BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-162G02
Chromosome19 (Build37)
Map Location 45,286,792 - 45,444,332
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLbx1, Btrc
Upstream geneScd3, LOC629152, Scd2, Scd4, Scd1, Wnt8b, Sec31b, Ndufb8, Hif1an, Pax2, LOC383450, LOC100042752, 6030443O07Rik, Sema4g, Mrpl43, Peo1, Lzts2, Pdzd7, EG435601, LOC100042760, Sfxn3, Kazald1, Tlx1
Downstream geneEG627889, Poll, 5330431N19Rik, Fbxw4, Fgf8, Npm3, Mgea5, E330018D03Rik, Kcnip2, 9130011E15Rik, EG627939, 4930505N22Rik, Hps6, Ldb1, Pprc1, Nolc1, Elovl3, Pitx3, Gbf1, LOC668094, Nfkb2, Psd, Fbxl15, Cuedc2, 2310034G01Rik, Tmem180
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-162G02.bB6Ng01-162G02.g
ACCDH955232DH955233
length997714
definitionDH955232|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162G02, 5' end.DH955233|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162G02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,286,792 - 45,287,635)(45,443,619 - 45,444,332)
sequence
gaattccacagaacatttcaaacgcaaactcctacaaggttatcataacc
tgcccattcaggaaggacaaatatcaatattcaccatcacagggcaatcc
cggaatcatgtagacttgacaccaaatagatacatggctgtatgaagcca
ctttccaacagcgagctgcttagtagtctggcaacctagcagcagcctgg
gtggcccttgggatgcacatgggatgcaggaaggtgatgtcgcaagaact
ctcatcaacaggaacaaatagttaccaggaacaaagctgcaggcctgaag
caaaaagaaaagagagattaaatgtcaggcagagccttgtcttaacaaag
gttaacgtcaccagcagtgagtcatattggttgtatatcctccctgatac
ctgtgtccctggtgggatgtggtgagaagggctcttcacctctgtggtcc
tccctaacccagtctaggcacaaggaaaccaccaggcaagtccaagatac
atctgtgactctcggtcctaattgtcaacttgtctgggttggaaaccaat
gaaaagagtccccttgtgagggattgtcatggttagattatctcaagtgg
gaagacccattctcggtgtagatggcagcccaaacagtaagaaatgtagc
caggaaccgactaatgtcattagtcctagcccttgggagatagatgcaga
ttgttctcttgagtccaaggacagcctgatctacatactgagttccagga
cagccagggattcattgtgagagcctgtctcaaaacaagctaacaccaga
gatggaggacagaggcttttgctttcacctgctagctctcactattgctg
gagtgttcatccaccctgtcgctgctgcatctttcactgatgttagaacc
ctgccgctagtctttgctactttgtgggttgttctttttcccacccttaa
tcctccaggtttcaccccctccccaaaacacacgagaatagagagaa
gaattccaggacagccagggctacacagagaaaccctgtctcaaaaaaaa
aacccaaaaaacaaaaaacaaaacaaaaaaaaagtacattataatttcat
atcctgatatttagataagagaatccaggaaagaaactaatttaaaatgg
gaaggtaagggtggtaccaagagcctgtagctccatccatgacccttaag
cgggatcacttgagtctaagaacttgagagtattttggacaacacaggga
gatcctgtctcagtaaaaaaccaatacgaaaaggatgcagagaaagtggc
aaacagagctcgtttcaaatgtaaaccactcagccagcaatcaatctcac
tgatttaaagaaaatcctttgtagaaatgtctggagatttattgggcatg
catggtggctggcacttgtcgtgacaccaatactctggaagctgagacaa
ggagtaccacctgggctgaaagccaacctgagctacactgtgagttccag
gctactggggctagtcagaaagcacctataacaaacagaatgattttgtt
tgatacaattttgtttttatatactttaaacatctgtttctcagataagt
caaggaaggctgaggccaggaagacagctcagtggtaagtgattgctgtg
taggcttaaggactgggcactctggtccactcttgtcatcccagtgccgg
gggggggggggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_45286792_45287635
seq2: B6Ng01-162G02.b_47_891

seq1  GAATTCCACAGAACATTTCAAACGCAAACTCCTACAAGGTTATCATAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACAGAACATTTCAAACGCAAACTCCTACAAGGTTATCATAACC  50

seq1  TGCCCATTCAGGAAGGACAAATATCAATATTCACCATCACAGGGCAATCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCATTCAGGAAGGACAAATATCAATATTCACCATCACAGGGCAATCC  100

seq1  CGGAATCATGTAGACTTGACACCAAATAGATACATGGCTGTATGAAGCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAATCATGTAGACTTGACACCAAATAGATACATGGCTGTATGAAGCCA  150

seq1  CTTTCCAACAGCGAGCTGCTTAGTAGTCTGGCAACCTAGCAGCAGCCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCAACAGCGAGCTGCTTAGTAGTCTGGCAACCTAGCAGCAGCCTGG  200

seq1  GTGGCCCTTGGGATGCACATGGGATGCAGGAAGGTGATGTCGCAAGAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCCTTGGGATGCACATGGGATGCAGGAAGGTGATGTCGCAAGAACT  250

seq1  CTCATCAACAGGAACAAATAGTTACCAGGAACAAAGCTGCAGGCCTGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCAACAGGAACAAATAGTTACCAGGAACAAAGCTGCAGGCCTGAAG  300

seq1  CAAAAAGAAAAGAGAGATTAAATGTCAGGCAGAGCCTTGTCTTAACAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAGAAAAGAGAGATTAAATGTCAGGCAGAGCCTTGTCTTAACAAAG  350

seq1  GTTAACGTCACCAGCAGTGAGTCATATTGGTTGTATATCCTCCCTGATAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACGTCACCAGCAGTGAGTCATATTGGTTGTATATCCTCCCTGATAC  400

seq1  CTGTGTCCCTGGTGGGATGTGGTGAGAAGGGCTCTTCACCTCTGTGGTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTCCCTGGTGGGATGTGGTGAGAAGGGCTCTTCACCTCTGTGGTCC  450

seq1  TCCCTAACCCAGTCTAGGCACAAGGAAACCACCAGGCAAGTCCAAGATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAACCCAGTCTAGGCACAAGGAAACCACCAGGCAAGTCCAAGATAC  500

seq1  ATCTGTGACTCTCGGTCCTAATTGTCAACTTGTCTGGGTTGGAAACCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTGACTCTCGGTCCTAATTGTCAACTTGTCTGGGTTGGAAACCAAT  550

seq1  GAAAAGAGTCCCCTTGTGAGGGATTGTCATGGTTAGATTATCTCAAGTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGAGTCCCCTTGTGAGGGATTGTCATGGTTAGATTATCTCAAGTGG  600

seq1  GAAGACCCATTCTCGGTGTAGATGGCAGCCCAAACAGTAAGAAATGTAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACCCATTCTCGGTGTAGATGGCAGCCCAAACAGTAAGAAATGTAGC  650

seq1  CAGGAACCGACTAATGTCATTAGTCCTAGCCCTTGGGAGATAGATGCAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAACCGACTAATGTCATTAGTCCTAGCCCTTGGGAGATAGATGCAGA  700

seq1  TTGTTCTCTTGAGTCCAAGGACAGCCTGATCTACATACTGAGTTCCAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTCTTGAGTCCAAGGACAGCCTGATCTACATACTGAGTTCCAGGA  750

seq1  CAGCCAGGGATTCATTGTGAGAGCCTGTCTCAAAACAAGCTAACACCAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGGGATTCATTGTGAGAGCCTGTCTCAAAACAAGCTAACACCAGA  800

seq1  GATGGAGGACAGAGGC-TTTGCTTTCACCTGCTAGCTCTCACTAT  844
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAGGACAGAGGCTTTTGCTTTCACCTGCTAGCTCTCACTAT  845

seq1: chr19_45443619_45444332
seq2: B6Ng01-162G02.g_68_781 (reverse)

seq1  CCCCCCCCCCCCCCCCGGCACTGGGATGACAAGAGTGGACCAGAGTGCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCCCCCCCCCGGCACTGGGATGACAAGAGTGGACCAGAGTGCCC  50

seq1  AGTCCTTAAGCCTACACAGCAATCACTTACCACTGAGCTGTCTTCCTGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTTAAGCCTACACAGCAATCACTTACCACTGAGCTGTCTTCCTGGC  100

seq1  CTCAGCCTTCCTTGACTTATCTGAGAAACAGATGTTTAAAGTATATAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCCTTCCTTGACTTATCTGAGAAACAGATGTTTAAAGTATATAAAA  150

seq1  ACAAAATTGTATCAAACAAAATCATTCTGTTTGTTATAGGTGCTTTCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATTGTATCAAACAAAATCATTCTGTTTGTTATAGGTGCTTTCTGA  200

seq1  CTAGCCCCAGTAGCCTGGAACTCACAGTGTAGCTCAGGTTGGCTTTCAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCCCAGTAGCCTGGAACTCACAGTGTAGCTCAGGTTGGCTTTCAGC  250

seq1  CCAGGTGGTACTCCTTGTCTCAGCTTCCAGAGTATTGGTGTCACGACAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTGGTACTCCTTGTCTCAGCTTCCAGAGTATTGGTGTCACGACAAG  300

seq1  TGCCAGCCACCATGCATGCCCAATAAATCTCCAGACATTTCTACAAAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGCCACCATGCATGCCCAATAAATCTCCAGACATTTCTACAAAGGA  350

seq1  TTTTCTTTAAATCAGTGAGATTGATTGCTGGCTGAGTGGTTTACATTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTAAATCAGTGAGATTGATTGCTGGCTGAGTGGTTTACATTTGA  400

seq1  AACGAGCTCTGTTTGCCACTTTCTCTGCATCCTTTTCGTATTGGTTTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGAGCTCTGTTTGCCACTTTCTCTGCATCCTTTTCGTATTGGTTTTTT  450

seq1  ACTGAGACAGGATCTCCCTGTGTTGTCCAAAATACTCTCAAGTTCTTAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGACAGGATCTCCCTGTGTTGTCCAAAATACTCTCAAGTTCTTAGA  500

seq1  CTCAAGTGATCCCGCTTAAGGGTCATGGATGGAGCTACAGGCTCTTGGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGTGATCCCGCTTAAGGGTCATGGATGGAGCTACAGGCTCTTGGTA  550

seq1  CCACCCTTACCTTCCCATTTTAAATTAGTTTCTTTCCTGGATTCTCTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCTTACCTTCCCATTTTAAATTAGTTTCTTTCCTGGATTCTCTTAT  600

seq1  CTAAATATCAGGATATGAAATTATAATGTACTTTTTTTTTGTTTTGTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATATCAGGATATGAAATTATAATGTACTTTTTTTTTGTTTTGTTTT  650

seq1  TTGTTTTTTGGGTTTTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTTTGGGTTTTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGG  700

seq1  CTGTCCTGGAATTC  714
      ||||||||||||||
seq2  CTGTCCTGGAATTC  714