BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-070B14
Chromosome19 (Build37)
Map Location 24,448,800 - 24,590,714
singlet/doubletdoublet
Overlap genePip5k1b, 2900009I07Rik
Upstream geneMamdc2, 1700028P14Rik, LOC670565, LOC226030, EG625193, Ptar1, Apba1, Gm967, 1700021P04Rik, Tjp2, Fxn, LOC667743, LOC100042457
Downstream geneE030010A14Rik, Pgm5, LOC672195, Foxd4, Cbwd1, Dock8, LOC100042503, Ankrd15, LOC433233, LOC383474, Dmrt1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-070B14.bB6Ng01-070B14.g
ACCDH888205DH888206
length1,0391,118
definitionDH888205|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-070B14, 5' end.DH888206|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-070B14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,589,673 - 24,590,714)(24,448,800 - 24,449,921)
sequence
gaattcctcccaatgctagcactgatgtccttccaaaggctcatcccagg
cccccttctactgtgcccatgcacactctaggcttggccctgagttcttg
tgagctgtggagccactgccacctccttggtgtgagttcgttgtatctca
ctcacagagagtgacacatcatcctgtgtgctctctcccagcacaggtat
ggagtcctacgtaggcttctcattaggaccttggataggaagttgtctta
gtcagggtttctattcctgcacaaacatcatgaccaagaagcaagttggg
gaggaaagggtttatttggcttacacttccatactgttgttcatcaccca
ggaagtcaggactggaactcaagcaggtcagaaagcaggagctgatgcag
aggccatggagggatgttctttactggcttgcttcccctggcttgctcag
cctgctctcttatagaaccaagagtaccagcccagagatggtcccaccca
caaggggcctttcccccttgatcactaattgagaaaatgccttacagttg
gatctcatggaggcatttccccaactgaagctcctttctcggtgataact
ccagctgtgtcaagttgatgtaaaactaaacaatacagaagtaaaccccc
tattatagctgtggacccttctgcttctctgaaacaagcatttctctctt
gtcaccacctgtagatggtcctttgcctctctgtccttgctggtcatgcc
tagaacagttagttacccaacctctaccaacaaagacacgtgtgacgcaa
agacaggaagccacgtccgtgcggccaaagagacctgtcatatacataca
catcagatatctgaattttctctctgaagaagcaaacgtgattggatggg
ctcttgtttttgttttgggttttggttttagtggtgtgttgttcctgtgg
ctaaagaagtagctaagacctttaaaaccttcacatgtacctggtttggg
gggaggtttgctctgctggataaatagatgttgggggtt
gaattcctcatatccttcagtatcaagctgtgacatcacctactccaatc
ctcacaatacgcaatcatcaccgcatctctcggactgcttggcaatggat
caaacatggaggccactcaccccaggctcagcaacaaggacctgtcccag
tatgagcccagttcacctctctcctgctgaagtgccgccataataatgct
ctgtgacgggctgctttctggagcctcagatggacagcagggtttcaaca
gaagagatccctagttgttaggtaccagcattggcctcggagtgaccctg
cagccaccccctagatcccaatacccagcagccatactaaagttcaattc
tgagaagcggagaagatacagaaaaggaaaggcataaagagcctggacca
aaatataaaaataagttaaaaacaaccaaccaactaaccaaccaaccaac
caaccaaccaaccaaccaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaaaa
accccaacacactcttgtctaaattaaataaaaaggtactattaagtaaa
gctaaagggtaaatattaaacacaatgccaaattatcatatgatacaaac
ctagatatcagggaagagggagttttaattgagaaattgccttcataagg
tttgcctgtaagcaagcatattcttgatgttggagggcctggctcactct
gggtgggtgccaccccggggcagctggttttgagtggtataagaaagcgg
gccgaacaagcgatggggaacaagctagtatgcagtgctcctccacggct
ctgtttcagttcttgccttctttgctccccttaacagactatgacactgt
gactgggagaggtaagccaaattagacccattgctaaaggctgctttggg
tgatagtgtttatcacatcagagagaccctaactaagacagcctccatca
gacttacaaagcagtccctaggaaccacagccacagaacccgcatgccac
agctcgacccccagagcagctactggctagggtcacagaggacttggcag
agcaggattggagtcaggctcagccttttacatgtttcccatacataggg
atgaaagcattgcgtaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_24589673_24590714
seq2: B6Ng01-070B14.b_44_1082 (reverse)

seq1  AACCCCCAACATCTAATATATCAGCCAGAGCAAAACCTCCCCCAAACCAG  50
      |||||||||||||| || ||||   ||||||||| |  ||||||||||||
seq2  AACCCCCAACATCT-ATTTATCCAGCAGAGCAAACCTCCCCCCAAACCAG  49

seq1  GTACATGTTGAAGGTTTTAAAGGTCTTAGCTACTTCTTTAGCCACAGGAA  100
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATG-TGAAGGTTTTAAAGGTCTTAGCTACTTCTTTAGCCACAGGAA  98

seq1  CAACACACCACCTAAAACCAAAACCCAAAACAAAAACAAGAGCCCATCCA  150
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACACCA-CTAAAACCAAAACCCAAAACAAAAACAAGAGCCCATCCA  147

seq1  ATCACGTTTGCTTCTTCAGAGAGAAAATTCAGATATCTGATGTGTATGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACGTTTGCTTCTTCAGAGAGAAAATTCAGATATCTGATGTGTATGTA  197

seq1  TATGACAGGTCTCTTTGGCCGCACGGACGTGGCTTCCTGTCTTTGCGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACAGGTCTCTTTGGCCGCACGGACGTGGCTTCCTGTCTTTGCGTCA  247

seq1  CACGTGTCTTTGTTGGTAGAGGTTGGGTAACTAACTGTTCTAGGCATGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTGTCTTTGTTGGTAGAGGTTGGGTAACTAACTGTTCTAGGCATGAC  297

seq1  CAGCAAGGACAGAGAGGCAAAGGACCATCTACAGGTGGTGACAAGAGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGGACAGAGAGGCAAAGGACCATCTACAGGTGGTGACAAGAGAGA  347

seq1  AATGCTTGTTTCAGAGAAGCAGAAGGGTCCACAGCTATAATAGGGGGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTTGTTTCAGAGAAGCAGAAGGGTCCACAGCTATAATAGGGGGTTT  397

seq1  ACTTCTGTATTGTTTAGTTTTACATCAACTTGACACAGCTGGAGTTATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTGTATTGTTTAGTTTTACATCAACTTGACACAGCTGGAGTTATCA  447

seq1  CCGAGAAAGGAGCTTCAGTTGGGGAAATGCCTCCATGAGATCCAACTGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAGAAAGGAGCTTCAGTTGGGGAAATGCCTCCATGAGATCCAACTGTA  497

seq1  AGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAAGGGGGAAAGGCCCCTTGTGGGTGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAAGGGGGAAAGGCCCCTTGTGGGTGGG  547

seq1  ACCATCTCTGGGCTGGTACTCTTGGTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCTCTGGGCTGGTACTCTTGGTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAA  597

seq1  GCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAAAGAACATCCCTCCATGGCCTCTGCATCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAAAGAACATCCCTCCATGGCCTCTGCATCA  647

seq1  GCTCCTGCTTTCTGACCTGCTTGAGTTCCAGTCCTGACTTCCTGGGTGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTGCTTTCTGACCTGCTTGAGTTCCAGTCCTGACTTCCTGGGTGAT  697

seq1  GAACAACAGTATGGAAGTGTAAGCCAAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAACAGTATGGAAGTGTAAGCCAAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTT  747

seq1  GCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGAAACCCTGACTAAGACAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGAAACCCTGACTAAGACAA  797

seq1  CTTCCTATCCAAGGTCCTAATGAGAAGCCTACGTAGGACTCCATACCTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTATCCAAGGTCCTAATGAGAAGCCTACGTAGGACTCCATACCTGT  847

seq1  GCTGGGAGAGAGCACACAGGATGATGTGTCACTCTCTGTGAGTGAGATAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGAGAGAGCACACAGGATGATGTGTCACTCTCTGTGAGTGAGATAC  897

seq1  AACGAACTCACACCAAGGAGGTGGCAGTGGCTCCACAGCTCACAAGAACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGAACTCACACCAAGGAGGTGGCAGTGGCTCCACAGCTCACAAGAACT  947

seq1  CAGGGCCAAGCCTAGAGTGTGCATGGGCACAGTAGAAGGGGGCCTGGGAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCCAAGCCTAGAGTGTGCATGGGCACAGTAGAAGGGGGCCTGGGAT  997

seq1  GAGCCTTTGGAAGGACATCAGTGCTAGCATTGGGAGGAATTC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTTTGGAAGGACATCAGTGCTAGCATTGGGAGGAATTC  1039

seq1: chr19_24448800_24449921
seq2: B6Ng01-070B14.g_65_1182

seq1  GAATTCCTCATATCCTTCAGTATCAAGCTGTGACATCACCTACTCCAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCATATCCTTCAGTATCAAGCTGTGACATCACCTACTCCAATC  50

seq1  CTCACAATACGCAATCATCACCGCATCTCTCGGACTGCTTGGCAATGGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAATACGCAATCATCACCGCATCTCTCGGACTGCTTGGCAATGGAT  100

seq1  CAAACATGGAGGCCACTCACCCCAGGCTCAGCAACAAGGACCTGTCCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATGGAGGCCACTCACCCCAGGCTCAGCAACAAGGACCTGTCCCAG  150

seq1  TATGAGCCCAGTTCACCTCTCTCCTGCTGAAGTGCCGCCATAATAATGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGCCCAGTTCACCTCTCTCCTGCTGAAGTGCCGCCATAATAATGCT  200

seq1  CTGTGACGGGCTGCTTTCTGGAGCCTCAGATGGACAGCAGGGTTTCAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGACGGGCTGCTTTCTGGAGCCTCAGATGGACAGCAGGGTTTCAACA  250

seq1  GAAGAGATCCCTAGTTGTTAGGTACCAGCATTGGCCTCGGAGTGACCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGATCCCTAGTTGTTAGGTACCAGCATTGGCCTCGGAGTGACCCTG  300

seq1  CAGCCACCCCCTAGATCCCAATACCCAGCAGCCATACTAAAGTTCAATTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCACCCCCTAGATCCCAATACCCAGCAGCCATACTAAAGTTCAATTC  350

seq1  TGAGAAGCGGAGAAGATACAGAAAAGGAAAGGCATAAAGAGCCTGGACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGCGGAGAAGATACAGAAAAGGAAAGGCATAAAGAGCCTGGACCA  400

seq1  AAATATAAAAATAAGTTAAAAACAACCAACCAACTAACCAACCAACCAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATAAAAATAAGTTAAAAACAACCAACCAACTAACCAACCAACCAAC  450

seq1  CAACCAACCAACCAACCAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAACCAACCAACCAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAAA  500

seq1  ACCCCAACACACTCTTGTCTAAATTAAATAAAAAGGTACTATTAAGTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCAACACACTCTTGTCTAAATTAAATAAAAAGGTACTATTAAGTAAA  550

seq1  GCTAAAGGGTAAATATTAAACACAATGCCAAATTATCATATGATACAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAAGGGTAAATATTAAACACAATGCCAAATTATCATATGATACAAAC  600

seq1  CTAGATATCAGGGAAGAGGGAGTTTTAATTGAGAAATTGCCTTCATAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATATCAGGGAAGAGGGAGTTTTAATTGAGAAATTGCCTTCATAAGG  650

seq1  TTTGCCTGTAAGCAAGCATATTCTTGATGTTGGAGGGCCTGGCTCACTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTGTAAGCAAGCATATTCTTGATGTTGGAGGGCCTGGCTCACTCT  700

seq1  GGGTGGGTGCCACCCCGGGGCAGCTGGTTTTGAGTGGTATAAGAAAGCGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGGTGCCACCCCGGGGCAGCTGGTTTTGAGTGGTATAAGAAAGCGG  750

seq1  GCCGAACAAGCGATGGGGAACAAGCTAGTATGCAGTGCTCCTCCACGGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGAACAAGCGATGGGGAACAAGCTAGTATGCAGTGCTCCTCCACGGCT  800

seq1  CTGTTTCAGTTCTTGCCTTCTTTGCTCCCCTTAACAGACTATGACACTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCAGTTCTTGCCTTCTTTGCTCCCCTTAACAGACTATGACACTGT  850

seq1  GACTGGGAGAGGTAAGCCAAATTAGACCCATTGCT-AAGGCTGCTTTGGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GACTGGGAGAGGTAAGCCAAATTAGACCCATTGCTAAAGGCTGCTTTGGG  900

seq1  TGATAGTGTTTATCACATCAGGAGAGACCCTAACTAAGACAGCCTCCATC  949
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGTGTTTATCACATCA-GAGAGACCCTAACTAAGACAGCCTCCATC  949

seq1  AGACTTACAAAGCAGTCCCTAGGAACCACAGCCACAGAACCCCGCATTGC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   
seq2  AGACTTACAAAGCAGTCCCTAGGAACCACAGCCACAGAA-CCCGCAT--G  996

seq1  CCACAGCTCGACCCCCAGAGCCAGCTACTGGCTAGGGTCACAGAGGACTT  1049
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGCTCGACCCCCAGAG-CAGCTACTGGCTAGGGTCACAGAGGACTT  1045

seq1  GGCAGAGCAGGGATTGGAGTCAGGCTCAG-CTTTTACATG-TTCCCATAC  1097
      ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  GGCAGAGCA-GGATTGGAGTCAGGCTCAGCCTTTTACATGTTTCCCATAC  1094

seq1  ATAGGGATGAAAGCATTTGCGTAGA  1122
      ||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATAGGGATGAAAGCA-TTGCGTAGA  1118