BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-149E02
Chromosome19 (Build37)
Map Location 17,478,069 - 17,582,669
singlet/doubletdoublet
Overlap genePcsk5
Upstream geneGna14, LOC666665, Vps13a, Foxb2, A230083H22Rik, Gcnt1, Rfk
Downstream geneEef1a1-ps1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-149E02.bB6Ng01-149E02.g
ACCDH945645DH945646
length958675
definitionDH945645|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-149E02, 5' end.DH945646|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-149E02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,478,069 - 17,479,025)(17,581,969 - 17,582,669)
sequence
gaattcagagatccacctgcctctgcttcccaaattctaggattaaaggt
gtgtcccaccatactcagcttagcttggttggcttgtttcctgttttgtt
tgtttgttttttattttgtgttcatttgtatgtgtgtatgttgtgtgtgt
gtgtgtgtacaccatggtgtgtcagaggataaccttgggagttctcgtct
tatcaagtggttcctgggattgaatgcaaattgtcaagcttggcagcagt
tgcctttgtaacacttgaccatcttgctcgcctgggtagtaacttttaag
aaacagggccttgagtttaaactgctacctaaaactccccaagtgctggg
attgcaggtgcgtggccctgtgcggctgaactgtgaaaacttctacctgg
gtttcattaggcagcttgcttcttcctctgcaggccacatctcccatttt
tataccaacagctttattttctccattttatgtgcatgagtgtttgtctg
catgtatgtctgtaagccacatgcctgcagtgcccaaggaagccagaggg
tgtcagatgttctggggctggccttatgggcggttttgagccattgtgtg
aatgctgggaattgaacccaggttctctgaaaggtattcttaattgctaa
gccatctctccagcccccaattttagtttttactcagtgtattccagagc
tacatttaatgttttggggatataaaactggaagtcgttgtaggtcatga
ggtgtgggttctattcagagtcatgtacaccaattgcttgctgcccacct
agccactcaaagggaattctaggtcaacacaaaggtccttttagactctt
tgagtttctatgattttttctgggggctaagcagggagtaatttacttaa
tcgattgaagacatttctagtaaaagttgtccatgtagtctttgtgtcaa
atgaaggt
gaattcaaaggtgacatggcaggcatcctgtgataaggttgtgccaggag
agacacctggaatgaagctctttacaaggttggcccagggtggagggagg
ttcaaaagacaacaggatcaccggctaaggtgacaagaacattcaaaatg
ctgagatttcacatcttaaattctatcatttctcttcatttacaaaattt
ctatatattggatcttgtgtgttcttggactgacttggctatcttgacca
tgaccttgtttctgagcccttgagatctctctagcagaacgaacaccccc
ttctccctttcacatagacgctgctatagcattggtctaacattttgtat
gtgcatatctttctgtgtgatgctaaagggcttgcttaagaataagctct
ccttcattggggaccctgtgtgtacccaaggagctgaaggggtttgcagc
cccataggaggaacatcaatatgtactcaccagtacccccagagcttttt
gggactaaatcaccaatcaaagaaaacacatggagggactcatgtagctg
aggatggcctagttggtcatcaatgggaggagaggcccttggtcctgtga
aggttctatgcgccggtataggggaatgccaggccaggaagcaggagtag
gtgggttggggagcaggggggaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_17478069_17479025
seq2: B6Ng01-149E02.b_45_1002

seq1  GAATTCAGAGATCCACCTGCCTCTGCTTCCCAAATTCTAGGATTAAAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGATCCACCTGCCTCTGCTTCCCAAATTCTAGGATTAAAGGT  50

seq1  GTGTCCCACCATACTCAGCTTAGCTTGGTTGGCTTGTTTCCTGTTTTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCCACCATACTCAGCTTAGCTTGGTTGGCTTGTTTCCTGTTTTGTT  100

seq1  TGTTTGTTTTTTATTTTGTGTTCATTTGTATGTGTGTATGTTGTGTGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTTTTTATTTTGTGTTCATTTGTATGTGTGTATGTTGTGTGTGT  150

seq1  GTGTGTGTACACCATGGTGTGTCAGAGGATAACCTTGGGAGTTCTCGTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTACACCATGGTGTGTCAGAGGATAACCTTGGGAGTTCTCGTCT  200

seq1  TATCAAGTGGTTCCTGGGATTGAATGCAAATTGTCAAGCTTGGCAGCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAGTGGTTCCTGGGATTGAATGCAAATTGTCAAGCTTGGCAGCAGT  250

seq1  TGCCTTTGTAACACTTGACCATCTTGCTCGCCTGGGTAGTAACTTTTAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTGTAACACTTGACCATCTTGCTCGCCTGGGTAGTAACTTTTAAG  300

seq1  AAACAGGGCCTTGAGTTTAAACTGCTACCTAAAACTCCCCAAGTGCTGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGGGCCTTGAGTTTAAACTGCTACCTAAAACTCCCCAAGTGCTGGG  350

seq1  ATTGCAGGTGCGTGGCCCTGTGCGGCTGAACTGTGAAAACTTCTACCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCAGGTGCGTGGCCCTGTGCGGCTGAACTGTGAAAACTTCTACCTGG  400

seq1  GTTTCATTAGGCAGCTTGCTTCTTCCTCTGCAGGCCACATCTCCCATTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCATTAGGCAGCTTGCTTCTTCCTCTGCAGGCCACATCTCCCATTTT  450

seq1  TATACCAACAGCTTTATTTTCTCCATTTTATGTGCATGAGTGTTTGTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCAACAGCTTTATTTTCTCCATTTTATGTGCATGAGTGTTTGTCTG  500

seq1  CATGTATGTCTGTAAGCCACATGCCTGCAGTGCCCAAGGAAGCCAGAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATGTCTGTAAGCCACATGCCTGCAGTGCCCAAGGAAGCCAGAGGG  550

seq1  TGTCAGATGTTCTGGGGCTGGCCTTATGGGCGGTTTTGAGCCATTGTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGATGTTCTGGGGCTGGCCTTATGGGCGGTTTTGAGCCATTGTGTG  600

seq1  AATGCTGGGAATTGAACCCAGGTTCTCTGAAAGGTATTCTTAATTGCTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTGGGAATTGAACCCAGGTTCTCTGAAAGGTATTCTTAATTGCTAA  650

seq1  GCCATCTCTCCAGCCCCCAATTTTAGTTTTTACTCAGTGTATTCCAGAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCTCTCCAGCCCCCAATTTTAGTTTTTACTCAGTGTATTCCAGAGC  700

seq1  TACATTTAATGTTTTGGGGATATAAAACTGGAAGTCGTTGTAGGTCATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTAATGTTTTGGGGATATAAAACTGGAAGTCGTTGTAGGTCATGA  750

seq1  GGTGTGGGTTCTATTCAGAGTCATGTACACCAATTGCTTGCTGCCAACCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GGTGTGGGTTCTATTCAGAGTCATGTACACCAATTGCTTGCTGCCCACCT  800

seq1  AGCCACTC-AAGGGAATTCTAGGTCAACACAAAGGTCCTTTTAGACTC-T  848
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGCCACTCAAAGGGAATTCTAGGTCAACACAAAGGTCCTTTTAGACTCTT  850

seq1  TGAGTTTTCTATGA-TTTTTCT-GGGGCTAAGCAGGGAGTAATTTTACTT  896
      |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGAG-TTTCTATGATTTTTTCTGGGGGCTAAGCAGGGAGTAA-TTTACTT  898

seq1  -ATCGATTTGAAGACATTTCTCAGTAAAGGTTGTCCATGTAGTCTTTGTG  945
       ||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AATCGA-TTGAAGACATTTCT-AGTAAAAGTTGTCCATGTAGTCTTTGTG  946

seq1  TCAAATGAAGGT  957
      ||||||||||||
seq2  TCAAATGAAGGT  958

seq1: chr19_17581969_17582669
seq2: B6Ng01-149E02.g_69_743 (reverse)

seq1  CCCTCTGAAAATTTCCTATCCCCTCCCCCCTCCCCCTGCTCCCCAACCCA  50
                          |||||      |||||||||||||||||||
seq2  --------------------CCCTC------CCCCCTGCTCCCCAACCCA  24

seq1  CCTACTCCTGCTTCCTGGCCTGGCATTCCCCTATACCGGCGCATAGAACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTCCTGCTTCCTGGCCTGGCATTCCCCTATACCGGCGCATAGAACC  74

seq1  TTCACAGGACCAAGGGCCTCTCCTCCCATTGATGACCAACTAGGCCATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAGGACCAAGGGCCTCTCCTCCCATTGATGACCAACTAGGCCATCC  124

seq1  TCAGCTACATGAGTCCCTCCATGTGTTTTCTTTGATTGGTGATTTAGTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTACATGAGTCCCTCCATGTGTTTTCTTTGATTGGTGATTTAGTCC  174

seq1  CAAAAAGCTCTGGGGGTACTGGTGAGTACATATTGATGTTCCTCCTATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAGCTCTGGGGGTACTGGTGAGTACATATTGATGTTCCTCCTATGG  224

seq1  GGCTGCAAACCCCTTCAGCTCCTTGGGTACACACAGGGTCCCCAATGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCAAACCCCTTCAGCTCCTTGGGTACACACAGGGTCCCCAATGAAG  274

seq1  GAGAGCTTATTCTTAAGCAAGCCCTTTAGCATCACACAGAAAGATATGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCTTATTCTTAAGCAAGCCCTTTAGCATCACACAGAAAGATATGCA  324

seq1  CATACAAAATGTTAGACCAATGCTATAGCAGCGTCTATGTGAAAGGGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAAAATGTTAGACCAATGCTATAGCAGCGTCTATGTGAAAGGGAGA  374

seq1  AGGGGGTGTTCGTTCTGCTAGAGAGATCTCAAGGGCTCAGAAACAAGGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGTGTTCGTTCTGCTAGAGAGATCTCAAGGGCTCAGAAACAAGGTC  424

seq1  ATGGTCAAGATAGCCAAGTCAGTCCAAGAACACACAAGATCCAATATATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCAAGATAGCCAAGTCAGTCCAAGAACACACAAGATCCAATATATA  474

seq1  GAAATTTTGTAAATGAAGAGAAATGATAGAATTTAAGATGTGAAATCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTTTGTAAATGAAGAGAAATGATAGAATTTAAGATGTGAAATCTCA  524

seq1  GCATTTTGAATGTTCTTGTCACCTTAGCCGGTGATCCTGTTGTCTTTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTTGAATGTTCTTGTCACCTTAGCCGGTGATCCTGTTGTCTTTTGA  574

seq1  ACCTCCCTCCACCCTGGGCCAACCTTGTAAAGAGCTTCATTCCAGGTGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCCTCCACCCTGGGCCAACCTTGTAAAGAGCTTCATTCCAGGTGTC  624

seq1  TCTCCTGGCACAACCTTATCACAGGATGCCTGCCATGTCACCTTTGAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGGCACAACCTTATCACAGGATGCCTGCCATGTCACCTTTGAATT  674

seq1  C  701
      |
seq2  C  675