BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-193H18
Chromosome19 (Build37)
Map Location 37,751,248 - 37,900,640
singlet/doubletdoublet
Overlap geneExoc6, Cyp26c1, Cyp26a1, LOC668248, LOC668251
Upstream geneLOC668215, Ppp1r3c, Tnks2, Fgfbp3, Btaf1, Cpeb3, March5, LOC668230, Ide, LOC100043010, Kif11, EG667490, LOC631069, Hhex
Downstream geneLOC209281, Fer1l3, Cep55, Gpr120, Rbp4, Pde6c, 5730455O13Rik, Lgi1, Tmem20, LOC100042483, Plce1, EG667587, Noc3l
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-193H18.bB6Ng01-193H18.g
ACCGA016443GA016444
length9501,100
definitionB6Ng01-193H18.b B6Ng01-193H18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,751,248 - 37,752,202)(37,899,553 - 37,900,640)
sequence
ggaattctcagtgattctgaagtgattcaactatttccagcatatatatg
ggaccactgtgcaaccatggcattccttaagctgatggttttgtttgtgg
acacacaggaagcaccaaggaagtaaaatgtagaacagacttacagatgt
tggcaggactccacctgatgtgttacagttgttctccagggtaactttga
atccttactgaaaaagggacgctaattttaagtggtctttcagactgggt
tgagatggaatggaaacgtgctattttgttccttggttttatgtgatcca
taccttgattacctcccaaaagacttgaagaagcatcttgcttggctatt
ggaacaaacccacttacagagcttaatactgatccttattaccatgtgcc
ttactttatcctttaataagcatttgcggagttgcttttggataatgtgg
tgatgctttgtttttgttcatgttcaggctacatctttgaactctatgta
tccatggtaactaataaattcacgtgttgagaccatgtcttactgtcccc
ctccccataggactaaaggatttattgttttgtttgttcactgccatctg
aaggaagcaacacttgaaatggagtgatgttttctgtaatagcggcttta
atattaaaaatgcagcatcctgtgaaacccggacagcttggagagggagt
cccccccaaggagaggggatccccaaggagagggagtccccaaggagagg
gggtcccaaggagagggagtccccaaggagagggggttcccaaggagagg
gagtcccaaggagagggggtcccaaggagagggcatccccagggagaggg
cgtcccagggagagggggtctccaagagagggggtcccaaggagagggag
tcccatgagaggtagtcccagtgagaggttctcaaggagaggagtctcta

gaattctatctggaacctcagagttggcactgacaggaagctctcaaaga
cttccctatgacccttttatgcttcctggggagtggggagacagggaagg
gcacggcaaggtcagcgcggggtgttattctcttcctggaaataagaaaa
tggaattcaaataaacaacttgcccaagatcattcagctacaaaactaaa
ttgaaatttaaggtgtgcccagtgtggcagcgcttgcctgtaatcccaga
atgcaggaaccacaagcctgagaatcaggagttcgagttctgccttggct
atgtaactaattaggccaagcttggcgttacatgaggtcctgtctattaa
aaagaaaaaaagataaccacacactctctgtttaaaaatcaagtagaggg
gactccaaagctggcactgttttctatcataatatataacatcatcaggt
gatggcaacggagcagagaacttggtgcagccaggccttgtggcacacgt
ctttcatcctagcaggcagcgggcagaggcaggtatagctttgtgaattc
aacaccagcctggtctacatagcaagttccagcctcacatgagcctgatc
aaaacgcacccagtgttggctttaggaccatctcccatggaaaccacctt
ctccggattttgttttctccttgatggtcagaatccaaacacgtagctca
ttttaggttacagatggaaagcaaacaatctcaggcctgaaaaacagtct
gtgcccaggcctcctcatttcgggcatccagtagactgtgatctttgatg
ggtgacctggtggacactttccctcccgtgatgtaagtggattgttggag
actcacagacatcttgcatttgaccccttagggatagctgggcttgggag
acggggttctgcctgaagactgatgtgtgggatagttttgctgttgggtt
tttgatcagtgttggagggatttggattatccgctcttgggttagtcatc
ccccatgagatgttttctcaccgacaaggttgtcggggttgcgtggcttg
taatcctcagcatgctggtagcctacagaaagagaaccggtctgaagtta

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_37751248_37752202
seq2: B6Ng01-193H18.b_45_990

seq1  GGAATTCTCAGTGATTCTGAAGTGATTCAACTATTTCCAGCATATATATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTCTCAGTGATTCTGAAGTGATTCAACTATTTCCAGCATATATATG  50

seq1  GGACCACTGTGCAACCATGGCATTCCTTAAGCTGATGGTTTTGTTTGTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCACTGTGCAACCATGGCATTCCTTAAGCTGATGGTTTTGTTTGTGG  100

seq1  ACACACAGGAAGCACCAAGGAAGTAAAATGTAGAACAGACTTACAGATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAGGAAGCACCAAGGAAGTAAAATGTAGAACAGACTTACAGATGT  150

seq1  TGGCAGGACTCCACCTGATGTGTTACAGTTGTTCTCCAGGGTAACTTTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGGACTCCACCTGATGTGTTACAGTTGTTCTCCAGGGTAACTTTGA  200

seq1  ATCCTTACTGAAAAAGGGACGCTAATTTTAAGTGGTCTTTCAGACTGGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTACTGAAAAAGGGACGCTAATTTTAAGTGGTCTTTCAGACTGGGT  250

seq1  TGAGATGGAATGGAAACGTGCTATTTTGTTCCTTGGTTTTATGTGATCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATGGAATGGAAACGTGCTATTTTGTTCCTTGGTTTTATGTGATCCA  300

seq1  TACCTTGATTACCTCCCAAAAGACTTGAAGAAGCATCTTGCTTGGCTATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTGATTACCTCCCAAAAGACTTGAAGAAGCATCTTGCTTGGCTATT  350

seq1  GGAACAAACCCACTTACAGAGCTTAATACTGATCCTTATTACCATGTGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAAACCCACTTACAGAGCTTAATACTGATCCTTATTACCATGTGCC  400

seq1  TTACTTTATCCTTTAATAAGCATTTGCGGAGTTGCTTTTGGATAATGTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTTATCCTTTAATAAGCATTTGCGGAGTTGCTTTTGGATAATGTGG  450

seq1  TGATGCTTTGTTTTTGTTCATGTTCAGGCTACATCTTTGAACTCTATGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCTTTGTTTTTGTTCATGTTCAGGCTACATCTTTGAACTCTATGTA  500

seq1  TCCATGGTAACTAATAAATTCACGTGTTGAGACCATGTCTTACTGTCCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGGTAACTAATAAATTCACGTGTTGAGACCATGTCTTACTGTCCCC  550

seq1  CTCCCCATAGGACTAAAGGATTTATTGTTTTGTTTGTTCACTGCCATCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCATAGGACTAAAGGATTTATTGTTTTGTTTGTTCACTGCCATCTG  600

seq1  AAGGAAGCAACACTTGAAATGGAGTGATGTTTTCTGTAATAGCGGCTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGCAACACTTGAAATGGAGTGATGTTTTCTGTAATAGCGGCTTTA  650

seq1  ATATTAAAAATGCAGCATCCTGTGAAACCCGGACAGCTTGGAGAGGGAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAAAAATGCAGCATCCTGTGAAACCCGGACAGCTTGGAGAGGGAGT  700

seq1  CCCCCCCAAGGAGAGGGGATCCCCAAGGAGAGGGAGTCCCCAAGGAGAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCAAGGAGAGGGGATCCCCAAGGAGAGGGAGTCCCCAAGGAGAGG  750

seq1  GGGTCCCAAGGAGAGGGAGTCCCCAAGGAGAGGGGGTTCCCAAGGAGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCCCAAGGAGAGGGAGTCCCCAAGGAGAGGGGGTTCCCAAGGAGAGG  800

seq1  GAGTCCCAAGGAGAGGGGGTCCCAAGGAGAGGGCATCCCCAGGGAGAGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCCAAGGAGAGGGGGTCCCAAGGAGAGGGCATCCCCAGGGAGAGGG  850

seq1  CGTCCCCAGGGAGAGGGGGTCTCCAAGGAGAGGGGGTCCCCAAGGAGAGG  900
      ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
seq2  CGT-CCCAGGGAGAGGGGGTCTCCAA-GAGAGGGGGT-CCCAAGGAGAGG  897

seq1  GAGTCCCCAAGGAGAGGGAGTCCCCAGGGAGAGGGTTCCCCAAGGAGAGG  950
      |||||||  | |||||| ||| ||||| ||||||  | | |||||||| |
seq2  GAGTCCC--ATGAGAGGTAGT-CCCAGTGAGAGG--TTCTCAAGGAGA-G  941

seq1  GAGTC  955
      |||||
seq2  GAGTC  946

seq1: chr19_37899553_37900640
seq2: B6Ng01-193H18.g_63_1162 (reverse)

seq1  TAAC-TCAGACCGG-TCTCTTTCTGTAGCCT-CCAGCATGCTGA-GATTA  46
      |||| ||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||| |||||
seq2  TAACTTCAGACCGGTTCTCTTTCTGTAGGCTACCAGCATGCTGAGGATTA  50

seq1  CAAG-CACGC-ACCCCGAC-ACCTTGTCCGTTGAG-AAACATCTC-TTGG  91
      |||| ||||| |||||||| ||||||| || |||| ||||||||| | ||
seq2  CAAGCCACGCAACCCCGACAACCTTGT-CGGTGAGAAAACATCTCATGGG  99

seq1  GGATGACTAA-CCAAGA-CGAATAATCCAAA-CCCTCC-ACACTGATCAA  137
      |||||||||| |||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||
seq2  GGATGACTAACCCAAGAGCGGATAATCCAAATCCCTCCAACACTGATCAA  149

seq1  AAAACCAACAGCAAAACTATCCCACACATCAGTCTTCAGGCAGAACCCCG  187
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCAACAGCAAAACTATCCCACACATCAGTCTTCAGGCAGAACCCCG  199

seq1  TCTCCCAAGCCCAGCTATCCCTAAGGGGTCAAATGCAAGATGTCTGTGAG  237
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCAAGCCCAGCTATCCCTAAGGGGTCAAATGCAAGATGTCTGTGAG  249

seq1  TCTCCAACAATCCACTTACATCACGGGAGGGAAAGTGTCCACCAGGTCAC  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAACAATCCACTTACATCACGGGAGGGAAAGTGTCCACCAGGTCAC  299

seq1  CCATCAAAGATCACAGTCTACTGGATGCCCGAAATGAGGAGGCCTGGGCA  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCAAAGATCACAGTCTACTGGATGCCCGAAATGAGGAGGCCTGGGCA  349

seq1  CAGACTGTTTTTCAGGCCTGAGATTGTTTGCTTTCCATCTGTAACCTAAA  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTGTTTTTCAGGCCTGAGATTGTTTGCTTTCCATCTGTAACCTAAA  399

seq1  ATGAGCTACGTGTTTGGATTCTGACCATCAAGGAGAAAACAAAATCCGGA  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCTACGTGTTTGGATTCTGACCATCAAGGAGAAAACAAAATCCGGA  449

seq1  GAAGGTGGTTTCCATGGGAGATGGTCCTAAAGCCAACACTGGGTGCGTTT  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTGGTTTCCATGGGAGATGGTCCTAAAGCCAACACTGGGTGCGTTT  499

seq1  TGATCAGGCTCATGTGAGGCTGGAACTTGCTATGTAGACCAGGCTGGTGT  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCAGGCTCATGTGAGGCTGGAACTTGCTATGTAGACCAGGCTGGTGT  549

seq1  TGAATTCACAAAGCTATACCTGCCTCTGCCCGCTGCCTGCTAGGATGAAA  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTCACAAAGCTATACCTGCCTCTGCCCGCTGCCTGCTAGGATGAAA  599

seq1  GACGTGTGCCACAAGGCCTGGCTGCACCAAGTTCTCTGCTCCGTTGCCAT  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGTGTGCCACAAGGCCTGGCTGCACCAAGTTCTCTGCTCCGTTGCCAT  649

seq1  CACCTGATGATGTTATATATTATGATAGAAAACAGTGCCAGCTTTGGAGT  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGATGATGTTATATATTATGATAGAAAACAGTGCCAGCTTTGGAGT  699

seq1  CCCCTCTACTTGATTTTTAAACAGAGAGTGTGTGGTTATCTTTTTTTCTT  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCTACTTGATTTTTAAACAGAGAGTGTGTGGTTATCTTTTTTTCTT  749

seq1  TTTAATAGACAGGACCTCATGTAACGCCAAGCTTGGCCTAATTAGTTACA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATAGACAGGACCTCATGTAACGCCAAGCTTGGCCTAATTAGTTACA  799

seq1  TAGCCAAGGCAGAACTCGAACTCCTGATTCTCAGGCTTGTGGTTCCTGCA  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAAGGCAGAACTCGAACTCCTGATTCTCAGGCTTGTGGTTCCTGCA  849

seq1  TTCTGGGATTACAGGCAAGCGCTGCCACACTGGGCACACCTTAAATTTCA  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGATTACAGGCAAGCGCTGCCACACTGGGCACACCTTAAATTTCA  899

seq1  ATTTAGTTTTGTAGCTGAATGATCTTGGGCAAGTTGTTTATTTGAATTCC  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGTTTTGTAGCTGAATGATCTTGGGCAAGTTGTTTATTTGAATTCC  949

seq1  ATTTTCTTATTTCCAGGAAGAGAATAACACCCCGCGCTGACCTTGCCGTG  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTTATTTCCAGGAAGAGAATAACACCCCGCGCTGACCTTGCCGTG  999

seq1  CCCTTCCCTGTCTCCCCACTCCCCAGGAAGCATAAAAGGGTCATAGGGAA  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCCCTGTCTCCCCACTCCCCAGGAAGCATAAAAGGGTCATAGGGAA  1049

seq1  GTCTTTGAGAGCTTCCTGTCAGTGCCAACTCTGAGGTTCCAGATAGAATT  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTGAGAGCTTCCTGTCAGTGCCAACTCTGAGGTTCCAGATAGAATT  1099

seq1  C  1088
      |
seq2  C  1100