BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-086J03
Chromosome19 (Build37)
Map Location 60,180,139 - 60,318,259
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043093, D19Ertd737e, 4933412A08Rik
Upstream geneVax1, LOC668627, Kcnk18, Slc18a2, Pdzd8, LOC100034727, LOC100043073, Emx2os, Emx2, Rab11fip2, LOC100043087, LOC100043091
Downstream genePrlhr, 2700078E11Rik, Nanos1, Eif3s10, 1810055E12Rik, Sfxn4, Prdx3, Gprk5, LOC671322, BC029127, LOC100043112, EG547091, LOC433261, EG633057, Csf2ra, LOC100043120
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-086J03.bB6Ng01-086J03.g
ACCDH899929DH899930
length9101,129
definitionDH899929|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086J03, 5' end.DH899930|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086J03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,317,350 - 60,318,259)(60,180,139 - 60,181,284)
sequence
gaattccacaacccctagccacagcgagatgactaaaattattaccactt
acagagatatgcctttttcatttaaagttcaattcaaattgctcccataa
acagtctgccacacaaagatacctcctataaaggagagttacttacctat
aagtagagttctctgaaggtagtattatcttcagatgcacattcctgggt
cacgtgccctcaggtctgtggcatggtgggggagaggattcggagcgatg
ggtaggtctttctttccttggggctcttcattagctctgcggcctgtatt
cctgagggttactggtgccacaccccttcacccagccaatcctgttctga
acatgacagaccctgtgttgatgactaaaataaagagttgaaggactagt
tgccatgagtaattgcataggagtaagaggcacacttaccaccttcaaga
agttgcctacaaaattctgtgcctcatcactgaaaaatgaatctgggagc
ttttaacatgtaaaatgacatttaacctctatattacctctacacgaata
actttttattgtaaatgcaatgcattcccctcgtggaagaattagaatat
ataaacataaaatagattttataaaaaaaaatcacactcactctcacagt
acaatggcagccacaactggtatctggtatctattttttatggactttcc
tgcttaactttatttagatgataagagactgtcattgtgacttataccag
taattccagaacttgggaggctgaggcaggagaatcactgagagctcaag
cccactctgggctatgcagtgagttccaagtcaatttaagtatgtatgtg
cgcatatgtatatgtatatgatgcatatgtatatgatgtatatgtatatg
tatatgtgta
gaattctggagatcttgtggagaaaaggtttgcacagggtctggaacatg
agtagaatctggcaatatgagaaggagggagtcatggctggggagactcc
cagtctgtaaattgcttgccatgaaagcataagaacctgaatttggctca
agaacccatatcaaaaaagccaggagtggtgacacacatttacaatacca
gcagagacgagtggatcccttgggctcactggcaaccagcctagcctaat
cagtgaaacccggccagtaagaaaccctgtggctcctgaggaattctgag
attgaactctgacctcagcaaacatgtgcatgcacacacatatgtgaacc
cacatacaaacaaggatgaacacacagagagacacatacaaaagcagaac
aaaggtctcagtgaacattgcttggtagataaccaggaccacagcatgtt
tagtgtaaaagccactaaaggaaacttactgggaggccattgcaaggaac
ctatgacttgcattctgggtgacaggctctctccagtactgtggtcagat
tcaggcagtttttgtgaggacatgattattgcccgctccatctgtttgtt
cctctctcaaagttcaaattcctgggaacaaagcttggaagaggctagtt
agtggtctgtggttcagggagagaaagacattccaagacagctccaatat
caggcctcttgagaagggactatatggggacacagtctttctacatctat
cttatacataactgccttctgaatggaattgttattcttggttaaagtgg
aaagtccccatgtgatggctccgtcctaagtagagatgggccaacatgac
ctctgtgaccttcagctgtgtctattcccatttccagagccctgggagct
gagccaattagaggtaaaagtccccagaacccatgcatggtgatgcctag
gccattatcccaggacagggctctatagcactatttcttttatacaataa
tataaacccctccaacacttgagagagctgcaagagctaagtgtttctgt
agcacttcacatacccagctgctctgacatagaaaattgcaccttgtctg
agaggtgataactcaggtgaccatatgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_60317350_60318259
seq2: B6Ng01-086J03.b_44_953 (reverse)

seq1  TATACATATACATATACATATACATCATATACATATGCATCATATACATA  50
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATATACATATACATATACATCATATACATATGCATCATATACATA  50

seq1  TACATATGCGCACATACATACTTAAATTGACTTGGAACTCACTGCATAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATGCGCACATACATACTTAAATTGACTTGGAACTCACTGCATAGC  100

seq1  CCAGAGTGGGCTTGAGCTCTCAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGTGGGCTTGAGCTCTCAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGT  150

seq1  TCTGGAATTACTGGTATAAGTCACAATGACAGTCTCTTATCATCTAAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAATTACTGGTATAAGTCACAATGACAGTCTCTTATCATCTAAATA  200

seq1  AAGTTAAGCAGGAAAGTCCATAAAAAATAGATACCAGATACCAGTTGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAAGCAGGAAAGTCCATAAAAAATAGATACCAGATACCAGTTGTGG  250

seq1  CTGCCATTGTACTGTGAGAGTGAGTGTGATTTTTTTTTATAAAATCTATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCATTGTACTGTGAGAGTGAGTGTGATTTTTTTTTATAAAATCTATT  300

seq1  TTATGTTTATATATTCTAATTCTTCCACGAGGGGAATGCATTGCATTTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTTTATATATTCTAATTCTTCCACGAGGGGAATGCATTGCATTTAC  350

seq1  AATAAAAAGTTATTCGTGTAGAGGTAATATAGAGGTTAAATGTCATTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAAGTTATTCGTGTAGAGGTAATATAGAGGTTAAATGTCATTTTA  400

seq1  CATGTTAAAAGCTCCCAGATTCATTTTTCAGTGATGAGGCACAGAATTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTAAAAGCTCCCAGATTCATTTTTCAGTGATGAGGCACAGAATTTT  450

seq1  GTAGGCAACTTCTTGAAGGTGGTAAGTGTGCCTCTTACTCCTATGCAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCAACTTCTTGAAGGTGGTAAGTGTGCCTCTTACTCCTATGCAATT  500

seq1  ACTCATGGCAACTAGTCCTTCAACTCTTTATTTTAGTCATCAACACAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATGGCAACTAGTCCTTCAACTCTTTATTTTAGTCATCAACACAGGG  550

seq1  TCTGTCATGTTCAGAACAGGATTGGCTGGGTGAAGGGGTGTGGCACCAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCATGTTCAGAACAGGATTGGCTGGGTGAAGGGGTGTGGCACCAGT  600

seq1  AACCCTCAGGAATACAGGCCGCAGAGCTAATGAAGAGCCCCAAGGAAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTCAGGAATACAGGCCGCAGAGCTAATGAAGAGCCCCAAGGAAAGA  650

seq1  AAGACCTACCCATCGCTCCGAATCCTCTCCCCCACCATGCCACAGACCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCTACCCATCGCTCCGAATCCTCTCCCCCACCATGCCACAGACCTG  700

seq1  AGGGCACGTGACCCAGGAATGTGCATCTGAAGATAATACTACCTTCAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCACGTGACCCAGGAATGTGCATCTGAAGATAATACTACCTTCAGAG  750

seq1  AACTCTACTTATAGGTAAGTAACTCTCCTTTATAGGAGGTATCTTTGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTACTTATAGGTAAGTAACTCTCCTTTATAGGAGGTATCTTTGTGT  800

seq1  GGCAGACTGTTTATGGGAGCAATTTGAATTGAACTTTAAATGAAAAAGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGACTGTTTATGGGAGCAATTTGAATTGAACTTTAAATGAAAAAGGC  850

seq1  ATATCTCTGTAAGTGGTAATAATTTTAGTCATCTCGCTGTGGCTAGGGGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTCTGTAAGTGGTAATAATTTTAGTCATCTCGCTGTGGCTAGGGGT  900

seq1  TGTGGAATTC  910
      ||||||||||
seq2  TGTGGAATTC  910

seq1: chr19_60180139_60181284
seq2: B6Ng01-086J03.g_68_1196

seq1  GAATTCTGGAGATCTTGTGGAGAAAAGGTTTGCACAGGGTCTGGAACATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGAGATCTTGTGGAGAAAAGGTTTGCACAGGGTCTGGAACATG  50

seq1  AGTAGAATCTGGCAATATGAGAAGGAGGGAGTCATGGCTGGGGAGACTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGAATCTGGCAATATGAGAAGGAGGGAGTCATGGCTGGGGAGACTCC  100

seq1  CAGTCTGTAAATTGCTTGCCATGAAAGCATAAGAACCTGAATTTGGCTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTGTAAATTGCTTGCCATGAAAGCATAAGAACCTGAATTTGGCTCA  150

seq1  AGAACCCATATCAAAAAAGCCAGGAGTGGTGACACACATTTACAATACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCCATATCAAAAAAGCCAGGAGTGGTGACACACATTTACAATACCA  200

seq1  GCAGAGACGAGTGGATCCCTTGGGCTCACTGGCAACCAGCCTAGCCTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGACGAGTGGATCCCTTGGGCTCACTGGCAACCAGCCTAGCCTAAT  250

seq1  CAGTGAAACCCGGCCAGTAAGAAACCCTGTGGCTCCTGAGGAATTCTGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAAACCCGGCCAGTAAGAAACCCTGTGGCTCCTGAGGAATTCTGAG  300

seq1  ATTGAACTCTGACCTCAGCAAACATGTGCATGCACACACATATGTGAACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAACTCTGACCTCAGCAAACATGTGCATGCACACACATATGTGAACC  350

seq1  CACATACAAACAAGGATGAACACACAGAGAGACACATACAAAAGCAGAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACAAACAAGGATGAACACACAGAGAGACACATACAAAAGCAGAAC  400

seq1  AAAGGTCTCAGTGAACATTGCTTGGTAGATAACCAGGACCACAGCATGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTCTCAGTGAACATTGCTTGGTAGATAACCAGGACCACAGCATGTT  450

seq1  TAGTGTAAAAGCCACTAAAGGAAACTTACTGGGAGGCCATTGCAAGGAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTAAAAGCCACTAAAGGAAACTTACTGGGAGGCCATTGCAAGGAAC  500

seq1  CTATGACTTGCATTCTGGGTGACAGGCTCTCTCCAGTACTGTGGTCAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGACTTGCATTCTGGGTGACAGGCTCTCTCCAGTACTGTGGTCAGAT  550

seq1  TCAGGCAGTTTTTGTGAGGACATGATTATTGCCCGCTCCATCTGTTTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCAGTTTTTGTGAGGACATGATTATTGCCCGCTCCATCTGTTTGTT  600

seq1  CCTCTCTCAAAGTTCAAATTCCTGGGAACAAAGCTTGGAAGAGGCTAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCTCAAAGTTCAAATTCCTGGGAACAAAGCTTGGAAGAGGCTAGTT  650

seq1  AGTGGTCTGTGGTTCAGGGAGAGAAAGACATTCCAAGACAGCTCCAATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTCTGTGGTTCAGGGAGAGAAAGACATTCCAAGACAGCTCCAATAT  700

seq1  CAGGCCTCTTGAGAAGGGACTATATGGGGACACAGTCTTTCTACATCTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCTCTTGAGAAGGGACTATATGGGGACACAGTCTTTCTACATCTAT  750

seq1  CTTATACATAACTGCCTTCTGAATGGAATTGTTATTCTTGGTTAAAGTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATACATAACTGCCTTCTGAATGGAATTGTTATTCTTGGTTAAAGTGG  800

seq1  AAAGTCCCCATGTGATGGCTCCGTCCTAAGTAGAGATGGGCCAACATGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCCCCATGTGATGGCTCCGTCCTAAGTAGAGATGGGCCAACATGAC  850

seq1  CTCTGTGACCTTCAGCTGTGTCTATTCCCATTTCCAGAGCCCTGGGAGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGACCTTCAGCTGTGTCTATTCCCATTTCCAGAGCCCTGGGAGCT  900

seq1  GAGCCAATTAGAGGTAAAAGTCCCCAGAACCCATGCATGGTGATGCCTAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAATTAGAGGTAAAAGTCCCCAGAACCCATGCATGGTGATGCCTAG  950

seq1  GCCATTATCCCAGGACAGGGCTCTATAGCACTATTTC-TTTATACAAT-A  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  GCCATTATCCCAGGACAGGGCTCTATAGCACTATTTCTTTTATACAATAA  1000

seq1  TATAAACCCCTCCAACAACTTGAGAGAAAAACTGCAAAGAGCTAAGGTGT  1048
      |||||||||||||||| |||||||||   | |||| ||||||||| ||||
seq2  TATAAACCCCTCCAAC-ACTTGAGAG---AGCTGC-AAGAGCTAA-GTGT  1044

seq1  TTCTGTAGCACCTCCACCATAACCCAGCTGCTCCTGGACATAGAAAATAT  1098
      ||||||||||| ||   ||| ||||||||||||   |||||||||||| |
seq2  TTCTGTAGCACTTC--ACAT-ACCCAGCTGCTC--TGACATAGAAAAT-T  1088

seq1  GCCACCTTGTCCTGAAGAGGTGATAAACTCAGTGTGACACATTATGAA  1146
      | |||||||| ||| ||||||||| ||||||| ||||| || ||||||
seq2  G-CACCTTGT-CTG-AGAGGTGAT-AACTCAG-GTGAC-CA-TATGAA  1129