BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-061O20
Chromosome19 (Build37)
Map Location 21,272,068 - 21,430,142
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041602, LOC100041613, Zfand5
Upstream geneLOC100041541, Anxa1, LOC100041560, 1500015L24Rik, E030003E18Rik, EG626549, Aldh1a1, Aldh1a7, Tmc1, LOC100042287, LOC100042294
Downstream geneGda, LOC100041633, 1110059E24Rik, 5730446C15Rik, Tmem2, EG433229, Trpm3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-061O20.bB6Ng01-061O20.g
ACCDH882474DH882475
length1,1431,055
definitionDH882474|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061O20, 5' end.DH882475|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061O20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,429,001 - 21,430,142)(21,272,068 - 21,273,129)
sequence
gaattcttgcccagtactgtaaatctggtcaaaagctcacaatccaagag
ttcagtgccccctcaccccttggggggggtacaaatgtaattttattaaa
tagaaatgctgtcatacaacactctagacattattgttttaacaacagat
tagtggcattcttaccctcagtcagtggttagtacagagattcataactg
gttaagatgctgagaatagatggctgttgagtacttagctgctctatctg
gtagctcacaaatatctgtaacattagctcaaagggattcaaacattcac
tcttccaacttccatggacatctgtacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacaaacacacacaaacacacacacgttcacatgcaca
tgcacacataaacactcatgcataactatgataaatatttaaaagagaca
caatgggagtttcatttagatattctaaatgtaagctacgtttagatata
agaacttttaacattgattctggcttagtgtctatttaaagtaagagttg
ctaatacagaacaaggtagcagataaagatttgaaagtaaagaaaagcac
tgataacctatcacaataccagtgtcattcaagtaaactaatccaggagg
cttgaaatgccagctttaggagtaaggagaaggaaaacacagagctgctt
tataatgtgagacactggacacaagaccatcccggtgagagaagagaggt
gcctttgggacagggttcatgtgtttgtgagcctcggtgaatgtgatttc
tcttctggcacctgctgatgagtgctggggcaatcccacggtggacaatg
gcaggtcttccagtccacgcagggaagaaatgacgctgtgacaaaggagt
aaacaaaaaggagaaagaacagaactcatgcgaataatcacacagggcac
agagagtaccacccatgcttctgggattagagaaggtgaactgggacttg
agggttggctcacctgttaatgttaggcccacaatcaaaaatatatgaga
agggatagagcatgtaatgggtttggtatatcttttggaccaggagtgcc
accatctggaggggtggaccttgtttgggaatggtatgacctg
gaattctttccaaagcaatttactattagggtaagattgtttggccagag
atcaaaagaaggagaaggaaaggaaggttgctctcagagcatagaccatg
tcatggccaggaatttactggcacattgaacaacactggaggcagggatt
cctaagaggcacagatagggaggccattagactgttctacaagaagtgac
aatccattcataagttcttgcaggttttgttttcttgttttggtttcctt
ttgttgagatgggaccttgctctgtagcccaagctgttctcgaactcttt
tttttttttttaagatttgtttatttattatatgtaagtacactgtagct
gtcttcagacacactagaagagggcatcagatctcattatagatggttgt
gagccaccatgtggttgctgggatttgaactcgggaagagcagtcagtgc
gcttaaccattgagccatctcaccagcccctgttctctaactgccttcta
ctcctgagagctgggatgacaaacactcactaccaagtccagctcatttg
agaggttcaagcagctgtctaaggtaagaagaaaattaaatttaagacta
atgaaatagagaaatcagtgctgaaaaacatggattgctcttgcagaaaa
ctcaggtttgggttgcagcaaccacatggtggttcacaaacactcataac
tacagttcaatgggacccagtgctctgatctgactttatctggcatgtga
tgaacattcactcagtcacgtacatgtacacatacatataaaattatata
catatacacaaacacatatatatgtaattatatatatgtatatatgtata
catatacatgcctatacatgtatacattatacatatatattggaactgtc
tttaattttcagcactcaagagcaaagagagccaggcttttgtgagtttg
agaatccacttggtttatatatcagttcagagccagtccgagctacacag
tgacatcttgtctcaacaaaataatccaaacaagagataatgatgtgatg
tctaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_21429001_21430142
seq2: B6Ng01-061O20.b_49_1191 (reverse)

seq1  CAGGTCATACCTATTCC--AACAAGGT-CACACCTCCAGATGGTGCCACT  47
      ||||||||||| |||||  |||||||| ||| ||||||||||||| ||||
seq2  CAGGTCATACC-ATTCCCAAACAAGGTCCACCCCTCCAGATGGTGGCACT  49

seq1  CCCTGGTCC-AAAGATATAC--AAACCATTACATGCTCTATTCCCTTTCT  94
       |||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||  || ||||
seq2  -CCTGGTCCAAAAGATATACCAAACCCATTACATGCTCTAT--CCCTTCT  96

seq1  CATATATTTTTGATTGTGGGCCTAACCTTTAACAGCTGAGCCAACCCTCA  144
      ||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||
seq2  CATATATTTTTGATTGTGGGCCTAA-CATTAACAGGTGAGCCAACCCTCA  145

seq1  AGT-CCAGTTCACCTTCTCTTAATCCAGGAGCATGGGTGGTACTCTCTGT  193
      ||| |||||||||||||||| |  |||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCAGTTCACCTTCTCTAATCCCAGAAGCATGGGTGGTACTCTCTGT  195

seq1  GCCCTGTGTGTTTATTCGCATGGTTTCTGTTCTTTCTCCTTTTTGTTTAC  243
      |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCCCTGTGTGATTATTCGCATGAGTTCTGTTCTTTCTCCTTTTTGTTTA-  244

seq1  CTCCTTTGTCACAGCGTCATTTCTTCCCTGCGTGGACTGGAAGACCTGCC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTGTCACAGCGTCATTTCTTCCCTGCGTGGACTGGAAGACCTGCC  294

seq1  ATTGTCCACCGTGGGATTGCCCCAGCACTCATCAGCAGGTGCCAGAAGAG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCCACCGTGGGATTGCCCCAGCACTCATCAGCAGGTGCCAGAAGAG  344

seq1  AAATCACATTCACCGAGGCTCACAAACACATGAACCCTGTCCCAAAGGCA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCACATTCACCGAGGCTCACAAACACATGAACCCTGTCCCAAAGGCA  394

seq1  CCTCTCTTCTCTCACCGGGATGGTCTTGTGTCCAGTGTCTCACATTATAA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCTTCTCTCACCGGGATGGTCTTGTGTCCAGTGTCTCACATTATAA  444

seq1  AGCAGCTCTGTGTTTTCCTTCTCCTTACTCCTAAAGCTGGCATTTCAAGC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTCTGTGTTTTCCTTCTCCTTACTCCTAAAGCTGGCATTTCAAGC  494

seq1  CTCCTGGATTAGTTTACTTGAATGACACTGGTATTGTGATAGGTTATCAG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGATTAGTTTACTTGAATGACACTGGTATTGTGATAGGTTATCAG  544

seq1  TGCTTTTCTTTACTTTCAAATCTTTATCTGCTACCTTGTTCTGTATTAGC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTCTTTACTTTCAAATCTTTATCTGCTACCTTGTTCTGTATTAGC  594

seq1  AACTCTTACTTTAAATAGACACTAAGCCAGAATCAATGTTAAAAGTTCTT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTTACTTTAAATAGACACTAAGCCAGAATCAATGTTAAAAGTTCTT  644

seq1  ATATCTAAACGTAGCTTACATTTAGAATATCTAAATGAAACTCCCATTGT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTAAACGTAGCTTACATTTAGAATATCTAAATGAAACTCCCATTGT  694

seq1  GTCTCTTTTAAATATTTATCATAGTTATGCATGAGTGTTTATGTGTGCAT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTTTTAAATATTTATCATAGTTATGCATGAGTGTTTATGTGTGCAT  744

seq1  GTGCATGTGAACGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGTGAACGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGT  794

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACAGATGTCCATGGAAGTTGGAAGAG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACAGATGTCCATGGAAGTTGGAAGAG  844

seq1  TGAATGTTTGAATCCCTTTGAGCTAATGTTACAGATATTTGTGAGCTACC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTTTGAATCCCTTTGAGCTAATGTTACAGATATTTGTGAGCTACC  894

seq1  AGATAGAGCAGCTAAGTACTCAACAGCCATCTATTCTCAGCATCTTAACC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGAGCAGCTAAGTACTCAACAGCCATCTATTCTCAGCATCTTAACC  944

seq1  AGTTATGAATCTCTGTACTAACCACTGACTGAGGGTAAGAATGCCACTAA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATGAATCTCTGTACTAACCACTGACTGAGGGTAAGAATGCCACTAA  994

seq1  TCTGTTGTTAAAACAATAATGTCTAGAGTGTTGTATGACAGCATTTCTAT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTGTTAAAACAATAATGTCTAGAGTGTTGTATGACAGCATTTCTAT  1044

seq1  TTAATAAAATTACATTTGTACCCCCCCCAAGGGGTGAGGGGGCACTGAAC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAAAATTACATTTGTACCCCCCCCAAGGGGTGAGGGGGCACTGAAC  1094

seq1  TCTTGGATTGTGAGCTTTTGACCAGATTTACAGTACTGGGCAAGAATTC  1142
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGATTGTGAGCTTTTGACCAGATTTACAGTACTGGGCAAGAATTC  1143

seq1: chr19_21272068_21273129
seq2: B6Ng01-061O20.g_72_1126

seq1  GAATTCTTTCCAAAGCAATTTACTATTAGGGTAAGATTGTTTGGCCAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCAAAGCAATTTACTATTAGGGTAAGATTGTTTGGCCAGAG  50

seq1  ATCAAAAGAAGGAGAAGGAAAGGAAGGTTGCTCTCAGAGCATAGACCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAAGAAGGAGAAGGAAAGGAAGGTTGCTCTCAGAGCATAGACCATG  100

seq1  TCATGGCCAGGAATTTACTGGCACATTGAACAACACTGGAGGCAGGGATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGCCAGGAATTTACTGGCACATTGAACAACACTGGAGGCAGGGATT  150

seq1  CCTAAGAGGCACAGATAGGGAGGCCATTAGACTGTTCTACAAGAAGTGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGAGGCACAGATAGGGAGGCCATTAGACTGTTCTACAAGAAGTGAC  200

seq1  AATCCATTCATAAGTTCTTGCAGGTTTTGTTTTCTTGTTTTGGTTTCCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCATTCATAAGTTCTTGCAGGTTTTGTTTTCTTGTTTTGGTTTCCTT  250

seq1  TTGTTGAGATGGGACCTTGCTCTGTAGCCCAAGCTGTTCTCGAACTCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGAGATGGGACCTTGCTCTGTAGCCCAAGCTGTTCTCGAACTCTTT  300

seq1  TTTTTTTTTTTAAGATTTGTTTATTTATTATATGTAAGTACACTGTAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTAAGATTTGTTTATTTATTATATGTAAGTACACTGTAGCT  350

seq1  GTCTTCAGACACACTAGAAGAGGGCATCAGATCTCATTATAGATGGTTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCAGACACACTAGAAGAGGGCATCAGATCTCATTATAGATGGTTGT  400

seq1  GAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCGGGAAGAGCAGTCAGTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCGGGAAGAGCAGTCAGTGC  450

seq1  GCTTAACCATTGAGCCATCTCACCAGCCCCTGTTCTCTAACTGCCTTCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAACCATTGAGCCATCTCACCAGCCCCTGTTCTCTAACTGCCTTCTA  500

seq1  CTCCTGAGAGCTGGGATGACAAACACTCACTACCAAGTCCAGCTCATTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGAGAGCTGGGATGACAAACACTCACTACCAAGTCCAGCTCATTTG  550

seq1  AGAGGTTCAAGCAGCTGTCTAAGGTAAGAAGAAAATTAAATTTAAGACTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTTCAAGCAGCTGTCTAAGGTAAGAAGAAAATTAAATTTAAGACTA  600

seq1  ATGAAATAGAGAAATCAGTGCTGAAAAACATGGATTGCTCTTGCAGAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATAGAGAAATCAGTGCTGAAAAACATGGATTGCTCTTGCAGAAAA  650

seq1  CTCAGGTTTGGGTTGCAGCAACCACATGGTGGTTCACAAACACTCATAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGTTTGGGTTGCAGCAACCACATGGTGGTTCACAAACACTCATAAC  700

seq1  TACAGTTCAATGGGACCCAGTGCTCTGATCTGACTTTATCTGGCATGTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTTCAATGGGACCCAGTGCTCTGATCTGACTTTATCTGGCATGTGA  750

seq1  TGAACATTCACTCAGTCACGTACATGTACACATACATATAAAATTATATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACATTCACTCAGTCACGTACATGTACACATACATATAAAATTATATA  800

seq1  CATATACACAAACACATATATATGTAATTATATATATGTATATATGTATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATACACAAACACATATATATGTAATTATATATATGTATATATGTATA  850

seq1  CATATACATGCCTATACATGTATACATTATACATATATATTGGAACATGT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CATATACATGCCTATACATGTATACATTATACATATATATTGGAAC-TGT  899

seq1  CTTTAA-TCTCAGCACTCAAGAGGCAAAGAGAGGCAGGGCTCTGTGAGTT  949
      |||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||||  | ||||||||
seq2  CTTTAATTTTCAGCACTCAAGA-GCAAAGAGAGCCAGGCTTTTGTGAGTT  948

seq1  TGAG-ACCCACTTGGTCTATATATCAAGTTCCAGAGCCAGTCAGAGCTAC  998
      |||| | ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| |||||||
seq2  TGAGAATCCACTTGGTTTATATATC-AGTT-CAGAGCCAGTCCGAGCTAC  996

seq1  ACAGTGACAACCTGTCTCAAACAAAATAATACAAAACAAAGAGAATAATG  1048
      ||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||   ||||| ||||||
seq2  ACAGTGACATCTTGTCTC-AACAAAATAATCCAAA--CAAGAG-ATAATG  1042

seq1  ATGTGAATGTCTAA  1062
      ||||| ||||||||
seq2  ATGTG-ATGTCTAA  1055