BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-196N15
Chromosome19 (Build37)
Map Location 19,927,548 - 20,112,872
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042218
Upstream geneTrpm6, Rorb
Downstream geneLOC100041541, Anxa1, LOC100041560, 1500015L24Rik, E030003E18Rik, EG626549, Aldh1a1, Aldh1a7, Tmc1, LOC100042287
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-196N15.bB6Ng01-196N15.g
ACCGA018881GA018882
length9391,024
definitionB6Ng01-196N15.b B6Ng01-196N15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,927,548 - 19,928,485)(20,111,845 - 20,112,872)
sequence
gaattcttttgtcaaagatgtcttcactggaactgcactgatcagacaat
gtttatactttctaaatttactttatttaagataaagtgaaaatgtacaa
tatctggaacactatgaactcttcaaatcttattttaatactttaaatga
tataatatttaattatagaattattaaaccaaaaatataaataaactgac
tataataacaactgcaccctgttttctcaccaaccattcagtaggagcag
aaatatgctggttcattagaaactttctctctttattaataatagtaagc
tacagttataggaagaaaatggaaattctaacgatggaattggaaggtag
gtaggagagcttaatgcacatatgtagatatatgcacaaacatgtataca
aacatatgtaatgtatctggatgatataatctagataaaattgatgttat
atataagcttctatataatatgctgaggattttttctaatgctttgtctt
gattttgctcccgaagtcacaagggaatctgcatgtccagttgctgaggg
tccttgtccccaattggtttaatcagtaaagagtcaatggtcaatggctg
gtcagagttaaagaggtaggactttaggattcccaaaaaagaaatgcagg
ggtgaaaagaggagattcccctatgagataggtatagggcagatagacca
tggcatgaaggagtggatggtgagatgggcaaaatgtagatacaaaggga
agtggccccatgggaaggttgcccagaagaaagcagggcagcaaagataa
aatatagatttagaaagtgttaaatcaggagtactggagggaaggatgtg
ctagccgaggtgagaattggaagtgccaagcaattgaactagtaaaggca
tattaaaaataccactgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgta

gaattcctgtcctgacttacttatatgatgaattcttacctaagagctgc
tcaattaaataaactcctctttactctatctagggtttagagatggggtt
ttatcacagaaggagaaacccaaactaagacagaaaaaaaattctgattc
ttgttttctaacttacaaatacacaaaaatcagttccatattaatggaaa
taaaggcatacaaaaggatgctagtatttctttcagctgagaacacacag
atatctttttgacattgagtatatatccaaaactctattaaatgggctgc
aaagaacagttatatccttgaaagaagtcatatttgctcttagaattcta
aggctacagagtcaggacaattctgagattctacctggaatagaacttac
attgctgtcccttccaggcctatttaactggacttgctgaacagattcta
ctgtaaatgttcctcaccctcacacaaacccttcacatgaagtctgtttc
tgataatacctacctaagataagatatagaaagggagtaaagttcaagat
ttatcaagcaactggatatgaaaaccatgctgtagcttgtatatcctaca
gaacagctaaatagaaacaataaaggaaaggaaacataatattaagtgct
tgtgagaatacaatccagccagaattctaaaagcattgctaagagaagaa
ggcatttgatcaactactaaatagcatacaaaatactactcaatacctcc
taggttaaatctaccaacatccaataatctcacaacccagtgatgtaatt
ttgtggtatttgtttaatagaaacacatatatttttctctgactctatct
ctgtgtctgtctgtgtttctgtctctgtctgtctgtctctctatgtgtta
catgtaggtgttctttgaaatgtagagaatgttcaggcagttctatatct
aattagctaatgatatacatatatgcatacagatagagacatacattcac
atatgcatactatacatatgatac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_19927548_19928485
seq2: B6Ng01-196N15.b_44_982

seq1  GAATTCTTTTGTCAAAGATGTCTTCACTGGAACTGCACTGATCAGACAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTGTCAAAGATGTCTTCACTGGAACTGCACTGATCAGACAAT  50

seq1  GTTTATACTTTCTAAATTTACTTTATTTAAGATAAAGTGAAAATGTACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATACTTTCTAAATTTACTTTATTTAAGATAAAGTGAAAATGTACAA  100

seq1  TATCTGGAACACTATGAACTCTTCAAATCTTATTTTAATACTTTAAATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGGAACACTATGAACTCTTCAAATCTTATTTTAATACTTTAAATGA  150

seq1  TATAATATTTAATTATAGAATTATTAAACCAAAAATATAAATAAACTGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATATTTAATTATAGAATTATTAAACCAAAAATATAAATAAACTGAC  200

seq1  TATAATAACAACTGCACCCTGTTTTCTCACCAACCATTCAGTAGGAGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATAACAACTGCACCCTGTTTTCTCACCAACCATTCAGTAGGAGCAG  250

seq1  AAATATGCTGGTTCATTAGAAACTTTCTCTCTTTATTAATAATAGTAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGCTGGTTCATTAGAAACTTTCTCTCTTTATTAATAATAGTAAGC  300

seq1  TACAGTTATAGGAAGAAAATGGAAATTCTAACGATGGAATTGGAAGGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTTATAGGAAGAAAATGGAAATTCTAACGATGGAATTGGAAGGTAG  350

seq1  GTAGGAGAGCTTAATGCACATATGTAGATATATGCACAAACATGTATACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAGAGCTTAATGCACATATGTAGATATATGCACAAACATGTATACA  400

seq1  AACATATGTAATGTATCTGGATGATATAATCTAGATAAAATTGATGTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATATGTAATGTATCTGGATGATATAATCTAGATAAAATTGATGTTAT  450

seq1  ATATAAGCTTCTATATAATATGCTGAGGATTTTTTCTAATGCTTTGTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAGCTTCTATATAATATGCTGAGGATTTTTTCTAATGCTTTGTCTT  500

seq1  GATTTTGCTCCCGAAGTCACAAGGGAATCTGCATGTCCAGTTGCTGAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTGCTCCCGAAGTCACAAGGGAATCTGCATGTCCAGTTGCTGAGGG  550

seq1  TCCTTGTCCCCAATTGGTTTAATCAGTAAAGAGTCAATGGTCAATGGCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTCCCCAATTGGTTTAATCAGTAAAGAGTCAATGGTCAATGGCTG  600

seq1  GTCAGAGTTAAAGAGGTAGGACTTTAGGATTCCCAAAAAAGAAATGCAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAGTTAAAGAGGTAGGACTTTAGGATTCCCAAAAAAGAAATGCAGG  650

seq1  GGTGAAAAGAGGAGATTCCCCTATGAGATAGGTATAGGGCAGATAGACCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAAAAGAGGAGATTCCCCTATGAGATAGGTATAGGGCAGATAGACCA  700

seq1  TGGCATGAAGGAGTGGATGGTGAGATGGGCAAAATGTAGATACAAAGGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATGAAGGAGTGGATGGTGAGATGGGCAAAATGTAGATACAAAGGGA  750

seq1  AGTGGCCCCATGGGAAGGTTGCCCAGAAGAAAGCAGGGCAGCAAAGATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCCCCATGGGAAGGTTGCCCAGAAGAAAGCAGGGCAGCAAAGATAA  800

seq1  AATATAGATTTAGAAAGTGTTAAATCAGGAGTACTGGAGGGAAGGATGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAGATTTAGAAAGTGTTAAATCAGGAGTACTGGAGGGAAGGATGTG  850

seq1  CTAGCCGAGGTGAGAATTGGAAGTGCCAAGCAATTGAACTAGT-AAGGCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTAGCCGAGGTGAGAATTGGAAGTGCCAAGCAATTGAACTAGTAAAGGCA  900

seq1  TATTAAAAATACCACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTA  938
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAAAATACCACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTA  939


seq1: chr19_20111845_20112872
seq2: B6Ng01-196N15.g_66_1089 (reverse)

seq1  GTATCTATATGTATATGTATGCATATGTGAATGTATGTCTCTATCTGTAT  50
      ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATC-ATATGTATA-GTATGCATATGTGAATGTATGTCTCTATCTGTAT  48

seq1  GCATATATGTATATCATTAGCTAATTAGATATAGAACTGCCTTGAACATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GCATATATGTATATCATTAGCTAATTAGATATAGAACTGCC-TGAACATT  97

seq1  CTCTACATTTCAAAGAACACCTACATGTAAACACATAGAGAGACAGACAG  150
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACATTTCAAAGAACACCTACATGT-AACACATAGAGAGACAGACAG  146

seq1  ACAGAGACAGAAACACAGACAGACACAGAGATAGAGTCAGAGAAAAATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGACAGAAACACAGACAGACACAGAGATAGAGTCAGAGAAAAATAT  196

seq1  ATGTGTTTCTATTAAACAAATACCACAAAATTACATCACTGGGTTGTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTTCTATTAAACAAATACCACAAAATTACATCACTGGGTTGTGAG  246

seq1  ATTATTGGATGTTGGTAGATTTAACCTAGGAGGTATTGAGTAGTATTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTGGATGTTGGTAGATTTAACCTAGGAGGTATTGAGTAGTATTTTG  296

seq1  TATGCTATTTAGTAGTTGATCAAATGCCTTCTTCTCTTAGCAATGCTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTATTTAGTAGTTGATCAAATGCCTTCTTCTCTTAGCAATGCTTTT  346

seq1  AGAATTCTGGCTGGATTGTATTCTCACAAGCACTTAATATTATGTTTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTCTGGCTGGATTGTATTCTCACAAGCACTTAATATTATGTTTCCT  396

seq1  TTCCTTTATTGTTTCTATTTAGCTGTTCTGTAGGATATACAAGCTACAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTATTGTTTCTATTTAGCTGTTCTGTAGGATATACAAGCTACAGC  446

seq1  ATGGTTTTCATATCCAGTTGCTTGATAAATCTTGAACTTTACTCCCTTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTTTCATATCCAGTTGCTTGATAAATCTTGAACTTTACTCCCTTTC  496

seq1  TATATCTTATCTTAGGTAGGTATTATCAGAAACAGACTTCATGTGAAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCTTATCTTAGGTAGGTATTATCAGAAACAGACTTCATGTGAAGGG  546

seq1  TTTGTGTGAGGGTGAGGAACATTTACAGTAGAATCTGTTCAGCAAGTCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTGAGGGTGAGGAACATTTACAGTAGAATCTGTTCAGCAAGTCCA  596

seq1  GTTAAATAGGCCTGGAAGGGACAGCAATGTAAGTTCTATTCCAGGTAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAATAGGCCTGGAAGGGACAGCAATGTAAGTTCTATTCCAGGTAGAA  646

seq1  TCTCAGAATTGTCCTGACTCTGTAGCCTTAGAATTCTAAGAGCAAATATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGAATTGTCCTGACTCTGTAGCCTTAGAATTCTAAGAGCAAATATG  696

seq1  ACTTCTTTCAAGGATATAACTGTTCTTTGCAGCCCATTTAATAGAGTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTTTCAAGGATATAACTGTTCTTTGCAGCCCATTTAATAGAGTTTT  746

seq1  GGATATATACTCAATGTCAAAAAGATATCTGTGTGTTCTCAGCTGAAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATATACTCAATGTCAAAAAGATATCTGTGTGTTCTCAGCTGAAAGA  796

seq1  AATACTAGCATCCTTTTGTATGCCTTTATTTCCATTAATATGGAACTGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTAGCATCCTTTTGTATGCCTTTATTTCCATTAATATGGAACTGAT  846

seq1  TTTTGTGTATTTGTAAGTTAGAAAACAAGAATCAGAATTTTTTTTCTGTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGTATTTGTAAGTTAGAAAACAAGAATCAGAATTTTTTTTCTGTC  896

seq1  TTAGTTTGGGTTTCTCCTTCTGTGATAAAACCCCATCTCTAAACCCTAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTGGGTTTCTCCTTCTGTGATAAAACCCCATCTCTAAACCCTAGA  946

seq1  TAGAGTAAAGAGGAGTTTATTTAATTGAGCAGCTCTTAGGTAAGAATTCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTAAAGAGGAGTTTATTTAATTGAGCAGCTCTTAGGTAAGAATTCA  996

seq1  TCATATAAGTAAGTCAGGACAGGAATTC  1028
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATAAGTAAGTCAGGACAGGAATTC  1024


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |