BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-123P03
Chromosome19 (Build37)
Map Location 56,116,151 - 56,251,321
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043484
Upstream geneGpam, Tectb, Gucy2g, Acsl5, Zdhhc6, Vti1a, LOC100043479, Tcf7l2, Ppnr
Downstream geneHabp2, Nrap, Casp7, 9930023K05Rik, Dclre1a, Nhlrc2, Adrb1, EG629643, A630007B06Rik, 1700010L13Rik, Tdrd1, Vwa2, Afap1l2, Ablim1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-123P03.bB6Ng01-123P03.g
ACCDH926980DH926981
length1,178949
definitionDH926980|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-123P03, 5' end.DH926981|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-123P03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,116,151 - 56,117,331)(56,250,376 - 56,251,321)
sequence
gaattcctcctagtgatccctctggtcatcgatgcctggtccaggagctc
caaaggcttttggtaccctacagcttcagccgagtgtctctacttggctc
tgcatggttgctgtaactgttcctctaaggtatgctctcgtctgccctca
gctcctgcagatgtggttccaaccgcttctctgcagcagtttctgcgtgc
tctgcatctgctcatgctgtccctatctcttcccacctgaatcttgcttt
tgacccaagactcatgtccctgctgaagactctggtcacactgggcccac
aggctcagtccttaccgtggtctccaggagagaactatttcctggtgggc
tacactcatgcttgttgcctccctggttcctgggattcttggctgggggt
gtctttacctcaaccagttggttgtgagtacacttcggcacttgttcaag
tctatcatgtcccctgcttggttctagatacttcacagctgtcttcctga
ctcaccaccctatatttatggctgaagactgaatttgggacctttgcaaa
ggtccatggctcatataatccagagtagagtttgggggatgaggagatga
ctcagtaaagtgagtactgtgtgagcatgcgtgccatgtgagcatcaagg
tctaagttaaacctctagccatgtgcagtagcttgtgcctgtttggtttt
tgtatttttttaaatggagaggtagagacaaggattcctggagctggctg
gccagctctccagacaaattggtggactcggtccagtaagcagccctgtt
gtaaaaaccatggtagagagattaagaacaatactcagcatcaacctctg
gctacttgctacacacacacacacacacacacacacacacacatacacac
gtacacacacacacacacacacacacacacacacacacacactcacacag
agcagatcaaatcccctacatggctaagggtgagcaggagcaaaggtgtg
acgtgcactcccgagagtgtgaccacctaccccacttagttcccttggct
ctgacctccttcctacctcaccaaccacagtggtttctcggcttcctagg
gctttaaacagttcctcatgctgtgtgtgagacccccaacataaaaatat
atttcatcgctacttcctaacgtaattt
gaattccactctgactctcgaggggtgtgcggttctggaaccttcctcac
agtgaagaggagtctgatgttttaagagttcagaaccttgtttctggggg
tttctgggagactcagaagtatgctgtagtgaatggatagccaaacccaa
ccctgagaccaagaattgactagccacaggaatgggactcctgttgggtg
aattcagacctttgattttattttttaggtgatttgatctattggtccct
tagctgtgtgttcctctcccatcgttctcccttgctctgctcttcggtat
gatggctgtatcaggcagttctggctgagtaacaagcaagtccaaaattt
aaaccttctttatttttcgctcacaagtcagttttccaatctgcagggac
ctcaacgcaccatgtctgagctcattcatgtgtaagtcaaatagcactga
ctgcaggactgcagaggactggctggtacaggatggtcttggctcctgca
gatccttctacaacccagccgtggtgtgatctgaaaatatggcagagtct
caaataagttcagttgtgcaagagggctggcaaagaatgaatgtgtagtt
tccaagcagtttcctgtttctacatgctagaaagcatcccaccggggcaa
gcaaatctcatgactaagccagagctgaagtaagacgggcacttgaagtc
ctagagcaagggttacaggagtcgctacggaagaccgttgagataataaa
tcggagggtagggggtatagcttatttgggtagagtgcttgtttagtgtg
tacaaggcctagagtttgatctttagcaccttgcaaactgagtggtggtt
tatagccttggctctatactggggaggggaaagcagggaggtctgaagtt
caagtttgccttagttacataagcattggactgggaccctctgtctcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_56116151_56117331
seq2: B6Ng01-123P03.b_51_1228

seq1  GAATTCCTCCTAGTGATCCCTCTGGTCATCGATGCCTGGTCCAGGAGCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCCTAGTGATCCCTCTGGTCATCGATGCCTGGTCCAGGAGCTC  50

seq1  CAAAGGCTTTTGGTACCCTACAGCTTCAGCCGAGTGTCTCTACTTGGCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGCTTTTGGTACCCTACAGCTTCAGCCGAGTGTCTCTACTTGGCTC  100

seq1  TGCATGGTTGCTGTAACTGTTCCTCTAAGGTATGCTCTCGTCTGCCCTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGGTTGCTGTAACTGTTCCTCTAAGGTATGCTCTCGTCTGCCCTCA  150

seq1  GCTCCTGCAGATGTGGTTCCAACCGCTTCTCTGCAGCAGTTTCTGCGTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTGCAGATGTGGTTCCAACCGCTTCTCTGCAGCAGTTTCTGCGTGC  200

seq1  TCTGCATCTGCTCATGCTGTCCCTATCTCTTCCCACCTGAATCTTGCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATCTGCTCATGCTGTCCCTATCTCTTCCCACCTGAATCTTGCTTT  250

seq1  TGACCCAAGACTCATGTCCCTGCTGAAGACTCTGGTCACACTGGGCCCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCAAGACTCATGTCCCTGCTGAAGACTCTGGTCACACTGGGCCCAC  300

seq1  AGGCTCAGTCCTTACCGTGGTCTCCAGGAGAGAACTATTTCCTGGTGGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCAGTCCTTACCGTGGTCTCCAGGAGAGAACTATTTCCTGGTGGGC  350

seq1  TACACTCATGCTTGTTGCCTCCCTGGTTCCTGGGATTCTTGGCTGGGGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTCATGCTTGTTGCCTCCCTGGTTCCTGGGATTCTTGGCTGGGGGT  400

seq1  GTCTTTACCTCAACCAGTTGGTTGTGAGTACACTTCGGCACTTGTTCAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTACCTCAACCAGTTGGTTGTGAGTACACTTCGGCACTTGTTCAAG  450

seq1  TCTATCATGTCCCCTGCTTGGTTCTAGATACTTCACAGCTGTCTTCCTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCATGTCCCCTGCTTGGTTCTAGATACTTCACAGCTGTCTTCCTGA  500

seq1  CTCACCACCCTATATTTATGGCTGAAGACTGAATTTGGGACCTTTGCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCACCCTATATTTATGGCTGAAGACTGAATTTGGGACCTTTGCAAA  550

seq1  GGTCCATGGCTCATATAATCCAGAGTAGAGTTTGGGGGATGAGGAGATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCATGGCTCATATAATCCAGAGTAGAGTTTGGGGGATGAGGAGATGA  600

seq1  CTCAGTAAAGTGAGTACTGTGTGAGCATGCGTGCCATGTGAGCATCAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTAAAGTGAGTACTGTGTGAGCATGCGTGCCATGTGAGCATCAAGG  650

seq1  TCTAAGTTAAACCTCTAGCCATGTGCAGTAGCTTGTGCCTGTTTGGTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGTTAAACCTCTAGCCATGTGCAGTAGCTTGTGCCTGTTTGGTTTT  700

seq1  TGTATTTTTTTAAATGGAGAGGTAGAGACAAGGATTCCTGGAGCTGGCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTTTTTAAATGGAGAGGTAGAGACAAGGATTCCTGGAGCTGGCTG  750

seq1  GCCAGCTCTCCAGACAAATTGGTGGACTCGGTCCAGTAAGCAGCCCTGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCTCTCCAGACAAATTGGTGGACTCGGTCCAGTAAGCAGCCCTGTT  800

seq1  GTAAAAACCATGGTAGAGAGATTAAGAACAATACTCAGCATCAACCTCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAACCATGGTAGAGAGATTAAGAACAATACTCAGCATCAACCTCTG  850

seq1  GCTACTTGCTACACACACACACACACACACACACACACACACATACACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTTGCTACACACACACACACACACACACACACACACACATACACAC  900

seq1  GTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTCACACAG  950

seq1  AGCAAGATTCAAATCCACTACATGGCTAAGGGTTGAGCAGGAGCAAAGGT  1000
      ||| ||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGC-AGA-TCAAATCCCCTACATGGCTAAGGG-TGAGCAGGAGCAAAGGT  997

seq1  GTGACGTGCACTCCCGAGAGTGTGA-CACCTACCCACACTTATGTTCCCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||
seq2  GTGACGTGCACTCCCGAGAGTGTGACCACCTACCC-CACTTA-GTTCCCT  1045

seq1  TGGCTCTGA-CTCATCACTAGCTTCACCAACACCAGTGGTTCTCT-GCCT  1097
      ||||||||| ||| |  ||| | ||||||||  |||||||| ||| | ||
seq2  TGGCTCTGACCTCCTTCCTA-CCTCACCAACCACAGTGGTT-TCTCGGCT  1093

seq1  TCCTAAGGCTTTAACACAGTTCCTCATGCTGTG---GTGACCCCCAACTA  1144
      ||||| |||||||| ||||||||||||||||||   | |||||||||| |
seq2  TCCTAGGGCTTTAA-ACAGTTCCTCATGCTGTGTGTGAGACCCCCAAC-A  1141

seq1  TAAAATTAT-TTTCATTGCTACTTCATAACTGTAATTT  1181
      ||||| ||| |||||| |||||||| |||| |||||||
seq2  TAAAAATATATTTCATCGCTACTTCCTAAC-GTAATTT  1178

seq1: chr19_56250376_56251321
seq2: B6Ng01-123P03.g_68_1016 (reverse)

seq1  TTGAGACAGAGGGT-CCAGT-CAATGC-TATGTAACTAAAGGCAAACTTG  47
      |||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  TTGAGACAGAGGGTCCCAGTCCAATGCTTATGTAACT-AAGGCAAACTTG  49

seq1  AACTTCAGACCTCCCTGCTTTCCCCTCCCCAGTATAGAGCCAAGGCTATA  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCAGACCTCCCTGCTTTCCCCTCCCCAGTATAGAGCCAAGGCTATA  99

seq1  AACCACCACTCAGTTTGCAAGGTGCTAAAGATCAAACTCTAGGCCTTGTA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACCACTCAGTTTGCAAGGTGCTAAAGATCAAACTCTAGGCCTTGTA  149

seq1  CACACTAAACAAGCACTCTA-CCAAATAAGCTATACCCCCTACCCTCCGA  196
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTAAACAAGCACTCTACCCAAATAAGCTATACCCCCTACCCTCCGA  199

seq1  TTTATTATCTCAACGGTCTTCCGTAGCGACTCCTGTAACCCTTGCTCTAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTATCTCAACGGTCTTCCGTAGCGACTCCTGTAACCCTTGCTCTAG  249

seq1  GACTTCAAGTGCCCGTCTTACTTCAGCTCTGGCTTAGTCATGAGATTTGC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCAAGTGCCCGTCTTACTTCAGCTCTGGCTTAGTCATGAGATTTGC  299

seq1  TTGCCCCGGTGGGATGCTTTCTAGCATGTAGAAACAGGAAACTGCTTGGA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCCGGTGGGATGCTTTCTAGCATGTAGAAACAGGAAACTGCTTGGA  349

seq1  AACTACACATTCATTCTTTGCCAGCCCTCTTGCACAACTGAACTTATTTG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACACATTCATTCTTTGCCAGCCCTCTTGCACAACTGAACTTATTTG  399

seq1  GGACTCTGCCATATTTTCAGATCACACCACGGCTGGGTTGTAGAAGGATC  446
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCTGCCATATTTTCAGATCACACCACGGCTGGGTTGTAGAAGGATC  449

seq1  TGCAGGAGCCAAGACCATCCTGTACCAGCCAGTCCTCTGCAGTCCTGCAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGAGCCAAGACCATCCTGTACCAGCCAGTCCTCTGCAGTCCTGCAG  499

seq1  TCAGTGCTATTTGACTTACACATGAATGAGCTCAGACATGGTGCGTTGAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGCTATTTGACTTACACATGAATGAGCTCAGACATGGTGCGTTGAG  549

seq1  GTCCCTGCAGATTGGAAAACTGACTTGTGAGCGAAAAATAAAGAAGGTTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTGCAGATTGGAAAACTGACTTGTGAGCGAAAAATAAAGAAGGTTT  599

seq1  AAATTTTGGACTTGCTTGTTACTCAGCCAGAACTGCCTGATACAGCCATC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTGGACTTGCTTGTTACTCAGCCAGAACTGCCTGATACAGCCATC  649

seq1  ATACCGAAGAGCAGAGCAAGGGAGAACGATGGGAGAGGAACACACAGCTA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCGAAGAGCAGAGCAAGGGAGAACGATGGGAGAGGAACACACAGCTA  699

seq1  AGGGACCAATAGATCAAATCACCTAAAAAATAAAATCAAAGGTCTGAATT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACCAATAGATCAAATCACCTAAAAAATAAAATCAAAGGTCTGAATT  749

seq1  CACCCAACAGGAGTCCCATTCCTGTGGCTAGTCAATTCTTGGTCTCAGGG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAACAGGAGTCCCATTCCTGTGGCTAGTCAATTCTTGGTCTCAGGG  799

seq1  TTGGGTTTGGCTATCCATTCACTACAGCATACTTCTGAGTCTCCCAGAAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTTTGGCTATCCATTCACTACAGCATACTTCTGAGTCTCCCAGAAA  849

seq1  CCCCCAGAAACAAGGTTCTGAACTCTTAAAACATCAGACTCCTCTTCACT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCAGAAACAAGGTTCTGAACTCTTAAAACATCAGACTCCTCTTCACT  899

seq1  GTGAGGAAGGTTCCAGAACCGCACACCCCTCGAGAGTCAGAGTGGAATTC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGAAGGTTCCAGAACCGCACACCCCTCGAGAGTCAGAGTGGAATTC  949