BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-124P16
Chromosome19 (Build37)
Map Location 17,013,827 - 17,217,741
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA230083H22Rik
Upstream geneLOC100041424, Cep78, LOC100042048, Gnaq, E030024N20Rik, LOC624438, Gna14, LOC666665, Vps13a, Foxb2
Downstream geneGcnt1, Rfk, Pcsk5, Eef1a1-ps1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-124P16.bB6Ng01-124P16.g
ACCDH927744DH927745
length1,0521,096
definitionDH927744|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-124P16, 5' end.DH927745|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-124P16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,013,827 - 17,014,886)(17,216,640 - 17,217,741)
sequence
gaattcatttcccagaatccatgcacagcagcccccaatcacttctaact
caagccctgaagacatttgatgcctctgatgtctgcaggcacccacactc
tcatgcatatgcttccatccctgaatataattagttacaataaaataaat
ctttagaatatgggcttaacacaagcagcagctatgaacacccttcacca
caatggacctaaatgatagataaatgagaatacgtttgattataaactcc
ttgttgaactcaaggagaatgtagaaaatattaaattgaagaaaaagata
cccctcatctgaattgaaattagaacaaggccatgaagctattgtctcca
gaactgactgaggggcagccatgtatagcatctttgtatcttgtgagggg
tagaagatgctttcctgctgacaggacctgctgcagtggatgagcgtgca
gtgctgcagtcaccaggattgttacctccatcacaaagcactctataagc
ataagtggtatttttttccatgggcattatgctgtccagtttcgtgccta
cctgacacaagcttgagtcattttggaaaaggggacctcaactgagaaaa
tgcctccaccagattggcctgtgggcaaacctgtggtgcatttccatgat
tgatgattggtttgcatgggaccaactcacagtgggcagtatcaacccag
ggctagtggttccgggtgctttaagaaagcaatctaagcaaacctgggga
gagcaagccagaaagcaacattcctctatggcctctgaatcagctgtcta
gattgctgcccatttgagttcctgccctgactttaccctcagtgatggac
tgaaaactgtaaggtagaataaaccctttcttctcagctgcctttggtca
taatgttttatcactgcaatagaaaacctagttaagcagcacttgctcac
agaactaggtcttattgctcatagcctttggtggaagtcttgcagctacc
tgacataattttctttcagtatatattactcagatggattcagcatctga
gt
gaattcattatcctcccacaactaccttgcaaatgttgggattcggatgg
gctaccaggtttggtttagttcagtgataagggctgaactgtaaaagcga
gataggcatttactaattgatttaaatccatagcccatcactgtgatttg
tgaacttggtcatagaacccagaaataaatctaagactctgaagtttttg
gaagctggggacctgtcaccaatgatggaactctgaggaattataaatca
actgtcatcttttaaggtatctggtataggttgaactacattttccaaaa
ttcatttattgatgactggaccccctatagtaagatatgttgacgaacta
aaaagtaaaaacacactgtgactgtgaatggtggcatccacgcactgggg
acccagactgaagtaaagaggaaaaagtgagaaactttcaactaattaat
gaaaacaaggtcgctggggaggaaggatcctagtctaacctaactggtgt
cctggtaagaagagtggatttggacatgtacagacacagaccacaagaag
gccaagaagacatatgcaagccaaggagagaagactcagaagaaaccaac
tcagctaccacctagacctcaaattctccctctacagctatgaggaaata
cagtttcgttgtacaagtcactctgcttgcagaactttgttaaagaagtt
ccagcaaactaacatggggcaaaatctcctctgacaaacccttttgcgag
aacattctggaaaggagcccattagctcaagtctctcagatgtcctctac
tactgcctgatgggatctagagagacacatacacaatgttaagccgccag
gatggagaagaatctttacttaccacatgcccccactgtatagtttaatc
atgttctacaacttaatttacacgccttgattaattccctactttcccag
ggatacatccacagcacacagactgttaacctcataaagagaatgaatca
tttagtcacttcatttcatagttgtcttcatggagttaaggtagaagctg
ttaacagagaaactgctcatgctttaatgtagtgtcacagaactca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_17013827_17014886
seq2: B6Ng01-124P16.b_46_1097

seq1  GAATTCATTTCCCAGAATCCATGCACAGCAGCCCCCAATCACTTCTAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTCCCAGAATCCATGCACAGCAGCCCCCAATCACTTCTAACT  50

seq1  CAAGCCCTGAAGACATTTGATGCCTCTGATGTCTGCAGGCACCCACACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCCTGAAGACATTTGATGCCTCTGATGTCTGCAGGCACCCACACTC  100

seq1  TCATGCATATGCTTCCATCCCTGAATATAATTAGTTACAATAAAATAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCATATGCTTCCATCCCTGAATATAATTAGTTACAATAAAATAAAT  150

seq1  CTTTAGAATATGGGCTTAACACAAGCAGCAGCTATGAACACCCTTCACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGAATATGGGCTTAACACAAGCAGCAGCTATGAACACCCTTCACCA  200

seq1  CAATGGACCTAAATGATAGATAAATGAGAATACGTTTGATTATAAACTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGACCTAAATGATAGATAAATGAGAATACGTTTGATTATAAACTCC  250

seq1  TTGTTGAACTCAAGGAGAATGTAGAAAATATTAAATTGAAGAAAAAGATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGAACTCAAGGAGAATGTAGAAAATATTAAATTGAAGAAAAAGATA  300

seq1  CCCCTCATCTGAATTGAAATTAGAACAAGGCCATGAAGCTATTGTCTCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCATCTGAATTGAAATTAGAACAAGGCCATGAAGCTATTGTCTCCA  350

seq1  GAACTGACTGAGGGGCAGCCATGTATAGCATCTTTGTATCTTGTGAGGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGACTGAGGGGCAGCCATGTATAGCATCTTTGTATCTTGTGAGGGG  400

seq1  TAGAAGATGCTTTCCTGCTGACAGGACCTGCTGCAGTGGATGAGCGTGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGATGCTTTCCTGCTGACAGGACCTGCTGCAGTGGATGAGCGTGCA  450

seq1  GTGCTGCAGTCACCAGGATTGTTACCTCCATCACAAAGCACTCTATAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGCAGTCACCAGGATTGTTACCTCCATCACAAAGCACTCTATAAGC  500

seq1  ATAAGTGGTATTTTTTTCCATGGGCATTATGCTGTCCAGTTTCGTGCCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTGGTATTTTTTTCCATGGGCATTATGCTGTCCAGTTTCGTGCCTA  550

seq1  CCTGACACAAGCTTGAGTCATTTTGGAAAAGGGGACCTCAACTGAGAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACACAAGCTTGAGTCATTTTGGAAAAGGGGACCTCAACTGAGAAAA  600

seq1  TGCCTCCACCAGATTGGCCTGTGGGCAAACCTGTGGTGCATTTCCATGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCCACCAGATTGGCCTGTGGGCAAACCTGTGGTGCATTTCCATGAT  650

seq1  TGATGATTGGTTTGCATGGGACCAACTCACAGTGGGCAGTATCAACCCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGATTGGTTTGCATGGGACCAACTCACAGTGGGCAGTATCAACCCAG  700

seq1  GGCTAGTGGTTCCGGGTGCTTTAAGAAAGCAATCTAAGCAAACCTGGGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGTGGTTCCGGGTGCTTTAAGAAAGCAATCTAAGCAAACCTGGGGA  750

seq1  GAGCAAGCCAGAAAGCAACATTCCTCTATGGCCTCTGAATCAGCTGTCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGCCAGAAAGCAACATTCCTCTATGGCCTCTGAATCAGCTGTCTA  800

seq1  GATTGCTGCCCATTTGAGTTCCTGCCCTGACTTTACCCTCAGTGATGGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGCTGCCCATTTGAGTTCCTGCCCTGACTTTACCCTCAGTGATGGAC  850

seq1  TGAAAACTGTAAGGTAGAATAAACCCTTTCCTTCTCAGGCTGCCTTTGGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  TGAAAACTGTAAGGTAGAATAAACCCTTT-CTTCTCA-GCTGCCTTTGGT  898

seq1  CATAATGTTTTATCACTGCAATAGAAAACCTAGTTAAGGCAGGCACTTGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
seq2  CATAATGTTTTATCACTGCAATAGAAAACCTAGTTAA-GCA-GCACTTGC  946

seq1  CCACAGAACTAGGTCTTATTGCCTCATAGGCCTTTGGTGGAAGTCTTGGC  1000
       |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||
seq2  TCACAGAACTAGGTCTTATTG-CTCATA-GCCTTTGGTGGAAGTCTT-GC  993

seq1  AGCTACCTGACATTATTTTCTTTCAGTATATATTACTCAGATGGATACAG  1050
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGCTACCTGACATAATTTTCTTTCAGTATATATTACTCAGATGGATTCAG  1043

seq1  CCATCTGAGT  1060
       |||||||||
seq2  -CATCTGAGT  1052

seq1: chr19_17216640_17217741
seq2: B6Ng01-124P16.g_71_1166 (reverse)

seq1  TGAG-TCTGTGAC-CATCATTTAAAAGCATGAGCAGTTTCTCTGTAAACA  48
      |||| |||||||| |  ||||  |||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGAGTTCTGTGACACTACATT--AAAGCATGAGCAGTTTCTCTGTTAACA  48

seq1  GCTTTCTACCCTTACACCATGAAGACAAACCTATGAAAATGAAGTGACTA  98
      || ||||||| | || ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||
seq2  GC-TTCTACCTTAACTCCATGAAGACAA--CTATG-AAATGAAGTGACTA  94

seq1  AATGAATCCATTCTCTTTATGAGGTTAACAGTCCTGTGTGCTTGTGGATG  148
      |||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
seq2  AATG-ATTCATTCTCTTTATGAGGTTAACAGT-CTGTGTGC-TGTGGATG  141

seq1  TATCCCTTGGGAAAGTAGGGAATTAATCAAGGCGTGTAAATTAAGTTTGT  198
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TATCCC-TGGGAAAGTAGGGAATTAATCAAGGCGTGTAAATTAAG-TTGT  189

seq1  AGAACATGATTAAACTATACAGT-GGGGCATGT-GTAAGTAAAGATTCTT  246
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGAACATGATTAAACTATACAGTGGGGGCATGTGGTAAGTAAAGATTCTT  239

seq1  CTCCATCCTGGCGGCCTAACATTGTGTATGTGTCTCTCTAGAT-CCATCA  295
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTCCATCCTGGCGGCTTAACATTGTGTATGTGTCTCTCTAGATCCCATCA  289

seq1  GGCAGTAGTAGAGGACATCTGAGAGACTTGAGCTAATGGGCTCC-TTCCA  344
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGCAGTAGTAGAGGACATCTGAGAGACTTGAGCTAATGGGCTCCTTTCCA  339

seq1  GAATGTTCTTCGCAAAAGGGTTTGTCAGAGGAGATTTTGCCCCATGTTAG  394
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTTC-TCGCAAAAGGGTTTGTCAGAGGAGATTTTGCCCCATGTTAG  388

seq1  TTTGCTGGAACTTCTTTAACAAAGTTCTGCAAGCAGAGTGACTTGTACAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTGGAACTTCTTTAACAAAGTTCTGCAAGCAGAGTGACTTGTACAA  438

seq1  CGAAACTGTATTTCCTCATAGCTGTAGAGGGAGAATTTGAGGTCTAGGTG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAACTGTATTTCCTCATAGCTGTAGAGGGAGAATTTGAGGTCTAGGTG  488

seq1  GTAGCTGAGTTGGTTTCTTCTGAGTCTTCTCTCCTTGGCTTGCATATGTC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTGAGTTGGTTTCTTCTGAGTCTTCTCTCCTTGGCTTGCATATGTC  538

seq1  TTCTTGGCCTTCTTGTGGTCTGTGTCTGTACATGTCCAAATCCACTCTTC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGCCTTCTTGTGGTCTGTGTCTGTACATGTCCAAATCCACTCTTC  588

seq1  TTACCAGGACACCAGTTAGGTTAGACTAGGATCCTTCCTCCCCAGCGACC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCAGGACACCAGTTAGGTTAGACTAGGATCCTTCCTCCCCAGCGACC  638

seq1  TTGTTTTCATTAATTAGTTGAAAGTTTCTCACTTTTTCCTCTTTACTTCA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTCATTAATTAGTTGAAAGTTTCTCACTTTTTCCTCTTTACTTCA  688

seq1  GTCTGGGTCCCCAGTGCGTGGATGCCACCATTCACAGTCACAGTGTGTTT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGGTCCCCAGTGCGTGGATGCCACCATTCACAGTCACAGTGTGTTT  738

seq1  TTACTTTTTAGTTCGTCAACATATCTTACTATAGGGGGTCCAGTCATCAA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTTTTAGTTCGTCAACATATCTTACTATAGGGGGTCCAGTCATCAA  788

seq1  TAAATGAATTTTGGAAAATGTAGTTCAACCTATACCAGATACCTTAAAAG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGAATTTTGGAAAATGTAGTTCAACCTATACCAGATACCTTAAAAG  838

seq1  ATGACAGTTGATTTATAATTCCTCAGAGTTCCATCATTGGTGACAGGTCC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAGTTGATTTATAATTCCTCAGAGTTCCATCATTGGTGACAGGTCC  888

seq1  CCAGCTTCCAAAAACTTCAGAGTCTTAGATTTATTTCTGGGTTCTATGAC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTTCCAAAAACTTCAGAGTCTTAGATTTATTTCTGGGTTCTATGAC  938

seq1  CAAGTTCACAAATCACAGTGATGGGCTATGGATTTAAATCAATTAGTAAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTCACAAATCACAGTGATGGGCTATGGATTTAAATCAATTAGTAAA  988

seq1  TGCCTATCTCGCTTTTACAGTTCAGCCCTTATCACTGAACTAAACCAAAC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTATCTCGCTTTTACAGTTCAGCCCTTATCACTGAACTAAACCAAAC  1038

seq1  CTGGTAGCCCATCCGAATCCCAACATTTGCAAGGTAGTTGTGGGAGGATA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTAGCCCATCCGAATCCCAACATTTGCAAGGTAGTTGTGGGAGGATA  1088

seq1  ATGAATTC  1102
      ||||||||
seq2  ATGAATTC  1096