BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-008A08
Chromosome19 (Build37)
Map Location 58,811,926 - 58,976,677
singlet/doubletdoublet
Overlap genePnliprp1, Pnliprp2, 1700019N19Rik, Hspa12a
Upstream geneAtrnl1, Gfra1, LOC100043503, 1700011F14Rik, Pnlip
Downstream gene6430537H07Rik, 4930506M07Rik, LOC668626, Vax1, LOC668627, Kcnk18, Slc18a2, Pdzd8, LOC100034727, LOC100043073, Emx2os, Emx2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-008A08.bB6Ng01-008A08.g
ACCDH844421DH844422
length1,100458
definitionDH844421|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008A08, 5' end.DH844422|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008A08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,811,926 - 58,813,022)(58,976,214 - 58,976,677)
sequence
gaattctctgtgccaggctggccacagcgaagagacatatactatggcat
actgctgcctgcctctttaactcataagagctagtcgggacatccttcat
tagctccatatgtgtgacattatgctggcagcctaaagatggccagggtt
gaaatatttacatcatagaaattggcaaactcagggctgtagctgtagtt
catttgcttggcatgcacaaagccctgggttcgatccccaggacctcata
aaccaggtatcaaaacccagacctatgttgccagcattagggaggaaata
gcagaaggatcaggagttcaaggtcactctctactatatagtgaggtcaa
gcacagcctgggcaacatatgatagggtcttttaaaaagaaagaaggaga
agaaaactgttggtaaactctacaatcaatacggagagttgacaccacta
ccacacggctgcctgggaaacacagttaactgatgggaacagggcccaag
atggcagtgctgttaaaggtccctgataattctaacatgctgcacatcac
agcgaggagctgagatgaagagaattcagagagcatgagctctaactccc
ttcccaccgcaaacaggggaactgggctgcaagggactgaagtgtcgtct
ttttctaggtatttgtaaagaagacaaaacctgcttcacagctctctgtt
ctctttaccagaacaaatgcttcccctgcccagatcaaggctgcccacag
atgggtcactatgctgataagttgccaacaatacaagtgttggagccaca
gaagttctttctgaacacaggagaagccaagaactttgcacgtaagttga
ctacttggccaggttcaggagagggtatacacctgaatgatttctgaaca
ctcttggatgacctcaaaggaggatgtgcctgccctgagcgctccatgca
tgactcactaagaaaaagagaacaacccaagcttctttctacaggatctc
attcttggaacactgtaaagttatcacgtcattgtggaggtttgaaggca
atttgcaagagctttgggaacaactggttggaaattttaccctctacagg

tctgtttagttctatcccatttttaaattgcattatttgggttgttggta
tctaatttctgaacagagcaccaacagctcatgtcactaagatcaacaat
taatagacgggacctcttgagactgaaaagcttctgtaaggcaaagggca
ctgtcaataggacaaaacggcagcctacagattgggaaaaggacttcatc
aaccccacatctgacagagggctaatatccaaagtatataaagaactcaa
gaagttaggcaccaacaaaccttttaagcttttagataagctgttcatat
tcacaacaaataggaagataataaaagggaggtgtgtgtgaaaaccactt
tgtgtccccccacttcattctctcccaatgagatgaattttagtgatgtg
ctagaaccttccacctaagtctgcagagctgaatgtgtgattggggtgag
ggaggttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_58811926_58813022
seq2: B6Ng01-008A08.b_42_1140

seq1  GAATTCTCTGTGCCAGGCTGGCCACAGCGAAGAGACATATACTATGGCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTGCCAGGCTGGCCACAGCGAAGAGACATATACTATGGCAT  50

seq1  ACTGCTGCCTGCCTCTTTAACTCATAAGAGCTAGTCGGGACATCCTTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTGCCTGCCTCTTTAACTCATAAGAGCTAGTCGGGACATCCTTCAT  100

seq1  TAGCTCCATATGTGTGACATTATGCTGGCAGCCTAAAGATGGCCAGGGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCCATATGTGTGACATTATGCTGGCAGCCTAAAGATGGCCAGGGTT  150

seq1  GAAATATTTACATCATAGAAATTGGCAAACTCAGGGCTGTAGCTGTAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATATTTACATCATAGAAATTGGCAAACTCAGGGCTGTAGCTGTAGTT  200

seq1  CATTTGCTTGGCATGCACAAAGCCCTGGGTTCGATCCCCAGGACCTCATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGCTTGGCATGCACAAAGCCCTGGGTTCGATCCCCAGGACCTCATA  250

seq1  AACCAGGTATCAAAACCCAGACCTATGTTGCCAGCATTAGGGAGGAAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGGTATCAAAACCCAGACCTATGTTGCCAGCATTAGGGAGGAAATA  300

seq1  GCAGAAGGATCAGGAGTTCAAGGTCACTCTCTACTATATAGTGAGGTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGGATCAGGAGTTCAAGGTCACTCTCTACTATATAGTGAGGTCAA  350

seq1  GCACAGCCTGGGCAACATATGATAGGGTCTTTTAAAAAGAAAGAAGGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGCCTGGGCAACATATGATAGGGTCTTTTAAAAAGAAAGAAGGAGA  400

seq1  AGAAAACTGTTGGTAAACTCTACAATCAATACGGAGAGTTGACACCACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACTGTTGGTAAACTCTACAATCAATACGGAGAGTTGACACCACTA  450

seq1  CCACACGGCTGCCTGGGAAACACAGTTAACTGATGGGAACAGGGCCCAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACGGCTGCCTGGGAAACACAGTTAACTGATGGGAACAGGGCCCAAG  500

seq1  ATGGCAGTGCTGTTAAAGGTCCCTGATAATTCTAACATGCTGCACATCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAGTGCTGTTAAAGGTCCCTGATAATTCTAACATGCTGCACATCAC  550

seq1  AGCGAGGAGCTGAGATGAAGAGAATTCAGAGAGCATGAGCTCTAACTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGAGGAGCTGAGATGAAGAGAATTCAGAGAGCATGAGCTCTAACTCCC  600

seq1  TTCCCACCGCAAACAGGGGAACTGGGCTGCAAGGGACTGAAGTGTCGTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCACCGCAAACAGGGGAACTGGGCTGCAAGGGACTGAAGTGTCGTCT  650

seq1  TTTTCTAGGTATTTGT-AAGAAGACAAAACCTGCTTCACAGCTCTCTGTT  699
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTAGGTATTTGTAAAGAAGACAAAACCTGCTTCACAGCTCTCTGTT  700

seq1  CTCTTTACCAGAACAAATGCTTCCCCTGCCCAGATCAAGGCTGCCCACAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTACCAGAACAAATGCTTCCCCTGCCCAGATCAAGGCTGCCCACAG  750

seq1  ATGGGTCACTATGCTGATAAGTTTGCCAACAATACAAGTG-TGGAGCCAC  798
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATGGGTCACTATGCTGATAAG-TTGCCAACAATACAAGTGTTGGAGCCAC  799

seq1  AGAAGTTCTTCCTGAACACAGGAGAAGCCAAGAACTTTGCACGTAAGTTG  848
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTTCTTTCTGAACACAGGAGAAGCCAAGAACTTTGCACGTAAGTTG  849

seq1  ACTACTTGGCCAGG-TCAGGAGAGGGTTATACAACCTGATTGATTTCTGA  897
      |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||
seq2  ACTACTTGGCCAGGTTCAGGAGAGGG-TATAC-ACCTGAATGATTTCTGA  897

seq1  ACACGCTTGGATGACCTCAGAGGAGGATGTGCCTGCCCTGAGCGCTCCAT  947
      |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCTTGGATGACCTCAAAGGAGGATGTGCCTGCCCTGAGCGCTCCAT  947

seq1  GCATGACTCCACTAAGACACAGAGAACAACCC-AGCTTC-TTCTACATGA  995
      |||||||| |||||||| | |||||||||||| |||||| ||||||| ||
seq2  GCATGACT-CACTAAGAAAAAGAGAACAACCCAAGCTTCTTTCTACAGGA  996

seq1  TCTCCATTCTGTGGAACAACTG-AAAGTCATCACCGTCATTTGTGAGGTT  1044
      ||| |||||| |||||| |||| ||||| |||| |||||||   ||||||
seq2  TCT-CATTCT-TGGAAC-ACTGTAAAGTTATCA-CGTCATTGTGGAGGTT  1042

seq1  --GAGGCAATTTGC-AGAGCTTTGGGAACAACTAGCTTG-AATTTTACCC  1090
         ||||||||||| |||||||||||||||||| | | | ||||||||||
seq2  TGAAGGCAATTTGCAAGAGCTTTGGGAACAACTGGTTGGAAATTTTACCC  1092

seq1  TCTACAG  1097
      |||||||
seq2  TCTACAG  1099

seq1: chr19_58976214_58976677
seq2: B6Ng01-008A08.g_71_534 (reverse)

seq1  CAACCTCCCTCACCCCCTCCACACATTCAGCTCTGCAGACTTAGGTGGAA  50
      ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTCCCTCACCCCAATCACACATTCAGCTCTGCAGACTTAGGTGGAA  50

seq1  GGTTCTAGCACATCACTAAAATTCATCTCATTGGGAGAGAATGAAGTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTAGCACATCACTAAAATTCATCTCATTGGGAGAGAATGAAGTGGG  100

seq1  GGGACACAAAGTGGTTTTCACACACACCTCCCTTTTATTATCTTCCTATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACACAAAGTGGTTTTCACACACACCTCCCTTTTATTATCTTCCTATT  150

seq1  TGTTGTGAATATGAACAGCTTATCTAAAAGCTTAAAAGGTTTGTTGGTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTGAATATGAACAGCTTATCTAAAAGCTTAAAAGGTTTGTTGGTGC  200

seq1  CTAACTTCTTGAGTTCTTTATATACTTTGGATATTAGCCCTCTGTCAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTTCTTGAGTTCTTTATATACTTTGGATATTAGCCCTCTGTCAGAT  250

seq1  GTGGGGTTGATGAAGTCCTTTTCCCAATCTGTAGGCTGCCGTTTTGTCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGTTGATGAAGTCCTTTTCCCAATCTGTAGGCTGCCGTTTTGTCCT  300

seq1  ATTGACAGTGCCCTTTGCCTTACAGAAGCTTTTCAGTCTCAAGAGGTCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACAGTGCCCTTTGCCTTACAGAAGCTTTTCAGTCTCAAGAGGTCCC  350

seq1  GTCTATTAATTGTTGATCTTAGTGACATGAGCTGTTGGTGCTCTGTTCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATTAATTGTTGATCTTAGTGACATGAGCTGTTGGTGCTCTGTTCAG  400

seq1  AAATTAGATACCAACAACCCAAATAATGCAATTTAAAAATGGGATAGAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAGATACCAACAACCCAAATAATGCAATTTAAAAATGGGATAGAAC  450

seq1  TAAACAGAGAATTC  464
      ||||||||||||||
seq2  TAAACAGAGAATTC  464