BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-091G23
Chromosome19 (Build37)
Map Location 48,624,876 - 48,776,471
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSorcs3
Upstream geneSlk, Col17a1, 6330577E15Rik, D19Ertd652e, LOC677174, Gsto1, Gsto2, BC063749, Gm969, LOC670576
Downstream geneLOC100042896
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-091G23.bB6Ng01-091G23.g
ACCDH903460DH903461
length1,1991,092
definitionDH903460|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-091G23, 5' end.DH903461|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-091G23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,775,269 - 48,776,471)(48,624,876 - 48,625,917)
sequence
gaattccaggacagtcagggttacatagagaaaccatgtcttgaaaaaga
aaaacaaacaaacaaacaaaaatcagtaacaacaaaattgattgcaaaag
atgctgattaagtctggatgttttatagttcctctagagcaggcaatttt
actttcctttctgtagatcctcctaccaaagggaaacctttttggtgttc
tttctatccaccaaactctctcctaaatcagttgccctcctgcaactcac
actcagggctgtgctgttcacttcctcgtagagcatagacaggtctgact
ctgagtctatgacacactgttgctggggagtgcctagaacattcttgtct
gagaacaggcatgtaaaaacacacgtaggatgagcatggtaaacaaacag
aatatgtttgttccaaatcccactaagatgggaaattttttttttgagtc
acacaaaaattcctacagttaaaataaagtgaatggcgaccagacattgt
aggaaagaggcatttctgtggaactctctgcactcagctctgaacttgcc
tctcttgaagcgagacacaatacaacagcaatctcctgaagtgtcctgaa
aaattgaggtacattccatttgtgtgtggatggttcctaatctctgtgtc
atttctggggtgattcgtggcttcgtggcttgtgtaagcaaatggatgac
cagtttgagccattgagccacttgagccactgtgtctttcaggcccagaa
cttgtacagtttggtcgcaacccaagttagaaatatgttcattccagata
ccaatatttcatgtccaaatctatgtgtttggagacatacatgtggacat
ttttctgatagcatacctcagccacatgaagtgtatcagaagtaaaacat
gagatccatggttttgggcttcatctgaagaggaggctcttagcatacta
ttaactgtaaatattctttatcgcattgttgggtgaaatcacttagcgtt
gcctgctgctattgttcctgaaggtccagtgagaaccatgtgattggtgc
ccatgggtacagtggctgttgcagtgtggcttcttcttgtgtttaacatg
aacactgtcttaaagaagtttcatggcaactaattgaagccacaccacac
ataggtagatgaattgcatgtttacagagcacatctcggaaggaggagg
gaattccctttttggtgttgccattgagagaaacttgccaaaaaacttct
catgaggttcctgcagtttcttgccacttctgcagcatcaggccagttgg
caagccttgtgatttcttctggattgaattgccctttctggtttgcgtat
ggtgactgccaagtggactggactgaagctgctaattcatatttggtgtt
tgctacttgactgaatgttaatattctgacaatgaagaatggattcaacc
cccccaaaactatttctaaacaggtctacctcacctgtttcctaataact
tttctcttctatgacctctggttgaacccttattaaagtaggttgagaaa
aattatacctgcatgctggagagatggctcaacagttaagagtactgtct
gttcttccagaggtcctgagttaaatttccagcaagcacatggtgcctca
caatcatttatactggcacctgatgtcctcttctggaatgcaggtgtaca
tacagttagatcactcatatacataaaataaataaatgctttataaaaaa
taaggaaagaatatttgatctaactattgtattgaggagttaatgtctct
cttggagttaaataacacttgattgctcataaacttcacttaaagctagg
attggtttatgagtcaccttaagagttatataaataactttaatgaggta
tcattgccactggatgacgtaaaaaattgtgtaaatatcacatatttcaa
catgaagacccccatgcagtctcatggtggtagtcaagactgccaacaaa
acttttcatcaatgaaagtctcctttgtaactctccttctagccgcatct
ccaaccacattcacagtcatggatttgcttcctgttagtagagactaatt
atcccactccaccactagaattttgttaaagtgtagtcttatctgcaatg
cttcatttgcttataattattttgaggtaagtgtgtgtatatcatagctg
attttttttttatagtatcactatggcttactaaaccttaatctgttctt
cctcccagggtatttgggactgaatccaagaatagttgataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_48775269_48776471
seq2: B6Ng01-091G23.b_50_1248 (reverse)

seq1  CCTCCTCCTTCCAGGAT-TGGTCTGTTAACATTGCAATTCATCTACTTAT  49
      ||||||||||||  ||| || ||||| |||| |||||||||||||| |||
seq2  CCTCCTCCTTCCGAGATGTGCTCTGTAAACA-TGCAATTCATCTACCTAT  49

seq1  -TGTTGTGTTGGCCTCAATTAGTTGCCATGGAAACCTTTACTCTAAGACA  98
       ||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||   | || |||||||
seq2  GTGTGGTG-TGGCTTCAATTAGTTGCCAT-GAAAC---TTCTTTAAGACA  94

seq1  GTGATCATGTTATACACAAAGAAGAAGGCCACACTGCAACAGCCACTTGT  148
      ||| |||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||
seq2  GTGTTCATGTTAAACAC-AAGAAGAA-GCCACACTGCAACAGCCAC-TGT  141

seq1  ACCCATGGGCA-CAATCACATGGTTCTCACTGGACCTTCAGGAACAATAG  197
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATGGGCACCAATCACATGGTTCTCACTGGACCTTCAGGAACAATAG  191

seq1  CAGCAGGC-ACGCTAAGTGATTTCACCCAACAATGCGATAAAGAATATTT  246
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGGCAACGCTAAGTGATTTCACCCAACAATGCGATAAAGAATATTT  241

seq1  ACAGTTAATAGTATGCTAAGGGCCTCCTCTTCAGATGAAGCCCAAAACCA  296
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTAATAGTATGCTAAGAGCCTCCTCTTCAGATGAAGCCCAAAACCA  291

seq1  TGGATCTCATGTTTTACTTCTGATACACTTCATGTGGCTGAGGTATGCTA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCTCATGTTTTACTTCTGATACACTTCATGTGGCTGAGGTATGCTA  341

seq1  TCAGAAAAATGTCCACATGTATGTCTCCAAACACATAGATTTGGACATG-  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TCAGAAAAATGTCCACATGTATGTCTCCAAACACATAGATTTGGACATGA  391

seq1  AATATTGGTATCTGGAATGAACATATTTCTAACTTGGGTTGCGACCAAAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTGGTATCTGGAATGAACATATTTCTAACTTGGGTTGCGACCAAAC  441

seq1  TGTACAAGTTCTGGGCCTGAAAGACACAGTGGCTCAAGTGGCTCAATGGC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACAAGTTCTGGGCCTGAAAGACACAGTGGCTCAAGTGGCTCAATGGC  491

seq1  TCAAACTGGTCATCCATTTGCTTACACAAGCCACGAAGCCACGAATCACC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACTGGTCATCCATTTGCTTACACAAGCCACGAAGCCACGAATCACC  541

seq1  CCAGAAATGACACAGAGATTAGGAACCATCCACACACAAATGGAATGTAC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAATGACACAGAGATTAGGAACCATCCACACACAAATGGAATGTAC  591

seq1  CTCAATTTTTCAGGACACTTCAGGAGATTGCTGTTGTATTGTGTCTCGCT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATTTTTCAGGACACTTCAGGAGATTGCTGTTGTATTGTGTCTCGCT  641

seq1  TCAAGAGAGGCAAGTTCAGAGCTGAGTGCAGAGAGTTCCACAGAAATGCC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAGAGGCAAGTTCAGAGCTGAGTGCAGAGAGTTCCACAGAAATGCC  691

seq1  TCTTTCCTACAATGTCTGGTCGCCATTCACTTTATTTTAACTGTAGGAAT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCTACAATGTCTGGTCGCCATTCACTTTATTTTAACTGTAGGAAT  741

seq1  TTTTGTGTGACTCAAAAAAAAAATTTCCCATCTTAGTGGGATTTGGAACA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGTGACTCAAAAAAAAAATTTCCCATCTTAGTGGGATTTGGAACA  791

seq1  AACATATTCTGTTTGTTTACCATGCTCATCCTACGTGTGTTTTTACATGC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATATTCTGTTTGTTTACCATGCTCATCCTACGTGTGTTTTTACATGC  841

seq1  CTGTTCTCAGACAAGAATGTTCTAGGCACTCCCCAGCAACAGTGTGTCAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCTCAGACAAGAATGTTCTAGGCACTCCCCAGCAACAGTGTGTCAT  891

seq1  AGACTCAGAGTCAGACCTGTCTATGCTCTACGAGGAAGTGAACAGCACAG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCAGAGTCAGACCTGTCTATGCTCTACGAGGAAGTGAACAGCACAG  941

seq1  CCCTGAGTGTGAGTTGCAGGAGGGCAACTGATTTAGGAGAGAGTTTGGTG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAGTGTGAGTTGCAGGAGGGCAACTGATTTAGGAGAGAGTTTGGTG  991

seq1  GATAGAAAGAACACCAAAAAGGTTTCCCTTTGGTAGGAGGATCTACAGAA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAAAGAACACCAAAAAGGTTTCCCTTTGGTAGGAGGATCTACAGAA  1041

seq1  AGGAAAGTAAAATTGCCTGCTCTAGAGGAACTATAAAACATCCAGACTTA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGTAAAATTGCCTGCTCTAGAGGAACTATAAAACATCCAGACTTA  1091

seq1  ATCAGCATCTTTTGCAATCAATTTTGTTGTTACTGATTTTTGTTTGTTTG  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCATCTTTTGCAATCAATTTTGTTGTTACTGATTTTTGTTTGTTTG  1141

seq1  TTTGTTTTTCTTTTTCAAGACATGGTTTCTCTATGTAACCCTGACTGTCC  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTTCTTTTTCAAGACATGGTTTCTCTATGTAACCCTGACTGTCC  1191

seq1  TGGAATTC  1203
      ||||||||
seq2  TGGAATTC  1199

seq1: chr19_48624876_48625917
seq2: B6Ng01-091G23.g_119_1156

seq1  AGGTTCCTGCAGTTTCTTGCCACTTCTGCAGCATCAGGCCAGTTGGCAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCCTGCAGTTTCTTGCCACTTCTGCAGCATCAGGCCAGTTGGCAAG  50

seq1  CCTTGTGATTTCTTCTGGATTGAATTGCCCTTTCTGGTTTGCGTATGGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTGATTTCTTCTGGATTGAATTGCCCTTTCTGGTTTGCGTATGGTG  100

seq1  ACTGCCAAGTGGACTGGACTGAAGCTGCTAATTCATATTTGGTGTTTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCAAGTGGACTGGACTGAAGCTGCTAATTCATATTTGGTGTTTGCT  150

seq1  ACTTGACTGAATGTTAATATTCTGACAATGAAGAATGGATTCAACCCCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGACTGAATGTTAATATTCTGACAATGAAGAATGGATTCAACCCCCC  200

seq1  CAAAACTATTTCTAAACAGGTCTACCTCACCTGTTTCCTAATAACTTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACTATTTCTAAACAGGTCTACCTCACCTGTTTCCTAATAACTTTTC  250

seq1  TCTTCTATGACCTCTGGTTGAACCCTTATTAAAGTAGGTTGAGAAAAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTATGACCTCTGGTTGAACCCTTATTAAAGTAGGTTGAGAAAAATT  300

seq1  ATACCTGCATGCTGGAGAGATGGCTCAACAGTTAAGAGTACTGTCTGTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTGCATGCTGGAGAGATGGCTCAACAGTTAAGAGTACTGTCTGTTC  350

seq1  TTCCAGAGGTCCTGAGTTAAATTTCCAGCAAGCACATGGTGCCTCACAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGAGGTCCTGAGTTAAATTTCCAGCAAGCACATGGTGCCTCACAAT  400

seq1  CATTTATACTGGCACCTGATGTCCTCTTCTGGAATGCAGGTGTACATACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTATACTGGCACCTGATGTCCTCTTCTGGAATGCAGGTGTACATACA  450

seq1  GTTAGATCACTCATATACATAAAATAAATAAATGCTTTATAAAAAATAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGATCACTCATATACATAAAATAAATAAATGCTTTATAAAAAATAAG  500

seq1  GAAAGAATATTTGATCTAACTATTGTATTGAGGAGTTAATGTCTCTCTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAATATTTGATCTAACTATTGTATTGAGGAGTTAATGTCTCTCTTG  550

seq1  GAGTTAAATAACACTTGATTGCTCATAAACTTCACTTAAAGCTAGGATTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTAAATAACACTTGATTGCTCATAAACTTCACTTAAAGCTAGGATTG  600

seq1  GTTTATGAGTCACCTTAAGAGTTATATAAATAACTTTAATGAGGTATCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATGAGTCACCTTAAGAGTTATATAAATAACTTTAATGAGGTATCAT  650

seq1  TGCCACTGGATGACGTAAAAAATTGTGTAAATATCACATA-TTCAACATG  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGCCACTGGATGACGTAAAAAATTGTGTAAATATCACATATTTCAACATG  700

seq1  AAGACCCCCATGCAGTCTCATGGTGGTAGTCAAGACTGCCAACAAAAC-T  748
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAGACCCCCATGCAGTCTCATGGTGGTAGTCAAGACTGCCAACAAAACTT  750

seq1  TTCATCAATGAAAGTCTCCTTTGTAACTCTCCTTCTAGCCGCATCTCCAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCAATGAAAGTCTCCTTTGTAACTCTCCTTCTAGCCGCATCTCCAA  800

seq1  CCACATTCACAGTCATGGATTTGCTTCCTGTTAGTAGAGACTAATTTATC  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCACATTCACAGTCATGGATTTGCTTCCTGTTAGTAGAGACTAA-TTATC  849

seq1  CCACTCCACCACTAGAATTTTGTTAAAGTGTAGTCTTATCTGCAATGCTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCCACCACTAGAATTTTGTTAAAGTGTAGTCTTATCTGCAATGCTT  899

seq1  CATTTGCTTATAATTATTTTTGAGGTAAGTGTTGTGTATATCAATAGCTG  948
      |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||
seq2  CATTTGCTTATAATTA-TTTTGAGGTAAGTG-TGTGTATATC-ATAGCTG  946

seq1  ATTTTTTTTTTTATAGTATCACTATGGCTTTACTAAAACTTTATCTGTTC  998
      | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||
seq2  A-TTTTTTTTTTATAGTATCACTATGGC-TTACTAAACCTTAATCTGTTC  994

seq1  TTCCTCACAGGGGTATTT-GGACTGAATCCAAGATTAGTTGATAA  1042
      |||||| || |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTCCTCCCA-GGGTATTTGGGACTGAATCCAAGAATAGTTGATAA  1038