BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-334J10
Chromosome18 (Build37)
Map Location 31,937,348 - 32,122,731
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAmmecr1l, Polr2d, EG626327, Wdr33, Sft2d3, Lims2, Gpr17, Myo7b
Upstream geneRit2, EG666130, Syt4, LOC383420, Slc25a46, Sap130, LOC640549
Downstream geneIws1, Proc, LOC546710, Map3k2, Ercc3, Bin1, Gypc, LOC100041160, LOC100041170, Tslp, Wdr36, Camk4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-334J10.bB6Ng01-334J10.g
ACCGA120057GA120058
length1,1551,160
definitionB6Ng01-334J10.b B6Ng01-334J10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,121,568 - 32,122,731)(31,937,348 - 31,938,520)
sequence
gaattccacattcagtgagaaaccccatcttaaaaaaaaacatttgagag
caattaagaaaacacttgagtccctttaatcccagaacttgggaggcaga
ggcggatttctgagttccaggacagccaggactatacggaaaaaccctgt
cacagaaaaaaaaaaaaaaaaattcacatgaacatggatataccatacac
acacacaaaatatagggtgaatagacctcagaatagtggcttgggaagcc
tccttcccatgctaggtcctgggcctcacgtgcttcctttctgtacagtc
catggaagtgggcagcagtagtcgggtgagagacctatgtgagggcatag
gcaccaggctccagctggcctcctgggatggctgcagcctcttcatcaag
atcacagacaaggtgagcaacttggtaggccaaggagggggctgagcaag
atcctcttggctgaggaggttccccatgaccagcagacctcagcctaccc
agaagactctgctagccaggcccctcagtgcacagctggggctgttggca
caaagcaggtagagtcttggagtcccaccccctgcttgtcaatctcaatg
agcctccagcccacccagcccaaacacacagctactggatccagctcccc
cagggctccttggaggatacaccctggaagctgccatgcctgcctttccc
ctcttccctaaggtcatcagtctgaaggaaggagacttcttttttgacag
cttgaggcaggtatctgactgggtgaagaagaacaggccccagaaagaag
gtgaggagggcatctctctggagggggtggctgcctgctgcatcactgaa
atgttccagaccctccttccattcttgatcatccccaagctcccctagac
atgcaaatgactaacttccctgcagggtgagagaggtatcccaaggtgct
cctcacgcctgggagatgggtctagggaacatttctggagacagttccta
cgcagcttgatgacatgagttgagggcccaggagagggaggacagggact
ttcagaccagaatgcatggagtcgtgggagagctagtacgtttcttcagg
aggtgagcctttgagctgctagaatagcctggtgcactgctgacctcttc
atagg
gaattctccctcttggctggtgaatggctcagcaagagagtccttcctgc
tcttccagagaactgaagtttgatttctggttcccaagtctgcctccatg
gggatcctttgtttctggcatctggggtgtatgcactctggttcacatag
tcaaacacacacacacacacaatttaaaataattaaaaaaaattcgcctc
ttctgtagtgacacaggatgtgatgcctgcagttccatctgcgtaggagg
ctgagaaatttcttggagctgaaagttcaaggtcatcctaggtgtggctg
gagagatggctcagtggttgagaacactggctgctcttccaaaggactca
ggttcagttcccagcacccacgtggcagctcacaactgtcaactccagtt
ccagggaaccagacgccctcagacataacatgcagggaaaataccaatgc
acatgaaaaaatagtaataacaaaataaaaacaaaaaaacaaaacccagg
taatagtagtagtgcatgcctttagtcccagcatttggaaggtagaatga
tctctgggttagaggccagcctggtctacagagagttccaagacagccaa
ggctacacagaaaaacctcatcttgacaaactgaaaataaaatacaaaga
gtaattcttactgctttgcagtggacccagatttgcttcccatcacccat
gatgggctgcttaccacctataactccactttcaggggaccctacatcat
cttctgtcttcatgtgtacataccaccaacatacacatacccagagataa
aaagtaaaataaagtctttaaaaaaaaaatctaggcaatgtagtgagacc
ctgtctttctaatctgcctttttatagagcagccctgggtacaacatgat
cttcagtaatatctggtaagaaagagcgggagacttggacaggatcatgg
cacaatgagttttaatgtacgtgtcaggtcttagctggacttgtagtgag
gctgattggctttcagtgtggtgggacatgtcccagtgcttccttgtccc
agcacaactctgttcttggattccaattgtctcttacactggtcaatatg
gagcaatgtcccccatgtttggactgtgtactgacctatgcttgttctta
gactggatca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_32121568_32122731
seq2: B6Ng01-334J10.b_49_1203 (reverse)

seq1  CCTA-GAAGAGGGACGGCAGTGGGCACCAAGCCTATCCTAGCAGGCTCCA  49
      |||| ||||| || | |||||  ||||| || |||| |||||| ||| ||
seq2  CCTATGAAGA-GGTCAGCAGT--GCACC-AGGCTATTCTAGCA-GCT-CA  44

seq1  AAGGCTCA-CTCCTGAAGAAAACGTTCCTAGCTCTCCCACGACTCCCACT  98
      |||||||| ||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||   |
seq2  AAGGCTCACCTCCTGAAG-AAACG-TACTAGCTCTCCCACGACTCC--AT  90

seq1  GCTTTCTGGTCTGGAAAGTCCCTGTCCTCCCCTCTCCTGGGCCCTCAACT  148
      || ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCTGGTCT-GAAAGTCCCTGTCCT-CCCTCTCCTGGGCCCTCAACT  138

seq1  CATTTTCATCAAGCTGCGTAGGAACTGTCTCCAGAAATG-TCCCTAGACC  197
      || | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CA-TGTCATCAAGCTGCGTAGGAACTGTCTCCAGAAATGTTCCCTAGACC  187

seq1  CATCTCCCAGGCGTGAGGAGCACCCTTGGATACCTCTCTCACCCTGCA-G  246
      |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |
seq2  CATCTCCCAGGCGTGAGGAGCACCTTGGGATACCTCTCTCACCCTGCAGG  237

seq1  GAAGTTAGTCATTTGCATGTCTAGGGGAGCTTGGGGATGATCAAGAATGG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTAGTCATTTGCATGTCTAGGGGAGCTTGGGGATGATCAAGAATGG  287

seq1  AAGGAGGGTCTGGAACATTTCAGTGATGCAGCAGGCAGCCACCCCCTCCA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGGTCTGGAACATTTCAGTGATGCAGCAGGCAGCCACCCCCTCCA  337

seq1  GAGAGATGCCCTCCTCACCTTCTTTCTGGGGCCTGTTCTTCTTCACCCAG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGATGCCCTCCTCACCTTCTTTCTGGGGCCTGTTCTTCTTCACCCAG  387

seq1  TCAGATACCTGCCTCAAGCTGTCAAAAAAGAAGTCTCCTTCCTTCAGACT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATACCTGCCTCAAGCTGTCAAAAAAGAAGTCTCCTTCCTTCAGACT  437

seq1  GATGACCTTAGGGAAGAGGGGAAAGGCAGGCATGGCAGCTTCCAGGGTGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACCTTAGGGAAGAGGGGAAAGGCAGGCATGGCAGCTTCCAGGGTGT  487

seq1  ATCCTCCAAGGAGCCCTGGGGGAGCTGGATCCAGTAGCTGTGTGTTTGGG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCCAAGGAGCCCTGGGGGAGCTGGATCCAGTAGCTGTGTGTTTGGG  537

seq1  CTGGGTGGGCTGGAGGCTCATTGAGATTGACAAGCAGGGGGTGGGACTCC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTGGGCTGGAGGCTCATTGAGATTGACAAGCAGGGGGTGGGACTCC  587

seq1  AAGACTCTACCTGCTTTGTGCCAACAGCCCCAGCTGTGCACTGAGGGGCC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTCTACCTGCTTTGTGCCAACAGCCCCAGCTGTGCACTGAGGGGCC  637

seq1  TGGCTAGCAGAGTCTTCTGGGTAGGCTGAGGTCTGCTGGTCATGGGGAAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAGCAGAGTCTTCTGGGTAGGCTGAGGTCTGCTGGTCATGGGGAAC  687

seq1  CTCCTCAGCCAAGAGGATCTTGCTCAGCCCCCTCCTTGGCCTACCAAGTT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCAGCCAAGAGGATCTTGCTCAGCCCCCTCCTTGGCCTACCAAGTT  737

seq1  GCTCACCTTGTCTGTGATCTTGATGAAGAGGCTGCAGCCATCCCAGGAGG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACCTTGTCTGTGATCTTGATGAAGAGGCTGCAGCCATCCCAGGAGG  787

seq1  CCAGCTGGAGCCTGGTGCCTATGCCCTCACATAGGTCTCTCACCCGACTA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTGGAGCCTGGTGCCTATGCCCTCACATAGGTCTCTCACCCGACTA  837

seq1  CTGCTGCCCACTTCCATGGACTGTACAGAAAGGAAGCACGTGAGGCCCAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGCCCACTTCCATGGACTGTACAGAAAGGAAGCACGTGAGGCCCAG  887

seq1  GACCTAGCATGGGAAGGAGGCTTCCCAAGCCACTATTCTGAGGTCTATTC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTAGCATGGGAAGGAGGCTTCCCAAGCCACTATTCTGAGGTCTATTC  937

seq1  ACCCTATATTTTGTGTGTGTGTATGGTATATCCATGTTCATGTGAATTTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTATATTTTGTGTGTGTGTATGGTATATCCATGTTCATGTGAATTTT  987

seq1  TTTTTTTTTTTTTCTGTGACAGGGTTTTTCCGTATAGTCCTGGCTGTCCT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTTTCTGTGACAGGGTTTTTCCGTATAGTCCTGGCTGTCCT  1037

seq1  GGAACTCAGAAATCCGCCTCTGCCTCCCAAGTTCTGGGATTAAAGGGACT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTCAGAAATCCGCCTCTGCCTCCCAAGTTCTGGGATTAAAGGGACT  1087

seq1  CAAGTGTTTTCTTAATTGCTCTCAAATGTTTTTTTTTAAGATGGGGTTTC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGTTTTCTTAATTGCTCTCAAATGTTTTTTTTTAAGATGGGGTTTC  1137

seq1  TCACTGAATGTGGAATTC  1164
      ||||||||||||||||||
seq2  TCACTGAATGTGGAATTC  1155

seq1: chr18_31937348_31938520
seq2: B6Ng01-334J10.g_66_1225

seq1  GAATTCTCCCTCTTGGCTGGTGAATGGCTCAGCAAGAGAGTCCTTCCTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCCTCTTGGCTGGTGAATGGCTCAGCAAGAGAGTCCTTCCTGC  50

seq1  TCTTCCAGAGAACTGAAGTTTGATTTCTGGTTCCCAAGTCTGCCTCCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCAGAGAACTGAAGTTTGATTTCTGGTTCCCAAGTCTGCCTCCATG  100

seq1  GGGATCCTTTGTTTCTGGCATCTGGGGTGTATGCACTCTGGTTCACATAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCCTTTGTTTCTGGCATCTGGGGTGTATGCACTCTGGTTCACATAG  150

seq1  TCAAACACACACACACACACAATTTAAAATAATTAAAAAAAATTCGCCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACACACACACACACACAATTTAAAATAATTAAAAAAAATTCGCCTC  200

seq1  TTCTGTAGTGACACAGGATGTGATGCCTGCAGTTCCATCTGCGTAGGAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTAGTGACACAGGATGTGATGCCTGCAGTTCCATCTGCGTAGGAGG  250

seq1  CTGAGAAATTTCTTGGAGCTGAAAGTTCAAGGTCATCCTAGGTGTGGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAAATTTCTTGGAGCTGAAAGTTCAAGGTCATCCTAGGTGTGGCTG  300

seq1  GAGAGATGGCTCAGTGGTTGAGAACACTGGCTGCTCTTCCAAAGGACTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGATGGCTCAGTGGTTGAGAACACTGGCTGCTCTTCCAAAGGACTCA  350

seq1  GGTTCAGTTCCCAGCACCCACGTGGCAGCTCACAACTGTCAACTCCAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCAGTTCCCAGCACCCACGTGGCAGCTCACAACTGTCAACTCCAGTT  400

seq1  CCAGGGAACCAGACGCCCTCAGACATAACATGCAGGGAAAATACCAATGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGAACCAGACGCCCTCAGACATAACATGCAGGGAAAATACCAATGC  450

seq1  ACATGAAAAAATAGTAATAACAAAATAAAAACAAAAAAACAAAACCCAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAAAAAATAGTAATAACAAAATAAAAACAAAAAAACAAAACCCAGG  500

seq1  TAATAGTAGTAGTGCATGCCTTTAGTCCCAGCATTTGGAAGGTAGAATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGTAGTAGTGCATGCCTTTAGTCCCAGCATTTGGAAGGTAGAATGA  550

seq1  TCTCTGGGTTAGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGAGTTCCAAGACAGCCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGGTTAGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGAGTTCCAAGACAGCCAA  600

seq1  GGCTACACAGAAAAACCTCATCTTGACAAACTGAAAATAAAATACAAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACACAGAAAAACCTCATCTTGACAAACTGAAAATAAAATACAAAGA  650

seq1  GTAATTCTTACTGCTTTGCAGTGGACCCAGATTTGCTTCCCATCACCCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTCTTACTGCTTTGCAGTGGACCCAGATTTGCTTCCCATCACCCAT  700

seq1  GATGGGCTGCTTACCACCTATAACTCCACTTTCAGGGGACCCTACATCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGCTGCTTACCACCTATAACTCCACTTTCAGGGGACCCTACATCAT  750

seq1  CTTCTGTCTTCATGTGTACATACCACCAACATACACATACCCAGAGATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGTCTTCATGTGTACATACCACCAACATACACATACCCAGAGATAA  800

seq1  AAAGTAAAATAAAGTCTTTAAAAAAAAAATCTAGGCAATGTAGTGAGACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAAAATAAAGTCTTTAAAAAAAAAATCTAGGCAATGTAGTGAGACC  850

seq1  CTGTCTTTCTAATCTGCCTTTTTATAGAGCAGCCCTGGGTACAACATGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTTTCTAATCTGCCTTTTTATAGAGCAGCCCTGGGTACAACATGAT  900

seq1  CTTCAGTAATATCTGGTAAGAAAGAGCGGGAGACTTGGACAGGATCATGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGTAATATCTGGTAAGAAAGAGCGGGAGACTTGGACAGGATCATGG  950

seq1  CACAATGAGTTTTAATGTACGTGTCAGGGTCTTAGCTGGACTGTTAGTGA  1000
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||
seq2  CACAATGAGTTTTAATGTACGTGTCA-GGTCTTAGCTGGACTTGTAGTGA  999

seq1  GGCTGATTGGCTTCCAGTGT-GTGGGACCATGGCCCAGTGCTTCCTTGTC  1049
      ||||||||||||| |||||| |||||| |||| |||||||||||||||| 
seq2  GGCTGATTGGCTTTCAGTGTGGTGGGA-CATGTCCCAGTGCTTCCTTGT-  1047

seq1  CCCAGCAC-ACTCTGTTTCTTGAATCCCATTTGTCTTCCTACACTGGTCA  1098
      |||||||| |||||| |||||| || ||| ||||| || |||||||||||
seq2  CCCAGCACAACTCTG-TTCTTGGATTCCAATTGTC-TCTTACACTGGTCA  1095

seq1  TATTGGAGC-ATGTTCCCCCCATGTTTTGACTGTGTACTGACCCTATTTT  1147
         |||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||| |||||   
seq2  ATATGGAGCAATGT--CCCCCATGTTTGGACTGTGTACTGA-CCTAT---  1139

seq1  GGCTTGTTTTCCTCAGACTGGGATCA  1173
       |||||||   || ||||| ||||||
seq2  -GCTTGTT---CTTAGACT-GGATCA  1160