BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-054J22
Chromosome19 (Build37)
Map Location 56,166,150 - 56,303,707
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGpam, Tectb, Gucy2g, Acsl5, Zdhhc6, Vti1a, LOC100043479, Tcf7l2, Ppnr, LOC100043484
Downstream geneHabp2, Nrap, Casp7, 9930023K05Rik, Dclre1a, Nhlrc2, Adrb1, EG629643, A630007B06Rik, 1700010L13Rik, Tdrd1, Vwa2, Afap1l2, Ablim1, EG668259
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-054J22.bB6Ng01-054J22.g
ACCDH877315DH877316
length1,122898
definitionDH877315|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054J22, 5' end.DH877316|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054J22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,302,581 - 56,303,707)(56,166,150 - 56,167,050)
sequence
gaattctgcttcaactacatgtgatctttgcagggtgggtgctagagtat
ataagaggaggaaagttggggttcaaatttcagcgatgtggcttctttgt
gatacgtttttcattgctttgtaaggatgtagctacatttgaattgccat
gttcctgggagttaactgtgataaaaatccctgtttcaccacatggggct
gggaaaagagtaactttttcagttggtctgtgccctctcagaggtgaata
gctgcttcccacacctccccaaggcaagcaataagtgttacagtttttac
ctgctatggctgtgagcagatagactgggccagcaaacagaaagctttca
gcattaggttgccaggccatctctctaaacaagaggactagctcacaggg
agtaaggcaggaatgtggaagaggaactgaggcaccaggccagagagcaa
tcactgttggctgaacattccttcctgtgttgtggtctgggattggtttg
ctaacataggacttaggtgaggacttgaagacctttagggaggactgtgg
acttcagaaacaaggctgccctctcacacatccccaagccttacacttct
cccacagaccccacagcaacacacagtaggcactcattaaatatgggttg
aaaaatcaatgtatctgactgaaggacggaacgactcgaccccaggagcc
accgaacaaaaacactgaaggctttgctttagtctgtctagctttttcct
ctcagaacaaacagaagaaccaaaaccaaaacaaaaatataatcagacaa
aactctgcttctgaaaggtactgaacaaacgcatctgagttattattgca
ggaaaaatcaatggttcttctgcccaccactgagccttgggcgttgactt
ggaaacacagacgccctcccagaccaacgctctcctgagcccatgagctg
agtgcacaaggtccagcttccccagctgcctgaccagtgggaaatcattt
cttcatggagcgcagcattgcttcagtattagcacccacctcgtgccccc
tgttctcagctacgtagcaagtggacatttaaagtgtgtgcgggtggggt
ggctcggggggggtggggagta
gaattccacccctccatctagcaaagggaggtctcctctacattccgcag
ggcgtcttcaagccaagtgactcacagcacgcatgctctctggatctatg
ccacacatatggtcaggcaaaccagaaccaattggatagtcatcaaggaa
cctagagtctggacctttgaaacctaagccagggccctgacctgagtgct
aagtcagtgcctttcggggtttctttcaagtgggagatgtgaaatatggg
attgaaagggcctatgatctatggtcctgtgagccatggtcctgcgagcc
atggacctgtgatctttgggcctgtgagtcatgagcctgtgatctgtggg
ctcatgagttctatggtcttctgagaagttactgagccttccctgctata
agaggagagagaaccagtcaggagactgaggatccagccaccatgcagac
actgccttcttttcagctgggtccccctcaaatggcatcagaggtcaggt
tcccctccacccccaccccaggctgctttttctgaaactatgggcctctc
atgtcagtcataagcattaacacaaccttaaagtatttctaatgtttatt
tttagtatgtgtatatgtatgtgtatatatatatgtgtattgtctcatga
atatatgtgccttgtatcgcggttgaactgaaattagagacttttgtgag
ctgcctcgtggatcctaggggggtgaactctggtcctctggaaagagtgg
gtaatgtttttaaccaacgagccatcttttccagcctgcatcgactctat
cttaactgtctcgtttcatttgtcttcttatatgtagtaaaaggttttag
caacacagttgaacataaggtttaggaagaccccagggaggttctgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_56302581_56303707
seq2: B6Ng01-054J22.b_48_1169 (reverse)

seq1  TACTCCCCA-CCCCCACGAGCCACCCCACCCGCACACACTTTTAAATGTC  49
      ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TACTCCCCACCCCCCCCGAGCCACCCCACCCGCACACAC-TTTAAATGTC  49

seq1  CACTTGCTACGTTAGCTGGAAGACAGGGGGCACCGAGTGTGTGCTAATAC  99
      ||||||||||| ||||| ||  |||||||||||   ||| ||||||||| 
seq2  CACTTGCTACG-TAGCT-GAGAACAGGGGGCACGAGGTGGGTGCTAATA-  96

seq1  CTGAAGCAATGGCTGCGCTCCATGAAGGAAATGATTTCCCACTGGTCAGG  149
      |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGCAAT-GCTGCGCTCCATGAA-GAAATGATTTCCCACTGGTCAGG  144

seq1  CAGCTGGGGAAGCTGGACCTTGTGCACTCAGCTCATGGGCTCAGGAGAGC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGGGAAGCTGGACCTTGTGCACTCAGCTCATGGGCTCAGGAGAGC  194

seq1  GTTGGTCTGGGAGGGCGTCTGTGTTTCCAAGTCAACGCCCAAGGCTCAGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTCTGGGAGGGCGTCTGTGTTTCCAAGTCAACGCCCAAGGCTCAGT  244

seq1  GGTGGGCAGAAGAACCATTGATTTTTCCTGCAATAATAACTCAGATGCGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGCAGAAGAACCATTGATTTTTCCTGCAATAATAACTCAGATGCGT  294

seq1  TTGTTCAGTACCTTTCAGAAGCAGAGTTTTGTCTGATTATATTTTTGTTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCAGTACCTTTCAGAAGCAGAGTTTTGTCTGATTATATTTTTGTTT  344

seq1  TGGTTTTGGTTCTTCTGTTTGTTCTGAGAGGAAAAAGCTAGACAGACTAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTTGGTTCTTCTGTTTGTTCTGAGAGGAAAAAGCTAGACAGACTAA  394

seq1  AGCAAAGCCTTCAGTGTTTTTGTTCGGTGGCTCCTGGGGTCGAGTCGTTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAGCCTTCAGTGTTTTTGTTCGGTGGCTCCTGGGGTCGAGTCGTTC  444

seq1  CGTCCTTCAGTCAGATACATTGATTTTTCAACCCATATTTAATGAGTGCC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCCTTCAGTCAGATACATTGATTTTTCAACCCATATTTAATGAGTGCC  494

seq1  TACTGTGTGTTGCTGTGGGGTCTGTGGGAGAAGTGTAAGGCTTGGGGATG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTGTGTTGCTGTGGGGTCTGTGGGAGAAGTGTAAGGCTTGGGGATG  544

seq1  TGTGAGAGGGCAGCCTTGTTTCTGAAGTCCACAGTCCTCCCTAAAGGTCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGAGGGCAGCCTTGTTTCTGAAGTCCACAGTCCTCCCTAAAGGTCT  594

seq1  TCAAGTCCTCACCTAAGTCCTATGTTAGCAAACCAATCCCAGACCACAAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTCCTCACCTAAGTCCTATGTTAGCAAACCAATCCCAGACCACAAC  644

seq1  ACAGGAAGGAATGTTCAGCCAACAGTGATTGCTCTCTGGCCTGGTGCCTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAAGGAATGTTCAGCCAACAGTGATTGCTCTCTGGCCTGGTGCCTC  694

seq1  AGTTCCTCTTCCACATTCCTGCCTTACTCCCTGTGAGCTAGTCCTCTTGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCTCTTCCACATTCCTGCCTTACTCCCTGTGAGCTAGTCCTCTTGT  744

seq1  TTAGAGAGATGGCCTGGCAACCTAATGCTGAAAGCTTTCTGTTTGCTGGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGAGATGGCCTGGCAACCTAATGCTGAAAGCTTTCTGTTTGCTGGC  794

seq1  CCAGTCTATCTGCTCACAGCCATAGCAGGTAAAAACTGTAACACTTATTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCTATCTGCTCACAGCCATAGCAGGTAAAAACTGTAACACTTATTG  844

seq1  CTTGCCTTGGGGAGGTGTGGGAAGCAGCTATTCACCTCTGAGAGGGCACA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCTTGGGGAGGTGTGGGAAGCAGCTATTCACCTCTGAGAGGGCACA  894

seq1  GACCAACTGAAAAAGTTACTCTTTTCCCAGCCCCATGTGGTGAAACAGGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAACTGAAAAAGTTACTCTTTTCCCAGCCCCATGTGGTGAAACAGGG  944

seq1  ATTTTTATCACAGTTAACTCCCAGGAACATGGCAATTCAAATGTAGCTAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTATCACAGTTAACTCCCAGGAACATGGCAATTCAAATGTAGCTAC  994

seq1  ATCCTTACAAAGCAATGAAAAACGTATCACAAAGAAGCCACATCGCTGAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTACAAAGCAATGAAAAACGTATCACAAAGAAGCCACATCGCTGAA  1044

seq1  ATTTGAACCCCAACTTTCCTCCTCTTATATACTCTAGCACCCACCCTGCA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAACCCCAACTTTCCTCCTCTTATATACTCTAGCACCCACCCTGCA  1094

seq1  AAGATCACATGTAGTTGAAGCAGAATTC  1127
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCACATGTAGTTGAAGCAGAATTC  1122

seq1: chr19_56166150_56167050
seq2: B6Ng01-054J22.g_65_962

seq1  GAATTCCACCCCTCCATCTAGCAAAGGGAGGTCTCCTCTACATTCCGCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCCCTCCATCTAGCAAAGGGAGGTCTCCTCTACATTCCGCAG  50

seq1  GGCGTCTTCAAGCCAAGTGACTCACAGCACGCATGCTCTCTGGATCTATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGTCTTCAAGCCAAGTGACTCACAGCACGCATGCTCTCTGGATCTATG  100

seq1  CCACACATATGGTCAGGCAAACCAGAACCAATTGGATAGTCATCAAGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACATATGGTCAGGCAAACCAGAACCAATTGGATAGTCATCAAGGAA  150

seq1  CCTAGAGTCTGGACCTTTGAAACCTAAGCCAGGGCCCTGACCTGAGTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAGTCTGGACCTTTGAAACCTAAGCCAGGGCCCTGACCTGAGTGCT  200

seq1  AAGTCAGTGCCTTTCGGGGTTTCTTTCAAGTGGGAGATGTGAAATATGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAGTGCCTTTCGGGGTTTCTTTCAAGTGGGAGATGTGAAATATGGG  250

seq1  ATTGAAAGGGCCTATGATCTATGGTCCTGTGAGCCATGGTCCTGCGAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAAGGGCCTATGATCTATGGTCCTGTGAGCCATGGTCCTGCGAGCC  300

seq1  ATGGACCTGTGATCTTTGGGCCTGTGAGTCATGAGCCTGTGATCTGTGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACCTGTGATCTTTGGGCCTGTGAGTCATGAGCCTGTGATCTGTGGG  350

seq1  CTCATGAGTTCTATGGTCTTCTGAGAAGTTACTGAGCCTTCCCTGCTATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGAGTTCTATGGTCTTCTGAGAAGTTACTGAGCCTTCCCTGCTATA  400

seq1  AGAGGAGAGAGAACCAGTCAGGAGACTGAGGATCCAGCCACCATGCAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAGAGAGAACCAGTCAGGAGACTGAGGATCCAGCCACCATGCAGAC  450

seq1  ACTGCCTTCTTTTCAGCTGGGTCCCCCTCAAATGGCATCAGAGGTCAGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCTTCTTTTCAGCTGGGTCCCCCTCAAATGGCATCAGAGGTCAGGT  500

seq1  TCCCCTCCACCCCCACCCCAGGCTGCTTTTTCTGAAACTATGGGCCTCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTCCACCCCCACCCCAGGCTGCTTTTTCTGAAACTATGGGCCTCTC  550

seq1  ATGTCAGTCATAAGCATTAACACAACCTTAAAGTATTTCTAATGTTTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAGTCATAAGCATTAACACAACCTTAAAGTATTTCTAATGTTTATT  600

seq1  TTTAGTATGTGTATATGTATGTGTATATATATATGTGTATTGTCTCATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTTAGTATGTGTATATGTATGTGTATATATATATGTGTATTGTCTCATGA  650

seq1  ATATATGTGCCTTGGATC-CCCTGGAACTGAAATTAGAGCCTTTTGTAAA  699
      |||||||||||||| ||| |  | ||||||||||||||| ||||||| | 
seq2  ATATATGTGCCTTGTATCGCGGTTGAACTGAAATTAGAGACTTTTGTGAG  700

seq1  CTGCCACATGGATCCT-TGGTGTTGAACTCTGGTCCTCTGG-AAGAGTGG  747
      ||||| | ||||||||  || | |||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTGCCTCGTGGATCCTAGGGGGGTGAACTCTGGTCCTCTGGAAAGAGTGG  750

seq1  GCAATGTTCTTAACCAACGAGCCATC-TCTCCAGCCTGCATCGACACAAT  796
      | |||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||| | ||
seq2  GTAATGTTTTTAACCAACGAGCCATCTTTTCCAGCCTGCATCGACTCTAT  800

seq1  CTTAACTGTCTCGTTTCAGTTCGTCTTCTTATACTGGAGCAAAAGGTTCT  846
      |||||||||||||||||| || ||||||||||| || || |||||||| |
seq2  CTTAACTGTCTCGTTTCA-TTTGTCTTCTTATA-TGTAGTAAAAGGTTTT  848

seq1  AGCAGCAGCAGGTAGAACCATAGAGTTGTAGGAAGACCCCAGGGAGGTCT  896
      |||| || || || ||| |||| || | |||||||||||||||||||| |
seq2  AGCAACA-CA-GTTGAA-CATA-AGGTTTAGGAAGACCCCAGGGAGGT-T  893

seq1  CTGCT  901
      ||| |
seq2  CTGTT  898