BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-004J11
Chromosome19 (Build37)
Map Location 3,117,076 - 3,277,067
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC630980, LOC665804, EG665806, EG665810, LOC100039218, Ighmbp2
Upstream genenone
Downstream geneMrpl21, LOC665826, Cpt1a, Mtl5, Gal, Saps3, LOC100043581, Lrp5, 1810055G02Rik, LOC100039289, Suv420h1, Chka, Tcirg1, Ndufs8, Aldh3b1, Unc93b1, LOC100039337, 1700055N04Rik, Aldh3b2, Acy3, Tbx10, Nudt8, Doc2g, Ndufv1, Gstp1, Gstp2, BC021614, Cabp2, Cdk2ap2, Pitpnm1, Aip, Tmem134, Cabp4, Gpr152, Coro1b, Ptprcap, Rps6kb2, AI790298, Tbc1d10c, Ppp1ca, Rad9, Clcf1, Pold4, Ssh3, Ankrd13d
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-004J11.bB6Ng01-004J11.g
ACCDH841956DH841957
length1,1201,082
definitionDH841956|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004J11, 5' end.DH841957|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004J11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(3,275,945 - 3,277,067)(3,117,076 - 3,118,026)
sequence
gaattccagaccagccaaggttgtatagtgagatcctgcctcaaagaata
gtaaaacgggatctctatgctgtgcgtcttagcctggggttgagcctgct
ctgtgcacttcttgttcctgactgctgacagtggtgcttctcttgcagcc
ccactctctttctacaacacaactctggacctttcccagaaagaagctgt
gtcctttgcactggcccagaaagaacttgccatcatccatgggcctcctg
gcactgggaaaaccacaactgtggtggaaataatccttcaagctgtgaag
caaggcttaaaggtgggcagaggctctcccctccttctccagccctgtag
ctctgggcctgccttcactcagcagggtccccttagtccagcatgtgtat
ctgtgtcaggactggcacaggacatttgcaggttgagcgctgacctaccg
tactctgcagtttcccttagcctcacaaaactggacacctgtctggatgc
tcacatggggaaggtgcaggaaccctgaagatagctcggcctttgttgtt
ggccaggctccctcagtctgcatgcttgctatattcttgctctgagtctg
gttcacagtggtgccgtggaattgatcagggcccttttgaaaagcctgaa
gctggtcaaggcagatggagggactacagttaatcagatgtgcagtttaa
ccacaagatacacatgtgccatgcatgccctcctgcctctctgaggcatg
aagcacaattgcatgctactgtttacccacatcagtgtgggacaccctga
tcttccaggcattcctgtgtacatagtaacccgcacagtgacctgaatgc
tggggacccatggcctcattgtgtagacaaggtaaccaggaaacagagct
gtgcctggttatgcagcagctactgcatgagccagagggtgattagcaga
gccccctctttccagagctgtaggagacctgtcacagtctctgtcacgag
ggtttccaccagagtgcctttttagatgtttggaatcagcaagaaaatct
tggcttcttgatgggagcagattgggatggtttcactatgtcttcagctc
agaaggcagggaggctggtg
gaattctatactgaggaaactcaaatggctgagaaacacctaaagaaatg
ttcaacatccttagtcatcagggaaatgcaaattgaaacaaccctgagat
tccacctcacaccagtcagaatggctaagatcaaacactaagctgacagc
agatgctggtgaggatgtggagaaagatgtgggattgcaatctggtacaa
ctactctggaaatcagtttggtggttcctcagaaaattggagatagtact
acctgaggacccagctataccactcctgagcatgtatccagaagattctc
caacatgtaataaggacgcatgttccactgtgttcatagcagccatattt
ataatagccagaagctgcaagtaacccagatgtccttcaacagaggaatg
gatacagaaaatgtggtactacttagctattaaaaacactgactacatga
aatttgtggacaaatggatggatctagaaaatatcatcctgagtgaggta
actcagtcacaaaagaacacacttgatatgtactcactgataagtggata
ttaggcaaaggacatgaactatccatgattcaactcatggaccacatgaa
gctgaagaggaaagaacaccaaagagtggatactttagcactacttagac
tttgataaatgatttaattcaagagtaatgtgaaaaatgccaagagtttt
gatggccaaaattacacaggtccatgcaggaggaatgacaaatggcttta
gaactcatggaagatggcccactggttagcaaagccactatgggttcacc
ttgtttaagttaaaggtcccatggactgtatcctgaagatgtcatgctgt
tatctgtttctactctgcttactgtcaccacttccctcttaatctaagaa
acctatgaaaatcgcaaatggtcttgccagtcctcactatgcagtgtctt
gcactcacaatatatatacatatgtagcaaggacttcttgactgacgact
tctctgagagaggtgcatctactctgtgagttgctgtccagtaggggata
ctgaatgctgtatggaagcacattcatatgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_3275945_3277067
seq2: B6Ng01-004J11.b_46_1165 (reverse)

seq1  CACCAGCCTCCCTGCACTCTGAGCTGGAGGGCAC-TAGTGAAAACCATCC  49
      |||||||||||||||  ||||||||| ||   || ||||| |||||||||
seq2  CACCAGCCTCCCTGCCTTCTGAGCTGAAG---ACATAGTG-AAACCATCC  46

seq1  C-ATCTGCTCCCATCAAGAAGCC-AGATTTTCCTGCTGGTTCCAAACATC  97
      | ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||
seq2  CAATCTGCTCCCATCAAGAAGCCAAGATTTTCTTGCTGATTCCAAACATC  96

seq1  TACAAAGGCACTCTGGTGGAAACCCTCGTGGACAGAGACTGTGACAGGTC  147
      || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGGCACTCTGGTGGAAACCCTCGT-GACAGAGACTGTGACAGGTC  145

seq1  TCCCTACAGCTCTGGAAAGAGGGGGCTCTGCTAATCACCCTCTGGCTCAT  197
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-CCTACAGCTCTGGAAAGAGGGGGCTCTGCTAATCACCCTCTGGCTCAT  194

seq1  GCAGTAGCTGCTGCATAACCAGGCACAGCTCTGTTTCCTGGTTACCTTGT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTAGCTGCTGCATAACCAGGCACAGCTCTGTTTCCTGGTTACCTTGT  244

seq1  CTACACAATGAGGCCATGGGTCCCCAGCATTCAGGTCACTGTGCGGGTTA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACAATGAGGCCATGGGTCCCCAGCATTCAGGTCACTGTGCGGGTTA  294

seq1  CTATGTACACAGGAATGCCTGGAAGATCAGGGTGTCCCACACTGATGTGG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTACACAGGAATGCCTGGAAGATCAGGGTGTCCCACACTGATGTGG  344

seq1  GTAAACAGTAGCATGCAATTGTGCTTCATGCCTCAGAGAGGCAGGAGGGC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACAGTAGCATGCAATTGTGCTTCATGCCTCAGAGAGGCAGGAGGGC  394

seq1  ATGCATGGCACATGTGTATCTTGTGGTTAAACTGCACATCTGATTAACTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATGGCACATGTGTATCTTGTGGTTAAACTGCACATCTGATTAACTG  444

seq1  TAGTCCCTCCATCTGCCTTGACCAGCTTCAGGCTTTTCAAAAGGGCCCTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCCTCCATCTGCCTTGACCAGCTTCAGGCTTTTCAAAAGGGCCCTG  494

seq1  ATCAATTCCACGGCACCACTGTGAACCAGACTCAGAGCAAGAATATAGCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATTCCACGGCACCACTGTGAACCAGACTCAGAGCAAGAATATAGCA  544

seq1  AGCATGCAGACTGAGGGAGCCTGGCCAACAACAAAGGCCGAGCTATCTTC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGCAGACTGAGGGAGCCTGGCCAACAACAAAGGCCGAGCTATCTTC  594

seq1  AGGGTTCCTGCACCTTCCCCATGTGAGCATCCAGACAGGTGTCCAGTTTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTCCTGCACCTTCCCCATGTGAGCATCCAGACAGGTGTCCAGTTTT  644

seq1  GTGAGGCTAAGGGAAACTGCAGAGTACGGTAGGTCAGCGCTCAACCTGCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGCTAAGGGAAACTGCAGAGTACGGTAGGTCAGCGCTCAACCTGCA  694

seq1  AATGTCCTGTGCCAGTCCTGACACAGATACACATGCTGGACTAAGGGGAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCCTGTGCCAGTCCTGACACAGATACACATGCTGGACTAAGGGGAC  744

seq1  CCTGCTGAGTGAAGGCAGGCCCAGAGCTACAGGGCTGGAGAAGGAGGGGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTGAGTGAAGGCAGGCCCAGAGCTACAGGGCTGGAGAAGGAGGGGA  794

seq1  GAGCCTCTGCCCACCTTTAAGCCTTGCTTCACAGCTTGAAGGATTATTTC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTCTGCCCACCTTTAAGCCTTGCTTCACAGCTTGAAGGATTATTTC  844

seq1  CACCACAGTTGTGGTTTTCCCAGTGCCAGGAGGCCCATGGATGATGGCAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACAGTTGTGGTTTTCCCAGTGCCAGGAGGCCCATGGATGATGGCAA  894

seq1  GTTCTTTCTGGGCCAGTGCAAAGGACACAGCTTCTTTCTGGGAAAGGTCC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTTCTGGGCCAGTGCAAAGGACACAGCTTCTTTCTGGGAAAGGTCC  944

seq1  AGAGTTGTGTTGTAGAAAGAGAGTGGGGCTGCAAGAGAAGCACCACTGTC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTGTGTTGTAGAAAGAGAGTGGGGCTGCAAGAGAAGCACCACTGTC  994

seq1  AGCAGTCAGGAACAAGAAGTGCACAGAGCAGGCTCAACCCCAGGCTAAGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTCAGGAACAAGAAGTGCACAGAGCAGGCTCAACCCCAGGCTAAGA  1044

seq1  CGCACAGCATAGAGATCCCGTTTTACTATTCTTTGAGGCAGGATCTCACT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCACAGCATAGAGATCCCGTTTTACTATTCTTTGAGGCAGGATCTCACT  1094

seq1  ATACAACCTTGGCTGGTCTGGAATTC  1123
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAACCTTGGCTGGTCTGGAATTC  1120

seq1: chr19_3117076_3118026
seq2: B6Ng01-004J11.g_218_1148

seq1  GATGCTGGTGAGGATGTGGAGAAAGATGTGGGATTGCAATCTGGTACAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTGGTGAGGATGTGGAGAAAGATGTGGGATTGCAATCTGGTACAAC  50

seq1  TACTCTGGAAATCAGTTTGGTGGTTCCTCAGAAAATTGGAGATAGTACTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTGGAAATCAGTTTGGTGGTTCCTCAGAAAATTGGAGATAGTACTA  100

seq1  CCTGAGGACCCAGCTATACCACTCCTGAGCATGTATCCAGAAGATTCTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGGACCCAGCTATACCACTCCTGAGCATGTATCCAGAAGATTCTCC  150

seq1  AACATGTAATAAGGACGCATGTTCCACTGTGTTCATAGCAGCCATATTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGTAATAAGGACGCATGTTCCACTGTGTTCATAGCAGCCATATTTA  200

seq1  TAATAGCCAGAAGCTGCAAGTAACCCAGATGTCCTTCAACAGAGGAATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGCCAGAAGCTGCAAGTAACCCAGATGTCCTTCAACAGAGGAATGG  250

seq1  ATACAGAAAATGTGGTACTACTTAGCTATTAAAAACACTGACTACATGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGAAAATGTGGTACTACTTAGCTATTAAAAACACTGACTACATGAA  300

seq1  ATTTGTGGACAAATGGATGGATCTAGAAAATATCATCCTGAGTGAGGTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTGGACAAATGGATGGATCTAGAAAATATCATCCTGAGTGAGGTAA  350

seq1  CTCAGTCACAAAAGAACACACTTGATATGTACTCACTGATAAGTGGATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTCACAAAAGAACACACTTGATATGTACTCACTGATAAGTGGATAT  400

seq1  TAGGCAAAGGACATGAACTATCCATGATTCAACTCATGGACCACATGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCAAAGGACATGAACTATCCATGATTCAACTCATGGACCACATGAAG  450

seq1  CTGAAGAGGAAAGAACACCAAAGAGTGGATACTTTAGCACTACTTAGACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGAGGAAAGAACACCAAAGAGTGGATACTTTAGCACTACTTAGACT  500

seq1  TTGATAAATGATTTAATTCAAGAGTAATGTGAAAAATGCCAAGAGTTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAAATGATTTAATTCAAGAGTAATGTGAAAAATGCCAAGAGTTTTG  550

seq1  ATGGCCAAAATTACACAGGTCCATGCAGGAGGAATGACAAATGGCTTTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCAAAATTACACAGGTCCATGCAGGAGGAATGACAAATGGCTTTAG  600

seq1  AACTCATGGAAGATGGCCCACTGGTTAGCAAAGCCACTATGGGTTCACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCATGGAAGATGGCCCACTGGTTAGCAAAGCCACTATGGGTTCACCT  650

seq1  TGTTTAAGTT-AAGGTCCCATGGACTGTATCCTGAAGATGTCATGCTGTT  699
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAAGTTAAAGGTCCCATGGACTGTATCCTGAAGATGTCATGCTGTT  700

seq1  ATCTGTTTCTACTCTGCTTACTGTCACCACTTCCCTCTTAATCTAAGAAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTTTCTACTCTGCTTACTGTCACCACTTCCCTCTTAATCTAAGAAA  750

seq1  CCTATGAAAATCGCAAATGGTCTTGCCAGTCCTCACTATGCAGTGTCTTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCTATGAAAATCGCAAATGGTCTTGCCAGTCCTCACTATGCAGTGTCTT-  799

seq1  GCACTCACAATAATAATATACATATGTAGCAGGGGACTTCCTTGACTGAC  849
      ||||||||||||   ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||
seq2  GCACTCACAATA--TATATACATATGTAGCA-AGGACTT-CTTGACTGAC  845

seq1  AGACTTCTCTGAGAGAGGGTGCATCTACTCCTGGTGAGGTTTGCTGTCCC  899
       ||||||||||||||| |||||||||||||   |||||  ||||||||| 
seq2  -GACTTCTCTGAGAGA-GGTGCATCTACTC--TGTGAG--TTGCTGTCC-  888

seq1  AGGTAGGGGGGATACTGAGTGGCTGGTAATGGGAAGCACCATTTCATATG  949
        |||  ||||||||||| | ||| |||   ||||||||   ||||||||
seq2  -AGTA--GGGGATACTGAAT-GCT-GTA--TGGAAGCAC--ATTCATATG  929

seq1  TA  951
      ||
seq2  TA  931