BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-146C23
Chromosome19 (Build37)
Map Location 25,973,410 - 26,110,023
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneFoxd4, Cbwd1, Dock8, LOC100042503, Ankrd15, LOC433233, LOC383474, Dmrt1, Dmrt3, Dmrt2, EG667806
Downstream gene1700048O14Rik, LOC100041846, LOC100041857, Smarca2, Gm815
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-146C23.bB6Ng01-146C23.g
ACCDH943396DH943397
length1,125325
definitionDH943396|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-146C23, 5' end.DH943397|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-146C23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,108,896 - 26,110,023)(25,973,410 - 25,973,734)
sequence
gaattcttagaactctctaccctagaagtttaatgagacccacttcacag
atgagcttctcagatgaggacatttggattcatgggccagcttacctgcc
gttcaactccctccagcatacacaataggccctatgcttctaaatcacgg
aggcttttaactaagcctttccagttctccctttacctgctttcttatta
aaacaaacaaaacctcacaatgtaataatccctgttttggaaatgaccat
cccaggacctaagaaaaaaaaatcaacctatgaaatgtattctcttcaat
gctttgcttgcccttccaatgtaatatttttattgattatttgagatttt
cacataatccatgcagaaactaattcacttcccagtcttcccaggtccat
cctcctctaattcttctctaaaggttcttttggacacagttacttacata
ataattattattttccctgagttgaataataagcatccttgactttagca
taaagggaattctttccaggttataatgcttgatttcaacaccagtgata
ttagttatacagactcactctctccagtctcatataattaggatacttaa
ggaccagttttaaacacttaaccgctttgtctggccagtatctagagcaa
acaagtagagcaggagggtgaatatccccccagagtcagctcaggatgtc
tctacagcatggcctgaaattctttcaacttccacatcccacctgaccac
aatggaattataatgaaatgaagagatgcagaattacaaagaatataagc
tcttctactgaaagccctgaacagccaggctaccatggtttgagctggtg
aacacagagctttcaaagagaattttagattgacagcttccaaggggata
ggcctatatgttagtctcttagatacagcaattaaactagacatcatcgg
gtttctagaaccttctgcttggctaagtttgatatcaaagtaaaatcttc
ctatttctattttgaacaagtggtcatgctgctagaaagctcccagcaca
gctttcaatcttttcttccttcgctcaggaaaggtgggagtgtgaaagaa
cacaactactatgggaggcactctg
agatcaagagtcctaaattccagtgggacagggatatatggtgtggcctg
gacagtggaggtgagtgagggtccttatctgctatgatcatctcaatggt
ttttatgctgaatgactcttaagtggcagtgggttaactaagagagtgtg
acataagtagtcttcgatagtatttcatctaatgatattcatcttctttg
ataggatatggttggtaatgggaatgtctctgagacactttaagaccagg
acaaataatcaagatggaggagagaattaggatgagtgctagagagatgg
agaggattttggaagggaaggggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_26108896_26110023
seq2: B6Ng01-146C23.b_42_1166 (reverse)

seq1  CAGAGTGCTTCCATTAGTAGTTTGTTGTCTTTCACACTTCCACCTTTCCT  50
      |||||||| |||  |||||| ||||  ||||||||||| |||||||||||
seq2  CAGAGTGCCTCCCATAGTAG-TTGTGTTCTTTCACACTCCCACCTTTCCT  49

seq1  GAGCGAAGGAAGAAAAGGATGGAAGCTGTGCTGGGGAGCTTTCTAGCAGC  100
      |||||||||||||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GAGCGAAGGAAGAAAAGATTGAAAGCTGTGCT-GGGAGCTTTCTAGCAGC  98

seq1  ATGACACCTTGTTC-AAATAGAATAAGGAAGATTTTACTTTTGATATCAA  149
      |||||  ||||||| ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATGACCACTTGTTCAAAATAGAAATAGGAAGATTTTAC-TTTGATATCAA  147

seq1  ACCTTAGCCAAGCAGAAGGTTCTAGAAACCCGATGATGTCTAGTTTAATT  199
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-CTTAGCCAAGCAGAAGGTTCTAGAAACCCGATGATGTCTAGTTTAATT  196

seq1  GCTGTATCTAAGAGACTAACATATAGGCCTATCCCCTTGGAAGCTGTCAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTATCTAAGAGACTAACATATAGGCCTATCCCCTTGGAAGCTGTCAA  246

seq1  TCTAAAATTCTCTTTGAAAGCTCTGTGTTCACCAGCTCAAACCATGGTAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAATTCTCTTTGAAAGCTCTGTGTTCACCAGCTCAAACCATGGTAG  296

seq1  CCTGGCTGTTCAGGGCTTTCAGTAGAAGAGCTTATATTCTTTGTAATTCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTGTTCAGGGCTTTCAGTAGAAGAGCTTATATTCTTTGTAATTCT  346

seq1  GCATCTCTTCATTTCATTATAATTCCATTGTGGTCAGGTGGGATGTGGAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTCTTCATTTCATTATAATTCCATTGTGGTCAGGTGGGATGTGGAA  396

seq1  GTTGAAAGAATTTCAGGCCATGCTGTAGAGACATCCTGAGCTGACTCTGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAAGAATTTCAGGCCATGCTGTAGAGACATCCTGAGCTGACTCTGG  446

seq1  GGGGATATTCACCCTCCTGCTCTACTTGTTTGCTCTAGATACTGGCCAGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATATTCACCCTCCTGCTCTACTTGTTTGCTCTAGATACTGGCCAGA  496

seq1  CAAAGCGGTTAAGTGTTTAAAACTGGTCCTTAAGTATCCTAATTATATGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCGGTTAAGTGTTTAAAACTGGTCCTTAAGTATCCTAATTATATGA  546

seq1  GACTGGAGAGAGTGAGTCTGTATAACTAATATCACTGGTGTTGAAATCAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGAGAGAGTGAGTCTGTATAACTAATATCACTGGTGTTGAAATCAA  596

seq1  GCATTATAACCTGGAAAGAATTCCCTTTATGCTAAAGTCAAGGATGCTTA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTATAACCTGGAAAGAATTCCCTTTATGCTAAAGTCAAGGATGCTTA  646

seq1  TTATTCAACTCAGGGAAAATAATAATTATTATGTAAGTAACTGTGTCCAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCAACTCAGGGAAAATAATAATTATTATGTAAGTAACTGTGTCCAA  696

seq1  AAGAACCTTTAGAGAAGAATTAGAGGAGGATGGACCTGGGAAGACTGGGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACCTTTAGAGAAGAATTAGAGGAGGATGGACCTGGGAAGACTGGGA  746

seq1  AGTGAATTAGTTTCTGCATGGATTATGTGAAAATCTCAAATAATCAATAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAATTAGTTTCTGCATGGATTATGTGAAAATCTCAAATAATCAATAA  796

seq1  AAATATTACATTGGAAGGGCAAGCAAAGCATTGAAGAGAATACATTTCAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTACATTGGAAGGGCAAGCAAAGCATTGAAGAGAATACATTTCAT  846

seq1  AGGTTGATTTTTTTTTCTTAGGTCCTGGGATGGTCATTTCCAAAACAGGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGATTTTTTTTTCTTAGGTCCTGGGATGGTCATTTCCAAAACAGGG  896

seq1  ATTATTACATTGTGAGGTTTTGTTTGTTTTAATAAGAAAGCAGGTAAAGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTACATTGTGAGGTTTTGTTTGTTTTAATAAGAAAGCAGGTAAAGG  946

seq1  GAGAACTGGAAAGGCTTAGTTAAAAGCCTCCGTGATTTAGAAGCATAGGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACTGGAAAGGCTTAGTTAAAAGCCTCCGTGATTTAGAAGCATAGGG  996

seq1  CCTATTGTGTATGCTGGAGGGAGTTGAACGGCAGGTAAGCTGGCCCATGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTGTGTATGCTGGAGGGAGTTGAACGGCAGGTAAGCTGGCCCATGA  1046

seq1  ATCCAAATGTCCTCATCTGAGAAGCTCATCTGTGAAGTGGGTCTCATTAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAAATGTCCTCATCTGAGAAGCTCATCTGTGAAGTGGGTCTCATTAA  1096

seq1  ACTTCTAGGGTAGAGAGTTCTAAGAATTC  1128
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTAGGGTAGAGAGTTCTAAGAATTC  1125

seq1: chr19_25973410_25973734
seq2: B6Ng01-146C23.g_73_397

seq1  AGATCAAGAGTCCTAAATTCCAGTGGGACAGGGATATATGGTGTGGCCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAAGAGTCCTAAATTCCAGTGGGACAGGGATATATGGTGTGGCCTG  50

seq1  GACAGTGGAGGTGAGTGAGGGTCCTTATCTGCTATGATCATCTCAATGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTGGAGGTGAGTGAGGGTCCTTATCTGCTATGATCATCTCAATGGT  100

seq1  TTTTATGCTGAATGACTCTTAAGTGGCAGTGGGTTAACTAAGAGAGTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGCTGAATGACTCTTAAGTGGCAGTGGGTTAACTAAGAGAGTGTG  150

seq1  ACATAAGTAGTCTTCGATAGTATTTCATCTAATGATATTCATCTTCTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAGTAGTCTTCGATAGTATTTCATCTAATGATATTCATCTTCTTTG  200

seq1  ATAGGATATGGTTGGTAATGGGAATGTCTCTGAGACACTTTAAGACCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGATATGGTTGGTAATGGGAATGTCTCTGAGACACTTTAAGACCAGG  250

seq1  ACAAATAATCAAGATGGAGGAGAGAATTAGGATGAGTGCTAGAGAGATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATAATCAAGATGGAGGAGAGAATTAGGATGAGTGCTAGAGAGATGG  300

seq1  AGAGGATTTTGGAAGGGAAGGGGGA  325
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGATTTTGGAAGGGAAGGGGGA  325