BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-085O18
Chromosome19 (Build37)
Map Location 20,893,364 - 21,035,260
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmc1, LOC100042287
Upstream geneLOC100042218, LOC100041541, Anxa1, LOC100041560, 1500015L24Rik, E030003E18Rik, EG626549, Aldh1a1, Aldh1a7
Downstream geneLOC100042294, LOC100041602, LOC100041613, Zfand5, Gda, LOC100041633, 1110059E24Rik, 5730446C15Rik, Tmem2, EG433229
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-085O18.bB6Ng01-085O18.g
ACCDH899462DH899463
length7551,096
definitionDH899462|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085O18, 5' end.DH899463|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085O18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,893,364 - 20,894,117)(21,034,154 - 21,035,260)
sequence
gaattcctagggaggatctgactatagtattgcaaactctaagtatccat
ttacaaactggggaagagatgcaaggctatcaagaaaagagaaccctaaa
atagtggctcagccacctcaagaatatcttctaagctcaattcctgtcac
actggacaaagccccctgaagagcatctcacacatcacaacctctctccc
agtcatttagctgagatgtctggatagcttaggtctgtaaaccccaaaaa
gtcacaaacaggtcaaggcagaacaatgtataatgatagttgtgatggtt
tgtatatccttggaccagggagtggcaccatctgaaggtatggccttgtt
ggaacaggtatgacctggttggaatgggtatgtcactgtgggtgtgggta
taagatcctcaccctagttgcctggaagtcagtcttccactagcagcctt
tggatgaagacatagaactctcagctcctgctgtgccatgcctgcctgga
tactgccatgctcctaccttgatgataatggactgaacctctgaacctgt
aagccagccccaattaaatgttgttttcttttataagacttgccttggtc
ctggtgtctgttcacagcagtaaaaccctaactaagacgatagtttaaag
ggatatatatatatatatgtatatatatatatatatatatatatatatat
atatatatatatatatatatatatatatatatatatgtatatatatatag
tatat
gaattcagtccccttccccccagctgtgtagaaagtccacagttatagat
ttttttggctatcaccaatgttggggtgggctttctggtgactcagctga
tcattttgaattatccttagtccttgtaagtgatccatggcccgtcctcc
tgttagaaatgccaataaggtctaattggttcatcattctaaacattagt
gtagttattatttgggtcttttcatgtattccttttcatgagtgaataaa
catgtgttgtgcttctccacaaaaagtctgccacacaatacttggcacat
aacctggaagaaaattggggaaagacgtcaggattattatgatgtgcatg
gaccaggtaaagtacctgtagatacctttagtctttggtccttgattagg
gataggagagagaaataggtttcagaaacggaaagcaaaactaagcagtc
ccagagctggtcgtggtacactgctcacttctgctcctcccttcttgggc
agcagaggaagcagcaacatgtctgccgtggacagcatgagcatataggc
tctggcaaaggtgagttatgattcaatccagcaggtcaaggtctaagaaa
aacagttttatgaaaaatgtttgagattgagaaaaagccagtgatgaaag
tcaaaggatataaaaagaacaaggacgatgctttagaaataaaaaatact
tcagatgaaagatgtttttaagtggctgaatgcaagtaaagatgttgaaa
gttgggctaacgctagtggtgtttaaagttagtaagtgcaagttgttaat
gttagaagttttaagatatttgaaggtatataaatgcaagtgtacagatg
taagagatgatttaagaggaaaaagggaaatgtttcatattccccccaca
tgctattgtatttcaaaatttagaatttgaacatgatcatggagtctgat
aactaatggaacattgggcagttttcaattcagttacaaactcaagattt
aattccctttggttgctttctgatttaacttaagatactccccatcatgc
taaacttcctgtcaatctggtatccacttctctgaatgagaaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_20893364_20894117
seq2: B6Ng01-085O18.b_49_803

seq1  GAATTCCTAGGGAGGATCTGACTATAGTATTGCAAACTCTAAGTATCCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAGGGAGGATCTGACTATAGTATTGCAAACTCTAAGTATCCAT  50

seq1  TTACAAACTGGGGAAGAGATGCAAGGCTATCAAGAAAAGAGAACCCTAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAACTGGGGAAGAGATGCAAGGCTATCAAGAAAAGAGAACCCTAAA  100

seq1  ATAGTGGCTCAGCCACCTCAAGAATATCTTCTAAGCTCAATTCCTGTCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGGCTCAGCCACCTCAAGAATATCTTCTAAGCTCAATTCCTGTCAC  150

seq1  ACTGGACAAAGCCCCCTGAAGAGCATCTCACACATCACAACCTCTCTCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGACAAAGCCCCCTGAAGAGCATCTCACACATCACAACCTCTCTCCC  200

seq1  AGTCATTTAGCTGAGATGTCTGGATAGCTTAGGTCTGTAAACCCCAAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATTTAGCTGAGATGTCTGGATAGCTTAGGTCTGTAAACCCCAAAAA  250

seq1  GTCACAAACAGGTCAAGGCAGAACAATGTATAATGATAGTTGTGATGGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAAACAGGTCAAGGCAGAACAATGTATAATGATAGTTGTGATGGTT  300

seq1  TGTATATCCTTGGACCAGGGAGTGGCACCATCTGAAGGTATGGCCTTGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATCCTTGGACCAGGGAGTGGCACCATCTGAAGGTATGGCCTTGTT  350

seq1  GGAACAGGTATGACCTGGTTGGAATGGGTATGTCACTGTGGGTGTGGGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAGGTATGACCTGGTTGGAATGGGTATGTCACTGTGGGTGTGGGTA  400

seq1  TAAGATCCTCACCCTAGTTGCCTGGAAGTCAGTCTTCCACTAGCAGCCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATCCTCACCCTAGTTGCCTGGAAGTCAGTCTTCCACTAGCAGCCTT  450

seq1  TGGATGAAGACATAGAACTCTCAGCTCCTGCTGTGCCATGCCTGCCTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGAAGACATAGAACTCTCAGCTCCTGCTGTGCCATGCCTGCCTGGA  500

seq1  TACTGCCATGCTCCTACCTTGATGATAATGGACTGAACCTCTGAACCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCCATGCTCCTACCTTGATGATAATGGACTGAACCTCTGAACCTGT  550

seq1  AAGCCAGCCCCAATTAAATGTTGTTTTCTTTTATAAGACTTGCCTTGGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAGCCCCAATTAAATGTTGTTTTCTTTTATAAGACTTGCCTTGGTC  600

seq1  CTGGTGTCTGTTCACAGCAGTAAAACCCTAACTAAGACGATAGTATAAAG  650
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTGGTGTCTGTTCACAGCAGTAAAACCCTAACTAAGACGATAGTTTAAAG  650

seq1  GGATATATATATATATATGTATATATATATATATATATATATATATATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATATATATATATATGTATATATATATATATATATATATATATATAT  700

seq1  ATATACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA-  749
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| 
seq2  ATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTATATATATATAG  750

seq1  TATAT  754
      |||||
seq2  TATAT  755

seq1: chr19_21034154_21035260
seq2: B6Ng01-085O18.g_70_1165 (reverse)

seq1  TTTTTTCTCAATCCAGAGAGTTGGATACACAGACTGAACAGAGATGTTTT  50
      ||||||||| || ||||||  ||||||| |||| || |||| || | |||
seq2  TTTTTTCTC-ATTCAGAGAAGTGGATAC-CAGATTG-ACAG-GAAG-TTT  45

seq1  AGCATGATGGGGAGTATCTTTAAGTTTATATTCAGAAAACAACCAAAGGG  100
      |||||||||||||||||| |||||||   | ||||||| |||||||||||
seq2  AGCATGATGGGGAGTATC-TTAAGTT--AAATCAGAAAGCAACCAAAGGG  92

seq1  AAATTAAAATCTTGAGTTTGTAACTGAATTGAAAACTG-CCAATGTTCCA  149
      ||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AA--TTAAATCTTGAGTTTGTAACTGAATTGAAAACTGCCCAATGTTCCA  140

seq1  TTAGTTTATCAGAACTCCATTGATCAATGTTCAAATTCTAAATTTTGAAA  199
      |||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAG-TTATCAG-ACTCCA-TGATC-ATGTTCAAATTCTAAATTTTGAAA  186

seq1  TAACAATAGCATGTGGGGGGAATATGAAACATTTCCCTTTTTCCTCTTAA  249
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-ACAATAGCATGTGGGGGGAATATGAAACATTTCCCTTTTTCCTCTTAA  235

seq1  ATCATCTCTTACATCTGTACACCTTGCATTTATATACCTTCAAATATCTT  299
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCTCTTACATCTGTACA-CTTGCATTTATATACCTTCAAATATCTT  284

seq1  AAAACTTCTAACATTAACAACTTGCACTTACTAACTTTAAACACCACTAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTTCTAACATTAACAACTTGCACTTACTAACTTTAAACACCACTAG  334

seq1  CGTTAG-CCAACTTTCAACATCTTTACTTGCATTCAGCCACTT-AAAACA  397
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CGTTAGCCCAACTTTCAACATCTTTACTTGCATTCAGCCACTTAAAAACA  384

seq1  TCTTTCATCTGAAGTATTTTTTATTTCTAAAGCATCGTCCTTGTTC-TTT  446
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCTTTCATCTGAAGTATTTTTTATTTCTAAAGCATCGTCCTTGTTCTTTT  434

seq1  TATATCCTTTGACTTTCATCACTGGCTTTTTCTCAATCTCAAACATTTTT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCCTTTGACTTTCATCACTGGCTTTTTCTCAATCTCAAACATTTTT  484

seq1  CAT-AAACTGTTTTTCTTAGACCTTGACCTGCTGGATTGAATCATAACTC  545
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAACTGTTTTTCTTAGACCTTGACCTGCTGGATTGAATCATAACTC  534

seq1  ACCTTTGCCAGAGCCTATATGCTCATGCTGTCCACGGCAGACATGTTGCT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTGCCAGAGCCTATATGCTCATGCTGTCCACGGCAGACATGTTGCT  584

seq1  GCTTCCTCTGCTGCCCAAGAAGGGAGGAGCAGAAGTGAGCAGTGTACCAC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTCTGCTGCCCAAGAAGGGAGGAGCAGAAGTGAGCAGTGTACCAC  634

seq1  GACCAGCTCTGGGACTGCTTAGTTTTGCTTTCCGTTTCTGAAACCTATTT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGCTCTGGGACTGCTTAGTTTTGCTTTCCGTTTCTGAAACCTATTT  684

seq1  CTCTCTCCTATCCCTAATCAAGGACCAAAGACTAAAGGTATCTACAGGTA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCCTATCCCTAATCAAGGACCAAAGACTAAAGGTATCTACAGGTA  734

seq1  CTTTACCTGGTCCATGCACATCATAATAATCCTGACGTCTTTCCCCAATT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACCTGGTCCATGCACATCATAATAATCCTGACGTCTTTCCCCAATT  784

seq1  TTCTTCCAGGTTATGTGCCAAGTATTGTGTGGCAGACTTTTTGTGGAGAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCAGGTTATGTGCCAAGTATTGTGTGGCAGACTTTTTGTGGAGAA  834

seq1  GCACAACACATGTTTATTCACTCATGAAAAGGAATACATGAAAAGACCCA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAACACATGTTTATTCACTCATGAAAAGGAATACATGAAAAGACCCA  884

seq1  AATAATAACTACACTAATGTTTAGAATGATGAACCAATTAGACCTTATTG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATAACTACACTAATGTTTAGAATGATGAACCAATTAGACCTTATTG  934

seq1  GCATTTCTAACAGGAGGACGGGCCATGGATCACTTACAAGGACTAAGGAT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTCTAACAGGAGGACGGGCCATGGATCACTTACAAGGACTAAGGAT  984

seq1  AATTCAAAATGATCAGCTGAGTCACCAGAAAGCCCACCCCAACATTGGTG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAAAATGATCAGCTGAGTCACCAGAAAGCCCACCCCAACATTGGTG  1034

seq1  ATAGCCAAAAAAATCTATAACTGTGGACTTTCTACACAGCTGGGGGGAAG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCAAAAAAATCTATAACTGTGGACTTTCTACACAGCTGGGGGGAAG  1084

seq1  GGGACTGAATTC  1107
      ||||||||||||
seq2  GGGACTGAATTC  1096