BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-154O20
Chromosome19 (Build37)
Map Location 44,838,912 - 44,984,516
singlet/doubletdoublet
Overlap genePax2, LOC383450, LOC100042752
Upstream geneCutc, Abcc2, Dnmbp, LOC668408, Cpn1, Cyp2c44, Erlin1, Chuk, Cwf19l1, Bloc1s2, Pkd2l1, Scd3, LOC629152, Scd2, Scd4, Scd1, Wnt8b, Sec31b, Ndufb8, Hif1an
Downstream gene6030443O07Rik, Sema4g, Mrpl43, Peo1, Lzts2, Pdzd7, EG435601, LOC100042760, Sfxn3, Kazald1, Tlx1, Lbx1, Btrc, EG627889, Poll, 5330431N19Rik, Fbxw4, Fgf8, Npm3, Mgea5, E330018D03Rik, Kcnip2, 9130011E15Rik, EG627939
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-154O20.bB6Ng01-154O20.g
ACCDH949842DH949843
length1,120841
definitionDH949842|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-154O20, 5' end.DH949843|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-154O20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,983,366 - 44,984,516)(44,838,912 - 44,839,749)
sequence
gaattcacatacctattttttaactcttatacttgagaattttttgtttt
actgttctaagcagtatttcaatcaagataaataagaataaaacagcaac
ccaccatcacaaaggctttctccccctcctgcatgcacaggatgacgagt
ggtctgtgtggtctctgccatcttctttccctctctgaaaaaagaaatga
ttttctagtgctttctagactgggcttttgcaatcttgaagcttctgcag
ctgttaatcacatgatattttctaagcccttctcccttaataaatttatt
aaaagcatctctgtgtggactgctctgtgtggagaagcaacagacttggg
ccagccagcttagactccctctccccaactggtcaataagaaactatggg
tttttttctgccttacccccaaaagagttataaaagttcagtaagtgcct
ggaaagcaggcaagactccacaatgcaatctggatcacccattaccaatt
tgctttgctcacccaccgtagtggctgggccttatgcttcctaggggaaa
atgagcagtttggatgcctgctccctccttctccttctcccatctcatcc
gctctcctttgttctccatcagtgtgttccctaatggggggctttgctct
gtatttgtggctctttggggagaaaacttggagcccaacttggggtctca
cacgtaaccccaagactgcaagcgttgagatgttgcctgcagccgttata
aaatgctgcttgccatgtggcgctgctgagttgcagttatttcctgccat
tttgtatttcggatctctggggtagtgagtgactcatgctttccagttca
atgtgaggacatgtcccaccgagttgacggcctgatgctcctggaggaca
ttcctaacccaccactcaccaagttattagagtctaactctgaaatcact
aatcccaaatagcctctatctctcaactgctgctccattctttgatttat
gcacagtagttccactcagcaaaattccaccccatgccgagccactttca
ggaacatatgctagactggaggggatttcatgcgctatgcagttggtcag
tgaaagagctcctctctccc
gaattctcactcactgctagaaggacctggagattgacctgtatgtagag
agtggtatgctctggaaagcgggccgtgcctgagttcatagcattgggga
tgataggggacctctgtgttgctgttaccattggtacatatatgtatgtg
tgtgtgtggttatgtgtatgtatgtatacatacatgtccagagtaagggt
gcccaggagccagcatcggcaaggaaggaagtctacaacctgctcattca
cctgagccaaaggttttcatctcctcctcccccaaacagatgccgtcgcc
gcacttgaaatatgctgttatggctataaactaaatcgctcttcatgctt
taaaaatggttttggcattctctgatcctgccacaataaagctttggctg
tccaacctgagttctccccctggcaaatcctcatagaaatgcctctctgg
gccgaaggtgtggtagggaaacatccacatctggagaccactggctaaag
tcttagctctgagcaggtcatggaattcattgaatcattatagatactgg
gctactttagtgctgagtgtggcgttgccagctctttcagctaaatagca
tctctgttggggacactgtaaataggtaacttcagattgaaacctggcat
gggaaatgacctaagggtagggtagagatggggagatctgtgtacctaaa
aaggaggcagtgcctcatcgggttgagtttattgacaaggcaggaaggat
tgtcctgatgctatcaccgatcttcagattggagtgttgccttgggcagt
gtggagtgtaaagctaaggctacatccttaggggtgacctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_44983366_44984516
seq2: B6Ng01-154O20.b_47_1166 (reverse)

seq1  GGGAGAGAGGAAGCTCTTTTCACTAGACAAACTGACAATTAGCCGCTATT  50
      |||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||| ||  ||| |||   |
seq2  GGGAGAGAGG-AGCTC-TTTCACT-GACCAACTG-CA--TAG-CGC--AT  41

seq1  GAAAATCCCCCTCCAGTCTTAGCATATTGGTTCTCCTTTGAAAGTGGCTC  100
      ||||   ||||||||||| ||||||||  ||||     ||||||||||||
seq2  GAAA--TCCCCTCCAGTC-TAGCATAT--GTTC----CTGAAAGTGGCTC  82

seq1  GGCATGGGGTGGAATTTTTGGCCTTGAGTTGGGAACTACTGTGCATAAAA  150
      ||||||||||||||||||  ||  |||||  ||||||||||||||| |||
seq2  GGCATGGGGTGGAATTTT--GC--TGAGT--GGAACTACTGTGCAT-AAA  125

seq1  TCAAAGAATGGAAGCCAGCAGTTGAGAGAATAGAGGCTATTTGGGGATTA  200
      ||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  TCAAAGAATGGA--GCAGCAGTTGAGAG-ATAGAGGCTATTT-GGGATTA  171

seq1  GTGATTTCAGGAGTTAGACTTCTAATAACTTGGTGAGTGGTGGGTTAGGA  250
      ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTTCA-GAGTTAGAC-TCTAATAACTTGGTGAGTGGTGGGTTAGGA  219

seq1  ATGTCCTCCAGGAGCATCAGGCCGTCAACTCGGTGGGACATGTCCTCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCTCCAGGAGCATCAGGCCGTCAACTCGGTGGGACATGTCCTCACA  269

seq1  TTGAACTGGAAAGCATGAGTCACTCACTACCCCAGAGATCCGAAATACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACTGGAAAGCATGAGTCACTCACTACCCCAGAGATCCGAAATACAA  319

seq1  AATGGCAGGAAATAACTGCAACTCAGCAGCGCCACATGGCAAGCAGCATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCAGGAAATAACTGCAACTCAGCAGCGCCACATGGCAAGCAGCATT  369

seq1  TTATAACGGCTGCAGGCAACATCTCAACGCTTGCAGTCTTGGGGTTACGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAACGGCTGCAGGCAACATCTCAACGCTTGCAGTCTTGGGGTTACGT  419

seq1  GTGAGACCCCAAGTTGGGCTCCAAGTTTTCTCCCCAAAGAGCCACAAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGACCCCAAGTTGGGCTCCAAGTTTTCTCCCCAAAGAGCCACAAATA  469

seq1  CAGAGCAAAGCCCCCCATTAGGGAACACACTGATGGAGAACAAAGGAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCAAAGCCCCCCATTAGGGAACACACTGATGGAGAACAAAGGAGAG  519

seq1  CGGATGAGATGGGAGAAGGAGAAGGAGGGAGCAGGCATCCAAACTGCTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGATGAGATGGGAGAAGGAGAAGGAGGGAGCAGGCATCCAAACTGCTCA  569

seq1  TTTTCCCCTAGGAAGCATAAGGCCCAGCCACTACGGTGGGTGAGCAAAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCCCTAGGAAGCATAAGGCCCAGCCACTACGGTGGGTGAGCAAAGC  619

seq1  AAATTGGTAATGGGTGATCCAGATTGCATTGTGGAGTCTTGCCTGCTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGGTAATGGGTGATCCAGATTGCATTGTGGAGTCTTGCCTGCTTTC  669

seq1  CAGGCACTTACTGAACTTTTATAACTCTTTTGGGGGTAAGGCAGAAAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCACTTACTGAACTTTTATAACTCTTTTGGGGGTAAGGCAGAAAAAA  719

seq1  ACCCATAGTTTCTTATTGACCAGTTGGGGAGAGGGAGTCTAAGCTGGCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATAGTTTCTTATTGACCAGTTGGGGAGAGGGAGTCTAAGCTGGCTG  769

seq1  GCCCAAGTCTGTTGCTTCTCCACACAGAGCAGTCCACACAGAGATGCTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAAGTCTGTTGCTTCTCCACACAGAGCAGTCCACACAGAGATGCTTT  819

seq1  TAATAAATTTATTAAGGGAGAAGGGCTTAGAAAATATCATGTGATTAACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAATTTATTAAGGGAGAAGGGCTTAGAAAATATCATGTGATTAACA  869

seq1  GCTGCAGAAGCTTCAAGATTGCAAAAGCCCAGTCTAGAAAGCACTAGAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCAGAAGCTTCAAGATTGCAAAAGCCCAGTCTAGAAAGCACTAGAAA  919

seq1  ATCATTTCTTTTTTCAGAGAGGGAAAGAAGATGGCAGAGACCACACAGAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTCTTTTTTCAGAGAGGGAAAGAAGATGGCAGAGACCACACAGAC  969

seq1  CACTCGTCATCCTGTGCATGCAGGAGGGGGAGAAAGCCTTTGTGATGGTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCGTCATCCTGTGCATGCAGGAGGGGGAGAAAGCCTTTGTGATGGTG  1019

seq1  GGTTGCTGTTTTATTCTTATTTATCTTGATTGAAATACTGCTTAGAACAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCTGTTTTATTCTTATTTATCTTGATTGAAATACTGCTTAGAACAG  1069

seq1  TAAAACAAAAAATTCTCAAGTATAAGAGTTAAAAAATAGGTATGTGAATT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACAAAAAATTCTCAAGTATAAGAGTTAAAAAATAGGTATGTGAATT  1119

seq1  C  1151
      |
seq2  C  1120

seq1: chr19_44838912_44839749
seq2: B6Ng01-154O20.g_68_908

seq1  GAATTCTCACTCACTGCTAGAAGGACCTGGAGATTGACCTGTATGTAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACTCACTGCTAGAAGGACCTGGAGATTGACCTGTATGTAGAG  50

seq1  AGTGGTATGCTCTGGAAAGCGGGCCGTGCCTGAGTTCATAGCATTGGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTATGCTCTGGAAAGCGGGCCGTGCCTGAGTTCATAGCATTGGGGA  100

seq1  TGATAGGGGACCTCTGTGTTGCTGTTACCATTGGTACATATATGTATGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGGGGACCTCTGTGTTGCTGTTACCATTGGTACATATATGTATGTG  150

seq1  TGTGTGTGGTTATGTGTATGTATGTATACATACATGTCCAGAGTAAGGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGGTTATGTGTATGTATGTATACATACATGTCCAGAGTAAGGGT  200

seq1  GCCCAGGAGCCAGCATCGGCAAGGAAGGAAGTCTACAACCTGCTCATTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGGAGCCAGCATCGGCAAGGAAGGAAGTCTACAACCTGCTCATTCA  250

seq1  CCTGAGCCAAAGGTTTTCATCTCCTCCTCCCCCAAACAGATGCCGTCGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGCCAAAGGTTTTCATCTCCTCCTCCCCCAAACAGATGCCGTCGCC  300

seq1  GCACTTGAAATATGCTGTTATGGCTATAAACTAAATCGCTCTTCATGCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTGAAATATGCTGTTATGGCTATAAACTAAATCGCTCTTCATGCTT  350

seq1  TAAAAATGGTTTTGGCATTCTCTGATCCTGCCACAATAAAGCTTTGGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATGGTTTTGGCATTCTCTGATCCTGCCACAATAAAGCTTTGGCTG  400

seq1  TCCAACCTGAGTTCTCCCCCTGGCAAATCCTCATAGAAATGCCTCTCTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACCTGAGTTCTCCCCCTGGCAAATCCTCATAGAAATGCCTCTCTGG  450

seq1  GCCGAAGGTGTGGTAGGGAAACATCCACATCTGGAGACCACTGGCTAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGAAGGTGTGGTAGGGAAACATCCACATCTGGAGACCACTGGCTAAAG  500

seq1  TCTTAGCTCTGAGCAGGTCATGGAATTCATTGAATCATTATAGATACTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGCTCTGAGCAGGTCATGGAATTCATTGAATCATTATAGATACTGG  550

seq1  GCTAC-TTAGTGCTGAGTGTGGCGTTGCCAGCTC-TTCAGCTAAATAGCA  598
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GCTACTTTAGTGCTGAGTGTGGCGTTGCCAGCTCTTTCAGCTAAATAGCA  600

seq1  TCTCTGTTGGGGACACTGTAAATAGGTAACTTCAGATTGAAACCTGGCAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTTGGGGACACTGTAAATAGGTAACTTCAGATTGAAACCTGGCAT  650

seq1  GGGAAATGACCTAAGGGTAGGGTAGAGAT-GGGAGATCTGTGTACCTAAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAATGACCTAAGGGTAGGGTAGAGATGGGGAGATCTGTGTACCTAAA  700

seq1  AAGGAGGCAAGTGCCTCATCGGGTTGAG-TTATTGACAAGGCAGGAAGGA  746
      |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGC-AGTGCCTCATCGGGTTGAGTTTATTGACAAGGCAGGAAGGA  749

seq1  TTGTCCTGATGCTATCACCGATCTTCAGATTGGAGTGTTGCCTTGGGCAG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCTGATGCTATCACCGATCTTCAGATTGGAGTGTTGCCTTGGGCAG  799

seq1  TGTGGAGTGTAAAGCTAAGGCTACATCCTCAGGGGTGACCTC  838
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGTGGAGTGTAAAGCTAAGGCTACATCCTTAGGGGTGACCTC  841