BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-210J10
Chromosome19 (Build37)
Map Location 48,268,814 - 48,404,481
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSorcs3
Upstream geneNeurl, EG329070, Sh3pxd2a, Obfc1, Slk, Col17a1, 6330577E15Rik, D19Ertd652e, LOC677174, Gsto1, Gsto2, BC063749, Gm969, LOC670576
Downstream geneLOC100042896
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-210J10.bB6Ng01-210J10.g
ACCGA028891GA028892
length9781,014
definitionB6Ng01-210J10.b B6Ng01-210J10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,403,506 - 48,404,481)(48,268,814 - 48,269,830)
sequence
gaattccattataacttgtttaaagtagaaggtatgttcctgcatagttg
aatgagcattaaaaaaaaaatctctgaatatttgtaaaccacatgattca
atctgcaaaaaagaaatctctattttaaggtactctgtactaaatcctct
cacaaagaggaaaaaatagcttgcttcatgaaaatgtagagagactttaa
tcaacaagtgttgattgggcacagctgtgtgcctataactgtttttagtt
ctaataagtattcaggagatataagagttgttctcgaattcagtgtgcat
aagactcacctggagggcttattaagcagtagactgctggtctaacctgc
tcttttgagttcttcatcctgtagattttgattctggccaaaattagagt
ttaaccgagccccagggagatgctaatattcttaatccaggaaccacact
ccaccgagtatagtctctgcttttaatacactggctctcctcttcaccac
cctctccagcccacaaggaagtgtcttaaaagtatttcaaacaatccacg
gggtcaaaatctctgtaggaaggtcatatccactgcttgcagtcatgggt
tcctcccacacactatgtctctaatatgaagccagcactgagctctctgt
ggcttagattttagctggggagttaagaattccgtgacaacagtcagtta
ttggatggaacacagggcccccaatggaggagctagagaaagtacccaag
gagctaaaggagtctgcaaccctataggtggaacaacaatatgaactaac
cagtaaccccagatctcctgtctctagctgcatatgtagcagaagatagc
ctagttggccatcattgggaagagaggcccattggtcttgcaaactttat
atgccctaatacaggggaacaccaggggccaagaagttgggagtgcgtag
gtagggaagcaaggatggtagttggggg

gaattccaataaaaccttcagataacctcatggacagtggtgaaatactg
aatgctttctgcctaactcagaagcaggtctagtatgtccacttaacacc
tgcattcggtatagagctggaagttatactcatttcaaaaagttaagaaa
atgaaataaaaggtaagaagactggctatggtgagccccatctattatcc
cagccctgagagacaggcaggaagatagtgagtttaaggtcaacctattt
tacacggtgagactttctttccaaaacaaaccaaaacaaaacccagctct
acagactggagacagccatgcctatcactacactacccccatcaagacaa
gcagattggaaaagtagcaatcatgttgttctatttgtacaagatgtgac
atcccaaggcttcgacaaaaataatcatggagcaagagagcagagcgaga
ccacaaaatatgagacaatcatatgcaaagtggctgtctggtaagtgagt
gaggaggtgtttccctgcagaagaaacaagggtgaagacctgaacccaga
aagctgtggcttaggccctgggggctgcagattaaagccaccaggagagc
tcactgcttaccccccagaggagctgaaagtaagatgtagtaagaccaac
tgctgaggacctctgagagaaatctgcttctcgcttactgctgctgggaa
tgtgaaatgacatgtctgccgcgtctgttaaaaacaagaaagtgcaattt
ctgtatgacaggacactttggggggcctttctcccaaagaaatgaacatt
ttgtgtttgcagaaaacttgtacatgcatgtgtatggcagctctgttcat
gatgcatccaaacatcgcaacaggcttcttctggggtcaataaacgatgg
ctgaggggatgacttaggaataagtcaccaacagaccacagatgcacaca
acctggatggatcttcaggaatcgtgcccatggggtgtgtgtgttgtgtt
gtgtgtgttgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_48403506_48404481
seq2: B6Ng01-210J10.b_46_1023 (reverse)

seq1  CCCCCAACTCCCATCCCTGCTCCCCTACCTACGCACTCCC-ACTTCTTGG  49
      ||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CCCCCAACTACCATCCTTGCTTCCCTACCTACGCACTCCCAACTTCTTGG  50

seq1  -CCCTGGTGTTCCCCTGTATTAGGGCATATAAAGTTTGCAAGACCAATGG  98
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGGTGTTCCCCTGTATTAGGGCATATAAAGTTTGCAAGACCAATGG  100

seq1  GCCTCTCTTCCCAATGATGGCCAACTAGGCTATCTTCTGCTACATATGCA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTCTTCCCAATGATGGCCAACTAGGCTATCTTCTGCTACATATGCA  150

seq1  GCTAGAGACAGGAGATCTGGGGTTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCCA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGAGACAGGAGATCTGGGGTTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCCA  200

seq1  CCTATAGGGTTGCAGACTCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAGGGTTGCAGACTCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCC  250

seq1  TCCATTGGGGGCCCTGTGTTCCATCCAATAACTGACTGTTGTCACGGAAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTGGGGGCCCTGTGTTCCATCCAATAACTGACTGTTGTCACGGAAT  300

seq1  TCTTAACTCCCCAGCTAAAATCTAAGCCACAGAGAGCTCAGTGCTGGCTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAACTCCCCAGCTAAAATCTAAGCCACAGAGAGCTCAGTGCTGGCTT  350

seq1  CATATTAGAGACATAGTGTGTGGGAGGAACCCATGACTGCAAGCAGTGGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTAGAGACATAGTGTGTGGGAGGAACCCATGACTGCAAGCAGTGGA  400

seq1  TATGACCTTCCTACAGAGATTTTGACCCCGTGGATTGTTTGAAATACTTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACCTTCCTACAGAGATTTTGACCCCGTGGATTGTTTGAAATACTTT  450

seq1  TAAGACACTTCCTTGTGGGCTGGAGAGGGTGGTGAAGAGGAGAGCCAGTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACACTTCCTTGTGGGCTGGAGAGGGTGGTGAAGAGGAGAGCCAGTG  500

seq1  TATTAAAAGCAGAGACTATACTCGGTGGAGTGTGGTTCCTGGATTAAGAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAAAGCAGAGACTATACTCGGTGGAGTGTGGTTCCTGGATTAAGAA  550

seq1  TATTAGCATCTCCCTGGGGCTCGGTTAAACTCTAATTTTGGCCAGAATCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGCATCTCCCTGGGGCTCGGTTAAACTCTAATTTTGGCCAGAATCA  600

seq1  AAATCTACAGGATGAAGAACTCAAAAGAGCAGGTTAGACCAGCAGTCTAC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTACAGGATGAAGAACTCAAAAGAGCAGGTTAGACCAGCAGTCTAC  650

seq1  TGCTTAATAAGCCCTCCAGGTGAGTCTTATGCACACTGAATTCGAGAACA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAATAAGCCCTCCAGGTGAGTCTTATGCACACTGAATTCGAGAACA  700

seq1  ACTCTTATATCTCCTGAATACTTATTAGAACTAAAAACAGTTATAGGCAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTATATCTCCTGAATACTTATTAGAACTAAAAACAGTTATAGGCAC  750

seq1  ACAGCTGTGCCCAATCAACACTTGTTGATTAAAGTCTCTCTACATTTTCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTGTGCCCAATCAACACTTGTTGATTAAAGTCTCTCTACATTTTCA  800

seq1  TGAAGCAAGCTATTTTTTCCTCTTTGTGAGAGGATTTAGTACAGAGTACC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCAAGCTATTTTTTCCTCTTTGTGAGAGGATTTAGTACAGAGTACC  850

seq1  TTAAAATAGAGATTTCTTTTTTGCAGATTGAATCATGTGGTTTACAAATA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATAGAGATTTCTTTTTTGCAGATTGAATCATGTGGTTTACAAATA  900

seq1  TTCAGAGATTTTTTTTTTAATGCTCATTCAACTATGCAGGAACATACCTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGATTTTTTTTTTAATGCTCATTCAACTATGCAGGAACATACCTT  950

seq1  CTACTTTAAACAAGTTATAATGGAATTC  976
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTTAAACAAGTTATAATGGAATTC  978


seq1: chr19_48268814_48269830
seq2: B6Ng01-210J10.g_65_1078

seq1  GAATTCCAATAAAACCTTCAGATAACCTCATGGACAGTGGTGAAATACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAATAAAACCTTCAGATAACCTCATGGACAGTGGTGAAATACTG  50

seq1  AATGCTTTCTGCCTAACTCAGAAGCAGGTCTAGTATGTCCACTTAACACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTTTCTGCCTAACTCAGAAGCAGGTCTAGTATGTCCACTTAACACC  100

seq1  TGCATTCGGTATAGAGCTGGAAGTTATACTCATTTCAAAAAGTTAAGAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTCGGTATAGAGCTGGAAGTTATACTCATTTCAAAAAGTTAAGAAA  150

seq1  ATGAAATAAAAGGTAAGAAGACTGGCTATGGTGAGCCCCATCTATTATCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATAAAAGGTAAGAAGACTGGCTATGGTGAGCCCCATCTATTATCC  200

seq1  CAGCCCTGAGAGACAGGCAGGAAGATAGTGAGTTTAAGGTCAACCTATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCTGAGAGACAGGCAGGAAGATAGTGAGTTTAAGGTCAACCTATTT  250

seq1  TACACGGTGAGACTTTCTTTCCAAAACAAACCAAAACAAAACCCAGCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACGGTGAGACTTTCTTTCCAAAACAAACCAAAACAAAACCCAGCTCT  300

seq1  ACAGACTGGAGACAGCCATGCCTATCACTACACTACCCCCATCAAGACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACTGGAGACAGCCATGCCTATCACTACACTACCCCCATCAAGACAA  350

seq1  GCAGATTGGAAAAGTAGCAATCATGTTGTTCTATTTGTACAAGATGTGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATTGGAAAAGTAGCAATCATGTTGTTCTATTTGTACAAGATGTGAC  400

seq1  ATCCCAAGGCTTCGACAAAAATAATCATGGAGCAAGAGAGCAGAGCGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAAGGCTTCGACAAAAATAATCATGGAGCAAGAGAGCAGAGCGAGA  450

seq1  CCACAAAATATGAGACAATCATATGCAAAGTGGCTGTCTGGTAAGTGAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAAATATGAGACAATCATATGCAAAGTGGCTGTCTGGTAAGTGAGT  500

seq1  GAGGAGGTGTTTCCCTGCAGAAGAAACAAGGGTGAAGACCTGAACCCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGGTGTTTCCCTGCAGAAGAAACAAGGGTGAAGACCTGAACCCAGA  550

seq1  AAGCTGTGGCTTAGGCCCTGGGGGCTGCAGATTAAAGCCACCAGGAGAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTGGCTTAGGCCCTGGGGGCTGCAGATTAAAGCCACCAGGAGAGC  600

seq1  TCACTGCTTACCCCCCAGAGGAGCTGAAAGTAAGATGTAGTAAGACCAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGCTTACCCCCCAGAGGAGCTGAAAGTAAGATGTAGTAAGACCAAC  650

seq1  TGCTGAGGACCTCTGAGAGAAATCTGCTTCTCGCTTACTGCTGCTGGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGGACCTCTGAGAGAAATCTGCTTCTCGCTTACTGCTGCTGGGAA  700

seq1  TGTGAAATGACATGTCTGCCGCGTCTGTTAAAAACAAGAAAGTGCAATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAATGACATGTCTGCCGCGTCTGTTAAAAACAAGAAAGTGCAATTT  750

seq1  CTGTATGACAGGACACTTTGGGGGGCCTTTCTCCCAAAGAAATGAACATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATGACAGGACACTTTGGGGGGCCTTTCTCCCAAAGAAATGAACATT  800

seq1  TTGTGTTTGCAGAAAACTTGTACATGCATGTGTATGGCAGCTCTGTTCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTTGCAGAAAACTTGTACATGCATGTGTATGGCAGCTCTGTTCAT  850

seq1  GATGCATCCAAACATCGCAACAGGCTTCTTCTGGGGTCAATAAACGATGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCATCCAAACATCGCAACAGGCTTCTTCTGGGGTCAATAAACGATGG  900

seq1  CTGAGGGGATGACTTAGGAATAAGTCA-CAACAGACCACAGATGCACAAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
seq2  CTGAGGGGATGACTTAGGAATAAGTCACCAACAGACCACAGATGCAC-AC  949

seq1  AACCTGGATGGATCTTCAGGGAATCGTG-CCAAGGGGTGTGTGTGTGTGT  998
      |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||| |||
seq2  AACCTGGATGGATCTTCA-GGAATCGTGCCCATGGGGTGTGTGTGT-TGT  997

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTG  1017
      || ||||||||| ||||||
seq2  GT-TGTGTGTGT-TGTGTG  1014


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |