BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-291B07
Chromosome18 (Build37)
Map Location 75,691,339 - 75,833,960
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGm672
Upstream geneMyo5b, Acaa2, LOC672799, Lipg, Rpl17, BC031181, Dym, LOC628356, EG667777, Smad7
Downstream geneZbtb7c, 4833419G08Rik, LOC668184, Smad2, LOC668188
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-291B07.bB6Ng01-291B07.g
ACCGA088063GA088064
length1,1971,096
definitionB6Ng01-291B07.b B6Ng01-291B07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,691,339 - 75,692,521)(75,832,863 - 75,833,960)
sequence
gaattcctattcagtcaagcgggagtgttcaagggcatgcagatgagtga
caaggacttccctttctaggggttggggtttggtttttgggcacttgctt
ggcactcacgagacccttggtttcacagttctgtactctagcaatccctg
cacttgagaggcagagacaggaggatcacaaggtcagaatcatcttctgc
tgtccagtgagagactttatctcaaacaaacaacacaacaaacgacaaaa
gttctggtcggatggctcaacggttaagagcactccctgttcctgtagag
gagacagatttggttcctattacccataaggcctccaagggcacatacat
gatttacatatatatacatacaggtacacacacacacacacactagccta
agattattctttatgatataaagccaaatagtatatttagaaggaatggt
gaaattaagaaatgatttggtaaccttgatattaacaaccgtttcgggca
tgaagcatcaatggagaccgtggggtaaaaggccaaacactggtagcttc
cagtgaccttcccacagaaccacacagggaaaccctcgacgatggagagc
aggcagcccccccccacccccctttaaccaggtaacacaatcaacccagg
agccaaggacagcaccacctcctggtaggatgaccagaacatgaacacat
gcctggagccagacctggggacaagctgactacaaagacataggtcctcc
ctgagcacagtcaaggccatgattctcggaggccagagacctgtcctagg
ttaacagacagacaggatccctgtgtctgggaaagactgtaggactgcag
agtttaatgggttatagcacagatttagtgtaccttagtggacaggactc
agagttctgatcctaaccaattgtattgtggtcatgaaaaagtctttgtc
tgacaggaacagccttgtgaagtatcttggcagaaaagggccattgtttt
tggccatgcagtttcacaaatagaccaggaaagaatttcagtatggagga
gggagccgaacatttacggttcgttcgttcgttaggtccactggcaaggc
gagattgggattgctttattgctttcctccaactctctttcctgggattc
gtttgtttatttgctcttttaagacggtctgtaaggacaggctgctc

gaattccagaaattaaccaccgatttcaaaaggttcagtgaacttgctct
ataaaaggtttcctaacaggattcctttaagtgcccagcctcgccagtac
gcctgagaaatgatttgatttagtgctatgtggttaaagcactccatttt
ccagcctagccattaaaagcagggaggcagcctgcaattagcctgttgct
cagtctttctcctctgaagggcaactcagtccccagccctgcacactcat
tgctgagcacctgaactggccatcccctgcctttgctgtaagtcaggggt
ggacagcaccagctatctggccactgattggggccagggcacttttattt
atgtctgatgaaccagcactggcttctatctatgtcagttgcatggttaa
ctttcttcacttctgtctttggggacagtgacactggcctcctccagtta
gggggcaagataaaattgttcaaggcataccgggtgttatataaactctt
attagcactttcaacctgccaatgtgaatcaagttcattgatgaacttct
agtcttctctatagggatggaggatgtccactgctgggcaccatggaaat
ccaaaggaaaccgttatccaatgggggcaggctgaggaagagcatgctta
accagggaggtctgtgagatccatgctgcagcagggaattgtacaaaatc
ctcagctcatcgaagctgcccttccaggaagatcacttctcttcctgggt
gaagagacgctttgtaaagccagatgctattggttggattcagagtcctc
ctcccgtcgggaatagtcactgagaatttactctgtgccgggcaggagct
gggctgagttcagggcaatgtgacctctcatgggtcacattagaggactg
agagagttcctccttcaagggatgcataggcctgcagggattgcgcccta
gagcaggaaagacaggcaaggagagagagggatgtgagctctgggaggtg
gtgggggttaccctgtccacctgaggatcagtcaagactcctgggatgcc
ttgatcagcagggggccaaatcataaggcctcgggcagtctggttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_75691339_75692521
seq2: B6Ng01-291B07.b_47_1243

seq1  GAATTCCTATTCAGTCAAGCGGGAGTGTTCAAGGGCATGCAGATGAGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATTCAGTCAAGCGGGAGTGTTCAAGGGCATGCAGATGAGTGA  50

seq1  CAAGGACTTCCCTTTCTAGGGGTTGGGGTTTGGTTTTTGGGCACTTGCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGACTTCCCTTTCTAGGGGTTGGGGTTTGGTTTTTGGGCACTTGCTT  100

seq1  GGCACTCACGAGACCCTTGGTTTCACAGTTCTGTACTCTAGCAATCCCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTCACGAGACCCTTGGTTTCACAGTTCTGTACTCTAGCAATCCCTG  150

seq1  CACTTGAGAGGCAGAGACAGGAGGATCACAAGGTCAGAATCATCTTCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGAGAGGCAGAGACAGGAGGATCACAAGGTCAGAATCATCTTCTGC  200

seq1  TGTCCAGTGAGAGACTTTATCTCAAACAAACAACACAACAAACGACAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAGTGAGAGACTTTATCTCAAACAAACAACACAACAAACGACAAAA  250

seq1  GTTCTGGTCGGATGGCTCAACGGTTAAGAGCACTCCCTGTTCCTGTAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGGTCGGATGGCTCAACGGTTAAGAGCACTCCCTGTTCCTGTAGAG  300

seq1  GAGACAGATTTGGTTCCTATTACCCATAAGGCCTCCAAGGGCACATACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGATTTGGTTCCTATTACCCATAAGGCCTCCAAGGGCACATACAT  350

seq1  GATTTACATATATATACATACAGGTACACACACACACACACACTAGCCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTACATATATATACATACAGGTACACACACACACACACACTAGCCTA  400

seq1  AGATTATTCTTTATGATATAAAGCCAAATAGTATATTTAGAAGGAATGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTATTCTTTATGATATAAAGCCAAATAGTATATTTAGAAGGAATGGT  450

seq1  GAAATTAAGAAATGATTTGGTAACCTTGATATTAACAACCGTTTCGGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTAAGAAATGATTTGGTAACCTTGATATTAACAACCGTTTCGGGCA  500

seq1  TGAAGCATCAATGGAGACCGTGGGGTAAAAGGCCAAACACTGGTAGCTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCATCAATGGAGACCGTGGGGTAAAAGGCCAAACACTGGTAGCTTC  550

seq1  CAGTGACCTTCCCACAGAACCACACAGGGAAACCCTCGACGATGGAGAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGACCTTCCCACAGAACCACACAGGGAAACCCTCGACGATGGAGAGC  600

seq1  AGGCAGCCCCCCCCCACCCCCCTTTAACCAGGTAACACAATCAACCCAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGCCCCCCCCCACCCCCCTTTAACCAGGTAACACAATCAACCCAGG  650

seq1  AGCCAAGGACAGCACCACCTCCTGGTAGGATGACCAGAACATGAACACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAGGACAGCACCACCTCCTGGTAGGATGACCAGAACATGAACACAT  700

seq1  GCCTGGAGCCAGACCTGGGGACAAGCTGACTACAAAGACATAGGTCCTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGAGCCAGACCTGGGGACAAGCTGACTACAAAGACATAGGTCCTCC  750

seq1  CTGAGCACAGTCAAGGCCATGATTCTCGGAGGCCAGAGACCTGTCCTAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCACAGTCAAGGCCATGATTCTCGGAGGCCAGAGACCTGTCCTAGG  800

seq1  TTAACAGACAGACAGGATCCCTGTGTCTGGG-AAGACTGTAGGACTGCAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTAACAGACAGACAGGATCCCTGTGTCTGGGAAAGACTGTAGGACTGCAG  850

seq1  AGTTTAATGGGTTATAGCACAGATTTAGTGTACCTTAGTGGACAGGACTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAATGGGTTATAGCACAGATTTAGTGTACCTTAGTGGACAGGACTC  900

seq1  AGAGTTCTGATCCTAACC-ATTGTATTGTGGTCATGAAAAAGTCTTTGTC  948
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTCTGATCCTAACCAATTGTATTGTGGTCATGAAAAAGTCTTTGTC  950

seq1  TGACAGGAACAGCC-TGTGAAGTATC-TGGCAGAAAAGGGCCATTG-TTT  995
      |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
seq2  TGACAGGAACAGCCTTGTGAAGTATCTTGGCAGAAAAGGGCCATTGTTTT  1000

seq1  TGGCAATGCAG-TTCACCAATAGACCAGGAAAGAA-TTCAG-ATGAAGGA  1042
      |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||
seq2  TGGCCATGCAGTTTCACAAATAGACCAGGAAAGAATTTCAGTATGGAGGA  1050

seq1  GGGGAGGCG-ACATTAACGG-TCGGTCGGTCGGTA-GTCCAC-GGGAAGG  1088
       ||||| || ||||| |||| ||| ||| ||| || |||||| || ||||
seq2  -GGGAGCCGAACATTTACGGTTCGTTCGTTCGTTAGGTCCACTGGCAAGG  1099

seq1  CGAGA-TGGGATGCCTTTA-TGCTT--CTCACAACTC----TTCTGGGAT  1130
      ||||| ||||||  ||||| |||||  ||| ||||||    | |||||| 
seq2  CGAGATTGGGATTGCTTTATTGCTTTCCTC-CAACTCTCTTTCCTGGGA-  1147

seq1  TTCGTTTGTTTATTTGCTC-TTTAAGACAGGGTCTGGTAAGGCCCAGGCT  1179
      ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||  ||||||
seq2  TTCGTTTGTTTATTTGCTCTTTTAAGAC--GGTCT-GTAAGG-ACAGGCT  1193

seq1  GCTC  1183
      ||||
seq2  GCTC  1197


seq1: chr18_75832863_75833960
seq2: B6Ng01-291B07.g_66_1161 (reverse)

seq1  AAACCAGACTGCCGGAGGCC-TATGATTTGGCCCCCTGCTTGCTCAGTGC  49
      ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| || |||  ||
seq2  AAACCAGACTGCCCGAGGCCTTATGATTTGGCCCCCTGC-TGATCAAGGC  49

seq1  TTCCCAAGAGGTCTTTACTGATTCCTCAAGGTGGACAGGGT-ACCCCCAC  98
       ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  ATCCCAGGA-GTCTTGACTGA-TCCTC-AGGTGGACAGGGTAACCCCCAC  96

seq1  CACCTCCCAGAGCTCACATCCCTCTCTTCTCC-TGCCTGTCTTTCCTGCT  147
      |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
seq2  CACCTCCCAGAGCTCACATCCCTCTC-TCTCCTTGCCTGTCTTTCCTGCT  145

seq1  CTAGGGCGCAATCCCTGCAGGCCTATGCATCCCTTGAAGGAGGAACTCTC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGCGCAATCCCTGCAGGCCTATGCATCCCTTGAAGGAGGAACTCTC  195

seq1  TCAGTCCTCTAATGTGACCCATGAGAGGTCACATTGCCCTGAACTCAGCC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCCTCTAATGTGACCCATGAGAGGTCACATTGCCCTGAACTCAGCC  245

seq1  CAGCTCCTGCCCGGCACAGAGTAAATTCTCAGTGACTATTCCCGACGGGA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCCTGCCCGGCACAGAGTAAATTCTCAGTGACTATTCCCGACGGGA  295

seq1  GGAGGACTCTGAATCCAACCAATAGCATCTGGCTTTACAAAGCGTCTCTT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGACTCTGAATCCAACCAATAGCATCTGGCTTTACAAAGCGTCTCTT  345

seq1  CACCCAGGAAGAGAAGTGATCTTCCTGGAAGGGCAGCTTCGATGAGCTGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAGGAAGAGAAGTGATCTTCCTGGAAGGGCAGCTTCGATGAGCTGA  395

seq1  GGATTTTGTACAATTCCCTGCTGCAGCATGGATCTCACAGACCTCCCTGG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTTGTACAATTCCCTGCTGCAGCATGGATCTCACAGACCTCCCTGG  445

seq1  TTAAGCATGCTCTTCCTCAGCCTGCCCCCATTGGATAACGGTTTCCTTTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCATGCTCTTCCTCAGCCTGCCCCCATTGGATAACGGTTTCCTTTG  495

seq1  GATTTCCATGGTGCCCAGCAGTGGACATCCTCCATCCCTATAGAGAAGAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCCATGGTGCCCAGCAGTGGACATCCTCCATCCCTATAGAGAAGAC  545

seq1  TAGAAGTTCATCAATGAACTTGATTCACATTGGCAGGTTGAAAGTGCTAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGTTCATCAATGAACTTGATTCACATTGGCAGGTTGAAAGTGCTAA  595

seq1  TAAGAGTTTATATAACACCCGGTATGCCTTGAACAATTTTATCTTGCCCC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGTTTATATAACACCCGGTATGCCTTGAACAATTTTATCTTGCCCC  645

seq1  CTAACTGGAGGAGGCCAGTGTCACTGTCCCCAAAGACAGAAGTGAAGAAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTGGAGGAGGCCAGTGTCACTGTCCCCAAAGACAGAAGTGAAGAAA  695

seq1  GTTAACCATGCAACTGACATAGATAGAAGCCAGTGCTGGTTCATCAGACA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACCATGCAACTGACATAGATAGAAGCCAGTGCTGGTTCATCAGACA  745

seq1  TAAATAAAAGTGCCCTGGCCCCAATCAGTGGCCAGATAGCTGGTGCTGTC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAAAGTGCCCTGGCCCCAATCAGTGGCCAGATAGCTGGTGCTGTC  795

seq1  CACCCCTGACTTACAGCAAAGGCAGGGGATGGCCAGTTCAGGTGCTCAGC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCTGACTTACAGCAAAGGCAGGGGATGGCCAGTTCAGGTGCTCAGC  845

seq1  AATGAGTGTGCAGGGCTGGGGACTGAGTTGCCCTTCAGAGGAGAAAGACT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGTGTGCAGGGCTGGGGACTGAGTTGCCCTTCAGAGGAGAAAGACT  895

seq1  GAGCAACAGGCTAATTGCAGGCTGCCTCCCTGCTTTTAATGGCTAGGCTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAACAGGCTAATTGCAGGCTGCCTCCCTGCTTTTAATGGCTAGGCTG  945

seq1  GAAAATGGAGTGCTTTAACCACATAGCACTAAATCAAATCATTTCTCAGG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATGGAGTGCTTTAACCACATAGCACTAAATCAAATCATTTCTCAGG  995

seq1  CGTACTGGCGAGGCTGGGCACTTAAAGGAATCCTGTTAGGAAACCTTTTA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTACTGGCGAGGCTGGGCACTTAAAGGAATCCTGTTAGGAAACCTTTTA  1045

seq1  TAGAGCAAGTTCACTGAACCTTTTGAAATCGGTGGTTAATTTCTGGAATT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCAAGTTCACTGAACCTTTTGAAATCGGTGGTTAATTTCTGGAATT  1095

seq1  C  1098
      |
seq2  C  1096


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |