BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-328M01
Chromosome18 (Build37)
Map Location 78,918,238 - 79,052,247
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSetbp1
Upstream gene8030462N17Rik, 4930465K10Rik, Ccdc5, Atp5a1, Pstpip2, 5430411K18Rik, Cd33l3, Slc14a1, Slc14a2, EG620155
Downstream geneLOC100039242, LOC100039250
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-328M01.bB6Ng01-328M01.g
ACCGA115925GA115926
length1,1831,154
definitionB6Ng01-328M01.b B6Ng01-328M01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,918,238 - 78,919,419)(79,051,093 - 79,052,247)
sequence
gaattcattaaactttccacttctatatagtcatgttcagcaaggggaaa
ttgcagtccatggcaaaccacacatacaatggaagtcccataaaacagaa
tgcacttgagaactcttgttgcctagtgaggttgtagtcatcataagatc
tcagcacattgcatgaactgcgtgtcagtggtgatactgttatgaacaag
cctacagcactgccagttatgtaaaagaatatgtcagaagtggtgatgct
atttatacagcacttgcgaggctgaggtaataggaagtaagtttgaggcc
agcatgagctgcaacatgagttctaggcccacctaggcaatgggatccca
tttgcaaatacacataatacacaatacttcctgttgataacaagtgacac
acacatatatatatagagagagtatgtatatatgcatgtatgtatatact
tatgttgttattttaaaatatactccaacttattaatgaaagaagattgc
attggcagtagcctcacacatctagtttgccacatatccttactgcttca
tctcctcttgtgcctgatttaatcttgtgctgtgttttgatcatcatggt
cctgttagctgtatcatagcaggctttgtcaattagatatatacaactat
acactaatattcaaataataatcagatcatctaatgtgcatctctcagtt
ctaatatgcatatctttgtcactaagtggtacatgagcactcttcataac
ttgcatttgtcatatacatgttctgaacaaaggcattagcctgaaaaact
aaatgactcatgtttcttaagaataataagaggttggatgaggacaggaa
aataatgaggtaaaaacaccttttccttaaaggggcttcatttgatggag
atatatggactgttctattgggaacagttgagttgggcaccaagtgtatt
cccttgtggtgtggtcagtgtcatataattccactggtttgatggagata
tatggactgttctattggaacagtgagttgggcaccaagtgttagtcact
tgttggtgtggtcagtgtcaaataaaatcaactgggtttcctagcagcac
agaaattctgctattcttaaattctccttaagaaagagattggcagaaag
aagctctcctccttgaatcagaaattacatact

gaattcctttaatgggaactgaaaaagctaagagtttcttgcatttctat
tgtcctcaaatggtgtggtacactctggccaaagcctggttttaagggtc
tctttgcacactgtgaggatgtggatataattttttatctctgtttatcc
ttagggtctctcccttgctctctctcttcctgggaagtccacaaatagtg
actgtaaaaaacagtcaagtaaaaaagaatgaattatttttatgcaaacg
aagaatttcagttagaaactactaaagattgtgtcatgtttttagtaata
tgtgagttgtcatggtggtacattgtcttcttaatgaaagagaatagatt
gcaggtcaccgaatggtccatttatcctatcctgccccgagtagctagtt
ttgccatttcttattcaaaagacttgttacctggtttcttgaagagcctc
gatgaagcctgcctggcatggggcactgtagaaaatttggacatgactaa
tgctggtgttttaaaagcatgaagagcactgacctatccaaactgaacta
gtcctacacagatgcattgtgggttttgtttgtttgtttgatgttcttaa
gtatcagttagctacaagaaaacaacagtagagttgtgctaagggagtta
aagaatctaaggtgcatagacctgagggagaaagcccaggcacaaaaatc
agttgcctcggcacatttcattctgatttttttatggtcagacatttgtg
ttgggtactcagtgaactgtgatggtttctcagtgatggttcatctctat
acaatgcgtgctcctggggtgtctgcactatagcagtgcattcacatggt
tgctactcctttattcaaaatcatctccacctcttgtctatatttccatg
ggatatcccgtcagccataggagagagaaagaaatagccatcctgtcaac
gttctggaagcgagcagaccgtcagcagaagaactgggtgtaggctcagt
ttctttcatgaacttatctgttggcaaagcgtacttcctcttttttttgt
attcatctacttatgtatctttggggtaagcatcatcattcagagaagaa
ggacaggagacattggtagtggtctgagtgcctgtaacctaatatttcat
ccat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_78918238_78919419
seq2: B6Ng01-328M01.b_46_1228

seq1  GAATTCATTAAACTTTCCACTTCTATATAGTCATGTTCAGCAAGGGGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTAAACTTTCCACTTCTATATAGTCATGTTCAGCAAGGGGAAA  50

seq1  TTGCAGTCCATGGCAAACCACACATACAATGGAAGTCCCATAAAACAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGTCCATGGCAAACCACACATACAATGGAAGTCCCATAAAACAGAA  100

seq1  TGCACTTGAGAACTCTTGTTGCCTAGTGAGGTTGTAGTCATCATAAGATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTTGAGAACTCTTGTTGCCTAGTGAGGTTGTAGTCATCATAAGATC  150

seq1  TCAGCACATTGCATGAACTGCGTGTCAGTGGTGATACTGTTATGAACAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCACATTGCATGAACTGCGTGTCAGTGGTGATACTGTTATGAACAAG  200

seq1  CCTACAGCACTGCCAGTTATGTAAAAGAATATGTCAGAAGTGGTGATGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAGCACTGCCAGTTATGTAAAAGAATATGTCAGAAGTGGTGATGCT  250

seq1  ATTTATACAGCACTTGCGAGGCTGAGGTAATAGGAAGTAAGTTTGAGGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATACAGCACTTGCGAGGCTGAGGTAATAGGAAGTAAGTTTGAGGCC  300

seq1  AGCATGAGCTGCAACATGAGTTCTAGGCCCACCTAGGCAATGGGATCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGAGCTGCAACATGAGTTCTAGGCCCACCTAGGCAATGGGATCCCA  350

seq1  TTTGCAAATACACATAATACACAATACTTCCTGTTGATAACAAGTGACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAAATACACATAATACACAATACTTCCTGTTGATAACAAGTGACAC  400

seq1  ACACATATATATATAGAGAGAGTATGTATATATGCATGTATGTATATACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATATATATATAGAGAGAGTATGTATATATGCATGTATGTATATACT  450

seq1  TATGTTGTTATTTTAAAATATACTCCAACTTATTAATGAAAGAAGATTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTGTTATTTTAAAATATACTCCAACTTATTAATGAAAGAAGATTGC  500

seq1  ATTGGCAGTAGCCTCACACATCTAGTTTGCCACATATCCTTACTGCTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCAGTAGCCTCACACATCTAGTTTGCCACATATCCTTACTGCTTCA  550

seq1  TCTCCTCTTGTGCCTGATTTAATCTTGTGCTGTGTTTTGATCATCATGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTCTTGTGCCTGATTTAATCTTGTGCTGTGTTTTGATCATCATGGT  600

seq1  CCTGTTAGCTGTATCATAGCAGGCTTTGTCAATTAGATATATACAACTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTAGCTGTATCATAGCAGGCTTTGTCAATTAGATATATACAACTAT  650

seq1  ACACTAATATTCAAATAATAATCAGATCATCTAATGTGCATCTCTCAGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAATATTCAAATAATAATCAGATCATCTAATGTGCATCTCTCAGTT  700

seq1  CTAATATGCATATCTTTGTCACTAAGTGGTACATGAGCACTCTTCATAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATATGCATATCTTTGTCACTAAGTGGTACATGAGCACTCTTCATAAC  750

seq1  TTGCATTTGTCATATACATGTTCTGAACAAAGGCATTAGCCTGAAAAACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATTTGTCATATACATGTTCTGAACAAAGGCATTAGCCTGAAAAACT  800

seq1  AAATGACTCATGTTTCTTAAGAATAATAAGAGGTTGGATGAGGACAGGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGACTCATGTTTCTTAAGAATAATAAGAGGTTGGATGAGGACAGGAA  850

seq1  AATAATGAGGTAAAAACACCTTTTCCTTAAAGGGGCTTCATTTGATGGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATGAGGTAAAAACACCTTTTCCTTAAAGGGGCTTCATTTGATGGAG  900

seq1  ATATATGGACTGTTCTATTGGGAACAGTTGAGTTGGGCACCAAGTGTATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGGACTGTTCTATTGGGAACAGTTGAGTTGGGCACCAAGTGTATT  950

seq1  CCCTTGTGGTGTGGTCAGTGTCATATAATTCCACTGGTTTGATGGAGATA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGTGGTGTGGTCAGTGTCATATAATTCCACTGGTTTGATGGAGATA  1000

seq1  TATGGACTGTTCTATTGGGAACAGTTGAGTTGGGCACCAAGTG-TAGTCA  1049
      |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||
seq2  TATGGACTGTTCTATT-GGAACAG-TGAGTTGGGCACCAAGTGTTAGTCA  1048

seq1  CTTG-TGGTGTGGTCAGTGTCATAT-AATTCCACT-GGTTTCCTAGCAGC  1096
      |||| ||||||||||||||||| || || || ||| ||||||||||||||
seq2  CTTGTTGGTGTGGTCAGTGTCAAATAAAATCAACTGGGTTTCCTAGCAGC  1098

seq1  ACAGAAATTCTGCATATTCTTAAATTCCTCTTAGAGAAGAGATGGGCAGA  1146
      ||||||||||||| |||||||||||||  ||||   ||||||| ||||||
seq2  ACAGAAATTCTGC-TATTCTTAAATTCTCCTTAAGAAAGAGATTGGCAGA  1147

seq1  AAGGAGCTCTC--TCTTGGATCAGAGATGTTACATACT  1182
      ||| |||||||   |||| |||||| |  |||||||||
seq2  AAGAAGCTCTCCTCCTTGAATCAGAAA--TTACATACT  1183


seq1: chr18_79051093_79052247
seq2: B6Ng01-328M01.g_65_1218 (reverse)

seq1  ATGGATGAAATATAAG--TTCAGGCACTCAGACCCACTACCCATG-CTCC  47
      ||||||||||||| ||  | |||||||||||| |||||||| ||| ||||
seq2  ATGGATGAAATATTAGGTTACAGGCACTCAGA-CCACTACCAATGTCTCC  49

seq1  TGGTCCTCTTCTCTGAATGATGAATGCTTACCCAAAGAATACATAAAGTA  97
      ||  | |||||||||||||||| |||||||||| ||  |||||| |||||
seq2  TGTCCTTCTTCTCTGAATGATG-ATGCTTACCCCAAAGATACAT-AAGTA  97

seq1  GATGATAAC--AAAAAAGAGGAAGGCCACGCTTTTGGCCAACAGAT-AGT  144
      |||||  ||  |||||||||||||   |||||||  |||||||||| |||
seq2  GATGAATACAAAAAAAAGAGGAAG--TACGCTTT--GCCAACAGATAAGT  143

seq1  TCATG-AAGGAACTGAGCCTAACACCCAGTTCTTCTGCTGACGGTCTGCT  193
      ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAAAGAAACTGAGCCT-ACACCCAGTTCTTCTGCTGACGGTCTGCT  192

seq1  CGCTTCCAGAACGTTGACAGGATGGCTATTTCTTTCTCTCTCCTATGGCT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTTCCAGAACGTTGACAGGATGGCTATTTCTTTCTCTCTCCTATGGCT  242

seq1  GACGGAATATCCCATGGAAATATAGACAAGAGGTGGAGATGATTTTGAAT  293
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGGGATATCCCATGGAAATATAGACAAGAGGTGGAGATGATTTTGAAT  292

seq1  AAAGGAGTAGCAACCATGTGAATGCACTGCTATAGTGCAGACACCCCAGG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGTAGCAACCATGTGAATGCACTGCTATAGTGCAGACACCCCAGG  342

seq1  AGCACGCATTGTATAGAGATGAACCATCACTGAGAAACCATCACAGTTCA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACGCATTGTATAGAGATGAACCATCACTGAGAAACCATCACAGTTCA  392

seq1  CTGAGTACCCAACACAAATGTCTGACCATAAAAAAATCAGAATGAAATGT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTACCCAACACAAATGTCTGACCATAAAAAAATCAGAATGAAATGT  442

seq1  GCCGAGGCAACTGATTTTTGTGCCTGGGCTTTCTCCCTCAGGTCTATGCA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGAGGCAACTGATTTTTGTGCCTGGGCTTTCTCCCTCAGGTCTATGCA  492

seq1  CCTTAGATTCTTTAACTCCCTTAGCACAACTCTACTGTTGTTTTCTTGTA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGATTCTTTAACTCCCTTAGCACAACTCTACTGTTGTTTTCTTGTA  542

seq1  GCTAACTGATACTTAAGAACATCAAACAAACAAACAAAACCCACAATGCA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACTGATACTTAAGAACATCAAACAAACAAACAAAACCCACAATGCA  592

seq1  TCTGTGTAGGACTAGTTCAGTTTGGATAGGTCAGTGCTCTTCATGCTTTT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTAGGACTAGTTCAGTTTGGATAGGTCAGTGCTCTTCATGCTTTT  642

seq1  AAAACACCAGCATTAGTCATGTCCAAATTTTCTACAGTGCCCCATGCCAG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACCAGCATTAGTCATGTCCAAATTTTCTACAGTGCCCCATGCCAG  692

seq1  GCAGGCTTCATCGAGGCTCTTCAAGAAACCAGGTAACAAGTCTTTTGAAT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCTTCATCGAGGCTCTTCAAGAAACCAGGTAACAAGTCTTTTGAAT  742

seq1  AAGAAATGGCAAAACTAGCTACTCGGGGCAGGATAGGATAAATGGACCAT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATGGCAAAACTAGCTACTCGGGGCAGGATAGGATAAATGGACCAT  792

seq1  TCGGTGACCTGCAATCTATTCTCTTTCATTAAGAAGACAATGTACCACCA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTGACCTGCAATCTATTCTCTTTCATTAAGAAGACAATGTACCACCA  842

seq1  TGACAACTCACATATTACTAAAAACATGACACAATCTTTAGTAGTTTCTA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAACTCACATATTACTAAAAACATGACACAATCTTTAGTAGTTTCTA  892

seq1  ACTGAAATTCTTCGTTTGCATAAAAATAATTCATTCTTTTTTACTTGACT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAATTCTTCGTTTGCATAAAAATAATTCATTCTTTTTTACTTGACT  942

seq1  GTTTTTTACAGTCACTATTTGTGGACTTCCCAGGAAGAGAGAGAGCAAGG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTTACAGTCACTATTTGTGGACTTCCCAGGAAGAGAGAGAGCAAGG  992

seq1  GAGAGACCCTAAGGATAAACAGAGATAAAAAATTATATCCACATCCTCAC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGACCCTAAGGATAAACAGAGATAAAAAATTATATCCACATCCTCAC  1042

seq1  AGTGTGCAAAGAGACCCTTAAAACCAGGCTTTGGCCAGAGTGTACCACAC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGCAAAGAGACCCTTAAAACCAGGCTTTGGCCAGAGTGTACCACAC  1092

seq1  CATTTGAGGACAATAGAAATGCAAGAAACTCTTAGCTTTTTCAGTTCCCA  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGAGGACAATAGAAATGCAAGAAACTCTTAGCTTTTTCAGTTCCCA  1142

seq1  TTAAAGGAATTC  1155
      ||||||||||||
seq2  TTAAAGGAATTC  1154


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |