BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-323M19
Chromosome18 (Build37)
Map Location 57,112,559 - 57,253,014
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC330018D20Rik
Upstream geneLOC100043099, LOC629057, LOC100043104, LOC676543, LOC667432, Gramd3, LOC667458, Aldh7a1, Rnuxa, 1700065I17Rik, LOC675171, Lmnb1, March3
Downstream geneMegf10, LOC672445, Prrc1, 1700011I03Rik, 4930511M06Rik, 2210409D07Rik, Slc12a2, 9330166H04Rik, Fbn2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-323M19.bB6Ng01-323M19.g
ACCGA112284GA112285
length1,2171,176
definitionB6Ng01-323M19.b B6Ng01-323M19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,112,559 - 57,113,756)(57,251,837 - 57,253,014)
sequence
gaattcctaagctaagattcctaagcttggggcttctttcttttatcagt
ctaacctcttgcttccatagccacgtcttcctttcttttctgcagtcaaa
cttcctgtctccctcttacatagacatgagattaaatgtgggtaatagga
tttctccatgctgagatgcgccacactttcaaattccttctcactataag
tgacatgcctgagtctgggaacaaggacccaagtatcttggagaatattc
agtttatggcagcaccaattcccttgtttcaaccctgaagtctcttcagt
ccctgtcttaaatctcttgatatttcaaactatcggtactttaggaaaaa
gcgcatcttctgaggagacaaatgtatgtctttgtcaagtgcttttcctt
cttgaatgcaagcccctgggagaaggatctctggctatctggtttggtgt
gctagcgccagtgcttataacagtgcgggtgctatcaaatcacagctatc
acataacagaaagtggataagatcctaccttttccagttctgtcatctct
taccccatccctggtgacttcctctacttttgtgtgtaaagatgggcata
ctccaggtaaatgctcctaatatgccaaatggatgaaattccaaccatac
cctgtagctcttaagtctgtaccccaaacctagacccgtggtttgcactt
tggattgtaatctgttcctggatgtcccacagtatggcatattaaccatg
tgtcattttctctagccatcaaacacaaccaaagtccaactttcttatcc
accctctgtctcaggaataagtaccttgttttattcaacaaccaaagcaa
aggcactggccatccactgagccctcacagctgtctcccaaacctctcta
tcactaccttccccaaaatccaatcagccatgaatttcagtcaccctgtc
ttaaattcttgctaatgcacttaccaccctgactctcttgagttttgatg
aacataccaaaatgaacacacttcttaaatgttttgcatggatacccagg
taactgaatcccttatttcctaactctgctcatcctcctggatggcatgg
gacagggactatgattatggtcttgcatgaaatgacccttggtttaccca
caacccaactggcccaaggaacttactttgttcgccaagttgagcttatc
tctcatagtttttagcg
gaattcatatcctgtagacataatccattactgagagaaccagacaagga
cagcggaatgtaatttctatttcctcaccggccattgtcatgccaagaga
catttacataggtcatttgtatagacacagcttcactggcttcattcaag
agaggggctacaggtcataaatccaaaactgaagggggatacatagcctg
cacaaagttaaggggaaactgggtacacttgggaattagaattgtgccag
gaagtgcatcctgggggtaagggcatggcttgaggagccaggaaattcat
cacggtcttgcttcttgttgtaagtctgggtgagtcagttaacttctctg
tgtgtgcttcctacctgttacatggtaatcacggaactaatggttggaat
gaacctgagtaggagtatgcagtgcctggcacttgacaggctctcagtgc
tgtgatgatgatgatgacgacgatgacgatgatggagggacagacagagg
acgatggagggaccgactgactgagtgagtgaaataagatcctagggcac
tggagagatagcctagccattgaagtgcttccctggcacacaagaggatc
agagttcccatctccagagtctatacacaggccaggtggagaatgatcca
gacataaggatctgagagttagaagtaagtgattgttgaactacttgaca
cagatccaatgctgtcttcatcaagaaggcaatgggaggtgtgccaccaa
gacggctccatgggtaaaggtgcttgcaggaagtctgatgacctgagttt
gttccttgagatctacaggagataaaagactaggaaaatgttgtaatgaa
aaatggctataactcgggtatgatggcacacgcctcgaaccccagcacac
aggagcagaggtgggtgaatctctgagtttaaaggctagcctggtttaca
aggagagttccaggacagccagagattcacagaagaaaccctgtctcaac
aaagtgtgtgctgtagtgggtatgcagaagcacgccttaatttctaaact
tagaggcaagagcagtcaatctctatgagttaagccaactggactataag
gataggtaaaatatattttcttcaaaattaaatggttttatcccaaagaa
atggctttgtttgcaagcggcagctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_57112559_57113756
seq2: B6Ng01-323M19.b_46_1262

seq1  GAATTCCTAAGCTAAGATTCCTAAGCTTGGGGCTTCTTTCTTTTATCAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAAGCTAAGATTCCTAAGCTTGGGGCTTCTTTCTTTTATCAGT  50

seq1  CTAACCTCTTGCTTCCATAGCCACGTCTTCCTTTCTTTTCTGCAGTCAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACCTCTTGCTTCCATAGCCACGTCTTCCTTTCTTTTCTGCAGTCAAA  100

seq1  CTTCCTGTCTCCCTCTTACATAGACATGAGATTAAATGTGGGTAATAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGTCTCCCTCTTACATAGACATGAGATTAAATGTGGGTAATAGGA  150

seq1  TTTCTCCATGCTGAGATGCGCCACACTTTCAAATTCCTTCTCACTATAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCATGCTGAGATGCGCCACACTTTCAAATTCCTTCTCACTATAAG  200

seq1  TGACATGCCTGAGTCTGGGAACAAGGACCCAAGTATCTTGGAGAATATTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATGCCTGAGTCTGGGAACAAGGACCCAAGTATCTTGGAGAATATTC  250

seq1  AGTTTATGGCAGCACCAATTCCCTTGTTTCAACCCTGAAGTCTCTTCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTATGGCAGCACCAATTCCCTTGTTTCAACCCTGAAGTCTCTTCAGT  300

seq1  CCCTGTCTTAAATCTCTTGATATTTCAAACTATCGGTACTTTAGGAAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTCTTAAATCTCTTGATATTTCAAACTATCGGTACTTTAGGAAAAA  350

seq1  GCGCATCTTCTGAGGAGACAAATGTATGTCTTTGTCAAGTGCTTTTCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCATCTTCTGAGGAGACAAATGTATGTCTTTGTCAAGTGCTTTTCCTT  400

seq1  CTTGAATGCAAGCCCCTGGGAGAAGGATCTCTGGCTATCTGGTTTGGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAATGCAAGCCCCTGGGAGAAGGATCTCTGGCTATCTGGTTTGGTGT  450

seq1  GCTAGCGCCAGTGCTTATAACAGTGCGGGTGCTATCAAATCACAGCTATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGCGCCAGTGCTTATAACAGTGCGGGTGCTATCAAATCACAGCTATC  500

seq1  ACATAACAGAAAGTGGATAAGATCCTACCTTTTCCAGTTCTGTCATCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAACAGAAAGTGGATAAGATCCTACCTTTTCCAGTTCTGTCATCTCT  550

seq1  TACCCCATCCCTGGTGACTTCCTCTACTTTTGTGTGTAAAGATGGGCATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCCATCCCTGGTGACTTCCTCTACTTTTGTGTGTAAAGATGGGCATA  600

seq1  CTCCAGGTAAATGCTCCTAATATGCCAAATGGATGAAATTCCAACCATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGGTAAATGCTCCTAATATGCCAAATGGATGAAATTCCAACCATAC  650

seq1  CCTGTAGCTCTTAAGTCTGTACCCCAAACCTAGACCCGTGGTTTGCACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAGCTCTTAAGTCTGTACCCCAAACCTAGACCCGTGGTTTGCACTT  700

seq1  TGGATTGTAATCTGTTCCTGGATGTCCCACAGTATGGCATATTAACCATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTGTAATCTGTTCCTGGATGTCCCACAGTATGGCATATTAACCATG  750

seq1  TGTCATTTTCTCTAGCCATCAAACACAACCAAAGTCCAACTTTCTTATCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATTTTCTCTAGCCATCAAACACAACCAAAGTCCAACTTTCTTATCC  800

seq1  ACCCTCTGTCTCAGGGAATAAGTACCTTGTTTTATTCAACAACCAAAGCA  850
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCTGTCTCA-GGAATAAGTACCTTGTTTTATTCAACAACCAAAGCA  849

seq1  AAGGCACTGGCCATCCACTGAGCCCTCACAGCTGTCTCCCAAACCTCTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCACTGGCCATCCACTGAGCCCTCACAGCTGTCTCCCAAACCTCTCT  899

seq1  ATCACTACCTTCCCCAAAATCCAATCAGCCATGAATTTCAGTCACCCTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTACCTTCCCCAAAATCCAATCAGCCATGAATTTCAGTCACCCTGT  949

seq1  CTTAAATTCTTGCTAATGCACTTACCACCCTGACTCTCTTGAGTTTTGAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAATTCTTGCTAATGCACTTACCACCCTGACTCTCTTGAGTTTTGAT  999

seq1  GAACATACCAAAATG-ACACAC-TCTTAAATGTTTTGCATGGATACC--A  1046
      ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||   
seq2  GAACATACCAAAATGAACACACTTCTTAAATGTTTTGCATGGATACCCAG  1049

seq1  GTTACTG-ATCCC-TATTTCCT-ACTCTGCTTCCATCCTC--TGAT-GCA  1090
      || |||| ||||| |||||||| ||||||||  |||||||   ||| |||
seq2  GTAACTGAATCCCTTATTTCCTAACTCTGCT--CATCCTCCTGGATGGCA  1097

seq1  T-GGACAGGGACTATGATTATGGTC-TGCATG-AATGA-CCTTGGTT--A  1134
      | ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||   
seq2  TGGGACAGGGACTATGATTATGGTCTTGCATGAAATGACCCTTGGTTTAC  1147

seq1  CCACAA-CCAACTGGGCC-AGGGACTTACCTTTGTCG-CAAATGTAGCTT  1181
      |||||| |||||||| || ||| |||||| ||  ||| ||| |  |||||
seq2  CCACAACCCAACTGGCCCAAGGAACTTACTTTGTTCGCCAAGTTGAGCTT  1197

seq1  A--TCTCATAG-TTTTAGCG  1198
      |  |||||||| ||||||||
seq2  ATCTCTCATAGTTTTTAGCG  1217

seq1: chr18_57251837_57253014
seq2: B6Ng01-323M19.g_68_1243 (reverse)

seq1  CAGCTGCCTCCAACAAGCAATTC---TTTTTTGGAAAAAAAAAACCAATT  47
      |||||||| |   ||| |||  |   || ||||| | ||||    | |||
seq2  CAGCTGCCGCTTGCAAACAAAGCCATTTCTTTGGGATAAAA----CCATT  46

seq1  TTATTT----GAGAAAATATTTTA-CTATCTTTATAGTCCAGGTTGGCCT  92
      | ||||    || || |||||||| ||||| |||||||||| ||||||  
seq2  TAATTTTGAAGAAAATATATTTTACCTATCCTTATAGTCCA-GTTGGC--  93

seq1  TAAACTCATAGAGATTTGACTGCCTCTGCCTCTAAAGTTTTAGAAATTAA  142
      | |||||||||||| ||||||||   |||||||||   ||||||||||||
seq2  TTAACTCATAGAGA-TTGACTGCTCTTGCCTCTAA--GTTTAGAAATTAA  140

seq1  GGCGTGCTTCTGCATACCCACTAACAGCACACACTTTGTTGAGACAGGGT  192
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGTGCTTCTGCATACCCACT-ACAGCACACACTTTGTTGAGACAGGGT  189

seq1  TTC-TCTGTGAATCTCTGGCTGTCCTGGAACTCTCCTTGTAAACCAGGCT  241
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTGTGAATCTCTGGCTGTCCTGGAACTCTCCTTGTAAACCAGGCT  239

seq1  AGCC-TTAAACTCAGAGATTCACCCACCTCTGCCTCCTGTGTGCTGGGGT  290
      |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGCCTTTAAACTCAGAGATTCACCCACCTCTG-CTCCTGTGTGCTGGGGT  288

seq1  TCGAGGCGTGTGCCATCATACCCGAGTTATAGCCATTTTTCATTACAACA  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAGGCGTGTGCCATCATACCCGAGTTATAGCCATTTTTCATTACAACA  338

seq1  TTTTCCTAGTCTTTTATCTCCTGTAGATCTCAAGGAACAAACTCAGGTCA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTAGTCTTTTATCTCCTGTAGATCTCAAGGAACAAACTCAGGTCA  388

seq1  TCAGACTTCCTGCAAGCACCTTTACCCATGGAGCCGTCTTGGTGGCACAC  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACTTCCTGCAAGCACCTTTACCCATGGAGCCGTCTTGGTGGCACAC  438

seq1  CTCCCATTGCCTTCTTGATGAAGACAGCATTGGATCTGTGTCAAGTAGTT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCATTGCCTTCTTGATGAAGACAGCATTGGATCTGTGTCAAGTAGTT  488

seq1  CAACAATCACTTACTTCTAACTCTCAGATCCTTATGTCTGGATCATTCTC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAATCACTTACTTCTAACTCTCAGATCCTTATGTCTGGATCATTCTC  538

seq1  CACCTGGCCTGTGTATAGACTCTGGAGATGGGAACTCTGATCCTCTTGTG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGGCCTGTGTATAGACTCTGGAGATGGGAACTCTGATCCTCTTGTG  588

seq1  TGCCAGGGAAGCACTTCAATGGCTAGGCTATCTCTCCAGTGCCCTAGGAT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGGGAAGCACTTCAATGGCTAGGCTATCTCTCCAGTGCCCTAGGAT  638

seq1  CTTATTTCACTCACTCAGTCAGTCGGTCCCTCCATCGTCCTCTGTCTGTC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTCACTCACTCAGTCAGTCGGTCCCTCCATCGTCCTCTGTCTGTC  688

seq1  CCTCCATCATCGTCATCGTCGTCATCATCATCATCACAGCACTGAGAGCC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCATCATCGTCATCGTCGTCATCATCATCATCACAGCACTGAGAGCC  738

seq1  TGTCAAGTGCCAGGCACTGCATACTCCTACTCAGGTTCATTCCAACCATT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAGTGCCAGGCACTGCATACTCCTACTCAGGTTCATTCCAACCATT  788

seq1  AGTTCCGTGATTACCATGTAACAGGTAGGAAGCACACACAGAGAAGTTAA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCGTGATTACCATGTAACAGGTAGGAAGCACACACAGAGAAGTTAA  838

seq1  CTGACTCACCCAGACTTACAACAAGAAGCAAGACCGTGATGAATTTCCTG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTCACCCAGACTTACAACAAGAAGCAAGACCGTGATGAATTTCCTG  888

seq1  GCTCCTCAAGCCATGCCCTTACCCCCAGGATGCACTTCCTGGCACAATTC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTCAAGCCATGCCCTTACCCCCAGGATGCACTTCCTGGCACAATTC  938

seq1  TAATTCCCAAGTGTACCCAGTTTCCCCTTAACTTTGTGCAGGCTATGTAT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCCCAAGTGTACCCAGTTTCCCCTTAACTTTGTGCAGGCTATGTAT  988

seq1  CCCCCTTCAGTTTTGGATTTATGACCTGTAGCCCCTCTCTTGAATGAAGC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTTCAGTTTTGGATTTATGACCTGTAGCCCCTCTCTTGAATGAAGC  1038

seq1  CAGTGAAGCTGTGTCTATACAAATGACCTATGTAAATGTCTCTTGGCATG  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAAGCTGTGTCTATACAAATGACCTATGTAAATGTCTCTTGGCATG  1088

seq1  ACAATGGCCGGTGAGGAAATAGAAATTACATTCCGCTGTCCTTGTCTGGT  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGGCCGGTGAGGAAATAGAAATTACATTCCGCTGTCCTTGTCTGGT  1138

seq1  TCTCTCAGTAATGGATTATGTCTACAGGATATGAATTC  1178
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCAGTAATGGATTATGTCTACAGGATATGAATTC  1176