BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-325F24
Chromosome18 (Build37)
Map Location 84,826,135 - 84,959,667
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG640234, Cndp2, LOC100039711, LOC100039725, B230399E16Rik
Upstream geneTshz1, Zadh2, LOC669856, Zfp407, Cndp1
Downstream geneCyb5, Fbxo15, 1700034H14Rik, LOC100039765, LOC665382
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-325F24.bB6Ng01-325F24.g
ACCGA113449GA113450
length1,137918
definitionB6Ng01-325F24.b B6Ng01-325F24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,826,135 - 84,827,273)(84,958,754 - 84,959,667)
sequence
gaattccttctgtagttccctgagagataggattacaggtgtgtaacctg
cccatctggtattgattcactgtacttgatgaagtactattaagttttga
ttcctgcatgtgggtaccattccttcactgttctttaggatttcagacat
atttgtttgtgcactttgacatatgtgctggctgattttgtgtgtcaact
tgacccacagaaaggagcctcccttgaggaaatgcctccatgatatccag
ctgtaaggcattttctcaattagtgatcaacggtgagaaggtccattgtg
ggtggtgccatccctgggctggtggtcctgggttctataagagagcaggc
tgagcaagccaggggaagcaaggcagcaagaaacatccctccatggcctc
tgcagcagctcctgcttcctgacctgcttgagttcctttggtgtgctgac
ttcctttggtgatgaacagcagtgtggacgtgtaaattgaatgaatcttt
cctctccaacttgcttcttggtcacgatgtttgtgtaggaatagaaactc
tgattgagacaacacacgtgttctacttattgtgcacagaagtgccacag
ttttcatcaactcctcatgcaattttatgcaatatgtctcctattgtttg
gctttcctcttttggtggctcagatggcaggccctgagtgtggcactctg
aagggttgagctggagaataactcagaacttagtctctatggccatcccc
cggcctccctactcttgagattccattctggtccatttccttaaaaatgt
agatagggccatttggtgaacttccccgtctacccaagaatgtgcaacta
tcttgaaatctcctgaccaaggggaaaggacatggctgaaaaacaaagaa
gcagtctaagaacccaggggaatttcacccctgggatgttttgtgtgctc
ctagcttctttcctttctctaaagagcacttatcatgcttcccgagcctc
actttcccttacacacacatacacacacacgcgcgcacacacacacacct
tcagaaccacacacacctcagaacacacaccaacttagacacacatactc
agaacaaagggtgtaagtgtcaacctgatggctcttt

gaattcttatatgaagcattagcttgtaccccttgtttccagttcagtta
atacataatgaagatgctaagatacaggcctaagaataaaaggtggaggt
agggagtttcatattaggcatacatatgaccagtgttgacctgaaataac
tacatatcattttgatgattaactataaagaataagaaaataaaaaaact
attcttccattaacttaaaatgcaaacataagtgttatagtaagagcttt
caagaagtaactagagcttggcttatctattgacttatcaaatacccaaa
gccccaaacttacccagagaagtaggagatcagcatttaaaggctaaatt
atttaagaattcatggagaaacatcatctgtgtatagccagtgttgaaat
gagaagaaataggtgcagttcactcagtaccttataggcacaaccagaag
cttctaaatgcctcccaaagagccatgtttgggtcatctatctcacaccc
aaaccacttccaaatctcaaccccacagaaaccatatgagataaatcttt
ttcacatgtgttttcagccacagtattggaggttgaaggataagaaatac
tgcaacacattgtatgtggtggttaagcttgacttgataggcttgagaaa
tatctaggagattaaggaacatgtctaggagtgtgactgttaatgtgatt
ccatagtcccttgagggatctgacctaaacaattatttaatccattaatg
ggatcaaaatctgaatagacactttaggaggtggaagagctatgggaagg
tcgggatatcctgttttgtgaatttgttctgttctgccatcccaccatgc
tgtgatgaactgaaacctgagctagacaaacttccctcattttaagttgt
tttatgcaaagcattctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_84826135_84827273
seq2: B6Ng01-325F24.b_51_1187

seq1  GAATTCCTTCTGTAGTTCCCTGAGAGATAGGATTACAGGTGTGTAACCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCTGTAGTTCCCTGAGAGATAGGATTACAGGTGTGTAACCTG  50

seq1  CCCATCTGGTATTGATTCACTGTACTTGATGAAGTACTATTAAGTTTTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCTGGTATTGATTCACTGTACTTGATGAAGTACTATTAAGTTTTGA  100

seq1  TTCCTGCATGTGGGTACCATTCCTTCACTGTTCTTTAGGATTTCAGACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGCATGTGGGTACCATTCCTTCACTGTTCTTTAGGATTTCAGACAT  150

seq1  ATTTGTTTGTGCACTTTGACATATGTGCTGGCTGATTTTGTGTGTCAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTTGTGCACTTTGACATATGTGCTGGCTGATTTTGTGTGTCAACT  200

seq1  TGACCCACAGAAAGGAGCCTCCCTTGAGGAAATGCCTCCATGATATCCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCACAGAAAGGAGCCTCCCTTGAGGAAATGCCTCCATGATATCCAG  250

seq1  CTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAACGGTGAGAAGGTCCATTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAACGGTGAGAAGGTCCATTGTG  300

seq1  GGTGGTGCCATCCCTGGGCTGGTGGTCCTGGGTTCTATAAGAGAGCAGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTGCCATCCCTGGGCTGGTGGTCCTGGGTTCTATAAGAGAGCAGGC  350

seq1  TGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGGCAGCAAGAAACATCCCTCCATGGCCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGGCAGCAAGAAACATCCCTCCATGGCCTC  400

seq1  TGCAGCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGCTTGAGTTCCTTTGGTGTGCTGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGCTTGAGTTCCTTTGGTGTGCTGAC  450

seq1  TTCCTTTGGTGATGAACAGCAGTGTGGACGTGTAAATTGAATGAATCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTGGTGATGAACAGCAGTGTGGACGTGTAAATTGAATGAATCTTT  500

seq1  CCTCTCCAACTTGCTTCTTGGTCACGATGTTTGTGTAGGAATAGAAACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCAACTTGCTTCTTGGTCACGATGTTTGTGTAGGAATAGAAACTC  550

seq1  TGATTGAGACAACACACGTGTTCTACTTATTGTGCACAGAAGTGCCACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGAGACAACACACGTGTTCTACTTATTGTGCACAGAAGTGCCACAG  600

seq1  TTTTCATCAACTCCTCATGCAATTTTATGCAATATGTCTCCTATTGTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATCAACTCCTCATGCAATTTTATGCAATATGTCTCCTATTGTTTG  650

seq1  GCTTTCCTCTTTTGGTGGCTCAGATGGCAGGCCCTGAGTGTGGCACTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCCTCTTTTGGTGGCTCAGATGGCAGGCCCTGAGTGTGGCACTCTG  700

seq1  AAGGGTTGAGCTGGAGAATAACTCAGAACTTAGTCTCTATGGCCATCCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTTGAGCTGGAGAATAACTCAGAACTTAGTCTCTATGGCCATCCCC  750

seq1  CGGCCTCCCTACTCTTGAGATTCCATTCTGGTCCATTTCCTTAAAAATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCCTCCCTACTCTTGAGATTCCATTCTGGTCCATTTCCTTAAAAATGT  800

seq1  AGATAGGGCCATTTGGTGAACTTCCCCGTCTACCCAAGAATGTGCAACTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGGGCCATTTGGTGAACTTCCCCGTCTACCCAAGAATGTGCAACTA  850

seq1  TCTTGAAATCTCCTGACCAA-GGGAAAGGACATGGCTGAAAAACAAAGAA  899
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAAATCTCCTGACCAAGGGGAAAGGACATGGCTGAAAAACAAAGAA  900

seq1  GCAGTCTAAGAACCCAGGGGAATTTCACCCCT-GGATGTTTTGTGTGCTC  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GCAGTCTAAGAACCCAGGGGAATTTCACCCCTGGGATGTTTTGTGTGCTC  950

seq1  CTAGC-TCTTTCCTTTCTTCTAAAGAGCACTTATCCAATGCCTTCCCGAG  997
      ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  ||| |||||||||
seq2  CTAGCTTCTTTCCTTTC-TCTAAAGAGCACTTATC--ATG-CTTCCCGAG  996

seq1  CCCTCACTTTTCCCTTACACACACACACACACACACGCGCGCACACACAC  1047
       |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||
seq2  -CCTCAC-TTTCCCTTACACACACATACACACACACGCGCG--CACACAC  1042

seq1  ACACACACTCAGACACACACACA-CTCAG-ACACACACACACTCAGACAC  1095
      ||||||  |||||  |||||||| ||||| ||||||||  ||| ||||||
seq2  ACACACCTTCAGAACCACACACACCTCAGAACACACACCAACTTAGACAC  1092

seq1  ACACACTCAG-ACAAAGTGTGTAGGTGTCAACCTGTTGGCTCTTT  1139
      ||| |||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  ACATACTCAGAACAAAGGGTGTAAGTGTCAACCTGATGGCTCTTT  1137


seq1: chr18_84958754_84959667
seq2: B6Ng01-325F24.g_69_986 (reverse)

seq1  CAGAATGCTTAGCAT-AAACAACTTAAAATGAGGAAAGTTTTGTCTAGCT  49
      |||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||
seq2  CAGAATGCTTTGCATAAAACAACTTAAAATGAGGGAAG-TTTGTCTAGCT  49

seq1  CA-GTTTCAGTTCATCACAGCATGGTGGGATGGCAGAACAGAAC-AATTC  97
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CAGGTTTCAGTTCATCACAGCATGGTGGGATGGCAGAACAGAACAAATTC  99

seq1  ACAGAACAGGATATCCCGACCTT-CCATAGCTCTTCCACCTCCT-AAGTG  145
      ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
seq2  ACAAAACAGGATATCCCGACCTTCCCATAGCTCTTCCACCTCCTAAAGTG  149

seq1  TCTATTCAGATTTTGATCCCATTAATGGATTAAATAATTGTTTAGGTCAG  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTCAGATTTTGATCCCATTAATGGATTAAATAATTGTTTAGGTCAG  199

seq1  ATCCCTCAAGGGACTATGGAATCACATTAACAGTCACACTCCTAGACATG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTCAAGGGACTATGGAATCACATTAACAGTCACACTCCTAGACATG  249

seq1  TTCCTTAATCTCCTAGATATTTCTCAAGCCTATCAAGTCAAGCTTAACCA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTAATCTCCTAGATATTTCTCAAGCCTATCAAGTCAAGCTTAACCA  299

seq1  CCACATACAATGTGTTGCAGTATTTCTTATCCTTCAACCTCCAATACTGT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATACAATGTGTTGCAGTATTTCTTATCCTTCAACCTCCAATACTGT  349

seq1  GGCTGAAAACACATGTGAAAAAGATTTATCTCATATGGTTTCTGTGGGGT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGAAAACACATGTGAAAAAGATTTATCTCATATGGTTTCTGTGGGGT  399

seq1  TGAGATTTGGAAGTGGTTTGGGTGTGAGATAGATGACCCAAACATGGCTC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATTTGGAAGTGGTTTGGGTGTGAGATAGATGACCCAAACATGGCTC  449

seq1  TTTGGGAGGCATTTAGAAGCTTCTGGTTGTGCCTATAAGGTACTGAGTGA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGAGGCATTTAGAAGCTTCTGGTTGTGCCTATAAGGTACTGAGTGA  499

seq1  ACTGCACCTATTTCTTCTCATTTCAACACTGGCTATACACAGATGATGTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCACCTATTTCTTCTCATTTCAACACTGGCTATACACAGATGATGTT  549

seq1  TCTCCATGAATTCTTAAATAATTTAGCCTTTAAATGCTGATCTCCTACTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATGAATTCTTAAATAATTTAGCCTTTAAATGCTGATCTCCTACTT  599

seq1  CTCTGGGTAAGTTTGGGGCTTTGGGTATTTGATAAGTCAATAGATAAGCC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGTAAGTTTGGGGCTTTGGGTATTTGATAAGTCAATAGATAAGCC  649

seq1  AAGCTCTAGTTACTTCTTGAAAGCTCTTACTATAACACTTATGTTTGCAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCTAGTTACTTCTTGAAAGCTCTTACTATAACACTTATGTTTGCAT  699

seq1  TTTAAGTTAATGGAAGAATAGTTTTTTTATTTTCTTATTCTTTATAGTTA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGTTAATGGAAGAATAGTTTTTTTATTTTCTTATTCTTTATAGTTA  749

seq1  ATCATCAAAATGATATGTAGTTATTTCAGGTCAACACTGGTCATATGTAT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCAAAATGATATGTAGTTATTTCAGGTCAACACTGGTCATATGTAT  799

seq1  GCCTAATATGAAACTCCCTACCTCCACCTTTTATTCTTAGGCCTGTATCT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAATATGAAACTCCCTACCTCCACCTTTTATTCTTAGGCCTGTATCT  849

seq1  TAGCATCTTCATTATGTATTAACTGAACTGGAAACAAGGGGTACAAGCTA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATCTTCATTATGTATTAACTGAACTGGAAACAAGGGGTACAAGCTA  899

seq1  ATGCTTCATATAAGAATTC  914
      |||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTCATATAAGAATTC  918


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |