BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-156I04
Chromosome19 (Build37)
Map Location 55,950,909 - 56,087,412
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTcf7l2
Upstream geneGpam, Tectb, Gucy2g, Acsl5, Zdhhc6, Vti1a, LOC100043479, Ppnr
Downstream geneLOC100043484, Habp2, Nrap, Casp7, 9930023K05Rik, Dclre1a, Nhlrc2, Adrb1, EG629643, A630007B06Rik, 1700010L13Rik, Tdrd1, Vwa2, Afap1l2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-156I04.bB6Ng01-156I04.g
ACCDH950996DH950997
length1,065899
definitionDH950996|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156I04, 5' end.DH950997|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156I04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,086,332 - 56,087,412)(55,950,909 - 55,951,815)
sequence
gaattcagatttaatattcttgtgtgaggggcttcttattcacgccggaa
aggctcaaccttgtgttccagaacattctgttgtgctctgtctgcgtgag
gctttatgagccagctgcccgccaatctcacatggatgctcttgcccaca
atttcactggagaagacccagacctcaaggactcttatggcgcagtcagg
tgtggtgtccaggatgtttttgctcatctaggacagtgtttgcagagttg
gggagaggaatcaggcagaactcttacccaagcaagcaaggctacctgct
tccatagaacattttcttcagttcagacatcaaccagacttgggctttct
ggagaattttcagttgaggaactggaacaaaatttacaactttctgagcg
caaacaactctctacttctttggctgccatgatgtgcttgctcagctgag
ccttgagagtgttcatctgtggctccacggagcagcgctagaggacacct
cactggccagcgggctcgactgtctcagcagacatggcttcttcttgcag
agcgtcagcttgggaaggagcccagctcctgcgagaacttctcagatctc
cgttctagatgtgaaatcctagccgcgcatttcagggaaagcctcttgtg
ggtttgtttcaactatcaggttagaacctgtctccatctccacttctcca
ccttgacaggctgtcaagactgcagcagtggggtgggaagtgtagcacgt
gtaagtgatgagttacttagaacaccacagtaggtgtcagtcctcattga
acatttagatagcagtttaggctggttgatgtcttataggtttgcaccga
agcttggaactttgaaactgttcccttttaagctttgattacacattcat
tctgacttgaaaagggagtagtcgtaagaaggcacacactcccacgtggg
ctagctgtagctcttctagctgtatgatgttatgcgtgtgagaaatgctg
cccagtcctcaatcaactagtttataagactcctaaaatctacagggggt
gggtgtggggagagt
gaattcttttagggtgatgctttctgggatttgttaacatctcagagatc
tgaaaaaggactctttggaacagttttcacccccagcatcagggagagga
agtaggagagagatcaccaagttggctgagaggctgttgaccacgttgga
gttcactggtggtttttacagctctactctgctcttaagagtcccgtgtc
ttgtaaccaggaagcaggctgatgccctgggttgagttcagcaagtttgt
tttgacttgtggcccacaaggagagagaagtcctcattatgtaatgttaa
actgggccgggaatgtcagctgggccctgcttgccaaagcttgaagagtt
ggttgggagcagactatgtttagtatgactaatccagcttggcagggtaa
aggggtgggtgggtgtcactctgagagggaaggatgacttagactatttc
aaatattagcactttgtatgctctgtagctgtccccaaagtaactcaagt
aaccaactaagttgaggcctcattcatcaactagtgcaatactgactgtt
gactggtggagtcaagacaccaacagattcctcttgcaaggaggagaggc
aggcttgggtcctgagaaagcttcccatagcagcctgtgttggtcaagag
tggctggcagggtactcagtaataaagccagtatacaaagccacactaga
ttctgtaataaaaagtcgcagtgaatcccaataaaaatgtaaaggaaagg
aaacatgggcccactttcctaataaagattccagagtgtaatttagagcc
ccgcctctagccttttccatctttatttggacgcttttacgcctttggcc
ccccccccccccccgaaagtcagtttggtcctactatgtgacaaaagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_56086332_56087412
seq2: B6Ng01-156I04.b_49_1113 (reverse)

seq1  ACTCTTCCCAC-CCCA-CCCCTGTGATTTTTTAGGAGTCCTTAATAAAAC  48
      ||||| ||||| |||| ||||||| |  |||||||||||  | |||||  
seq2  ACTCTCCCCACACCCACCCCCTGT-AGATTTTAGGAGTC--TTATAAA--  45

seq1  CTAGTTGATTTGAGGACCTTGGGCAGCATTTTCTCACACGGCCATTAAAC  98
      |||||||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||  |||  |||
seq2  CTAGTTGA-TTGAGGAC--TGGGCAGCA-TTTCTCACACG--CAT--AAC  87

seq1  AATCATTACAGCTAGAAAGAGCTACAGCTAGCCCACGTGGGAGTGTGTGC  148
       |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -ATCA-TACAGCTAG-AAGAGCTACAGCTAGCCCACGTGGGAGTGTGTGC  134

seq1  CTTCTTACGACCTACTCCCTTTTCAAGTCAGAATGAATGTGTAATCAAAG  198
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTACGA-CTACTCCCTTTTCAAGTCAGAATGAATGTGTAATCAAAG  183

seq1  CTTAAAAGGGAACAGTTTCAAAGTTCCAAGCCTTCGGTGCAAACCTATAA  248
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAAGGGAACAGTTTCAAAGTTCCAAG-CTTCGGTGCAAACCTATAA  232

seq1  GACATCAACCAGCCTAAACTGCTATCTAAATGTTCAATGAGGACTGACAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCAACCAGCCTAAACTGCTATCTAAATGTTCAATGAGGACTGACAC  282

seq1  CTACTGTGGTGTTCTAAGTAACTCATCACTTACACCTGCTACACTTCCCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTACTGTGGTGTTCTAAGTAACTCATCACTTACACGTGCTACACTTCCCA  332

seq1  CCCCACTGCTGCAGTCTTGACAGCCTGTCAAGGTGGAGAAGTGGAGATGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACTGCTGCAGTCTTGACAGCCTGTCAAGGTGGAGAAGTGGAGATGG  382

seq1  AGACAGGTTCTAACCTGATAGTTGAAACAAACCCACAAGAGGCTTTCCCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGGTTCTAACCTGATAGTTGAAACAAACCCACAAGAGGCTTTCCCT  432

seq1  GAAATGCGCGGCTAGGATTTCACATCTAGAACGGAGATCTGAGAAGTTCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGCGCGGCTAGGATTTCACATCTAGAACGGAGATCTGAGAAGTTCT  482

seq1  CGCAGGAGCTGGGCTCCTTCCCAAGCTGACGCTCTGCAAGAAGAAGCCAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAGGAGCTGGGCTCCTTCCCAAGCTGACGCTCTGCAAGAAGAAGCCAT  532

seq1  GTCTGCTGAGACAGTCGAGCCCGCTGGCCAGTGAGGTGTCCTCTAGCGCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCTGAGACAGTCGAGCCCGCTGGCCAGTGAGGTGTCCTCTAGCGCT  582

seq1  GCTCCGTGGAGCCACAGATGAACACTCTCAAGGCTCAGCTGAGCAAGCAC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCGTGGAGCCACAGATGAACACTCTCAAGGCTCAGCTGAGCAAGCAC  632

seq1  ATCATGGCAGCCAAAGAAGTAGAGAGTTGTTTGCGCTCAGAAAGTTGTAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGGCAGCCAAAGAAGTAGAGAGTTGTTTGCGCTCAGAAAGTTGTAA  682

seq1  ATTTTGTTCCAGTTCCTCAACTGAAAATTCTCCAGAAAGCCCAAGTCTGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGTTCCAGTTCCTCAACTGAAAATTCTCCAGAAAGCCCAAGTCTGG  732

seq1  TTGATGTCTGAACTGAAGAAAATGTTCTATGGAAGCAGGTAGCCTTGCTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGTCTGAACTGAAGAAAATGTTCTATGGAAGCAGGTAGCCTTGCTT  782

seq1  GCTTGGGTAAGAGTTCTGCCTGATTCCTCTCCCCAACTCTGCAAACACTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGGTAAGAGTTCTGCCTGATTCCTCTCCCCAACTCTGCAAACACTG  832

seq1  TCCTAGATGAGCAAAAACATCCTGGACACCACACCTGACTGCGCCATAAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGATGAGCAAAAACATCCTGGACACCACACCTGACTGCGCCATAAG  882

seq1  AGTCCTTGAGGTCTGGGTCTTCTCCAGTGAAATTGTGGGCAAGAGCATCC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTTGAGGTCTGGGTCTTCTCCAGTGAAATTGTGGGCAAGAGCATCC  932

seq1  ATGTGAGATTGGCGGGCAGCTGGCTCATAAAGCCTCACGCAGACAGAGCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAGATTGGCGGGCAGCTGGCTCATAAAGCCTCACGCAGACAGAGCA  982

seq1  CAACAGAATGTTCTGGAACACAAGGTTGAGCCTTTCCGGCGTGAATAAGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGAATGTTCTGGAACACAAGGTTGAGCCTTTCCGGCGTGAATAAGA  1032

seq1  AGCCCCTCACACAAGAATATTAAATCTGAATTC  1081
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCTCACACAAGAATATTAAATCTGAATTC  1065

seq1: chr19_55950909_55951815
seq2: B6Ng01-156I04.g_67_965

seq1  GAATTCTTTTAGGGTGATGCTTTCTGGGATTTGTTAACATCTCAGAGATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTAGGGTGATGCTTTCTGGGATTTGTTAACATCTCAGAGATC  50

seq1  TGAAAAAGGACTCTTTGGAACAGTTTTCACCCCCAGCATCAGGGAGAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAAGGACTCTTTGGAACAGTTTTCACCCCCAGCATCAGGGAGAGGA  100

seq1  AGTAGGAGAGAGATCACCAAGTTGGCTGAGAGGCTGTTGACCACGTTGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGAGAGAGATCACCAAGTTGGCTGAGAGGCTGTTGACCACGTTGGA  150

seq1  GTTCACTGGTGGTTTTTACAGCTCTACTCTGCTCTTAAGAGTCCCGTGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACTGGTGGTTTTTACAGCTCTACTCTGCTCTTAAGAGTCCCGTGTC  200

seq1  TTGTAACCAGGAAGCAGGCTGATGCCCTGGGTTGAGTTCAGCAAGTTTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAACCAGGAAGCAGGCTGATGCCCTGGGTTGAGTTCAGCAAGTTTGT  250

seq1  TTTGACTTGTGGCCCACAAGGAGAGAGAAGTCCTCATTATGTAATGTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACTTGTGGCCCACAAGGAGAGAGAAGTCCTCATTATGTAATGTTAA  300

seq1  ACTGGGCCGGGAATGTCAGCTGGGCCCTGCTTGCCAAAGCTTGAAGAGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGCCGGGAATGTCAGCTGGGCCCTGCTTGCCAAAGCTTGAAGAGTT  350

seq1  GGTTGGGAGCAGACTATGTTTAGTATGACTAATCCAGCTTGGCAGGGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGGAGCAGACTATGTTTAGTATGACTAATCCAGCTTGGCAGGGTAA  400

seq1  AGGGGTGGGTGGGTGTCACTCTGAGAGGGAAGGATGACTTAGACTATTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTGGGTGGGTGTCACTCTGAGAGGGAAGGATGACTTAGACTATTTC  450

seq1  AAATATTAGCACTTTGTATGCTCTGTAGCTGTCCCCAAAGTAACTCAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTAGCACTTTGTATGCTCTGTAGCTGTCCCCAAAGTAACTCAAGT  500

seq1  AACCAACTAAGTTGAGGCCTCATTCATCAACTAGTGCAATACTGACTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAACTAAGTTGAGGCCTCATTCATCAACTAGTGCAATACTGACTGTT  550

seq1  GACTGGTGGAGTCAAGACACCAACAGATTCCTCTTGCAAGGAGGAGAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGTGGAGTCAAGACACCAACAGATTCCTCTTGCAAGGAGGAGAGGC  600

seq1  AGGCTTGGGTCCTGAGAAAGCTTCCCATAGCAGCCTGTGTTGGTCAAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTGGGTCCTGAGAAAGCTTCCCATAGCAGCCTGTGTTGGTCAAGAG  650

seq1  TGGCTGGCAGGGTACTCAGTAATTAAAGCCAGTATACAAAGCCAACACTA  700
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGGCTGGCAGGGTACTCAGTAA-TAAAGCCAGTATACAAAGCC-ACACTA  698

seq1  GATTCTGTAAT-AAAAGTCGCAGTGAATCCCAATAAAAATGTAAAGGAAA  749
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTGTAATAAAAAGTCGCAGTGAATCCCAATAAAAATGTAAAGGAAA  748

seq1  GGAAAACAT-GGCCCACTTTCCTAATAAAGATTCCAGAGTGTAATTTAGA  798
      || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GG-AAACATGGGCCCACTTTCCTAATAAAGATTCCAGAGTGTAATTTAGA  797

seq1  GCCCCCGCCTCTAGCCTTTTCCATCTTTATTTGGACGCTTTTACGCCTTT  848
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-CCCCGCCTCTAGCCTTTTCCATCTTTATTTGGACGCTTTTACGCCTTT  846

seq1  TGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGCAAAGTCCAGCTTGGTCCTTCCTATGTG  898
       |||||||||||||||||     ||||| ||| ||||||| | |||||||
seq2  GGCCCCCCCCCCCCCCCC----GAAAGT-CAGTTTGGTCC-TACTATGTG  890

seq1  ACAAAAGGA  907
      |||||||||
seq2  ACAAAAGGA  899