATTCTAATTGGACATTGATCTA  150

seq1  GGCAGTAAATATGGCAAGTCCTTCAGAAAAGTTATTTAGGCTTCTACTTC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTAAATATGGCAAGTCCTTCAGAAAAGTTATTTAGGCTTCTACTTC  200

seq1  AACAACAACTCTCTACTGTAGTCTAGTGCTAACACAAGAAAATATCATGA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACAACTCTCTACTGTAGTCTAGTGCTAACACAAGAAAATATCATGA  250

seq1  GCTTCATCTAAACTCAAATACATAGGGCCAACCAGACAAGACGGAAAAAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCATCTAAACTCAAATACATAGGGCCAACCAGACAAGACGGAAAAAA  300

seq1  GTCTTAAAAACATCTTAGAGAATACATCTGAATTTTTGCCAAAGTTAGGC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAAAAACATCTTAGAGAATACATCTGAATTTTTGCCAAAGTTAGGC  350

seq1  AAAATTGTTCATTAAATCACAATAGGAGACTTTCTCAATTTTCAGAATAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGTTCATTAAATCACAATAGGAGACTTTCTCAATTTTCAGAATAG  400

seq1  TACAATACAAGGAAGTAGATCATAAAGGAATCACATGGAGCAAATGATAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATACAAGGAAGTAGATCATAAAGGAATCACATGGAGCAAATGATAT  450

seq1  TTTTACTTCACTAACAAATATGCAGCCCATGTGTAAAAGGCAGTTGTGAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACTTCACTAACAAATATGCAGCCCATGTGTAAAAGGCAGTTGTGAC  500

seq1  TTACAAAAATTATCATGTCAAGTGTAAAGAATTAAGGTTGAGTCTCATTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAAAATTATCATGTCAAGTGTAAAGAATTAAGGTTGAGTCTCATTA  550

seq1  AAGCCTGTACAGGCCCTCTCTGACCTGAGGCAAGACAAAGCACAATCTGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTGTACAGGCCCTCTCTGACCTGAGGCAAGACAAAGCACAATCTGA  600

seq1  CTTGCAGTCCTGTCTAGTAACAAATGGCAAGTAGCTAGCCAGCTCTAATC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCAGTCCTGTCTAGTAACAAATGGCAAGTAGCTAGCCAGCTCTAATC  650

seq1  ACACTAATTTATCACAGAGTGAACATCTCCAAATGGCGCAAATACTTCTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAATTTATCACAGAGTGAACATCTCCAAATGGCGCAAATACTTCTA  700

seq1  GCAGAAAAGAATAGTCATTAGAAAGCACATAACATTCTGCTATTCAGCCC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAAAGAATAGTCATTAGAAAGCACATAACATTCTGCTATTCAGCCC  750

seq1  AAACAGAATTCAGTATTCATTTAAAGTCATATATAAGTTCTAACACTAAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAATTCAGTATTCATTTAAAGTCATATATAAGTTCTAACACTAAC  800

seq1  TTAATCTTCCTCATATGCTATTGATTATGTCTGTAACCACCACTTATTCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCTTCCTCATATGCTATTGATTATGTCTGTAACCACCACTTATTCT  850

seq1  TGCAGATGAAAAGGAAAGAAATTAAAAACCAAATTCCTGAGAATTC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGATGAAAAGGAAAGAAATTAAAAACCAAATTCCTGAGAATTC  896


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |