BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-109C13
Chromosome19 (Build37)
Map Location 22,716,962 - 22,848,007
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTrpm3
Upstream gene1110059E24Rik, 5730446C15Rik, Tmem2, EG433229, EG433230
Downstream geneKlf9, Smc5, Mamdc2, 1700028P14Rik, LOC670565, LOC226030, EG625193, Ptar1, Apba1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-109C13.bB6Ng01-109C13.g
ACCDH916141DH916142
length925914
definitionDH916141|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109C13, 5' end.DH916142|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109C13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,716,962 - 22,717,890)(22,847,091 - 22,848,007)
sequence
gaattcagagttcatgcctctgaatgatgctagaggaacaacatcctgga
aacaaaatcagatattatgaaagacggcgtaattaaatttgcaaataata
aaggcaatcactttctgtcatttgaggtagaattgggtttaacagtgcta
ctgtaagagtggatacggaagccacactctacatttataagtctcggaat
ttgatagtattttagagagattcaataggtcaggtacctagatgtgcctg
taattggtgtagagtggagatcacagatgagaatgcttggcaatggtaga
aagtacatacatgtgtagagaggatttggggggttttgtatgttcaccct
catcctgttacaatttcagaagagtgcaattgatcagatgtcatatgtgc
cttactaacgctgtaagagctgagggacagaaggagggtggcagggagca
gagtgatcacaacgcctgtggtagagctgatgaccactgtatcttaactc
gattgtccttcctgtcatttctttgcagcttcctccctagatctgtcttc
acagactctttcaggagcagtgtacacccttgctttgtcaccccacaggc
tgttccctttactgggcagtgttttgtaaacacgggtatagattttaaga
ttaactacccaagtaatgttttcatgtgcacccctgtagagcaccctagc
ctcatttattttgtctccttactctcccagatgggcagaagccaggctaa
gaggttctaccctgctttaggtggccagtgatctctcacccattcagtcc
tcaggttcttcagaatctcttaggaaagctgttggctttacatcaagtgg
caaaatgatttccccagcctaatatgtggctcatgaaaatgtatttattt
tatagtttgaacacttaagagagtt
gaattccatgtggattctgggaaaaaatctgatgaaaacattccaggcat
ttattattggtgttgccattggtagcaagttaacccagcatgatatcagc
tgcagggttcgtttgttaaagatgcttcggaattaacctcaggaattaaa
tttgaggccattttgtttatgtatttatttgttcatttcttaattctttg
tgtatggagactgaggaagctactttggaaaatagatgcagtggagaaat
ctaatcttcatataatataagtcagctttttaaagtggggagcatgggtt
gttctcattggggttaagtggggtaatggttttaaacagcttgttgagtt
ctacgctggtccatctaagtcactatgtagatgtgtgcagtaaatcgaca
actttgaagtcttctccagcattgatgggcattctggcaactgcaaacag
cagttctctaaaaagagttcttcccagcaattgtttggccagatactttc
tgatgatgttggggttttcatattcaatgacacatttccccagtgagcca
agagttgagcagttttaaagcatatttaatgcaggggttggactggttaa
cttagatcaataaaatcttttcccttcatggtatgttcttctccgtgctt
gagatcagtctttttaaaatcaaagcttcatcctccccgtgttgacacag
tatgggaagatttaactacaacctgtcagacgaaagttttattatacttt
gtgctttttaaaataaacagagttgctctggccacatagaatgtgggcac
tatgacaaggttaactgagtatctgtaccttatattcctcgagaaaattg
acagtgactctgtcagtgtaccttctggcactctaaactcactacattgc
tttgataactattg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_22716962_22717890
seq2: B6Ng01-109C13.b_48_972

seq1  GAATTCAGAGTTCATGCCTCTGAATGATGCTAGAGGAACAACATCCTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGTTCATGCCTCTGAATGATGCTAGAGGAACAACATCCTGGA  50

seq1  AACAAAATCAGATATTATGAAAGACGGCGTAATTAAATTTGCAAATAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAATCAGATATTATGAAAGACGGCGTAATTAAATTTGCAAATAATA  100

seq1  AAGGCAATCACTTTCTGTCATTTGAGGTAGAATTGGGTTTAACAGTGCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAATCACTTTCTGTCATTTGAGGTAGAATTGGGTTTAACAGTGCTA  150

seq1  CTGTAAGAGTGGATACGGAAGCCACACTCTACATTTATAAGTCTCGGAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAGAGTGGATACGGAAGCCACACTCTACATTTATAAGTCTCGGAAT  200

seq1  TTGATAGTATTTTAGAGAGATTCAATAGGTCAGGTACCTAGATGTGCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAGTATTTTAGAGAGATTCAATAGGTCAGGTACCTAGATGTGCCTG  250

seq1  TAATTGGTGTAGAGTGGAGATCACAGATGAGAATGCTTGGCAATGGTAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGGTGTAGAGTGGAGATCACAGATGAGAATGCTTGGCAATGGTAGA  300

seq1  AAGTACATACATGTGTAGAGAGGATTTGGGGGGTTTTGTATGTTCACCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACATACATGTGTAGAGAGGATTTGGGGGGTTTTGTATGTTCACCCT  350

seq1  CATCCTGTTACAATTTCAGAAGAGTGCAATTGATCAGATGTCATATGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTGTTACAATTTCAGAAGAGTGCAATTGATCAGATGTCATATGTGC  400

seq1  CTTACTAACGCTGTAAGAGCTGAGGGACAGAAGGAGGGTGGCAGGGAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTAACGCTGTAAGAGCTGAGGGACAGAAGGAGGGTGGCAGGGAGCA  450

seq1  GAGTGATCACAACGCCTGTGGTAGAGCTGATGACCACTGTATCTTAACTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGATCACAACGCCTGTGGTAGAGCTGATGACCACTGTATCTTAACTC  500

seq1  GATTGTCCTTCCTGTCATTTCTTTGCAGCTTCCTCCCTAGATCTGTCTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTCCTTCCTGTCATTTCTTTGCAGCTTCCTCCCTAGATCTGTCTTC  550

seq1  ACAGACTCTTTCAGGAGCAGTGTACACCCTTGCTTTGTCACCCCACAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACTCTTTCAGGAGCAGTGTACACCCTTGCTTTGTCACCCCACAGGC  600

seq1  TGTTCCCTTTACTGGGCAGTGTTTTGTAAACACGGGTATAGATTTTAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCCTTTACTGGGCAGTGTTTTGTAAACACGGGTATAGATTTTAAGA  650

seq1  TTAACTACCCAAGTAATGTTTTCATGTGCACCCCTGTAGAGCACCCTAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTACCCAAGTAATGTTTTCATGTGCACCCCTGTAGAGCACCCTAGC  700

seq1  CTCATTTATTTTGTCTCCTTACTCTCCCAGATGGGCAGAAGCCAGGCTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTTATTTTGTCTCCTTACTCTCCCAGATGGGCAGAAGCCAGGCTAA  750

seq1  GAGGTTCTACCCTGCTTTAGGTGGCCAGTGATCTCTCACCCATTCCAGTC  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GAGGTTCTACCCTGCTTTAGGTGGCCAGTGATCTCTCACCCATT-CAGTC  799

seq1  CTCAGG-TCCTCAGAATCTCTTAGGAAAGCTGTTGGCTTTTACATCAAGT  849
      |||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTCAGGTTCTTCAGAATCTCTTAGGAAAGCTGTTGGC-TTTACATCAAGT  848

seq1  GGCAAAATGATTTTCCCCAGCCTAATATGTGGCTCATGAAAATGTTATTT  899
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||
seq2  GGCAAAATGA-TTTCCCCAGCCTAATATGTGGCTCATGAAAATGT--ATT  895

seq1  TATTTTATAGTTTGAACACTTAAGAGAGTT  929
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATAGTTTGAACACTTAAGAGAGTT  925

seq1: chr19_22847091_22848007
seq2: B6Ng01-109C13.g_70_982 (reverse)

seq1  AATAGTTATCAATGCAATGTTAGTGAGTTTAGAAGTGGCAGAAGGTACCA  50
      |||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| ||||||||| ||
seq2  AATAGTTATCAAAGCAATG-TAGTGAGTTTAG-AGTGCCAGAAGGTA-CA  47

seq1  CTGACAGAGTCACTGTCAATTTTCTCTGAGGAATATAAGGGTACAGATAC  100
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  CTGACAGAGTCACTGTCAATTTTCTC-GAGGAATATAA-GGTACAGATAC  95

seq1  TCAGTTAACCTTGTCATAGTGCCCACATTCTATGTGGCCAGAGCAACTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTAACCTTGTCATAGTGCCCACATTCTATGTGGCCAGAGCAACTCT  145

seq1  GTTTATTTTAAAAAGCACAAAGTATAATAAAACTTTCGTCTGACAGGTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATTTTAAAAAGCACAAAGTATAATAAAACTTTCGTCTGACAGGTTG  195

seq1  TAGTTAAATCTTCCCATACTGTGTCAACACGGGGAGGATGAAGCTTTGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAAATCTTCCCATACTGTGTCAACACGGGGAGGATGAAGCTTTGAT  245

seq1  TTT-AAAAGACTGATCTCAAGCACGGAGAAGAACATACCATGAAGGGAAA  299
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAAGACTGATCTCAAGCACGGAGAAGAACATACCATGAAGGGAAA  295

seq1  AGATTTTATTGATCTAAGTTAACCAGTCCAACCCCTGCATTAAATATGCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTATTGATCTAAGTTAACCAGTCCAACCCCTGCATTAAATATGCT  345

seq1  TTAAAACTGCTCAACTCTTGGCTCACTGGGGAAATGTGTCATTGAATATG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACTGCTCAACTCTTGGCTCACTGGGGAAATGTGTCATTGAATATG  395

seq1  AAAACCCCAACATCATCAGAAAGTATCTGGCCAAACAATTGCTGGGAAGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCCCAACATCATCAGAAAGTATCTGGCCAAACAATTGCTGGGAAGA  445

seq1  ACTCTTTTTAGAGAACTGCTGTTTGCAGTTGCCAGAATGCCCATCAATGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTTTTAGAGAACTGCTGTTTGCAGTTGCCAGAATGCCCATCAATGC  495

seq1  TGGAGAAGACTTCAAAGTTGTCGATTTACTGCACACATCTACATAGTGAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAAGACTTCAAAGTTGTCGATTTACTGCACACATCTACATAGTGAC  545

seq1  TTAGATGGACCAGCGTAGAACTCAACAAGCTGTTTAAAACCATTACCCCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATGGACCAGCGTAGAACTCAACAAGCTGTTTAAAACCATTACCCCA  595

seq1  CTTAACCCCAATGAGAACAACCCATGCTCCCCACTTTAAAAAGCTGACTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACCCCAATGAGAACAACCCATGCTCCCCACTTTAAAAAGCTGACTT  645

seq1  ATATTATATGAAGATTAGATTTCTCCACTGCATCTATTTTCCAAAGTAGC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTATATGAAGATTAGATTTCTCCACTGCATCTATTTTCCAAAGTAGC  695

seq1  TTCCTCAGTCTCCATACACAAAGAATTAAGAAATGAACAAATAAATACAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCAGTCTCCATACACAAAGAATTAAGAAATGAACAAATAAATACAT  745

seq1  AAACAAAATGGCCTCAAATTTAATTCCTGAGGTTAATTCCGAAGCATCTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAATGGCCTCAAATTTAATTCCTGAGGTTAATTCCGAAGCATCTT  795

seq1  TAACAAACGAACCCTGCAGCTGATATCATGCTGGGTTAACTTGCTACCAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAACGAACCCTGCAGCTGATATCATGCTGGGTTAACTTGCTACCAA  845

seq1  TGGCAACACCAATAATAAATGCCTGGAATGTTTTCATCAGATTTTTTCCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAACACCAATAATAAATGCCTGGAATGTTTTCATCAGATTTTTTCCC  895

seq1  AGAATCCACATGGAATTC  917
      ||||||||||||||||||
seq2  AGAATCCACATGGAATTC  913