BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-292D11
Chromosome18 (Build37)
Map Location 58,602,562 - 58,723,373
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc27a6
Upstream gene1700011I03Rik, 4930511M06Rik, 2210409D07Rik, Slc12a2, 9330166H04Rik, Fbn2
Downstream geneIsoc1, Adamts19, A730017C20Rik, 4833446K15Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-292D11.bB6Ng01-292D11.g
ACCGA088911GA088912
length1,1691,137
definitionB6Ng01-292D11.b B6Ng01-292D11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,602,562 - 58,603,735)(58,722,233 - 58,723,373)
sequence
gaattcagtccaggtccacatgcctttagaccagtaggacctaaaagctg
gcaatgccaggcagagccatggacttgtaagctagcccagacttaagtgt
aggaccactcctctgactggatgagaaacacagcaacactgtttaaacat
ctccttggctgtaccaaactaatatgaccagagtgtaggattcccccccc
ccccacaatgacttgacctttatatgctcaaagaattgatcaatctcatt
ataaatgaccctactccttctccagtctctgcctacatcctataaaaagc
ccctagagtctagtgcctaagccaacagctcacaggcagccttctgtctg
tgggacttgtgccatataggagctaacctaatctctggagttctgttttc
tctctcctggaaagctttagtctttctttttataataaaaatatttttta
atttacaataaaaagtttctttctataataaaatctccttggtagactaa
tctatgattccactgcttgtgaatttcttctttgatcatgaaacaaggac
ctggggacactagtcagtggatgatgtatgtgacatgagcagaactaagg
tttagttctcccaaatgagcaagtctgcatcatacccaagacccatgact
ttccagttgtcacatttcaatcgagtaggaaatatgacattttcctatag
ccggcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca
tgtgagtccatgtacttgtatacacataggcacatacactagacaactgt
atcacttgctttcacacatacatatacacacatacacaaatatacataca
caaacaaaaatttgaataaagataaaaaatatacaaatgcaaattaatca
cccacagacgtgaaaaacatgcaggtcagactgaaagcatctgaggaact
ggtgaaaggtcatttactgacatctaagaggatgcatcaacatctgtgat
gattagctgtgttagcttgacacataataaaccaccctgccagagagttc
caaggaatgaactgccccgagtcaagcagtgcctatggcatgtcagtggc
atatttaagttaaatgaactgattgttggaaaagacccaccccactaagt
gaaccattccctgactctg

gaattctctaatacaattctttcagccatggttaaaagtgacaatgggca
ttgaaatcaaagtctgaagcatcagtgtgaggtgaaagagggactggagg
gtggttcgatgttaaaatcttccagaggaacagaattcagttctcagtac
ccatttggcatgtccagctccaagagatctgacaccctctttctggcctc
tgagggtacccacatactcctggggcttaccaacccccaaccttaagtac
aaagaaaatcaatcttgtaagaaaggatacagaatcactagggaattatc
attgtcaattttaacaacatgaaagaggcctgactttgaaagggaattca
gaatactgatatgattttaaataatactgtctatgtttattttattttgt
ggctgttttgcctgcatgtaagtctttgcaccatgtatacccttggtgac
tgtggaggtcaaaagagtgtcctcttggaactagggttagagacaaggct
gtgtgctggaaatatatatgtttcctagaataacattgtttaaacacatt
aatgtacaaaccattgatgcctgccgtactgcagacaccttaacaaagag
gtcaatgtctaccccttctgctgctcactgaaccagccaggcactcatgc
tctgcatagatttctggtcgaaggagctgggatctgtgcttgggagacta
cgctggatgcagatcctgagagtgaagtatgtgagatcatcgcttagcta
ggtctcctgtgatgtttaataaaatccaatgcagaagaaaggctcaatgc
atgtggtttgtttgggtaattggttttgtttgtttgcttgtttgtttctg
aggcagggtcttttcaagaagcatgcacaattttctcccacattcaaggc
ccagcattagggaagaccccaggtgtgaacatgggtagtgacattcctgt
gtgcagccttcaggaccctttagtacaaactgacttctcttcttagtcat
tattgctcctctcagtcatgttttctgagactgtaagtcaatagcaaatt
tcacatgtccttcaacttggcatatgattgcctttgcattgttgccaaaa
ttggttatgttatcctgttaactgtgtgagggcaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_58602562_58603735
seq2: B6Ng01-292D11.b_46_1214

seq1  GAATTCAGTCCAGGTCCACATGCCTTTAGACCAGTAGGACCTAAAAGCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCCAGGTCCACATGCCTTTAGACCAGTAGGACCTAAAAGCTG  50

seq1  GCAATGCCAGGCAGAGCCATGGACTTGTAAGCTAGCCCAGACTTAAGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGCCAGGCAGAGCCATGGACTTGTAAGCTAGCCCAGACTTAAGTGT  100

seq1  AGGACCACTCCTCTGACTGGATGAGAAACACAGCAACACTGTTTAAACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCACTCCTCTGACTGGATGAGAAACACAGCAACACTGTTTAAACAT  150

seq1  CTCCTTGGCTGTACCAAACTAATATGACCAGAGTGTAGGATTCCCCCCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTGGCTGTACCAAACTAATATGACCAGAGTGTAGGATTCCCCCCCC  200

seq1  CCCCACAATGACTTGACCTTTATATGCTCAAAGAATTGATCAATCTCATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACAATGACTTGACCTTTATATGCTCAAAGAATTGATCAATCTCATT  250

seq1  ATAAATGACCCTACTCCTTCTCCAGTCTCTGCCTACATCCTATAAAAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATGACCCTACTCCTTCTCCAGTCTCTGCCTACATCCTATAAAAAGC  300

seq1  CCCTAGAGTCTAGTGCCTAAGCCAACAGCTCACAGGCAGCCTTCTGTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAGAGTCTAGTGCCTAAGCCAACAGCTCACAGGCAGCCTTCTGTCTG  350

seq1  TGGGACTTGTGCCATATAGGAGCTAACCTAATCTCTGGAGTTCTGTTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACTTGTGCCATATAGGAGCTAACCTAATCTCTGGAGTTCTGTTTTC  400

seq1  TCTCTCCTGGAAAGCTTTAGTCTTTCTTTTTATAATAAAAATATTTTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCTGGAAAGCTTTAGTCTTTCTTTTTATAATAAAAATATTTTTTA  450

seq1  ATTTACAATAAAAAGTTTCTTTCTATAATAAAATCTCCTTGGTAGACTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACAATAAAAAGTTTCTTTCTATAATAAAATCTCCTTGGTAGACTAA  500

seq1  TCTATGATTCCACTGCTTGTGAATTTCTTCTTTGATCATGAAACAAGGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGATTCCACTGCTTGTGAATTTCTTCTTTGATCATGAAACAAGGAC  550

seq1  CTGGGGACACTAGTCAGTGGATGATGTATGTGACATGAGCAGAACTAAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGACACTAGTCAGTGGATGATGTATGTGACATGAGCAGAACTAAGG  600

seq1  TTTAGTTCTCCCAAATGAGCAAGTCTGCATCATACCCAAGACCCATGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTTCTCCCAAATGAGCAAGTCTGCATCATACCCAAGACCCATGACT  650

seq1  TTCCAGTTGTCACATTTCAATCGAGTAGGAAATATGACATTTTCCTATAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGTTGTCACATTTCAATCGAGTAGGAAATATGACATTTTCCTATAG  700

seq1  CCGGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA  750

seq1  TGTGAGTCCATGTACTTGTATACACATAGGCACATACACTAGACAACTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGTCCATGTACTTGTATACACATAGGCACATACACTAGACAACTGT  800

seq1  ATCACTTGCTTTCACACATACATATACACACATACACAAATATACATACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTTGCTTTCACACATACATATACACACATACACAAATATACATACA  850

seq1  CAAACAAAAATTTGAATAAAGAT-AAAAATATACAAATGCAAATTAATCA  899
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAAAATTTGAATAAAGATAAAAAATATACAAATGCAAATTAATCA  900

seq1  CCCACAGACGTGAAAAACATGCAGGTCAGACTGAAAGCATCTGAGGAACT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAGACGTGAAAAACATGCAGGTCAGACTGAAAGCATCTGAGGAACT  950

seq1  GGTGAAAGGTCATTTACTGACATCTAAGGAGGATGCATCAACATCTGTGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAAAGGTCATTTACTGACATCTAA-GAGGATGCATCAACATCTGTGA  999

seq1  TGATTAGCTGTGTTAGCTTGACACATATAAAACCACCCTGGCAGAGAG-T  1048
      |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||| |
seq2  TGATTAGCTGTGTTAGCTTGACACATAATAAACCACCCTGCCAGAGAGTT  1049

seq1  CCCAGGGATGGACTG-CCCGAGTCAAGCAGGTTGGCCTATGGGCATGTCA  1097
      || ||| ||| |||| ||||||||||||||    |||||| |||||||||
seq2  CCAAGGAATGAACTGCCCCGAGTCAAGCAG---TGCCTAT-GGCATGTCA  1095

seq1  GTGGGCAATTATTTTAGTTAAATGAACTGA-TGT--GGAAAGACCCA-CC  1143
      || ||||  ||||| ||||||||||||||| |||  | ||||||||| ||
seq2  GT-GGCA--TATTTAAGTTAAATGAACTGATTGTTGGAAAAGACCCACCC  1142

seq1  CACTAAAGGTGGAACCATTCCCTGGGCTCTG  1174
      ||||||  || |||||||||||| | |||||
seq2  CACTAA--GT-GAACCATTCCCT-GACTCTG  1169


seq1: chr18_58722233_58723373
seq2: B6Ng01-292D11.g_65_1201 (reverse)

seq1  CCCTTCCCTCACATGTTAAACAGGATAACATAAACAATTTTTGCAAC-AT  49
      |||| ||||||||   | ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||
seq2  CCCTGCCCTCACACAGTTAACAGGATAACATAACCAATTTTGGCAACAAT  50

seq1  GCAAAGCAAATTCATATGGCAAGTTGGAGGGACATGTGAAAATTTTGCTA  99
      ||||||  || ||||||| |||||| || ||||||||||||  |||||||
seq2  GCAAAGGCAA-TCATATGCCAAGTT-GAAGGACATGTGAAA--TTTGCTA  96

seq1  TTGACTTTACAGTCTCAG-AAACATGACTGAGAGGAGCAATAATGACTTA  148
      ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTGAC-TTACAGTCTCAGAAAACATGACTGAGAGGAGCAATAATGAC-TA  144

seq1  AGAAGGAGAAGTCAGTTTGTACT-AAGGGTCCTGAAGGCTTGCACACAGG  197
      |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGAA-GAGAAGTCAGTTTGTACTAAAGGGTCCTGAAGGC-TGCACACAGG  192

seq1  AATGTCACTTACCCATGTTCACACTTGGGGTCTTCCCTAATGCTGGGCCT  247
      |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCAC-TACCCATGTTCACACCTGGGGTCTTCCCTAATGCTGGGCCT  241

seq1  TGAATGTGGGAGAAAATTGTGCATGCTTCTTG-AAAGACCCTGCCTCAGA  296
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGAATGTGGGAGAAAATTGTGCATGCTTCTTGAAAAGACCCTGCCTCAGA  291

seq1  AACAAACAAGCAAACAAACAAAACCAATTACCCAAACAAACCACATGCAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACAAGCAAACAAACAAAACCAATTACCCAAACAAACCACATGCAT  341

seq1  TGAGCC-TTCTTCTGCATTGGATTTTATTAAACATCACAGGAGACCTAGC  395
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCTTTCTTCTGCATTGGATTTTATTAAACATCACAGGAGACCTAGC  391

seq1  TAAGCGATGATCTCACATACTTCACTCTCAGGATCTGCATCCAGCGTAGT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCGATGATCTCACATACTTCACTCTCAGGATCTGCATCCAGCGTAGT  441

seq1  CTCCCAAGCACAGATCCCAGCTCCTTCGACCAGAAATCTATGCAGAGCAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAAGCACAGATCCCAGCTCCTTCGACCAGAAATCTATGCAGAGCAT  491

seq1  GAGTGCCTGGCTGGTTCAGTGAGCAGCAGAAGGGGTAGACATTGACCTCT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCCTGGCTGGTTCAGTGAGCAGCAGAAGGGGTAGACATTGACCTCT  541

seq1  TTGTTAAGGTGTCTGCAGTACGGCAGGCATCAATGGTTTGTACATTAATG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTAAGGTGTCTGCAGTACGGCAGGCATCAATGGTTTGTACATTAATG  591

seq1  TGTTTAAACAATGTTATTCTAGGAAACATATATATTTCCAGCACACAGCC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAAACAATGTTATTCTAGGAAACATATATATTTCCAGCACACAGCC  641

seq1  TTGTCTCTAACCCTAGTTCCAAGAGGACACTCTTTTGACCTCCACAGTCA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTCTAACCCTAGTTCCAAGAGGACACTCTTTTGACCTCCACAGTCA  691

seq1  CCAAGGGTATACATGGTGCAAAGACTTACATGCAGGCAAAACAGCCACAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGGTATACATGGTGCAAAGACTTACATGCAGGCAAAACAGCCACAA  741

seq1  AATAAAATAAACATAGACAGTATTATTTAAAATCATATCAGTATTCTGAA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAATAAACATAGACAGTATTATTTAAAATCATATCAGTATTCTGAA  791

seq1  TTCCCTTTCAAAGTCAGGCCTCTTTCATGTTGTTAAAATTGACAATGATA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTTCAAAGTCAGGCCTCTTTCATGTTGTTAAAATTGACAATGATA  841

seq1  ATTCCCTAGTGATTCTGTATCCTTTCTTACAAGATTGATTTTCTTTGTAC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCTAGTGATTCTGTATCCTTTCTTACAAGATTGATTTTCTTTGTAC  891

seq1  TTAAGGTTGGGGGTTGGTAAGCCCCAGGAGTATGTGGGTACCCTCAGAGG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGTTGGGGGTTGGTAAGCCCCAGGAGTATGTGGGTACCCTCAGAGG  941

seq1  CCAGAAAGAGGGTGTCAGATCTCTTGGAGCTGGACATGCCAAATGGGTAC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAAGAGGGTGTCAGATCTCTTGGAGCTGGACATGCCAAATGGGTAC  991

seq1  TGAGAACTGAATTCTGTTCCTCTGGAAGATTTTAACATCGAACCACCCTC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAACTGAATTCTGTTCCTCTGGAAGATTTTAACATCGAACCACCCTC  1041

seq1  CAGTCCCTCTTTCACCTCACACTGATGCTTCAGACTTTGATTTCAATGCC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCCTCTTTCACCTCACACTGATGCTTCAGACTTTGATTTCAATGCC  1091

seq1  CATTGTCACTTTTAACCATGGCTGAAAGAATTGTATTAGAGAATTC  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTCACTTTTAACCATGGCTGAAAGAATTGTATTAGAGAATTC  1137


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |