BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-342H17
Chromosome18 (Build37)
Map Location 31,701,266 - 31,840,696
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc25a46, Sap130
Upstream geneLOC433168, Rit2, EG666130, Syt4, LOC383420
Downstream geneLOC640549, Ammecr1l, Polr2d, EG626327, Wdr33, Sft2d3, Lims2, Gpr17, Myo7b, Iws1, Proc, LOC546710, Map3k2, Ercc3, Bin1, Gypc, LOC100041160, LOC100041170
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-342H17.bB6Ng01-342H17.g
ACCGA125552GA125553
length1,1221,089
definitionB6Ng01-342H17.b B6Ng01-342H17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,839,576 - 31,840,696)(31,701,266 - 31,702,345)
sequence
gaattcactatgaagactcggctgcctttgatctcgcagaaatctacctg
cttctgcctctcaacctctgggtttaaaggtatgaaccaccttttggggc
tcacatatactatttttaatgtgaatctgtaagtaaattctaagcaactc
atcttacaaaggcaaaactaaatactgaagaattacctgaggttacacaa
agcctgacagtggcagagccaagagtaaaacccaggcagacttcttccat
gctttgttctgtgtttacacaagtaacagcgctcctgtggttttctcatt
ctgctgtgaggactggcgcaggttgtgtggctggcttttgtttgtccccc
cccccccccccatttcatcaaagagttaaacttacctgaggttttcccct
caggctgtggctgctgattagccattgctgctggctgaagcccctgagtg
ttgattggggctgctgaatggattcctggggtgccaattggtgctggctg
gatccctgatgtcccaatgggggctggctggattccctgtgtactgatgg
gtgctggctggatcccctggatatgtcgggcatgtgaggcatccactgtc
atcagctgcatggggttcaggtggactgtagatgctacaccaacaccagt
ttgagctgtgatggtggagtttggggcttgagcagaaactgaaaataaca
cagaaggtcagctccagatacacacagaggcaacagcaaagtgaccagtt
tcctccctgggtagggtagggggtacagcagggcgttttcaccagcatgt
aacaaggcttagggttcagtcctcagctgctcttagactccttacagaaa
actatgtacacagaattgttttttctttttattacctaccaatttctttt
tgcaaaattatcagggatacataaaattagaaagttgggcttatactgat
atcttagtacttaggagatgatgcaggaggattattctagttctagggag
tctgagttacatagtgaatctagtcagcctggactacatttatgagtcaa
gccttaaaatatctccagatacaatatatagctgacaacgtgcctaaaga
attaaaaacttctaaaataact
gaattctttggcaagttttacgatcactctcttaagtcctatgtcctgga
gttcatctgaacaattctcattggcaaacatttctactggactggcagac
tttggagagaagatgctggcttggcctttcatctggttggtattcctgtg
atgtgatatgggcatgtggactttcattatttgttttgagttgtttatgg
attaaaaaaacaagttgggggaaaaaaaactgaaggttgggtctagagac
tgagaatttcttgagtgtaatgaagtctagtagacagaagggactgggct
ggtataccaggtgtgcttcccattccaaaacaatgtaatgtgttggggta
gataggcctgaatagaaagattggctatgatgtgggagagtcctgtagtt
tcatggagaggtggagagaatcctgacttaagtctctataggctttgtag
tgagggcagggaaagccagaacaagctggcacactggttgtgagtcccag
gaatggggtggtagagactagattaagagctgagtagatgcagaaggggt
gggtcctgatacaacctaagaggttgaaacgaggaggtggtcagagtggg
cagagacactggcagtgagacccagggtagatctattggggatagagagg
ggcaatcaatttgtaggggatactcatcatagtaaaacttagcacaggat
gtctggtgtctgtgtattggatagggtggtggaggcagtactaaggaact
tgtgggtgaatgcagtaactattctattttttaccctaaatattgaacta
agattagtggtattttaaaaaagaaaggttctttgtgtataatactttgt
actgaattaattatagtaaactatgaatctcagagttgagactgctgtgc
ttgaatgcagttccctctgtcttctacaaacttgtcaatggcatctgata
atagtgtgttatgaatgctgtctgctttaataaaagtgacttgctttcca
gtactcagaaaaagagacttagtagctaacatttctgaaattcaaaagtc
ttcctctaaactaaaatcatcttttactaaataacctgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_31839576_31840696
seq2: B6Ng01-342H17.b_66_1173 (reverse)

seq1  AGTTATTTTAGAAGTTTTTTATTCTTTTAGCACTGTTGTCTAGCTAATAT  50
      ||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||| |||| ||||
seq2  AGTTATTTTAGAAGTTTTTAATTCTTTAGGCAC-GTTGTC-AGCT-ATAT  47

seq1  -TTGTAATCTGGGAGATTATTTTTAAGACTGACTCTTAAAATGTAGTCCA  99
       |||| |||| ||||| |||||| | |  |||||| | ||||||||||||
seq2  ATTGT-ATCT-GGAGA-TATTTTAAGGCTTGACTCAT-AAATGTAGTCCA  93

seq1  GGCTGACCTAGAATTCACTATGTAACTCAGACTCACCTAGAACTTAGAAT  149
      |||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  GGCTGA-CTAG-ATTCACTATGTAACTCAGACTC-CCTAGAAC-TAGAAT  139

seq1  AATCCTCCTGCATCATCCTCCTAAGTACTAAGATTATCAGTATAAGCCCA  199
      |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AATCCTCCTGCATCAT-CTCCTAAGTACTAAGA-TATCAGTATAAGCCCA  187

seq1  ACTTTCTAATTTTATTGTATCCCTGATAATTTTGCAAAAAGAAATTGGTA  249
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTAATTTTA-TGTATCCCTGATAATTTTGCAAAAAGAAATTGGTA  236

seq1  GGTAATAAAAAAGAAAAACAATTCTGTGTACATAGTTTTCTGTAAGGAGT  299
      |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATAAAAAGAAAAAACAATTCTGTGTACATAGTTTTCTGTAAGGAGT  286

seq1  CTAAGAGCAGCTGAGGACTGAACCCTAAGCCTTGTTACATGCTGGTGAAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAGCAGCTGAGGACTGAACCCTAAGCCTTGTTACATGCTGGTGAAA  336

seq1  ACGCCCTGCTGTACCCCCTACCCTACCCAGGGAGGAAACTGGTCACTTTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCCCTGCTGTACCCCCTACCCTACCCAGGGAGGAAACTGGTCACTTTG  386

seq1  CTGTTGCCTCTGTGTGTATCTGGAGCTGACCTTCTGTGTTATTTTCAGTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGCCTCTGTGTGTATCTGGAGCTGACCTTCTGTGTTATTTTCAGTT  436

seq1  TCTGCTCAAGCCCCAAACTCCACCATCACAGCTCAAACTGGTGTTGGTGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTCAAGCCCCAAACTCCACCATCACAGCTCAAACTGGTGTTGGTGT  486

seq1  AGCATCTACAGTCCACCTGAACCCCATGCAGCTGATGACAGTGGATGCCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTACAGTCCACCTGAACCCCATGCAGCTGATGACAGTGGATGCCT  536

seq1  CACATGCCCGACATATCCAGGGGATCCAGCCAGCACCCATCAGTACACAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGCCCGACATATCCAGGGGATCCAGCCAGCACCCATCAGTACACAG  586

seq1  GGAATCCAGCCAGCCCCCATTGGGACATCAGGGATCCAGCCAGCACCAAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCCAGCCAGCCCCCATTGGGACATCAGGGATCCAGCCAGCACCAAT  636

seq1  TGGCACCCCAGGAATCCATTCAGCAGCCCCAATCAACACTCAGGGGCTTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACCCCAGGAATCCATTCAGCAGCCCCAATCAACACTCAGGGGCTTC  686

seq1  AGCCAGCAGCAATGGCTAATCAGCAGCCACAGCCTGAGGGGAAAACCTCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCAGCAATGGCTAATCAGCAGCCACAGCCTGAGGGGAAAACCTCA  736

seq1  GGTAAGTTTAACTCTTTGATGAAATGGGGGGGGGGGGGGGGACAAACAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGTTTAACTCTTTGATGAAATGGGGGGGGGGGGGGGGACAAACAAA  786

seq1  AGCCAGCCACACAACCTGCGCCAGTCCTCACAGCAGAATGAGAAAACCAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCCACACAACCTGCGCCAGTCCTCACAGCAGAATGAGAAAACCAC  836

seq1  AGGAGCGCTGTTACTTGTGTAAACACAGAACAAAGCATGGAAGAAGTCTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCGCTGTTACTTGTGTAAACACAGAACAAAGCATGGAAGAAGTCTG  886

seq1  CCTGGGTTTTACTCTTGGCTCTGCCACTGTCAGGCTTTGTGTAACCTCAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTTTTACTCTTGGCTCTGCCACTGTCAGGCTTTGTGTAACCTCAG  936

seq1  GTAATTCTTCAGTATTTAGTTTTGCCTTTGTAAGATGAGTTGCTTAGAAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTCTTCAGTATTTAGTTTTGCCTTTGTAAGATGAGTTGCTTAGAAT  986

seq1  TTACTTACAGATTCACATTAAAAATAGTATATGTGAGCCCCAAAAGGTGG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTACAGATTCACATTAAAAATAGTATATGTGAGCCCCAAAAGGTGG  1036

seq1  TTCATACCTTTAAACCCAGAGGTTGAGAGGCAGAAGCAGGTAGATTTCTG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATACCTTTAAACCCAGAGGTTGAGAGGCAGAAGCAGGTAGATTTCTG  1086

seq1  CGAGATCAAAGGCAGCCGAGTC  1121
      ||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGATCAAAGGCAGCCGAGTC  1108

seq1: chr18_31701266_31702345
seq2: B6Ng01-342H17.g_67_1152

seq1  TTCTTTGGCAAGTTTTACGATCACTCTCTTAAGTCCTATGTCCTGGAGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGGCAAGTTTTACGATCACTCTCTTAAGTCCTATGTCCTGGAGTT  50

seq1  CATCTGAACAATTCTCATTGGCAAACATTTCTACTGGACTGGCAGACTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGAACAATTCTCATTGGCAAACATTTCTACTGGACTGGCAGACTTT  100

seq1  GGAGAGAAGATGCTGGCTTGGCCTTTCATCTGGTTGGTATTCCTGTGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGAAGATGCTGGCTTGGCCTTTCATCTGGTTGGTATTCCTGTGATG  150

seq1  TGATATGGGCATGTGGACTTTCATTATTTGTTTTGAGTTGTTTATGGATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATGGGCATGTGGACTTTCATTATTTGTTTTGAGTTGTTTATGGATT  200

seq1  AAAAAAACAAGTTGGGGGAAAAAAAACTGAAGGTTGGGTCTAGAGACTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACAAGTTGGGGGAAAAAAAACTGAAGGTTGGGTCTAGAGACTGA  250

seq1  GAATTTCTTGAGTGTAATGAAGTCTAGTAGACAGAAGGGACTGGGCTGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCTTGAGTGTAATGAAGTCTAGTAGACAGAAGGGACTGGGCTGGT  300

seq1  ATACCAGGTGTGCTTCCCATTCCAAAACAATGTAATGTGTTGGGGTAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAGGTGTGCTTCCCATTCCAAAACAATGTAATGTGTTGGGGTAGAT  350

seq1  AGGCCTGAATAGAAAGATTGGCTATGATGTGGGAGAGTCCTGTAGTTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTGAATAGAAAGATTGGCTATGATGTGGGAGAGTCCTGTAGTTTCA  400

seq1  TGGAGAGGTGGAGAGAATCCTGACTTAAGTCTCTATAGGCTTTGTAGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGGTGGAGAGAATCCTGACTTAAGTCTCTATAGGCTTTGTAGTGA  450

seq1  GGGCAGGGAAAGCCAGAACAAGCTGGCACACTGGTTGTGAGTCCCAGGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGGGAAAGCCAGAACAAGCTGGCACACTGGTTGTGAGTCCCAGGAA  500

seq1  TGGGGTGGTAGAGACTAGATTAAGAGCTGAGTAGATGCAGAAGGGGTGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTGGTAGAGACTAGATTAAGAGCTGAGTAGATGCAGAAGGGGTGGG  550

seq1  TCCTGATACAACCTAAGAGGTTGAAACGAGGAGGTGGTCAGAGTGGGCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGATACAACCTAAGAGGTTGAAACGAGGAGGTGGTCAGAGTGGGCAG  600

seq1  AGACACTGGCAGTGAGACCCAGGGTAGATCTATTGGGGATAGAGAGGGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACTGGCAGTGAGACCCAGGGTAGATCTATTGGGGATAGAGAGGGGC  650

seq1  AATCAATTTGTAGGGGATACTCATCATAGTAAAACTTAGCACAGGATGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAATTTGTAGGGGATACTCATCATAGTAAAACTTAGCACAGGATGTC  700

seq1  TGGTGTCTGTGTATTGGATAGGGTGGTGGAGGCAGTACTAAGGAACTTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTCTGTGTATTGGATAGGGTGGTGGAGGCAGTACTAAGGAACTTGT  750

seq1  GGGTGAATGCAGTAACTATTCTA-TTTTTAACCTAAATATTGAACTAAGA  799
      ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
seq2  GGGTGAATGCAGTAACTATTCTATTTTTTACCCTAAATATTGAACTAAGA  800

seq1  TTAGTGGTA-TTTAAAAAAGAAAGGTTCTTTGTGTATAATACTTTGTACT  848
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGGTATTTTAAAAAAGAAAGGTTCTTTGTGTATAATACTTTGTACT  850

seq1  GAATTAA-TATAGTAAACTATGAATCTCAGAG-TGAGACTGCTGTGCTTG  896
      ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GAATTAATTATAGTAAACTATGAATCTCAGAGTTGAGACTGCTGTGCTTG  900

seq1  AATGCAGTTCCCTCTGTCTTCTACAAACTTGTCAATGGCATCTGAATATA  946
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||
seq2  AATGCAGTTCCCTCTGTCTTCTACAAACTTGTCAATGGCATCTGATAATA  950

seq1  GTGTGTTAATGAATGCTGTCTGC-TTAATAAAAGGTGACTTGCTTTCCAG  995
      ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GTGTGTT-ATGAATGCTGTCTGCTTTAATAAAA-GTGACTTGCTTTCCAG  998

seq1  TACTTCAG-AAAAGAGACTTAGTAGCTAACA-TTCTGAAATTC-AAAGTC  1042
      ||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  TAC-TCAGAAAAAGAGACTTAGTAGCTAACATTTCTGAAATTCAAAAGTC  1047

seq1  TTCCTCTAAACTAAAATCATCTTTTTACTAA--TACCTGT  1080
      ||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||
seq2  TTCCTCTAAACTAAAATCATC-TTTTACTAAATAACCTGT  1086