BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-298G22
Chromosome18 (Build37)
Map Location 85,754,957 - 85,963,024
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665382
Upstream geneZfp407, Cndp1, EG640234, Cndp2, LOC100039711, LOC100039725, B230399E16Rik, Cyb5, Fbxo15, 1700034H14Rik, LOC100039765
Downstream geneLOC545269, LOC545270, LOC665402, Neto1, Cbln2, LOC100039872, LOC100039881, LOC665437
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-298G22.bB6Ng01-298G22.g
ACCGA093538GA093539
length1,1641,165
definitionB6Ng01-298G22.b B6Ng01-298G22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,961,847 - 85,963,024)(85,754,957 - 85,756,130)
sequence
gaattcctaacaatcagtttgagaagtaacaattcaggagaattaccctt
gtgattgaaaaagagaggaatacaaatacctgcacaccaaacacattgtg
ctctttcactcattctttacaagatcatttacaggctctcagaatcccaa
gacagagatgatacaagtatacaagcaagaacattgatagtagtgaaaaa
agatacagtaaaatttatggtaaatgtctgttaatgatgtgtttgagtgg
gactataaacagaggaaaataaattgaattaagagaagaggtattgtgtt
tgacaataattgcatatcaaacttctagagagagaaatgacatgatttta
cataaaaatcagtattacttctatgcacagactttgcatacagaaaatca
agttgtcattttgttaaatgataatatgttcttaaataactcagtgatta
tgaacaaagaaacacatgcatgcataatacgtgcatgtacagacgcaagc
acatgtgaacaaatgcatgaacatatacatatgcacacagatgtacatgt
acaaagcgaaaaataaaatacaatttctcacttttttcttatgtgttttc
tatcaataaataatgcctgtgctcatattatgactgtttcaggaagtcaa
atttagatgctagcattcttttatcaatacattttattgtgtaggtttct
caggagggattttgatgaaaattaagagagggctgtgaatgatagaaact
caggatgaaaggaaagacttgagcatcattgatccatgcagtataactat
aaatttctcatgaattacctaagtacatatcaggtttctcttggtcttgg
tcagagacacttcttttggatctaatcagaaaagtggaggctaataactg
gctaaatgatgagaattaatgatggttagtggccagacctaaagagaaca
tctctatcaactcctacaaagctcacagaatattgtagagagggtatgga
ggaatgtaagagctggatatgcacaggagtgttgtgaatgctatctctgg
gcactacattatcattgtgttcatggaggttaacattcacagacttgcca
caagatagctattgatatctagtgtaatgaagcattctgagatacattct
agccgtagaaaaca
gaattccctagtcctattggttctattgtccactctaatcagctccctaa
agagtgttgttttgaagtcttgtggtcctgtttctaatttcctggcctat
atttacttccacatggatacatatatttaagagtttaaggcttgttgctg
ggggagaatatattgtatttgtctttctgaggtttgatcaccttgcttac
tatgttttccagtcccatccatctttctgcaagttcaaaatttcatcttt
atgactgaaaaaaaattacaatgtaaatatgcaccatgtttttagtacct
attgttctgttgataagcatcaatactggtgacaaatataggcaagggca
tggggaaagaggaacatttaatctctatcagtggatgtacacttgtacag
taattgtcaaaattagcgtggagaatccttaactacatgaaaatggaacc
accatttgactcagcaatgttgcttcttggcacatatttaaaatattcta
cattatattacagagttatatgtacaactatgattatggctgccatagtt
aacaatcagaagaaaatgatataaatgcattcctttgtaaaaggtacaaa
actactttgaataaagaaagtatctctcagcatgtttgcaaatactctct
gactaaaactgtgcaccattttagtagaatgcagtgtcatgagaatggca
ggttagggatcgacttagctcatgttatggaggagaacataagatacaga
tactatccagaggaagaaacttttatggaaggttcaaccatttactcagt
atttttctatgtaatgtaaagtgctgcaactaggatgtcaaggtttgtct
ttttagtgtacaggacagtgccaattgagcattatttagtaatgccatga
aatatgctctataaagaaaaaaatttaagttatggggtaattcaatagtg
gctttctgaataaatttcattattgatttatatctgttttaagtttagat
ttcatgtactgataccatttggagaccagacttatcatgcatcatgagat
gagcttatacatgtagcacttttataggcatgaaatgaagttagaaataa
aatcagctactcagttatggcctattgccagctagaatattttttaagtg
tggtgttttaactac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_85961847_85963024
seq2: B6Ng01-298G22.b_47_1210 (reverse)

seq1  TGTTTTCTA--GCTAGGAATGTATCTTCAGGAATGCTTTCCCATCTACAC  48
      |||||||||  |||| ||||||||| ||| ||||||||   ||| |||||
seq2  TGTTTTCTACGGCTA-GAATGTATC-TCA-GAATGCTT---CAT-TACAC  43

seq1  TAGAATTATCAATAGCTTAATCTTGT-GCAAGTCTTGTGGATTGTAA-CT  96
      ||||  |||||||||||  ||||||| ||||||| |||| ||  ||| ||
seq2  TAGA--TATCAATAGCT--ATCTTGTGGCAAGTC-TGTGAATGTTAACCT  88

seq1  TCATGAACACAATGATAATGTAGTGCCCAGAGGATAGCATTTCACAACAC  146
       |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
seq2  CCATGAACACAATGATAATGTAGTGCCCAGA-GATAGCA-TTCACAACAC  136

seq1  TCCTGTGCATTATCCAGCTCTTACATTCCTCCCATACCCTCTTCTACAAT  196
      ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  TCCTGTGCA-TATCCAGCTCTTACATTCCT-CCATACCCTC-TCTACAAT  183

seq1  ATTCTGTGAGCTTTGTAGGAGTTGATAGAGATGTTCTCTTTAGGTCTGGC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTGAGCTTTGTAGGAGTTGATAGAGATGTTCTCTTTAGGTCTGGC  233

seq1  CACTAACCATCATTAATTCTCATCATTTAGCCAGTTATTAGCCTCCACTT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAACCATCATTAATTCTCATCATTTAGCCAGTTATTAGCCTCCACTT  283

seq1  TTCTGATTAGATCCAAAAGAAGTGTCTCTGACCAAGACCAAGAGAAACCC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTCTGATTAGATCCAAAAGAAGTGTCTCTGACCAAGACCAAGAGAAA-CC  332

seq1  TGATATGTACTTAGGTAATTCATGAGAAATTTATAGTTATACTGCATGGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATGTACTTAGGTAATTCATGAGAAATTTATAGTTATACTGCATGGA  382

seq1  TCAATGATGCTCAAGTCTTTCCTTTCATCCTGAGTTTCTATCATTCACAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGATGCTCAAGTCTTTCCTTTCATCCTGAGTTTCTATCATTCACAG  432

seq1  CCCTCTCTTAATTTTCATCAAAATCCCTCCTGAGAAACCTACACAATAAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTCTTAATTTTCATCAAAATCCCTCCTGAGAAACCTACACAATAAA  482

seq1  ATGTATTGATAAAAGAATGCTAGCATCTAAATTTGACTTCCTGAAACAGT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTGATAAAAGAATGCTAGCATCTAAATTTGACTTCCTGAAACAGT  532

seq1  CATAATATGAGCACAGGCATTATTTATTGATAGAAAACACATAAGAAAAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATATGAGCACAGGCATTATTTATTGATAGAAAACACATAAGAAAAA  582

seq1  AGTGAGAAATTGTATTTTATTTTTCGCTTTGTACATGTACATCTGTGTGC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGAAATTGTATTTTATTTTTCGCTTTGTACATGTACATCTGTGTGC  632

seq1  ATATGTATATGTTCATGCATTTGTTCACATGTGCTTGCGTCTGTACATGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATATGTTCATGCATTTGTTCACATGTGCTTGCGTCTGTACATGC  682

seq1  ACGTATTATGCATGCATGTGTTTCTTTGTTCATAATCACTGAGTTATTTA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTATTATGCATGCATGTGTTTCTTTGTTCATAATCACTGAGTTATTTA  732

seq1  AGAACATATTATCATTTAACAAAATGACAACTTGATTTTCTGTATGCAAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACATATTATCATTTAACAAAATGACAACTTGATTTTCTGTATGCAAA  782

seq1  GTCTGTGCATAGAAGTAATACTGATTTTTATGTAAAATCATGTCATTTCT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTGCATAGAAGTAATACTGATTTTTATGTAAAATCATGTCATTTCT  832

seq1  CTCTCTAGAAGTTTGATATGCAATTATTGTCAAACACAATACCTCTTCTC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTAGAAGTTTGATATGCAATTATTGTCAAACACAATACCTCTTCTC  882

seq1  TTAATTCAATTTATTTTCCTCTGTTTATAGTCCCACTCAAACACATCATT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCAATTTATTTTCCTCTGTTTATAGTCCCACTCAAACACATCATT  932

seq1  AACAGACATTTACCATAAATTTTACTGTATCTTTTTTCACTACTATCAAT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGACATTTACCATAAATTTTACTGTATCTTTTTTCACTACTATCAAT  982

seq1  GTTCTTGCTTGTATACTTGTATCATCTCTGTCTTGGGATTCTGAGAGCCT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTGCTTGTATACTTGTATCATCTCTGTCTTGGGATTCTGAGAGCCT  1032

seq1  GTAAATGATCTTGTAAAGAATGAGTGAAAGAGCACAATGTGTTTGGTGTG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATGATCTTGTAAAGAATGAGTGAAAGAGCACAATGTGTTTGGTGTG  1082

seq1  CAGGTATTTGTATTCCTCTCTTTTTCAATCACAAGGGTAATTCTCCTGAA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTATTTGTATTCCTCTCTTTTTCAATCACAAGGGTAATTCTCCTGAA  1132

seq1  TTGTTACTTCTCAAACTGATTGTTAGGAATTC  1178
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTACTTCTCAAACTGATTGTTAGGAATTC  1164

seq1: chr18_85754957_85756130
seq2: B6Ng01-298G22.g_64_1228

seq1  GAATTCCCTAGTCCTATTGGTTCTATTGTCCACTCTAATCAGCTCCCTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTAGTCCTATTGGTTCTATTGTCCACTCTAATCAGCTCCCTAA  50

seq1  AGAGTGTTGTTTTGAAGTCTTGTGGTCCTGTTTCTAATTTCCTGGCCTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGTTGTTTTGAAGTCTTGTGGTCCTGTTTCTAATTTCCTGGCCTAT  100

seq1  ATTTACTTCCACATGGATACATATATTTAAGAGTTTAAGGCTTGTTGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACTTCCACATGGATACATATATTTAAGAGTTTAAGGCTTGTTGCTG  150

seq1  GGGGAGAATATATTGTATTTGTCTTTCTGAGGTTTGATCACCTTGCTTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGAATATATTGTATTTGTCTTTCTGAGGTTTGATCACCTTGCTTAC  200

seq1  TATGTTTTCCAGTCCCATCCATCTTTCTGCAAGTTCAAAATTTCATCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTTTCCAGTCCCATCCATCTTTCTGCAAGTTCAAAATTTCATCTTT  250

seq1  ATGACTGAAAAAAAATTACAATGTAAATATGCACCATGTTTTTAGTACCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTGAAAAAAAATTACAATGTAAATATGCACCATGTTTTTAGTACCT  300

seq1  ATTGTTCTGTTGATAAGCATCAATACTGGTGACAAATATAGGCAAGGGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTCTGTTGATAAGCATCAATACTGGTGACAAATATAGGCAAGGGCA  350

seq1  TGGGGAAAGAGGAACATTTAATCTCTATCAGTGGATGTACACTTGTACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAAAGAGGAACATTTAATCTCTATCAGTGGATGTACACTTGTACAG  400

seq1  TAATTGTCAAAATTAGCGTGGAGAATCCTTAACTACATGAAAATGGAACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTCAAAATTAGCGTGGAGAATCCTTAACTACATGAAAATGGAACC  450

seq1  ACCATTTGACTCAGCAATGTTGCTTCTTGGCACATATTTAAAATATTCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTTGACTCAGCAATGTTGCTTCTTGGCACATATTTAAAATATTCTA  500

seq1  CATTATATTACAGAGTTATATGTACAACTATGATTATGGCTGCCATAGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATATTACAGAGTTATATGTACAACTATGATTATGGCTGCCATAGTT  550

seq1  AACAATCAGAAGAAAATGATATAAATGCATTCCTTTGTAAAAGGTACAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATCAGAAGAAAATGATATAAATGCATTCCTTTGTAAAAGGTACAAA  600

seq1  ACTACTTTGAATAAAGAAAGTATCTCTCAGCATGTTTGCAAATACTCTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTTTGAATAAAGAAAGTATCTCTCAGCATGTTTGCAAATACTCTCT  650

seq1  GACTAAAACTGTGCACCATTTTAGTAGAATGCAGTGTCATGAGAATGGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAAAACTGTGCACCATTTTAGTAGAATGCAGTGTCATGAGAATGGCA  700

seq1  GGTTAGGGATCGACTTAGCTCATGTTATGGAGGAGAACATAAGATACAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGGGATCGACTTAGCTCATGTTATGGAGGAGAACATAAGATACAGA  750

seq1  TACTATCCAGAGGAAGAAACTTTTATGGAAGGTTCAACCATTTACTCAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATCCAGAGGAAGAAACTTTTATGGAAGGTTCAACCATTTACTCAGT  800

seq1  ATTTTTCTATGTAATGTAAAGTGCTGCAAACTAGGATGTCAAGGTTTGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCTATGTAATGTAAAGTGCTGC-AACTAGGATGTCAAGGTTTGTC  849

seq1  TTTTTAGTGTACAGGACAGTGCCAATTGAGCATTATTTAGTAATGCCATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAGTGTACAGGACAGTGCCAATTGAGCATTATTTAGTAATGCCATG  899

seq1  AAATATGCTCTATAAAGAAAAAAA-TTAAGTTAAGGGGTAATTCAATAGT  949
      |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAATATGCTCTATAAAGAAAAAAATTTAAGTTATGGGGTAATTCAATAGT  949

seq1  GGC-TTCTGAATAAATTTCATTATTTGATTTAATATTCTGTTTTAAAGTT  998
      ||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||   |
seq2  GGCTTTCTGAATAAATTTCATTA-TTGATTT-ATA-TCTGTTTTAA--GT  994

seq1  TTAGAATTTCCATGTACTGGATACCATTTGGAGGACCCAGAACTTTAATT  1048
      |||||  || |||||||| ||||||||||||||   |||| ||||    |
seq2  TTAGA--TTTCATGTACT-GATACCATTTGGAG--ACCAG-ACTT---AT  1035

seq1  CATGCCAATCATGAGATGAGCTTATACATTGTAGCAC-TTTATAGGGAAA  1097
      |||||  ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||   |
seq2  CATGC--ATCATGAGATGAGCTTATACA-TGTAGCACTTTTATAGG--CA  1080

seq1  TGAAATG-AGGTAGAAAT-AAATCAGCTAACTCAGTTATGG-CTAT--GC  1142
      ||||||| || ||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||   |
seq2  TGAAATGAAGTTAGAAATAAAATCAGCT-ACTCAGTTATGGCCTATTGCC  1129

seq1  AGCTAG-ATATTTTTAAAATGTGG---TTTAACTAC  1174
      |||||| |||||||| || |||||   |||||||||
seq2  AGCTAGAATATTTTTTAAGTGTGGTGTTTTAACTAC  1165