BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-188N05
Chromosome19 (Build37)
Map Location 31,592,690 - 31,706,448
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrkg1
Upstream geneLOC668020, EG546723, Dkk1, LOC625995, Cstf2t, 8430431K14Rik
Downstream gene1810073H04Rik, Asah2, EG668042, Sgms1, 2700046G09Rik, LOC100042138, LOC672490, LOC100042823, Minpp1, Papss2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-188N05.bB6Ng01-188N05.g
ACCGA013017GA013018
length1,172894
definitionB6Ng01-188N05.b B6Ng01-188N05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,592,690 - 31,593,863)(31,705,554 - 31,706,448)
sequence
gaattcacctcttcctctaaattttttcaacttcactatttgaatagatc
tccatactttagttccatagcattggtccctttaaagcattcatcatact
agaatactgtcttctgatcatctatcattctaaataagctataatcatga
gacttcgtgtgtgggtctgtaccaagcaccgttatggatatgcctttgag
agttacattacatatgcctttaaagatgaagaaaaatagctatgcttata
tagtagtagcataaattcattactaaactttgaaaatgagtactctgtat
acataggttaaaaagtactagtgttgagttaggtatggtggcacatagct
ttaatctagatggatctccgtgagtttgaggccattctggtctatataga
aaattccaggacagccagagatacatagtgagactcttttttcaaaaaaa
acaaaacaaaaatcagaaacaaataaacaactctactactagtgttaaaa
ttgtagtgaattatgagaattgtatgaattaatcagccataatacctgaa
gtttagaatgtaaggactcaacctttggaaagaatcgcctaagtaataat
tagggaattatttcaggaaaaagaaatccaaatagtaaaagaattatatc
tcccattttcttgctatacctttgacatataacaaggtttgcattcaaat
ggtgattcgggtgtgcttaggagaactgaaaactagactggtgtgtataa
gtaatacatcattatttaaaagttgatctgtctgagcctaaagctgaccc
tagatgcagaagtagaatttctaccacagaaatcttgttcctaagtcaca
aagcacagtctgcaggcatggagattttatttatgtaaatataaatagaa
acacatcattgaattctcaataactactaaattctagtgagttaaaattc
caatagcccatgatttatcctgcagattaacagtcacctggtgctccttt
catatttgaatttttctgtaattttctataatcatgttcattttaattaa
ttataatgataggtttcaaaagcaacacaggaggagtatgttagtatctc
aacatgaagtatgttgccactgccttatcagtaatccctagaagcatgct
ggactaaagctgaagacactat
gaattcacatgtggaagggcagacacctcatgactgcggctgaggatgca
gtccccagagctccaggcccccactgcggaaggctaatgcctctgggagg
gttttcctgtaggtggacttgagtgcatctgaacatagaacatgtataat
ggaagtagaggacatttacatacctgctggaacatctgatgtaagtacat
aaaacagggaaatcagacacagaaacaacagctggtagaagtcactcata
aaggggaggggtgactttcctgcaaaggacaattgcagatatagtgcagc
gtgactaattgtggctaattagcatatgaattacctgacatagttatcat
tactggggtgagaactcttcacatggactctctttaattttattttataa
aaaaactacagaacatggggcattgctgagtggtattgggcttgtccagc
ctacactaagccatgagctctgtttccagtactggaaaggaaaagaggag
agaggaatccactaaattagtagctgtagtcaccagtctcgtagaacagt
tctctctgagcttactccttccagaaattccgtgccatttgattagcgtt
tcctcctctcgctctgcagtaattacttacaatagtgtcagtcgtgcaag
aattcagttgtgccatgtgtcagtcccaaaggtgaaagccagtcaccatg
tcatacaatgtgaggcaaatgctgaggagaacaagcaggatttatgagtt
tgattgacaacgtagggctggatttgtaactcattggtaccgtgcttgcc
tagcatacagggggcctggatttaatccctagcatcatggaagctggggg
tggtgctgcatgtctgtgcttggaaggtggaggtgggaggatca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_31592690_31593863
seq2: B6Ng01-188N05.b_45_1216

seq1  GAATTCACCTCTTCCTCTAAATTTTTTCAACTTCACTATTTGAATAGATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCTCTTCCTCTAAATTTTTTCAACTTCACTATTTGAATAGATC  50

seq1  TCCATACTTTAGTTCCATAGCATTGGTCCCTTTAAAGCATTCATCATACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATACTTTAGTTCCATAGCATTGGTCCCTTTAAAGCATTCATCATACT  100

seq1  AGAATACTGTCTTCTGATCATCTATCATTCTAAATAAGCTATAATCATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATACTGTCTTCTGATCATCTATCATTCTAAATAAGCTATAATCATGA  150

seq1  GACTTCGTGTGTGGGTCTGTACCAAGCACCGTTATGGATATGCCTTTGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCGTGTGTGGGTCTGTACCAAGCACCGTTATGGATATGCCTTTGAG  200

seq1  AGTTACATTACATATGCCTTTAAAGATGAAGAAAAATAGCTATGCTTATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACATTACATATGCCTTTAAAGATGAAGAAAAATAGCTATGCTTATA  250

seq1  TAGTAGTAGCATAAATTCATTACTAAACTTTGAAAATGAGTACTCTGTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGTAGCATAAATTCATTACTAAACTTTGAAAATGAGTACTCTGTAT  300

seq1  ACATAGGTTAAAAAGTACTAGTGTTGAGTTAGGTATGGTGGCACATAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGGTTAAAAAGTACTAGTGTTGAGTTAGGTATGGTGGCACATAGCT  350

seq1  TTAATCTAGATGGATCTCCGTGAGTTTGAGGCCATTCTGGTCTATATAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCTAGATGGATCTCCGTGAGTTTGAGGCCATTCTGGTCTATATAGA  400

seq1  AAATTCCAGGACAGCCAGAGATACATAGTGAGACTCTTTTTTCAAAAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCCAGGACAGCCAGAGATACATAGTGAGACTCTTTTTTCAAAAAAA  450

seq1  ACAAAACAAAAATCAGAAACAAATAAACAACTCTACTACTAGTGTTAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACAAAAATCAGAAACAAATAAACAACTCTACTACTAGTGTTAAAA  500

seq1  TTGTAGTGAATTATGAGAATTGTATGAATTAATCAGCCATAATACCTGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGTGAATTATGAGAATTGTATGAATTAATCAGCCATAATACCTGAA  550

seq1  GTTTAGAATGTAAGGACTCAACCTTTGGAAAGAATCGCCTAAGTAATAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGAATGTAAGGACTCAACCTTTGGAAAGAATCGCCTAAGTAATAAT  600

seq1  TAGGGAATTATTTCAGGAAAAAGAAATCCAAATAGTAAAAGAATTATATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAATTATTTCAGGAAAAAGAAATCCAAATAGTAAAAGAATTATATC  650

seq1  TCCCATTTTCTTGCTATACCTTTGACATATAACAAGGTTTGCATTCAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATTTTCTTGCTATACCTTTGACATATAACAAGGTTTGCATTCAAAT  700

seq1  GGTGATTCGGGTGTGCTTAGGAGAACTGAAAACTAGACTGGTGTGTATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATTCGGGTGTGCTTAGGAGAACTGAAAACTAGACTGGTGTGTATAA  750

seq1  GTAATACATCATTATTTAAAAGTTGATCTGTCTGAGCCTAAAGCTGACCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATACATCATTATTTAAAAGTTGATCTGTCTGAGCCTAAAGCTGACCC  800

seq1  TAGATGCAGAAGTAGAATTTCTACCACAGAAATCTTGTTCCTAAGTCACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGCAGAAGTAGAATTTCTACCACAGAAATCTTGTTCCTAAGTCACA  850

seq1  AAGCACAGTCTGCAGGCATGGAGATTTTATTTTATGTAAATATAAATAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACAGTCTGCAGGCATGGAGATTTTA-TTTATGTAAATATAAATAGA  899

seq1  AACACATCATTGAATTCTCAATAACTACTAAATTCTAGTGAGTTAAAATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACATCATTGAATTCTCAATAACTACTAAATTCTAGTGAGTTAAAATT  949

seq1  CCAATAGCCCATGATTTATCCTGCAGATTAACAGTCACCTGGTTGCTCC-  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| 
seq2  CCAATAGCCCATGATTTATCCTGCAGATTAACAGTCACCTGG-TGCTCCT  998

seq1  TTCATATTTGAA-TTTTCTGTAATTTTCTATAATCATG-TCATTTTAATT  1047
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTCATATTTGAATTTTTCTGTAATTTTCTATAATCATGTTCATTTTAATT  1048

seq1  TA-TATAATTGAATTAAGTTTCAAAAGCAACACA-GAGGAGTATGTTAGT  1095
       | ||||| |||  || ||||||||||||||||| |||||||||||||| 
seq2  AATTATAA-TGA--TAGGTTTCAAAAGCAACACAGGAGGAGTATGTTAG-  1094

seq1  TATCTCAACAATGAAAGTATGT--GCACTG-CTTATCAGTATTCCCAAAG  1142
      ||||||||| ||| ||||||||   ||||| |||||||||| |||| |  
seq2  TATCTCAAC-ATG-AAGTATGTTGCCACTGCCTTATCAGTAATCCCTA--  1140

seq1  AAAGCATGCTGAGTAAAAGTTGAAGACACTAT  1174
       ||||||||||    |||| ||||||||||||
seq2  GAAGCATGCTGGACTAAAGCTGAAGACACTAT  1172

seq1: chr19_31705554_31706448
seq2: B6Ng01-188N05.g_66_959 (reverse)

seq1  TGATCCTCCCACCTCCACCTTCCAAGCACAGACATGCAGCACCACCCCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCTCCCACCTCCACCTTCCAAGCACAGACATGCAGCACCACCCCCA  50

seq1  GCTTCCATGATGCTAGGGATTAAATCCAGGCCCCCTGTATGCTAGGCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCATGATGCTAGGGATTAAATCCAGGCCCCCTGTATGCTAGGCAAG  100

seq1  CACGGTACCAATGAGTTACAAATCCAGCCCTACGTTGTCAATCAAACTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGTACCAATGAGTTACAAATCCAGCCCTACGTTGTCAATCAAACTCA  150

seq1  TAAATCCTGCTTTGTTCTCCTCAGCATTTGCCTCACATTGTATGACATGG  200
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCCTGC-TTGTTCTCCTCAGCATTTGCCTCACATTGTATGACATGG  199

seq1  TGACTGGCTTTCACCTTTGGGACTGACACATGGCACAACTGAATTCTTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGGCTTTCACCTTTGGGACTGACACATGGCACAACTGAATTCTTGC  249

seq1  ACGACTGACACTATTGTAAGTAATTACTGCAGAGCGAGAGGAGGAAACGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGACTGACACTATTGTAAGTAATTACTGCAGAGCGAGAGGAGGAAACGC  299

seq1  TAATCAAATGGCACGGAATTTCTGGAAGGAGTAAGCTCAGAGAGAACTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCAAATGGCACGGAATTTCTGGAAGGAGTAAGCTCAGAGAGAACTGT  349

seq1  TCTACGAGACTGGTGACTACAGCTACTAATTTAGTGGATTCCTCTCTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACGAGACTGGTGACTACAGCTACTAATTTAGTGGATTCCTCTCTCCT  399

seq1  CTTTTCCTTTCCAGTACTGGAAACAGAGCTCATGGCTTAGTGTAGGCTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCCTTTCCAGTACTGGAAACAGAGCTCATGGCTTAGTGTAGGCTGG  449

seq1  ACAAGCCCAATACCACTCAGCAATGCCCCATGTTCTGTAGTTTTTTTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCCCAATACCACTCAGCAATGCCCCATGTTCTGTAGTTTTTTTATA  499

seq1  AAATAAAATTAAAGAGAGTCCATGTGAAGAGTTCTCACCCCAGTAATGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAATTAAAGAGAGTCCATGTGAAGAGTTCTCACCCCAGTAATGAT  549

seq1  AACTATGTCAGGTAATTCATATGCTAATTAGCCACAATTAGTCACGCTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATGTCAGGTAATTCATATGCTAATTAGCCACAATTAGTCACGCTGC  599

seq1  ACTATATCTGCAATTGTCCTTTGCAGGAAAGTCACCCCTCCCCTTTATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATATCTGCAATTGTCCTTTGCAGGAAAGTCACCCCTCCCCTTTATGA  649

seq1  GTGACTTCTACCAGCTGTTGTTTCTGTGTCTGATTTCCCTGTTTTATGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTTCTACCAGCTGTTGTTTCTGTGTCTGATTTCCCTGTTTTATGTA  699

seq1  CTTACATCAGATGTTCCAGCAGGTATGTAAATGTCCTCTACTTCCATTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACATCAGATGTTCCAGCAGGTATGTAAATGTCCTCTACTTCCATTAT  749

seq1  ACATGTTCTATGTTCAGATGCACTCAAGTCCACCTACAGGAAAACCCTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTTCTATGTTCAGATGCACTCAAGTCCACCTACAGGAAAACCCTCC  799

seq1  CAGAGGCATTAGCCTTCCGCAGTGGGGGCCTGGAGCTCTGGGGACTGCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCATTAGCCTTCCGCAGTGGGGGCCTGGAGCTCTGGGGACTGCAT  849

seq1  CCTCAGCCGCAGTCATGAGGTGTCTGCCCTTCCACATGTGAATTC  895
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGCCGCAGTCATGAGGTGTCTGCCCTTCCACATGTGAATTC  894