BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-115F04
Chromosome19 (Build37)
Map Location 56,651,680 - 56,766,161
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNhlrc2
Upstream geneVti1a, Tcf7l2, Ppnr, LOC100043484, Habp2, Nrap, Casp7, 9930023K05Rik, Dclre1a
Downstream geneAdrb1, EG629643, A630007B06Rik, 1700010L13Rik, Tdrd1, Vwa2, Afap1l2, Ablim1, EG668259, AI450540, Trub1, LOC100043038, Atrnl1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-115F04.bB6Ng01-115F04.g
ACCDH920617DH920618
length1,0531,149
definitionDH920617|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115F04, 5' end.DH920618|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115F04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,765,102 - 56,766,161)(56,651,680 - 56,652,848)
sequence
gaattctcatacgatacatggtgcagatgttttcccattcctgtgagaaa
caccaagacctgaagcccctcgagagagaaaaggcctcgagtgccttaca
ggttagtttttcactgagggaaccaaggcaggaactgaagcagagactat
ggggcatgctgctttctgcctggctggcttcctctggcttgctcagctgc
ctttcctaccagacccacctgtgggggttgggctgctcatagtggggttt
cctccctcatcaattagcacttaagaaaatgccccacagacatgtctaca
ggccactttgatgggggcaggccctcagctgaggtcccctcttcccagat
atggctagatttgtgctgagttgacaagaattgcgaccaggcaggattct
actaccagttatttccctgctggaggtgaaagtagactgcgggagatcca
tacactgacctactggtcaaccttcatagggtgggcattctagcacatgc
cgaaaccattcatccttaagactcaagtgaaagcagccagacacagaggg
acagattatgagtcctctcttgaggtgctaggataaggcagcttcgtagg
acagaaagaaagatggggactatcaaggctgaggaaagggggagatggaa
ttagcatttaaggaacacaattttaattagagagctgcacaccctaacca
ctagaccatcaggaaagccagagttttcatttaggctaacaagacatctc
caggggcagggaacagtgacatatagtgaatgcatttcttgtcagcaagt
ggcacacttagaaggagactggataattttatgtgtaccactaaataagg
gatgtgtgctcagcaagctcccctcctgctgtcattttgctgtagtcttg
gaaacgagcatctgccagggctcctaggaagatccgagctgcacatgtag
gcacatcagtggtccatgagagagctgggtgctgagtgacttgcatagca
gccactgtttccaagctgattgtcagagagatgaaggaaagtgaagggag
gga
gaattcttgctctgctgtgctagtgctgtctcagagagaggggaagcaat
gctttatgtgtaagattcatgggatctaagaacaaaaaagaaacacggat
cacacaggcttaaggtcaaagtcaggggacagggatctatactttaccca
ccatgaggctgtggaaagcatgtggatatagataaatacagagccagaat
gttcaacgtacagcatttctatcaaaatttgcctggcttaaagttacaat
gtactttatcgagctagataaacataatgaccaaggaatatttaacgttt
catccaggcgctttcccagttactcctcatggtgttgctggttgtttacc
tttgtggtgagaatacatccatcttaccccttaagagaagtcctaacttt
attgacaaatattgccgggtgtggtggcgcacgcctttaatctcagcatt
ccggaggcagaggcaggaggatttctgagttcgaggccagcctggtctac
agagtgagttccaggacatccagagctacacagagaaaccctgtctcgaa
aaaccaaaaaaaaaaaaaaaaaaagacaactattattaagttctaagtca
ggtgatatgtctttgaagagatacatctttattaaccctagctttcaagt
cctgctttaactcagctcctgtctctgcacttaacctaattctgtgacta
tcttgttgtggtttgaatgaggtcttcataaagtggcacctgaatgctca
gttccctgtgggtagaactgtttgggaaagattaggaggcatggccttat
tggaggaggtgccagtggggataaggcttgaggtgcccttcccactttgc
actcactctgtcccccgaccccaccccacccctctttctgcctcctgctt
ttggatcagaagtaaacactgagttgctggttcagcaccatgcctgtctg
cctctgctgcacctgctatgatagctacagactttatcttctggactgta
atgtagccaggccctcttctctcagtaattctccgctataagttactgtg
gtcatggtgcgctcacagcaatagaaagtaacagcatatcatcactccag
cagttggcactacgtattctgggctcaagggtgtgatgaatgcctgaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_56765102_56766161
seq2: B6Ng01-115F04.b_45_1097 (reverse)

seq1  TCCCTCCC-TCAC-TTCCTTCATCCTCTCTGGACAATCAGCCTTGGAAAA  48
      |||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||| ||||| |||
seq2  TCCCTCCCTTCACTTTCCTTCAT-CTCTCT-GACAATCAG-CTTGG-AAA  46

seq1  CAGTGGCTGCTATGCAAGTCACTCAGCACCCAGCCTTCTTCTCATGGACC  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||
seq2  CAGTGGCTGCTATGCAAGTCACTCAGCACCCAGC--TC-TCTCATGGACC  93

seq1  ACTGATGTTGCCTACATGTGCAGCTCGGATCTTCCTAGGAGGCCTGGCAG  148
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACTGATG-TGCCTACATGTGCAGCTCGGATCTTCCTAGGAGCCCTGGCAG  142

seq1  ATGCTCGGTGTCCAAGACTACAGCAAAATGACAGCAGGAGGGGAGCTTGC  198
      |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTC-GTTTCCAAGACTACAGCAAAATGACAGCAGGAGGGGAGCTTGC  191

seq1  TGAGCACACATCCCTTATTTAGTGGTACACATAAAATTATCCAGTCTCCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCACACATCCCTTATTTAGTGGTACACATAAAATTATCCAGTCTCCT  241

seq1  TCTAAGTGTGCCACTTGCTGACAAGAAATGCATTCACTATATGTCACTGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGTGTGCCACTTGCTGACAAGAAATGCATTCACTATATGTCACTGT  291

seq1  TCCCTGCCCCTGGAGATGTCTTGTTAGCCTAAATGAAAACTCTGGCTTTC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGCCCCTGGAGATGTCTTGTTAGCCTAAATGAAAACTCTGGCTTTC  341

seq1  CTGATGGTCTAGTGGTTAGGGTGTGCAGCTCTCTAATTAAAATTGTGTTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGGTCTAGTGGTTAGGGTGTGCAGCTCTCTAATTAAAATTGTGTTC  391

seq1  CTTAAATGCTAATTCCATCTCCCCCTTTCCTCAGCCTTGATAGTCCCCAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAATGCTAATTCCATCTCCCCCTTTCCTCAGCCTTGATAGTCCCCAT  441

seq1  CTTTCTTTCTGTCCTACGAAGCTGCCTTATCCTAGCACCTCAAGAGAGGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTTCTGTCCTACGAAGCTGCCTTATCCTAGCACCTCAAGAGAGGA  491

seq1  CTCATAATCTGTCCCTCTGTGTCTGGCTGCTTTCACTTGAGTCTTAAGGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATAATCTGTCCCTCTGTGTCTGGCTGCTTTCACTTGAGTCTTAAGGA  541

seq1  TGAATGGTTTCGGCATGTGCTAGAATGCCCACCCTATGAAGGTTGACCAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGTTTCGGCATGTGCTAGAATGCCCACCCTATGAAGGTTGACCAG  591

seq1  TAGGTCAGTGTATGGATCTCCCGCAGTCTACTTTCACCTCCAGCAGGGAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCAGTGTATGGATCTCCCGCAGTCTACTTTCACCTCCAGCAGGGAA  641

seq1  ATAACTGGTAGTAGAATCCTGCCTGGTCGCAATTCTTGTCAACTCAGCAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTGGTAGTAGAATCCTGCCTGGTCGCAATTCTTGTCAACTCAGCAC  691

seq1  AAATCTAGCCATATCTGGGAAGAGGGGACCTCAGCTGAGGGCCTGCCCCC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTAGCCATATCTGGGAAGAGGGGACCTCAGCTGAGGGCCTGCCCCC  741

seq1  ATCAAAGTGGCCTGTAGACATGTCTGTGGGGCATTTTCTTAAGTGCTAAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAGTGGCCTGTAGACATGTCTGTGGGGCATTTTCTTAAGTGCTAAT  791

seq1  TGATGAGGGAGGAAACCCCACTATGAGCAGCCCAACCCCCACAGGTGGGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAGGGAGGAAACCCCACTATGAGCAGCCCAACCCCCACAGGTGGGT  841

seq1  CTGGTAGGAAAGGCAGCTGAGCAAGCCAGAGGAAGCCAGCCAGGCAGAAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTAGGAAAGGCAGCTGAGCAAGCCAGAGGAAGCCAGCCAGGCAGAAA  891

seq1  GCAGCATGCCCCATAGTCTCTGCTTCAGTTCCTGCCTTGGTTCCCTCAGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCATGCCCCATAGTCTCTGCTTCAGTTCCTGCCTTGGTTCCCTCAGT  941

seq1  GAAAAACTAACCTGTAAGGCACTCGAGGCCTTTTCTCTCTCGAGGGGCTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAACTAACCTGTAAGGCACTCGAGGCCTTTTCTCTCTCGAGGGGCTT  991

seq1  CAGGTCTTGGTGTTTCTCACAGGAATGGGAAAACATCTGCACCATGTATC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCTTGGTGTTTCTCACAGGAATGGGAAAACATCTGCACCATGTATC  1041

seq1  GTATGAGAATTC  1060
      ||||||||||||
seq2  GTATGAGAATTC  1053

seq1: chr19_56651680_56652848
seq2: B6Ng01-115F04.g_70_1218

seq1  GAATTCTTGCTCTGCTGTGCTAGTGCTGTCTCAGAGAGAGGGGAAGCAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGCTCTGCTGTGCTAGTGCTGTCTCAGAGAGAGGGGAAGCAAT  50

seq1  GCTTTATGTGTAAGATTCATGGGATCTAAGAACAAAAAAGAAACACGGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTATGTGTAAGATTCATGGGATCTAAGAACAAAAAAGAAACACGGAT  100

seq1  CACACAGGCTTAAGGTCAAAGTCAGGGGACAGGGATCTATACTTTACCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGGCTTAAGGTCAAAGTCAGGGGACAGGGATCTATACTTTACCCA  150

seq1  CCATGAGGCTGTGGAAAGCATGTGGATATAGATAAATACAGAGCCAGAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAGGCTGTGGAAAGCATGTGGATATAGATAAATACAGAGCCAGAAT  200

seq1  GTTCAACGTACAGCATTTCTATCAAAATTTGCCTGGCTTAAAGTTACAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAACGTACAGCATTTCTATCAAAATTTGCCTGGCTTAAAGTTACAAT  250

seq1  GTACTTTATCGAGCTAGATAAACATAATGACCAAGGAATATTTAACGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTTATCGAGCTAGATAAACATAATGACCAAGGAATATTTAACGTTT  300

seq1  CATCCAGGCGCTTTCCCAGTTACTCCTCATGGTGTTGCTGGTTGTTTACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAGGCGCTTTCCCAGTTACTCCTCATGGTGTTGCTGGTTGTTTACC  350

seq1  TTTGTGGTGAGAATACATCCATCTTACCCCTTAAGAGAAGTCCTAACTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGGTGAGAATACATCCATCTTACCCCTTAAGAGAAGTCCTAACTTT  400

seq1  ATTGACAAATATTGCCGGGTGTGGTGGCGCACGCCTTTAATCTCAGCATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACAAATATTGCCGGGTGTGGTGGCGCACGCCTTTAATCTCAGCATT  450

seq1  CCGGAGGCAGAGGCAGGAGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGAGGCAGAGGCAGGAGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTAC  500

seq1  AGAGTGAGTTCCAGGACATCCAGAGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGAGTTCCAGGACATCCAGAGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCGAA  550

seq1  AAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACAACTATTATTAAGTTCTAAGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACAACTATTATTAAGTTCTAAGTCA  600

seq1  GGTGATATGTCTTTGAAGAGATACATCTTTATTAACCCTAGCTTTCAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATATGTCTTTGAAGAGATACATCTTTATTAACCCTAGCTTTCAAGT  650

seq1  CCTGCTTTAACTCAGCTCCTGTCTCTGCACTTAACCTAATTCTGTGACTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTTTAACTCAGCTCCTGTCTCTGCACTTAACCTAATTCTGTGACTA  700

seq1  TCTTGTTGTGGTTTGAATGAGGTCTTCATAAAGTGGCACCTGAATGCTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTTGTGGTTTGAATGAGGTCTTCATAAAGTGGCACCTGAATGCTCA  750

seq1  GTTCCCTGTGGGTAGAACTGTTTGGGAAAGATTAGGAGGCATGGCCTTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCTGTGGGTAGAACTGTTTGGGAAAGATTAGGAGGCATGGCCTTAT  800

seq1  TGGAGGAGGTGCCAGTGGGGATAAGGCTTGAGGTGCCCTTCCCACTTTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGAGGTGCCAGTGGGGATAAGGCTTGAGGTGCCCTTCCCACTTTGC  850

seq1  ACTCACTCTGTCCCCCGACCCCACCCCACCCCTCTTTCTGCCTCCTGCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACTCTGTCCCCCGACCCCACCCCACCCCTCTTTCTGCCTCCTGCTT  900

seq1  TTGGATCAGAAGTAAACACTGAGTTGCTGGTTCAGCACCATGCCTGTCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATCAGAAGTAAACACTGAGTTGCTGGTTCAGCACCATGCCTGTCTG  950

seq1  CCTCTGCTGCACCTGCTATGATAGCTACAGACTTTAATCTTCTGGAACTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
seq2  CCTCTGCTGCACCTGCTATGATAGCTACAGACTTT-ATCTTCTGG-ACTG  998

seq1  TAATGTAAGCCAGGCCCTCTTCTCCTCAGTAAATTCTCCCGCTATAAGTT  1050
      |||||| |||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||
seq2  TAATGT-AGCCAGGCCCTCTTCT-CTCAGT-AATTCT-CCGCTATAAGTT  1044

seq1  ACTGTGGTCATGGTGCGCCTTCACAGCAATAGAAAAGTAAAACAGGCATA  1100
      ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||| |   |||||
seq2  ACTGTGGTCATGGTGCGC--TCACAGCAATAG-AAAGTAACA---GCATA  1088

seq1  TCATCACTCCAGCAGGTGGGCACTACGTATTCCTGAGCTCAAAGGGTGTG  1150
      |||||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||| |||||||||
seq2  TCATCACTCCAGCA-GTTGGCACTACGTATT-CTGGGCTC-AAGGGTGTG  1135

seq1  GTATGAATGCCCCTTGAAG  1169
        |||||||||   |||||
seq2  --ATGAATGCC---TGAAG  1149