BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-075D09
Chromosome19 (Build37)
Map Location 58,638,761 - 58,733,062
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043038, Atrnl1, Gfra1, LOC100043503, 1700011F14Rik
Downstream genePnlip, Pnliprp1, Pnliprp2, 1700019N19Rik, Hspa12a, 6430537H07Rik, 4930506M07Rik, LOC668626, Vax1, LOC668627, Kcnk18, Slc18a2, Pdzd8, LOC100034727, LOC100043073, Emx2os, Emx2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-075D09.bB6Ng01-075D09.g
ACCDH891831DH891832
length1,1351,134
definitionDH891831|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-075D09, 5' end.DH891832|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-075D09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,638,761 - 58,639,876)(58,731,912 - 58,733,062)
sequence
gaattctcaactggagaatacaaaatggctgagaagcacctaaaaaaatg
ttcaacatccttagtcatcagggaaatgcaaatcaaagcaacccggagat
tccacctcacaccagtcagaatagctaagatcaaaaattcaggtgacggc
agatgctggcgaggatgtggaagaggaacactcctccattgttggtggga
ttgcaagctggtacaaccactctggaaatcagtttggcagttccacagaa
aattggacatagtactacctgaagacccagcaatacctctcctgggcata
tatccagaagatgctccaaccggtaagaaggacacatgctccactatgtt
catagcagccttatttataatagccagaagctggaaagaacccagatgtc
cctaaatagaggaatggatacagaaaatgaggtacatttacacaatggag
tactgcacagctattaaaaacaatgaatttatgaaattcctaggcaaatg
gatggatctggaggacatcatcctgagtgaggtaacccaatcacaaaagg
cagcttcattagaacagttagatctaatgtttccttaacagcaaaagaaa
gaagaagctgctcagggtagggagtgggtggaagtgcgttctcagaagcc
agaggcacgaagaacggtaagcacttcctttactaaaggcctggagctat
gtggacacatgaatgctcatagcgtcagcatgtaatcatcccaggacaga
aggaaggacagcagaccatgcgctgagtgtcagctatcagatggcaacag
tcgcctgacactacaacaaagtcacccaacaggtacacacaaagttggga
aaatatatctgtattaagtgataactgaagtacaacattaatatagataa
tgtaaaatattaataaaaagataatacaaagtggttggggatattaataa
tttagagaaagacacaaagcttatattcatatgaaagatgctcaactcat
ttatatttaaaatgcaagtaaacaaggcacttttttaaaattggcaaatt
taagtaaaaacatcgtgcagaatgggcatgctatctgcatcgtttaaact
atagtaacacctaacagctactgatctacctcatg
gaattcaacttggggaatcccaaataggaatgtgtcaggagatgtctcct
tgagggaacaggaatctacacagatgacttgtgtcccacctatcagctca
gcaggaacagaaggatgagagcctggtatcagggtacaagggtacctgat
atctctatcattaaagtctgccacacgtctctagaagaggcactggccat
gcagagaacaaggggagcaacagcaagcaagacaaacgggagggcagagc
cagtgcacccaagtagatcatgagctcagctgggtgatgtgccttgtaag
gcaaagcatgaataaatgagctacttctaaaaccaagtcagatcagttat
ggacagaaaagtgaatttcctttccaatgcgtgttgaacatcttctgact
ataaaatcttttttttttttaagatttatttaatgtatgtgagtacattg
ttgctcccttctgacacaccagaagagggcattgcatcccattgcagatg
gttgtgagccaccatgtggtcactgggaattgaactcaggatctctggaa
gaacagtcagtgctcttaaccacagagtcagccatttctccaaccccccc
tgactatagaatcttatatttggttttaatgagctctcattacctgggga
gaggggaacatcagagaagagaaggaaatcttagaaccagtcgtttctgt
aagtctcagggcaacccttgggtcagaaagaccaagtcttcacagaagct
ctggctacaataccagaacctgaatgattgcagcttcgctattatccctg
tgagctgagcttgtgtactgatcccagcactgaccagtaataacttctcc
caaaaaacccgagggaataaagcagaggggaggaggataaagggaaacct
atttagtctttaaattgtttttcaaaacatattatattgtcagaaaagaa
tagtcacttgggatagtataacaaactatctatgagttggcttagagaaa
cagaaatgcattatggcagtggagctggagatgctgcagtgtacttctgt
gcatcaactttactgcttgctcacatggagaagatgcaagatctctctgg
gatctctctacatgaccctaatgtcatcaatgag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_58638761_58639876
seq2: B6Ng01-075D09.b_94_1181

seq1  ATGTTCAACATCCTTAGTCATCAGGGAAATGCAAATCAAAGCAACCCGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCAACATCCTTAGTCATCAGGGAAATGCAAATCAAAGCAACCCGGA  50

seq1  GATTCCACCTCACACCAGTCAGAATAGCTAAGATCAAAAATTCAGGTGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCACCTCACACCAGTCAGAATAGCTAAGATCAAAAATTCAGGTGAC  100

seq1  GGCAGATGCTGGCGAGGATGTGGAAGAGGAACACTCCTCCATTGTTGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGATGCTGGCGAGGATGTGGAAGAGGAACACTCCTCCATTGTTGGTG  150

seq1  GGATTGCAAGCTGGTACAACCACTCTGGAAATCAGTTTGGCAGTTCCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGCAAGCTGGTACAACCACTCTGGAAATCAGTTTGGCAGTTCCACA  200

seq1  GAAAATTGGACATAGTACTACCTGAAGACCCAGCAATACCTCTCCTGGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTGGACATAGTACTACCTGAAGACCCAGCAATACCTCTCCTGGGC  250

seq1  ATATATCCAGAAGATGCTCCAACCGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATCCAGAAGATGCTCCAACCGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTAT  300

seq1  GTTCATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCCAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCCAGAT  350

seq1  GTCCCTAAATAGAGGAATGGATACAGAAAATGAGGTACATTTACACAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTAAATAGAGGAATGGATACAGAAAATGAGGTACATTTACACAATG  400

seq1  GAGTACTGCACAGCTATTAAAAACAATGAATTTATGAAATTCCTAGGCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTACTGCACAGCTATTAAAAACAATGAATTTATGAAATTCCTAGGCAA  450

seq1  ATGGATGGATCTGGAGGACATCATCCTGAGTGAGGTAACCCAATCACAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATGGATCTGGAGGACATCATCCTGAGTGAGGTAACCCAATCACAAA  500

seq1  AGGCAGCTTCATTAGAACAGTTAGATCTAATGTTTCCTTAACAGCAAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGCTTCATTAGAACAGTTAGATCTAATGTTTCCTTAACAGCAAAAG  550

seq1  AAAGAAGAAGCTGCTCAGGGTAGGGAGTGGGTGGAAGTGCGTTCTCAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAGAAGCTGCTCAGGGTAGGGAGTGGGTGGAAGTGCGTTCTCAGAA  600

seq1  GCCAGAGGCACGAAGAACGGTAAGCACTTCCTTTACTAAAGGCCTGGAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAGGCACGAAGAACGGTAAGCACTTCCTTTACTAAAGGCCTGGAGC  650

seq1  TATGTGGACACATGAATGCTCATAGCGTCAGCATGTAATCATCCCAGGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGACACATGAATGCTCATAGCGTCAGCATGTAATCATCCCAGGAC  700

seq1  AGAAGGAAGGACAGCAGACCATGCGCTGAGTGTCAGCTATCAGATGGCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAAGGACAGCAGACCATGCGCTGAGTGTCAGCTATCAGATGGCAA  750

seq1  CAGTCGCCTGACACTACAACAAAGTCACCCAACAGGTACACACAAAGTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCGCCTGACACTACAACAAAGTCACCCAACAGGTACACACAAAGTTG  800

seq1  GGAAAATATATCTGTATTAAGTGATAACTGAAGTACAACATTAATATAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAATATATCTGTATTAAGTGATAACTGAAGTACAACATTAATATAGA  850

seq1  TAATGTAAAATATTAATAAAAAGATAATACAAAGTGGTTGGGGATATTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTAAAATATTAATAAAAAGATAATACAAAGTGGTTGGGGATATTAA  900

seq1  TAATTAAGAGAAAAGACACAAAAGCTAATATTCATATGAAAAGATGCTCA  950
      ||||| |||| |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||| 
seq2  TAATTTAGAG-AAAGACAC-AAAGCTTATATTCATATG-AAAGATGCTC-  946

seq1  AACTCATTTATAATTTAAAAATGCAAGTAAAACCAAGGGCACTTTTTTTA  1000
      ||||||||||||  || ||||||||||||||  ||| |||||||||||  
seq2  AACTCATTTATA--TTTAAAATGCAAGTAAA--CAA-GGCACTTTTTT--  989

seq1  AAAATTGGCAAAATTTTAAGTAAAAACATCGTGCCAGAAATGGGCATGCC  1050
      ||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| 
seq2  AAAATTGGCAAA--TTTAAGTAAAAACATCGTG-CAG-AATGGGCATGC-  1034

seq1  TTATCTGCCATCGTTTAAAACTTATAGTTTACACCCTAACAGGCCCTACT  1100
       |||||| |||||||||||   ||||| | ||| ||||||||   |||||
seq2  -TATCTG-CATCGTTTAAA--CTATAG-TAACA-CCTAACAG---CTACT  1075

seq1  AGATCCTAACCTCATG  1116
       ||||   ||||||||
seq2  -GATC--TACCTCATG  1088

seq1: chr19_58731912_58733062
seq2: B6Ng01-075D09.g_69_1202 (reverse)

seq1  CTCATTGATGACATGAGTGTCCCTGTAGAGAGATCCCAGAGAGATCTTGC  50
      |||||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTGATGACATTAGGGT-CATGTAGAGAGATCCCAGAGAGATCTTGC  49

seq1  ATCCTTTCTCCATGTGAAGGCACAGCAAGTAAAGTTGATGCACAGAAGTA  100
      |||  ||||||||||||  ||| ||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATC--TTCTCCATGTGA--GCA-AGC-AGTAAAGTTGATGCACAGAAGTA  93

seq1  CAACCTGCCAGCATCTTCCAGCTTCCACTGCCATAATGCATTTCTGTTTC  150
      ||  ||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CA--CTG-CAGCATC-TCCAGC-TCCACTGCCATAATGCATTTCTGTTTC  138

seq1  TCTAAGCCAACTCATTAAGGATAGTTTGTTATACTATCCCAAGTGGACTA  200
      |||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCTAAGCCAACTCAT---AGATAGTTTGTTATACTATCCCAAGT-GACTA  184

seq1  TTCTTTTCTGACAATATAATATGTTTTGAAAAACAATTTAAAGACTAAAA  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTCTTTTCTGACAATATAATATGTTTTGAAAAACAATTTAAAGACT-AAA  233

seq1  TAGGTTTCCCTTTATCCTCCTCCCCTCTGCTTTATTCCCTCGGGTTTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTTCCCTTTATCCTCCTCCCCTCTGCTTTATTCCCTCGGGTTTTTT  283

seq1  GGGAGAAGTTATTACTGGTCAGTGCTGGGATCAGTACACAAGCTCAGCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAAGTTATTACTGGTCAGTGCTGGGATCAGTACACAAGCTCAGCTC  333

seq1  ACAGGGATAATAGCGAAGCTGCAATCATTCAGGTTCTGGTATTGTAGCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGATAATAGCGAAGCTGCAATCATTCAGGTTCTGGTATTGTAGCCA  383

seq1  GAGCTTCTGTGAAGACTTGGTCTTTCTGACCCAAGGGTTGCCCTGAGACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTCTGTGAAGACTTGGTCTTTCTGACCCAAGGGTTGCCCTGAGACT  433

seq1  TACAGAAACGACTGGTTCTAAGATTTCCTTCTCTTCTCTGATGTTCCCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAAACGACTGGTTCTAAGATTTCCTTCTCTTCTCTGATGTTCCCCT  483

seq1  CTCCCCAGGTAATGAGAGCTCATTAAAACCAAATATAAGATTCTATAGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCAGGTAATGAGAGCTCATTAAAACCAAATATAAGATTCTATAGTC  533

seq1  AGGGGGGGTTGGAGAAATGGCTGACTCTGTGGTTAAGAGCACTGACTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGGGTTGGAGAAATGGCTGACTCTGTGGTTAAGAGCACTGACTGTT  583

seq1  CTTCCAGAGATCCTGAGTTCAATTCCCAGTGACCACATGGTGGCTCACAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAGAGATCCTGAGTTCAATTCCCAGTGACCACATGGTGGCTCACAA  633

seq1  CCATCTGCAATGGGATGCAATGCCCTCTTCTGGTGTGTCAGAAGGGAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTGCAATGGGATGCAATGCCCTCTTCTGGTGTGTCAGAAGGGAGCA  683

seq1  ACAATGTACTCACATACATTAAATAAATCTTAAAAAAAAAAAAGATTTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGTACTCACATACATTAAATAAATCTTAAAAAAAAAAAAGATTTTA  733

seq1  TAGTCAGAAGATGTTCAACACGCATTGGAAAGGAAATTCACTTTTCTGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCAGAAGATGTTCAACACGCATTGGAAAGGAAATTCACTTTTCTGTC  783

seq1  CATAACTGATCTGACTTGGTTTTAGAAGTAGCTCATTTATTCATGCTTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACTGATCTGACTTGGTTTTAGAAGTAGCTCATTTATTCATGCTTTG  833

seq1  CCTTACAAGGCACATCACCCAGCTGAGCTCATGATCTACTTGGGTGCACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACAAGGCACATCACCCAGCTGAGCTCATGATCTACTTGGGTGCACT  883

seq1  GGCTCTGCCCTCCCGTTTGTCTTGCTTGCTGTTGCTCCCCTTGTTCTCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTGCCCTCCCGTTTGTCTTGCTTGCTGTTGCTCCCCTTGTTCTCTG  933

seq1  CATGGCCAGTGCCTCTTCTAGAGACGTGTGGCAGACTTTAATGATAGAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCCAGTGCCTCTTCTAGAGACGTGTGGCAGACTTTAATGATAGAGA  983

seq1  TATCAGGTACCCTTGTACCCTGATACCAGGCTCTCATCCTTCTGTTCCTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGGTACCCTTGTACCCTGATACCAGGCTCTCATCCTTCTGTTCCTG  1033

seq1  CTGAGCTGATAGGTGGGACACAAGTCATCTGTGTAGATTCCTGTTCCCTC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTGATAGGTGGGACACAAGTCATCTGTGTAGATTCCTGTTCCCTC  1083

seq1  AAGGAGACATCTCCTGACACATTCCTATTTGGGATTCCCCAAGTTGAATT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGACATCTCCTGACACATTCCTATTTGGGATTCCCCAAGTTGAATT  1133

seq1  C  1151
      |
seq2  C  1134