BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-065F11
Chromosome19 (Build37)
Map Location 51,926,233 - 52,072,027
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042936
Upstream geneLOC100042924, LOC100042928, LOC668536
Downstream geneIns1, LOC100043450, Xpnpep1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-065F11.bB6Ng01-065F11.g
ACCDH884844DH884845
length1,1381,131
definitionDH884844|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065F11, 5' end.DH884845|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065F11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,070,868 - 52,072,027)(51,926,233 - 51,927,387)
sequence
gaattcagtggttaattagtaaatactgcttgcaaggaataggaagctga
agcaaacacatgggttctctgccatcagaaggttcccagtctgataatgt
catgtaaatagacaagctccagtgttaacttgtaagcattcttaatgagc
atacagggtgatgggggattatagataacaatagtgattatctcactcac
tccaggagaattagttaaggctttactgtggactttacaagttgctggga
tttgaaagattagtaagggattacagggtgaatagagatagctgcacatt
tgtagcagggagagaagtaagctctaaagacagtgttgaaattttaccca
tccactgtaataataatgaccacagtattatggtgtcttagccttagtga
tctgatggagaattactttattaggagagactaaagacacaagaaagaaa
ttattcttgcagcctaggtatttgttctttatttagtatgtagtttttca
tcaaggtagctacgatatttcttcacataggtaatggttgttatagtaag
acttagtgatggtggttacaatttgggatcctatggtaatctaaaatatt
aatctctacaaactacaaaacttattatgtgtgagtgtcctctagcaaag
gtctggaccagtgccagccaggactcaaatagttcaaccctttcagcaaa
atgcaacaaccaggctctacaggagcaatttggccaggtcctgggggttt
ttcctgtagttctccttcctctttccctgagtccatgcaataaggagaaa
ctgggaaaagaggcagagcagaaactgggattaaaacccttcttcctttt
cctgggcttgttttccctctgggtttgacaggctttccaaagataccatc
ctctttaccccacttgcctgtatagggctattaaagcctacctgggcctg
tgtgactatatcttcatccagtctcagcaagttgcagccagggatggagt
ttccagatagggactaataatttaccatagaggaagctctaagacctaat
gaaacaacagcagtggcgcctgacttgtaggcatggcactgatttggtcc
cactgcctgccattctcccgcgagatgaatatcttctg
gaattccatatctatcagggactctgcggtatcaactgtagtcttatgac
actgtatgaggaaggaaggcagtgtatctagttggcaactcaaaggagca
tccttgacagaggtcaggaaagcattgagaccaacagaatgggctgtgaa
caaaaccccctgggtttcatctattatcactacctcaagttgtataatac
aaatattaattttgccataagctaataactttcatcagcattactttggc
tttgagttttcatgtctctttgcttcagtcaccatatataagctatattg
tatagcatcaagtgtaatttcttgagattacctattagttaatttgtatg
agagtttctacaaatttcttcacattgttctctgcttattactataatga
ccctacagagatatatggaagttactctaaaacggtggttctctatttgt
agggtcacgacccacttgggggtcacatatcctgcatatcagatacatta
tgactcataacattagcaaaattatagtcaggaagtagcaacaaaataat
cttgtggttgggggtcaccataacataaaaaaaaaagctgtaataaagga
aaataagaaccatttacatagtacaaggagttttatctacagcaataaga
aaaaggaaggagatcagataagtaagaatatatatatcactggggaatac
cgatggctgataaacaattatagcaaagtaggtggaatgagacttaacta
aaaagaatttagtatctttcctatatataaatgagaagtggactgaaata
gaaatagggggatgaacaccttttacaaagcacacacgcacacacacaca
cacacacacacacacacacacacacacacacacaggatagttaaacactt
tagtagtatccctatcattcccgattcaagttgtactacaagctagagtt
aaaaaaatgactaaacaactcatgatgatgacaacagtagactagcatgg
tattgttacaaaaatagatgcactgatctgtaaattaatatccgttattt
tttaaacatgaaaccgtatgccctagtaatcttgattttgataacaagcc
agccacaaacgaatcctcaaaattggggatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_52070868_52072027
seq2: B6Ng01-065F11.b_43_1180 (reverse)

seq1  CAGAAGAATGTCATCTCAGCGGGAAGAATGGCAAGGACAATGGGGACCCA  50
      |||||||   ||||||| ||||| |||||||||  | || ||||   |||
seq2  CAGAAGATATTCATCTC-GCGGG-AGAATGGCA--GGCAGTGGG--ACCA  44

seq1  AATCAGTGCCATGCCTCACAAGTCAGGCAGCCAACTGCCTGTCTGTCTCC  100
      |||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||| ||| | |
seq2  AATCAGTGCCATGCCT-ACAAGTCAGGC-GCC-ACTG-CTGT-TGT-TTC  88

seq1  TTTAGGTCTCAGAAGCTTCCTCTATGGTTAATTTATTTAGTCCCTATCTG  150
       |||||||| || ||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||
seq2  ATTAGGTCTTAG-AGCTTCCTCTATGGTAAATT--ATTAGTCCCTATCTG  135

seq1  GAAACTCCATCCCTGGACTGCAACTTGCTGAGACTGGATTGAAGATATTA  200
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||
seq2  GAAACTCCATCCCTGG-CTGCAACTTGCTGAGACTGGA-TGAAGATA-TA  182

seq1  GTTCACACAGGCCCAGGTAGGCTTTAATTAGCCCTATACAGGCAAGTGGG  250
      | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  G-TCACACAGGCCCAGGTAGGCTTTAA-TAGCCCTATACAGGCAAGTGGG  230

seq1  GTAAAGAGGATGGTATCTTTGGAAAGCCTGTCAAACCCAGAAGGGAAAAC  300
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GTAAAGAGGATGGTATCTTTGGAAAGCCTGTCAAACCCAG-AGGGAAAAC  279

seq1  AAGCCCAGGAAAAGGAAGAAGGGTTTTTAATCCCAGTTTCTGCTCTGCCT  350
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCAGGAAAAGGAAGAAGGG-TTTTAATCCCAGTTTCTGCTCTGCCT  328

seq1  CTTTTCCCAGTTTCTCCTTATTGCATGGACTCAGGGAAAGAGGAAGGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCCCAGTTTCTCCTTATTGCATGGACTCAGGGAAAGAGGAAGGAGA  378

seq1  ACTACAGGAAAAACCCCCAGGACCTGGCCAAATTGCTCCTGTAGAGCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACAGGAAAAACCCCCAGGACCTGGCCAAATTGCTCCTGTAGAGCCTG  428

seq1  GTTGTTGCATTTTGCTGAAAGGGTTGAACTATTTGAGTCCTGGCTGGCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTGCATTTTGCTGAAAGGGTTGAACTATTTGAGTCCTGGCTGGCAC  478

seq1  TGGTCCAGACCTTTGCTAGAGGACACTCACACATAATAAGTTTTGTAGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCAGACCTTTGCTAGAGGACACTCACACATAATAAGTTTTGTAGTT  528

seq1  TGTAGAGATTAATATTTTAGATTACCATAGGATCCCAAATTGTAACCACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAGATTAATATTTTAGATTACCATAGGATCCCAAATTGTAACCACC  578

seq1  ATCACTAAGTCTTACTATAACAACCATTACCTATGTGAAGAAATATCGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTAAGTCTTACTATAACAACCATTACCTATGTGAAGAAATATCGTA  628

seq1  GCTACCTTGATGAAAAACTACATACTAAATAAAGAACAAATACCTAGGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCTTGATGAAAAACTACATACTAAATAAAGAACAAATACCTAGGCT  678

seq1  GCAAGAATAATTTCTTTCTTGTGTCTTTAGTCTCTCCTAATAAAGTAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAATAATTTCTTTCTTGTGTCTTTAGTCTCTCCTAATAAAGTAATT  728

seq1  CTCCATCAGATCACTAAGGCTAAGACACCATAATACTGTGGTCATTATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATCAGATCACTAAGGCTAAGACACCATAATACTGTGGTCATTATTA  778

seq1  TTACAGTGGATGGGTAAAATTTCAACACTGTCTTTAGAGCTTACTTCTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGTGGATGGGTAAAATTTCAACACTGTCTTTAGAGCTTACTTCTCT  828

seq1  CCCTGCTACAAATGTGCAGCTATCTCTATTCACCCTGTAATCCCTTACTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCTACAAATGTGCAGCTATCTCTATTCACCCTGTAATCCCTTACTA  878

seq1  ATCTTTCAAATCCCAGCAACTTGTAAAGTCCACAGTAAAGCCTTAACTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTCAAATCCCAGCAACTTGTAAAGTCCACAGTAAAGCCTTAACTAA  928

seq1  TTCTCCTGGAGTGAGTGAGATAATCACTATTGTTATCTATAATCCCCCAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTGGAGTGAGTGAGATAATCACTATTGTTATCTATAATCCCCCAT  978

seq1  CACCCTGTATGCTCATTAAGAATGCTTACAAGTTAACACTGGAGCTTGTC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTGTATGCTCATTAAGAATGCTTACAAGTTAACACTGGAGCTTGTC  1028

seq1  TATTTACATGACATTATCAGACTGGGAACCTTCTGATGGCAGAGAACCCA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTACATGACATTATCAGACTGGGAACCTTCTGATGGCAGAGAACCCA  1078

seq1  TGTGTTTGCTTCAGCTTCCTATTCCTTGCAAGCAGTATTTACTAATTAAC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTGCTTCAGCTTCCTATTCCTTGCAAGCAGTATTTACTAATTAAC  1128

seq1  CACTGAATTC  1160
      ||||||||||
seq2  CACTGAATTC  1138

seq1: chr19_51926233_51927387
seq2: B6Ng01-065F11.g_68_1198

seq1  GAATTCCATATCTATCAGGGACTCTGCGGTATCAACTGTAGTCTTATGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATATCTATCAGGGACTCTGCGGTATCAACTGTAGTCTTATGAC  50

seq1  ACTGTATGAGGAAGGAAGGCAGTGTATCTAGTTGGCAACTCAAAGGAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTATGAGGAAGGAAGGCAGTGTATCTAGTTGGCAACTCAAAGGAGCA  100

seq1  TCCTTGACAGAGGTCAGGAAAGCATTGAGACCAACAGAATGGGCTGTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGACAGAGGTCAGGAAAGCATTGAGACCAACAGAATGGGCTGTGAA  150

seq1  CAAAACCCCCTGGGTTTCATCTATTATCACTACCTCAAGTTGTATAATAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACCCCCTGGGTTTCATCTATTATCACTACCTCAAGTTGTATAATAC  200

seq1  AAATATTAATTTTGCCATAAGCTAATAACTTTCATCAGCATTACTTTGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTAATTTTGCCATAAGCTAATAACTTTCATCAGCATTACTTTGGC  250

seq1  TTTGAGTTTTCATGTCTCTTTGCTTCAGTCACCATATATAAGCTATATTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGTTTTCATGTCTCTTTGCTTCAGTCACCATATATAAGCTATATTG  300

seq1  TATAGCATCAAGTGTAATTTCTTGAGATTACCTATTAGTTAATTTGTATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCATCAAGTGTAATTTCTTGAGATTACCTATTAGTTAATTTGTATG  350

seq1  AGAGTTTCTACAAATTTCTTCACATTGTTCTCTGCTTATTACTATAATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTCTACAAATTTCTTCACATTGTTCTCTGCTTATTACTATAATGA  400

seq1  CCCTACAGAGATATATGGAAGTTACTCTAAAACGGTGGTTCTCTATTTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACAGAGATATATGGAAGTTACTCTAAAACGGTGGTTCTCTATTTGT  450

seq1  AGGGTCACGACCCACTTGGGGGTCACATATCCTGCATATCAGATACATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCACGACCCACTTGGGGGTCACATATCCTGCATATCAGATACATTA  500

seq1  TGACTCATAACATTAGCAAAATTATAGTCAGGAAGTAGCAACAAAATAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCATAACATTAGCAAAATTATAGTCAGGAAGTAGCAACAAAATAAT  550

seq1  CTTGTGGTTGGGGGTCACCATAACATAAAAAAAAAAGCTGTAATAAAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGGTTGGGGGTCACCATAACATAAAAAAAAAAGCTGTAATAAAGGA  600

seq1  AAATAAGAACCATTTACATAGTACAAGGAGTTTTATCTACAGCAATAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGAACCATTTACATAGTACAAGGAGTTTTATCTACAGCAATAAGA  650

seq1  AAAAGGAAGGAGATCAGATAAGTAAGAATATATATATCACTGGGGAATAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGAAGGAGATCAGATAAGTAAGAATATATATATCACTGGGGAATAC  700

seq1  CGATGGCTGATAAACAATTATAGCAAAGTAGGTGGAATGAGACTTAACTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATGGCTGATAAACAATTATAGCAAAGTAGGTGGAATGAGACTTAACTA  750

seq1  AAAAGAATTTAGTATCTTTCCTATATATAAATGAGAAGTGGACTGAAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAATTTAGTATCTTTCCTATATATAAATGAGAAGTGGACTGAAATA  800

seq1  GAAATAGGGGGATGAACACCTTTTACAATAGCACACACGCACACACACAC  850
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAGGGGGATGAACACCTTTTACAA-AGCACACACGCACACACACAC  849

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACACAGGATAGTTAAAACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACACAGGATAGTT-AAACAC  898

seq1  TTTAGTAGGTATCCCTATCATTCCCGATTTCAAGTTGTACTACAAAGCTA  950
      ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTAGTA-GTATCCCTATCATTCCCGA-TTCAAGTTGTACTAC-AAGCTA  945

seq1  GAGTTAAAAAAATGAACTAAACAAACTCATGAATGAATGAACAACAGTAA  1000
      |||||||||||||| ||||||| |||||||| ||| ||| |||||||| |
seq2  GAGTTAAAAAAATG-ACTAAAC-AACTCATG-ATG-ATG-ACAACAGT-A  989

seq1  GACCTAGCATGGTATTGTTACAAAAATAGATGCACTGATCTGTAGAATTA  1050
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GA-CTAGCATGGTATTGTTACAAAAATAGATGCACTGATCTGTA-AATTA  1037

seq1  AATAATCCAGTTTAATTCTATAGACATGAAACCGTATG-CCTATGAATAC  1099
      |   |||| |||  ||| | || ||||||||||||||| ||||  ||| |
seq2  A--TATCC-GTT--ATTTTTTAAACATGAAACCGTATGCCCTAGTAAT-C  1081

seq1  TTGATTTTTGATAAACAAGCCAGAGCCACAAACAGAATCTTCAAAAATTG  1149
      |||| ||||||| ||||||||  |||||||||| ||||| || |||||||
seq2  TTGA-TTTTGAT-AACAAGCC--AGCCACAAAC-GAATCCTC-AAAATTG  1125

seq1  GTGATG  1155
      | ||||
seq2  GGGATG  1131