BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-292M16
Chromosome18 (Build37)
Map Location 23,141,063 - 23,292,889
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNol4, LOC100040579
Upstream gene4921528I01Rik, LOC546708, LOC100040547, Asxl3
Downstream geneLOC665797, Dtna, Mapre2, EG665813, LOC100040623, Zfp397, C230097I24Rik, Zfp35, Zfp191, D030070L09Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-292M16.bB6Ng01-292M16.g
ACCGA089338GA089339
length1,1281,142
definitionB6Ng01-292M16.b B6Ng01-292M16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,141,063 - 23,142,182)(23,291,766 - 23,292,889)
sequence
gaattcaatcacttcctactcaaacatctctgaaactgggtatagaagga
gaatacctcagcatctgaaaactatctatgatgatctcttagctgacacc
ataatgaagggaacagataagctcattctctgcgtcaaggatgcccactt
tcacagctcttattcaataaaatacattcaataaaatatatatttttaaa
ttatgtgtacatacaggatgggaaaggtatgtgcacatgagtgcaggtgt
tcaaggcaatataaaaagggtgttggatcccctggagctggactcactga
cagttgtgagctgtccgctatggttgctgggaaccaaactcagtatgctt
ttatttactgagctatctctctagtcccagaacttgaaattatagccaat
gagataaggcaagaaaaataagtaaaagggacacaattgagtattgaagt
taatgttttcagatggttccaagcaactcaaaaaaaaaaaaaaaaagata
aagattctacccaaatctgctaaattcaaattataataatccaaaaatta
atatatgaaagttagaaatttctttcttaataatgaaaataatgactcca
ctgagaaagaaatgaatggagtatatatctaaggaaatgaaagacatcat
ttagtagaactacccagatagccatgcatatggtatcaccattcacaaca
gccaggtcatgagataagtctggatcaatggaaggctgaatacataaact
gtgttatatagttacatgaaatattgccccatcataaataacagtgaaac
tttgtcatatgctgaaaaatgaatatgcctccatgttaagtaatataagc
catagttagactagcattgcatgtttttcttgcataagtggaatccaagg
aaaaaaaaaagtgggattaacttagaagccacactctaagaattgaatta
atttagagagggagaaggaaagagatgataattggaataaatgtgataga
agtttagcatataattaataaaaggtgatgccaattgaaatccattattc
tgtacaattgactttgtgtattaaaatattatagaacagagaaagatgag
catctcattcacacagaatagctatgta
gaattctttcagagagtgggatgggaggaggatggcaggaaaggcttcca
atttgtaaagggagtctttcttcaagtctcacatagcatacaagttgagc
tgggatctgaagtggcccacagtactcaaagcacacgttctcctagctcc
ctttttacacagcacaactagtattgccatccctctgttgagtattgtga
tttcttttcctcctttggtctttaagagtgttagagacagttgactgtca
ggaagagcctgtgctttcagctgccagcaaagcaaacattactgccattt
ggtttgataaagcttcatgtgtgtacaaaagtgttaccagtatgcagaga
tctttgctcatgaatcactgtactccttgtctgtcatgtgaatactacaa
aggaaaaaaggaggatattctgtgtctccaacatgtgtctctgtgaggct
gaactcataactggaggaattgtgtatggtatgtgtttgcagctataaat
atcaatgtcattccaggagtgtctcctgataacctctcatctgtacctgt
cagagagcattcttaggaaccctagagcaaggagagcaacagaagagaaa
atgtcagggaagatgttcccctgtggtgaaatttgatgccagtaaagaca
aggtccaagaaagcagccctaatgaaaaagcacatggttaaatactttct
tcttcaacacaaattgatagaagtgttgtaggcaaatggtggtgggtgga
catctcggtgacaacagtgctaaaacaggcatggtaaaaacagaagacag
cagagaaaagtttattatctgcagcagctaaggatgttatttgccaagca
agactctcctctgtgaacaaagggaacctggccacattttgtagaataat
taagcccaagatcatgattagaatctcatgtgtgaagaatgaaaatgaaa
ggcaagaagtgcccttgccctctgtggtctccgacttcctgacttactcc
tttgtaatctgtgttactgtgtaacaggagcaactattgtgcatgggttg
caatgtccacatggcttatagggtcataatggaccaggaaccttgaatcc
tttcagaagagtgggatgggaaagggaagtaatggcaggaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_23141063_23142182
seq2: B6Ng01-292M16.b_52_1179

seq1  GAATTCAATCACTTCCTACTCAAACATCTCTGAAACTGGGTATAGAAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATCACTTCCTACTCAAACATCTCTGAAACTGGGTATAGAAGGA  50

seq1  GAATACCTCAGCATCTGAAAACTATCTATGATGATCTCTTAGCTGACACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACCTCAGCATCTGAAAACTATCTATGATGATCTCTTAGCTGACACC  100

seq1  ATAATGAAGGGAACAGATAAGCTCATTCTCTGCGTCAAGGATGCCCACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGAAGGGAACAGATAAGCTCATTCTCTGCGTCAAGGATGCCCACTT  150

seq1  TCACAGCTCTTATTCAATAAAATACATTCAATAAAATATATATTTTTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGCTCTTATTCAATAAAATACATTCAATAAAATATATATTTTTAAA  200

seq1  TTATGTGTACATACAGGATGGGAAAGGTATGTGCACATGAGTGCAGGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTGTACATACAGGATGGGAAAGGTATGTGCACATGAGTGCAGGTGT  250

seq1  TCAAGGCAATATAAAAAGGGTGTTGGATCCCCTGGAGCTGGACTCACTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGCAATATAAAAAGGGTGTTGGATCCCCTGGAGCTGGACTCACTGA  300

seq1  CAGTTGTGAGCTGTCCGCTATGGTTGCTGGGAACCAAACTCAGTATGCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGTGAGCTGTCCGCTATGGTTGCTGGGAACCAAACTCAGTATGCTT  350

seq1  TTATTTACTGAGCTATCTCTCTAGTCCCAGAACTTGAAATTATAGCCAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTACTGAGCTATCTCTCTAGTCCCAGAACTTGAAATTATAGCCAAT  400

seq1  GAGATAAGGCAAGAAAAATAAGTAAAAGGGACACAATTGAGTATTGAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAAGGCAAGAAAAATAAGTAAAAGGGACACAATTGAGTATTGAAGT  450

seq1  TAATGTTTTCAGATGGTTCCAAGCAACTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTTTTCAGATGGTTCCAAGCAACTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGATA  500

seq1  AAGATTCTACCCAAATCTGCTAAATTCAAATTATAATAATCCAAAAATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTCTACCCAAATCTGCTAAATTCAAATTATAATAATCCAAAAATTA  550

seq1  ATATATGAAAGTTAGAAATTTCTTTCTTAATAATGAAAATAATGACTCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGAAAGTTAGAAATTTCTTTCTTAATAATGAAAATAATGACTCCA  600

seq1  CTGAGAAAGAAATGAATGGAGTATATATCTAAGGAAATGAAAGACATCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAAAGAAATGAATGGAGTATATATCTAAGGAAATGAAAGACATCAT  650

seq1  TTAGTAGAACTACCCAGATAGCCATGCATATGGTATCACCATTCACAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTAGAACTACCCAGATAGCCATGCATATGGTATCACCATTCACAACA  700

seq1  GCCAGGTCATGAGATAAGTCTGGATCAATGGAAGGCTGAATACATAAACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGTCATGAGATAAGTCTGGATCAATGGAAGGCTGAATACATAAACT  750

seq1  GTGTTATATAGTTACATGAAATATTGCCCCATCATAAATAACAGTGAAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTATATAGTTACATGAAATATTGCCCCATCATAAATAACAGTGAAAC  800

seq1  TTTGTCATATGCTGAAAAATGAATATGCCTCCATGTTAAGTAATATAAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCATATGCTGAAAAATGAATATGCCTCCATGTTAAGTAATATAAGC  850

seq1  CATAGTTAGACTAGCATTGCATG-TTTTCTTGCATAAGTGGAATCC-AGG  898
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
seq2  CATAGTTAGACTAGCATTGCATGTTTTTCTTGCATAAGTGGAATCCAAGG  900

seq1  AAAAAAAAAAGTGGGATTAACTTAGAAGCCACACTCTAAGAA-TGAA-TA  946
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
seq2  AAAAAAAAAAGTGGGATTAACTTAGAAGCCACACTCTAAGAATTGAATTA  950

seq1  ATTTAGAGAGGGAGAAGGAAAGAGATGATAA-TGGAATAAATGTGATAGA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGAGAGGGAGAAGGAAAGAGATGATAATTGGAATAAATGTGATAGA  1000

seq1  AGTTTAGCATATA--TTATAAAA-GTGATGC--AATGAAATCCATTATTC  1040
      |||||||||||||  | |||||| |||||||  | |||||||||||||||
seq2  AGTTTAGCATATAATTAATAAAAGGTGATGCCAATTGAAATCCATTATTC  1050

seq1  TGTACAATTGACTTGTGGTAATAAAATA-TATAG-ACAGAGGAAAGAAGG  1088
      ||||||||||||||   ||| ||||||| ||||| ||||| |||||| | 
seq2  TGTACAATTGACTTTGTGTATTAAAATATTATAGAACAGA-GAAAGATG-  1098

seq1  AGGCATCTCAATCACACAGATAAGCCTATGTA  1120
        |||||||| |||||||||  || |||||||
seq2  -AGCATCTCATTCACACAGAATAG-CTATGTA  1128

seq1: chr18_23291766_23292889
seq2: B6Ng01-292M16.g_67_1208 (reverse)

seq1  TTTCCTGCCAT--CCTCC---TCCCATCCCACTC-TCTGAAAGAATTCA-  43
      |||||||||||  | |||   ||||||||||||| |||||||| ||||| 
seq2  TTTCCTGCCATTACTTCCCTTTCCCATCCCACTCTTCTGAAAGGATTCAA  50

seq1  -GTT-CTGGTCCATTATGAACCTATTAACCATGTGAACA-TGCAA-CCAT  89
       ||| |||||||||||||| ||||| | ||||||| ||| ||||| ||||
seq2  GGTTCCTGGTCCATTATGACCCTATAAGCCATGTGGACATTGCAACCCAT  100

seq1  GCAC-ATAGGTGCTCCTG-TACACAGTAACACAGA-TACAAAGGAGTAAG  136
      |||| |||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GCACAATAGTTGCTCCTGTTACACAGTAACACAGATTACAAAGGAGTAAG  150

seq1  TCAGGAAGTCGGAGACCACAGAAGGCAAAGGCAC-TCTTGCCTTTCATTC  185
      |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| 
seq2  TCAGGAAGTCGGAGACCACAGAGGGCAAGGGCACTTCTTGCCTTTCATTT  200

seq1  TCA-TCTTCACACATG-GATTCTAATCATGATCTTGGGC-TAATTATTCT  232
      ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCATTCTTCACACATGAGATTCTAATCATGATCTTGGGCTTAATTATTCT  250

seq1  ACAAAATGTGGCCAGGTTCCCTTTGTTCACAGAGGAGAGTCTTGCTTGGC  282
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATGTGGCCAGGTTCCCTTTGTTCACAGAGGAGAGTCTTGCTTGGC  300

seq1  AAATAACATCCTTAGCTGCTGCAGATAATAAACTTTTCTCTGCTGTCTTC  332
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAACATCCTTAGCTGCTGCAGATAATAAACTTTTCTCTGCTGTCTTC  350

seq1  TGTTTTTACCATGCCTGTTTTAGCACTGTTGTCACCGAGATGTCCACCCA  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTACCATGCCTGTTTTAGCACTGTTGTCACCGAGATGTCCACCCA  400

seq1  CCACCATTTGCCTACAACACTTCTATCAATTTGTGTTGAAGAAGAAAGTA  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCATTTGCCTACAACACTTCTATCAATTTGTGTTGAAGAAGAAAGTA  450

seq1  TTTAACCATGTGCTTTTTCATTAGGGCTGCTTTCTTGGACCTTGTCTTTA  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACCATGTGCTTTTTCATTAGGGCTGCTTTCTTGGACCTTGTCTTTA  500

seq1  CTGGCATCAAATTTCACCACAGGGGAACATCTTCCCTGACATTTTCTCTT  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCATCAAATTTCACCACAGGGGAACATCTTCCCTGACATTTTCTCTT  550

seq1  CTGTTGCTCTCCTTGCTCTAGGGTTCCTAAGAATGCTCTCTGACAGGTAC  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGCTCTCCTTGCTCTAGGGTTCCTAAGAATGCTCTCTGACAGGTAC  600

seq1  AGATGAGAGGTTATCAGGAGACACTCCTGGAATGACATTGATATTTATAG  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAGAGGTTATCAGGAGACACTCCTGGAATGACATTGATATTTATAG  650

seq1  CTGCAAACACATACCATACACAATTCCTCCAGTTATGAGTTCAGCCTCAC  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAACACATACCATACACAATTCCTCCAGTTATGAGTTCAGCCTCAC  700

seq1  AGAGACACATGTTGGAGACACAGAATATCCTCCTTTTTTCCTTTGTAGTA  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACACATGTTGGAGACACAGAATATCCTCCTTTTTTCCTTTGTAGTA  750

seq1  TTCACATGACAGACAAGGAGTACAGTGATTCATGAGCAAAGATCTCTGCA  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATGACAGACAAGGAGTACAGTGATTCATGAGCAAAGATCTCTGCA  800

seq1  TACTGGTAACACTTTTGTACACACATGAAGCTTTATCAAACCAAATGGCA  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGTAACACTTTTGTACACACATGAAGCTTTATCAAACCAAATGGCA  850

seq1  GTAATGTTTGCTTTGCTGGCAGCTGAAAGCACAGGCTCTTCCTGACAGTC  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGTTTGCTTTGCTGGCAGCTGAAAGCACAGGCTCTTCCTGACAGTC  900

seq1  AACTGTCTCTAACACTCTTAAAGACCAAAGGAGGAAAAGAAATCACAATA  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTCTCTAACACTCTTAAAGACCAAAGGAGGAAAAGAAATCACAATA  950

seq1  CTCAACAGAGGGATGGCAATACTAGTTGTGCTGTGTAAAAAGGGAGCTAG  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACAGAGGGATGGCAATACTAGTTGTGCTGTGTAAAAAGGGAGCTAG  1000

seq1  GAGAACGTGTGCTTTGAGTACTGTGGGCCACTTCAGATCCCAGCTCAACT  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACGTGTGCTTTGAGTACTGTGGGCCACTTCAGATCCCAGCTCAACT  1050

seq1  TGTATGCTATGTGAGACTTGAAGAAAGACTCCCTTTACAAATTGGAAGCC  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGCTATGTGAGACTTGAAGAAAGACTCCCTTTACAAATTGGAAGCC  1100

seq1  TTTCCTGCCATCCTCCTCCCATCCCACTCTCTGAAAGAATTC  1124
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGCCATCCTCCTCCCATCCCACTCTCTGAAAGAATTC  1142