BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-110D14
Chromosome19 (Build37)
Map Location 60,389,449 - 60,571,855
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrlhr
Upstream genePdzd8, LOC100034727, LOC100043073, Emx2os, Emx2, Rab11fip2, LOC100043087, LOC100043091, LOC100043093, D19Ertd737e, 4933412A08Rik
Downstream gene2700078E11Rik, Nanos1, Eif3s10, 1810055E12Rik, Sfxn4, Prdx3, Gprk5, LOC671322, BC029127, LOC100043112, EG547091, LOC433261, EG633057, Csf2ra, LOC100043120
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-110D14.bB6Ng01-110D14.g
ACCDH916907DH916908
length1,170871
definitionDH916907|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110D14, 5' end.DH916908|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-110D14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,389,449 - 60,390,632)(60,570,988 - 60,571,855)
sequence
gaattcttctagaaaaaattcacagagctgaagattcttgtagttagaaa
ccccattaacctgctaactcttgatgacaaacctagggccaaaagattcc
ttggcagctttaatttaatgtaatataattaggagaaaaacgtaagttct
tattaggtcagtacatcacttattttagtatgtttcctgtttaacttctc
cagaagaggttttaataagaaccagaataaaatacttaccttatacaata
catataatatatgcatatgtgtatttgtaaggaatgtattcatatctata
gatataaatatataaatatataaatctatggatataatatagacataaac
gtattaatcacattgaaaataaaacacctatgtaccttaggagcccacag
aaaatggtccaggattattatctttgtagtgaacatagtacaataagaaa
atactacttaaaatgatttttaatagccattctccatctttaaaagtcac
taccttgggtcacaggacattgctcagttgttcagtcatttatccattga
gcatgagaacccaaatgtgacctcccagaaccaatattttaaaagtcacg
tgtggtggcacatacttctagactgtgtgggtccctggggctcactagtc
agtctggtctacttggtgagttccaggtcaggagtgggggagatattctg
tctcagtgaacaaagtagatggtatttggggaatgacacctgaggctgtc
ttcttgccttccccacatgtacccgaaagcatatatacacccacacaagc
acacacggaagtcaaaacctgaacaatcagagtctgtatctcaccagtaa
ggccaatcatggaagtagcttcatgtctgttgtaaaacattagacttctc
ttgagtataatctttggattacattgagtacttctttcaaggtcattgca
gccagacagccattgcttgcctgaaatagcaggtatttcatctgcttgaa
tacattacgttgggtatgtgatggtagaagattagtggattactgttgaa
cacctattcttaaccgtagataaatggcccctgtatcacccagaaagatc
cacaattgaagtgctatctatgggcccgaagcatctatctccttagtgag
actgcagtccctctcccaag
gaattcctgcaaagcccaccccaacatgagtgatggctcacagaagcagg
ctctttccaactctctccattacttgcagacagtttcttaggcctgagag
tttgtcctttcagcaatgtgctgcttttataaacttagaagggtcctggt
aaatcttggacgtttcagcttttctgggacttgtggagtttgtttacttc
ttgagtttcatgagactcccttacccctcctagagagaatgcttcagttt
ggaggaaattttcacaatacacattttcacatgaacatccacacttgtgt
ctgttaacaagacttgtattagtgtacttgtgtttttaaaagatcctgtc
tgtaatttttgacatcttgctttttgttcaacaattagttaattaattaa
ttttcccagtatgggtattttgcctgcatgtgtctgtgtaccatatgtgt
gcctagtacctatggagaccataaaagggcaccataacccctggagttat
agatggttgtgagctgccatatgggttttgggcaaggttctctggaagtc
agtgctcttaatcactgagctatttctctagcccaatattgtttttgttt
tggtttgttttttttgacatttatttaatgtgtgtaatttggtgtagttt
tatttatttgatgtgcaagtgtcatggcacatgtatagaggtcaaaagac
aatttgtggaagttggttctctctttctactatgagggtcccaggaatta
aattcagatcatcaagtttggtagcaagtattcttacacaaatgagcagt
ttcacaggttcctgaacatttaaaaaaatatatgtatgtatgtatgtatg
tatgtatgtatgttttgtatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_60389449_60390632
seq2: B6Ng01-110D14.b_46_1215

seq1  GAATTCTTCTAGAAAAAATTCACAGAGCTGAAGATTCTTGTAGTTAGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTAGAAAAAATTCACAGAGCTGAAGATTCTTGTAGTTAGAAA  50

seq1  CCCCATTAACCTGCTAACTCTTGATGACAAACCTAGGGCCAAAAGATTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATTAACCTGCTAACTCTTGATGACAAACCTAGGGCCAAAAGATTCC  100

seq1  TTGGCAGCTTTAATTTAATGTAATATAATTAGGAGAAAAACGTAAGTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAGCTTTAATTTAATGTAATATAATTAGGAGAAAAACGTAAGTTCT  150

seq1  TATTAGGTCAGTACATCACTTATTTTAGTATGTTTCCTGTTTAACTTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGGTCAGTACATCACTTATTTTAGTATGTTTCCTGTTTAACTTCTC  200

seq1  CAGAAGAGGTTTTAATAAGAACCAGAATAAAATACTTACCTTATACAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGAGGTTTTAATAAGAACCAGAATAAAATACTTACCTTATACAATA  250

seq1  CATATAATATATGCATATGTGTATTTGTAAGGAATGTATTCATATCTATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAATATATGCATATGTGTATTTGTAAGGAATGTATTCATATCTATA  300

seq1  GATATAAATATATAAATATATAAATCTATGGATATAATATAGACATAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATAAATATATAAATATATAAATCTATGGATATAATATAGACATAAAC  350

seq1  GTATTAATCACATTGAAAATAAAACACCTATGTACCTTAGGAGCCCACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAATCACATTGAAAATAAAACACCTATGTACCTTAGGAGCCCACAG  400

seq1  AAAATGGTCCAGGATTATTATCTTTGTAGTGAACATAGTACAATAAGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGTCCAGGATTATTATCTTTGTAGTGAACATAGTACAATAAGAAA  450

seq1  ATACTACTTAAAATGATTTTTAATAGCCATTCTCCATCTTTAAAAGTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTACTTAAAATGATTTTTAATAGCCATTCTCCATCTTTAAAAGTCAC  500

seq1  TACCTTGGGTCACAGGACATTGCTCAGTTGTTCAGTCATTTATCCATTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTGGGTCACAGGACATTGCTCAGTTGTTCAGTCATTTATCCATTGA  550

seq1  GCATGAGAACCCAAATGTGACCTCCCAGAACCAATATTTTAAAAGTCACG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAGAACCCAAATGTGACCTCCCAGAACCAATATTTTAAAAGTCACG  600

seq1  TGTGGTGGCACATACTTCTAGACTGTGTGGGTCCCTGGGGCTCACTAGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGGCACATACTTCTAGACTGTGTGGGTCCCTGGGGCTCACTAGTC  650

seq1  AGTCTGGTCTACTTGGTGAGTTCCAGGTCAGGAGTGGGGGAGATATTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGGTCTACTTGGTGAGTTCCAGGTCAGGAGTGGGGGAGATATTCTG  700

seq1  TCTCAGTGAACAAAGTAGATGGTATTTGGGGAATGACACCTGAGGCTGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTGAACAAAGTAGATGGTATTTGGGGAATGACACCTGAGGCTGTC  750

seq1  TTCTTGCCTTCCCCACATGTACCCGAAAGCATATATACACCCACACAAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGCCTTCCCCACATGTACCCGAAAGCATATATACACCCACACAAGC  800

seq1  ACACACGGAAGTCAAAACCTGAACAATCAGAGTCTGTAATCTCACCAGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ACACACGGAAGTCAAAACCTGAACAATCAGAGTCTGT-ATCTCACCAGTA  849

seq1  AGGCCAATCATGGAAGTAGCTTCATGTCTGTTGTAAAACATTAGACTTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAATCATGGAAGTAGCTTCATGTCTGTTGTAAAACATTAGACTTCT  899

seq1  CTTGAGTATTAATCTTTGGATTACATTGAGTAC-TCTTTCAAGGGTCATT  949
      |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
seq2  CTTGAGTA-TAATCTTTGGATTACATTGAGTACTTCTTTCAA-GGTCATT  947

seq1  GCAGCCAGACAGCCATTGCTTGCCTGGAAATAGCAAGGTATTTTCATCTG  999
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||
seq2  GCAGCCAGACAGCCATTGCTTGCCT-GAAATAGC-AGGTA-TTTCATCTG  994

seq1  CTTGAATACATTACGTTGGGTAATGTGATGGTAG-AGATTAGTGGAATTA  1048
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  CTTGAATACATTACGTTGGGT-ATGTGATGGTAGAAGATTAGTGG-ATTA  1042

seq1  CTGTTTGATACAACTAATTCTTAAACGTAGATAAATTGCCCCTGTATTCA  1098
      ||| |||| ||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||
seq2  CTG-TTGA-ACACCT-ATTCTTAACCGTAGATAAATGGCCCCTGTA-TCA  1088

seq1  CCCAGGAAAGATCCACAATGAAAGTTGCTATTCATGGGCCCAGAGCCATC  1148
      |||| ||||||||||||||  ||| ||||||  |||||||| ||  ||||
seq2  CCCA-GAAAGATCCACAATTGAAG-TGCTATCTATGGGCCC-GAAGCATC  1135

seq1  TATCTCCTTAGTGAGACTGCAGTCCCCTCTCCCAAG  1184
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TATCTCCTTAGTGAGACTGCAGT-CCCTCTCCCAAG  1170

seq1: chr19_60570988_60571855
seq2: B6Ng01-110D14.g_69_939 (reverse)

seq1  CATAC-ATACATACATACATACATACATACATACATACATATA-TTTTTT  48
      ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CATACAAAACATACATACATACATACATACATACATACATATATTTTTTT  50

seq1  AAATGTTCAGGAACCTGTGAAACTGCTCA-TTGTGTAAGAATACTTGCTA  97
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTCAGGAACCTGTGAAACTGCTCATTTGTGTAAGAATACTTGCTA  100

seq1  CCAAACCTGATGATCTGAATTTAATTCCTGGGACCCTCATAGTAGAAAGA  147
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACTTGATGATCTGAATTTAATTCCTGGGACCCTCATAGTAGAAAGA  150

seq1  GAGAACCAACTTCCACAAATTGTCTTTTGACCTCTATACATGTGCCATGA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACCAACTTCCACAAATTGTCTTTTGACCTCTATACATGTGCCATGA  200

seq1  CACTTGCACATCAAATAAATAAAACTACACCAAATTACACACATTAAATA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGCACATCAAATAAATAAAACTACACCAAATTACACACATTAAATA  250

seq1  AATGTCAAAAAAAACAAACCAAAACAAAAACAATATTGGGCTAGAGAAAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCAAAAAAAACAAACCAAAACAAAAACAATATTGGGCTAGAGAAAT  300

seq1  AGCTCAGTGATTAAGAGCACTGACTTCCAGAGAACCTTGCCCAAAACCCA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAGTGATTAAGAGCACTGACTTCCAGAGAACCTTGCCCAAAACCCA  350

seq1  TATGGCAGCTCACAACCATCTATAACTCCAGGGGTTATGGTGCCCTTTTA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCAGCTCACAACCATCTATAACTCCAGGGGTTATGGTGCCCTTTTA  400

seq1  TGGTCTCCATAGGTACTAGGCACACATATGGTACACAGACACATGCAGGC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTCCATAGGTACTAGGCACACATATGGTACACAGACACATGCAGGC  450

seq1  AAAATACCCATACTGGGAAAATTAATTAATTAACTAATTGTTGAACAAAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACCCATACTGGGAAAATTAATTAATTAACTAATTGTTGAACAAAA  500

seq1  AGCAAGATGTCAAAAATTACAGACAGGATCTTTTAAAAACACAAGTACAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGATGTCAAAAATTACAGACAGGATCTTTTAAAAACACAAGTACAC  550

seq1  TAATACAAGTCTTGTTAACAGACACAAGTGTGGATGTTCATGTGAAAATG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACAAGTCTTGTTAACAGACACAAGTGTGGATGTTCATGTGAAAATG  600

seq1  TGTATTGTGAAAATTTCCTCCAAACTGAAGCATTCTCTCTAGGAGGGGTA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTGTGAAAATTTCCTCCAAACTGAAGCATTCTCTCTAGGAGGGGTA  650

seq1  AGGGAGTCTCATGAAACTCAAGAAGTAAACAAACTCCACAAGTCCCAGAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGTCTCATGAAACTCAAGAAGTAAACAAACTCCACAAGTCCCAGAA  700

seq1  AAGCTGAAACGTCCAAGATTTACCAGGACCCTTCTAAGTTTATAAAAGCA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGAAACGTCCAAGATTTACCAGGACCCTTCTAAGTTTATAAAAGCA  750

seq1  GCACATTGCTGAAAGGACAAACTCTCAGGCCTAAGAAACTGTCTGCAAGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATTGCTGAAAGGACAAACTCTCAGGCCTAAGAAACTGTCTGCAAGT  800

seq1  AATGGAGAGAGTTGGAAAGAGCCTGCTTCTGTGAGCCATCACTCATGTTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGAGAGTTGGAAAGAGCCTGCTTCTGTGAGCCATCACTCATGTTG  850

seq1  GGGTGGGCTTTGCAGGAATTC  868
      |||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGGCTTTGCAGGAATTC  871