BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-198H22
Chromosome19 (Build37)
Map Location 18,708,714 - 18,848,870
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC016495, LOC100042193, 2410127L17Rik, LOC100042184, D030056L22Rik, Trpm6
Upstream genePcsk5, Eef1a1-ps1, LOC383440, Ostf1, LOC666712
Downstream geneRorb
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-198H22.bB6Ng01-198H22.g
ACCGA020076GA020077
length7631,076
definitionB6Ng01-198H22.b B6Ng01-198H22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,708,714 - 18,709,475)(18,847,798 - 18,848,870)
sequence
gaattcacccgaacagcttggaagaattggttttctccttccatgtcagt
tctggggattgaactcagggcagcaaggaactctaatagtagtagtagta
gaactctaatagtagtagtagtagcaaggaactctaatagtagtagtagt
agaactctagtagtagtagtagtagtagtagtagtagtagtagtagtagc
agtagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcagcat
cagcatctcgggtcatcaggctgatggggagaggggaatgctgctttgat
ttgaaagaaaaaacacagccttccgcttccttgtatttggctatgggagt
ttctgccccttacttaagggatgttatgataaggttcttccatcccattc
ctcccctctgaattgctagagttcccacacagagaaacccttcaagtcta
gtgtcacaaccacattacttcatcctgtgtaattgaagcagtatcctgaa
gtgtatgcatagatatgtcaagtaggaaggggaccagtattttccattaa
ctgtacacagcaaatgcatggctcttcaataatgcatcaataggaatgac
acagattatccatcagagcctgataagctagcatacaattaccatccttt
ctgtggtcttgataatgaagtgcttcatagcctgtccttatgataggatg
atgttcacttaattgatctaatataccagggtaagctttttgtgtgtggg
ggtgagggggatg

gaattccagccccacagcccaaggcttatggtgctgtttgaaggcttgca
gcctttaggaggtggggcctggctggcagaaatatttcacttaatggcag
gcccttgaaggtaatgacttaccactcattccaaccacagtttctgtttt
cttgtctaagcaatgtaaacaggatcttgccacacacaggagacagagtg
gacaaccctccaagttgtactgagaccttctgaacttgaaagtcaaaatc
aacccttcctccctaaatccttccttgcctgattgccttcacctgttttg
tcacgtggatgagaagtgggaaatacaccaccattttctcctcatcatac
tgacaaaaacatataaatccatgcttctcgagactcttactagagcccaa
gaaaatggagtgtgtaaaggaatggtcatagtcatctattacattttttt
atagtcacatgaacatagagacatgggggttttatcctctgtaaaatgta
gtaagtgttgaaactttcatagaattatggtcaatggcgccaggcatatg
tctgtagttccagcacccaggaagctaaggcagaagaatggtgaatctaa
ggccaattggacctgtatacagacaccctatcttaaaataagtatgtatc
ttttctctgaaactgggggttgatggaagagccccatgcacacgaagtga
acgctctaacacttaacattccacatctaatgttctccttgcgtcttagg
atgtgtggttacacaattcatatttgtcacttttcctgaggcccaaggag
cttgtgaagacgattttccacttgaagtgaatggagtgacttggaactca
gtccgctttacactatgccctacaatcctatcgcctgacactataaaagc
agaatggaaaggggggtggaaaacagtgttaccttgggcatcctataaac
aatttacaaaacagggcgaaatgagatttcccaatcacagggcttaccaa
ccataagtaattcagtgagggtggcacttagtcaattgtttaccaaggca
tagatcaccaattaatcctgcaaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_18708714_18709475
seq2: B6Ng01-198H22.b_44_806

seq1  GAATTCACCCGAACAGCTTGGAAGAATTGGTTTTCTCCTTCCATGTCAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCCGAACAGCTTGGAAGAATTGGTTTTCTCCTTCCATGTCAGT  50

seq1  TCTGGGGATTGAACTCAGGGCAGCAAGGAACTCTAATAGTAGTAGTAGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGGATTGAACTCAGGGCAGCAAGGAACTCTAATAGTAGTAGTAGTA  100

seq1  GAACTCTAATAGTAGTAGTAGTAGCAAGGAACTCTAATAGTAGTAGTAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCTAATAGTAGTAGTAGTAGCAAGGAACTCTAATAGTAGTAGTAGT  150

seq1  AGAACTCTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTCTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGC  200

seq1  AGTAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAT  250

seq1  CAGCATCTCGGGTCATCAGGCTGATGGGGAGAGGGGAATGCTGCTTTGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATCTCGGGTCATCAGGCTGATGGGGAGAGGGGAATGCTGCTTTGAT  300

seq1  TTGAAAGAAAAAACACAGCCTTCCGCTTCCTTGTATTTGGCTATGGGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAGAAAAAACACAGCCTTCCGCTTCCTTGTATTTGGCTATGGGAGT  350

seq1  TTCTGCCCCTTACTTAAGGGATGTTATGATAAGGTTCTTCCATCCCATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCCCCTTACTTAAGGGATGTTATGATAAGGTTCTTCCATCCCATTC  400

seq1  CTCCCCTCTGAATTGCTAGAGTTCCCACACAGAGAAACCCTTCAAGTCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCTCTGAATTGCTAGAGTTCCCACACAGAGAAACCCTTCAAGTCTA  450

seq1  GTGTCACAACCACATTACTTCATCCTGTGTAATTGAAGCAGTATCCTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCACAACCACATTACTTCATCCTGTGTAATTGAAGCAGTATCCTGAA  500

seq1  GTGTATGCATAGATATGTCAAGTAGGAAGGGGACCAGTATTTTCCATTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATGCATAGATATGTCAAGTAGGAAGGGGACCAGTATTTTCCATTAA  550

seq1  CTGTACACAGCAAATGCATGGCTCTTCAATAATGCATCAATAGGAATGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACACAGCAAATGCATGGCTCTTCAATAATGCATCAATAGGAATGAC  600

seq1  ACAGATTATCCATCAGAGCCTGATAAGCTAGCATACAATTACCATCCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATTATCCATCAGAGCCTGATAAGCTAGCATACAATTACCATCCTTT  650

seq1  CTGTGGTCTTGATAATGAAGTGCTTCATAGCCTGTCCTTATGATAGGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGTCTTGATAATGAAGTGCTTCATAGCCTGTCCTTATGATAGGATG  700

seq1  ATGTTCACTTAATTGATCTAATATACCAGGGTAAGC-TTTTGTGTGTGGG  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATGTTCACTTAATTGATCTAATATACCAGGGTAAGCTTTTTGTGTGTGGG  750

seq1  GGTGAGGGGGATG  762
      |||||||||||||
seq2  GGTGAGGGGGATG  763


seq1: chr19_18847798_18848870
seq2: B6Ng01-198H22.g_65_1140 (reverse)

seq1  TCTTTGGCAAGGATTAAAATGGTGTTCTATGCCTTTGTTAAACATTGACT  50
      ||||||   |||||| || ||||| |||||||||| || ||  |||||||
seq2  TCTTTG--CAGGATT-AATTGGTGATCTATGCCTTGGTAAACAATTGACT  47

seq1  -AGTCCCACCCTCACTGAATTACTTATGGTTGGTAAGCCCTGTGATTGGA  99
       ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAGTGCCACCCTCACTGAATTACTTATGGTTGGTAAGCCCTGTGATTGGG  97

seq1  AATTCTCATTTCG-CCTG-TTTGTAAAATGTTTATAGGATG-CCAAGGTA  146
      || |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  AAATCTCATTTCGCCCTGTTTTGTAAATTGTTTATAGGATGCCCAAGGTA  147

seq1  ACACTG-TTTCCACCCCCCTTTCCATTCTGCTTTTATAGTGTCAGGCGAT  195
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGTTTTCCACCCCCCTTTCCATTCTGCTTTTATAGTGTCAGGCGAT  197

seq1  AGGATTGTA-GGCATAGTGTAAAGCGGACTGAGTTCCAAGTCACTCCATT  244
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTGTAGGGCATAGTGTAAAGCGGACTGAGTTCCAAGTCACTCCATT  247

seq1  CACTTCAAGTGGAAAATCGTCTTCACAAGCTCCTTGGGCCTCAGGAAAAG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCAAGTGGAAAATCGTCTTCACAAGCTCCTTGGGCCTCAGGAAAAG  297

seq1  TGACAAATATGAATTGTGTAACCACACATCCTAAGACGCAAGGAGAACAT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAATATGAATTGTGTAACCACACATCCTAAGACGCAAGGAGAACAT  347

seq1  TAGATGTGGAATGTTAAGTGTTAGAGCGTTCACTTCGTGTGCATGGGGCT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGTGGAATGTTAAGTGTTAGAGCGTTCACTTCGTGTGCATGGGGCT  397

seq1  CTTCCATCAACCCCCAGTTTCAGAGAAAAGATACATACTTATTTTAAGAT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCATCAACCCCCAGTTTCAGAGAAAAGATACATACTTATTTTAAGAT  447

seq1  AGGGTGTCTGTATACAGGTCCAATTGGCCTTAGATTCACCATTCTTCTGC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGTCTGTATACAGGTCCAATTGGCCTTAGATTCACCATTCTTCTGC  497

seq1  CTTAGCTTCCTGGGTGCTGGAACTACAGACATATGCCTGGCGCCATTGAC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCTTCCTGGGTGCTGGAACTACAGACATATGCCTGGCGCCATTGAC  547

seq1  CATAATTCTATGAAAGTTTCAACACTTACTACATTTTACAGAGGATAAAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATTCTATGAAAGTTTCAACACTTACTACATTTTACAGAGGATAAAA  597

seq1  CCCCCATGTCTCTATGTTCATGTGACTATAAAAAAATGTAATAGATGACT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCATGTCTCTATGTTCATGTGACTATAAAAAAATGTAATAGATGACT  647

seq1  ATGACCATTCCTTTACACACTCCATTTTCTTGGGCTCTAGTAAGAGTCTC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCATTCCTTTACACACTCCATTTTCTTGGGCTCTAGTAAGAGTCTC  697

seq1  GAGAAGCATGGATTTATATGTTTTTGTCAGTATGATGAGGAGAAAATGGT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGCATGGATTTATATGTTTTTGTCAGTATGATGAGGAGAAAATGGT  747

seq1  GGTGTATTTCCCACTTCTCATCCACGTGACAAAACAGGTGAAGGCAATCA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTATTTCCCACTTCTCATCCACGTGACAAAACAGGTGAAGGCAATCA  797

seq1  GGCAAGGAAGGATTTAGGGAGGAAGGGTTGATTTTGACTTTCAAGTTCAG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGGAAGGATTTAGGGAGGAAGGGTTGATTTTGACTTTCAAGTTCAG  847

seq1  AAGGTCTCAGTACAACTTGGAGGGTTGTCCACTCTGTCTCCTGTGTGTGG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCTCAGTACAACTTGGAGGGTTGTCCACTCTGTCTCCTGTGTGTGG  897

seq1  CAAGATCCTGTTTACATTGCTTAGACAAGAAAACAGAAACTGTGGTTGGA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATCCTGTTTACATTGCTTAGACAAGAAAACAGAAACTGTGGTTGGA  947

seq1  ATGAGTGGTAAGTCATTACCTTCAAGGGCCTGCCATTAAGTGAAATATTT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTGGTAAGTCATTACCTTCAAGGGCCTGCCATTAAGTGAAATATTT  997

seq1  CTGCCAGCCAGGCCCCACCTCCTAAAGGCTGCAAGCCTTCAAACAGCACC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAGCCAGGCCCCACCTCCTAAAGGCTGCAAGCCTTCAAACAGCACC  1047

seq1  ATAAGCCTTGGGCTGTGGGGCTGGAATTC  1073
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCCTTGGGCTGTGGGGCTGGAATTC  1076


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |