BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-212L02
Chromosome19 (Build37)
Map Location 17,765,571 - 17,858,992
singlet/doubletdoublet
Overlap genePcsk5
Upstream geneVps13a, Foxb2, A230083H22Rik, Gcnt1, Rfk
Downstream geneEef1a1-ps1, LOC383440, Ostf1, LOC666712, BC016495, LOC100042193, 2410127L17Rik, LOC100042184, D030056L22Rik, Trpm6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-212L02.bB6Ng01-212L02.g
ACCGA030426GA030427
length1,1721,146
definitionB6Ng01-212L02.b B6Ng01-212L02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,857,834 - 17,858,992)(17,765,571 - 17,766,695)
sequence
gaattcaatgtgtctccttgaatttgttatataacggggaatgatcttaa
actcctgacctttctgtcattacctcccaagtgttgggattccaggcact
tgtctccatacccaggttctcttccttcatgtttaaagtatatgttagct
ccttcggatgattttccttataaacattgtttaaagtatattctcagtct
cattggctggcttcagcatgttaatgtcttttgtatatctaccgagattg
tttctttctttgttgtttgagtcctgccttgtatcttatttacggggata
ttcctgtgccctgaaacactttgagaaccagtagatagaagagtgccact
gtgttgtttataaaggaagataagcaacagaaacagtaggaaagctggga
gctgtgatttttctcttgcatcaccttttgatggcatacagggcactttt
ttcttttaagtgtggacatatgcacagccattggagaaacactggtagaa
agggggcagaggcttggataaattggatatctgtattctgctctctctac
cttactaccagcttagagttgctattaacatgccacttctcattgctcct
acttcactcgtgaaatcaaggagcagatgagctatttcttaatgctcatt
ccgaaccattaattgccatcttgagtaggtgtcacttatgatttccccat
cagtccacagtgctattgggattgcatttccatattccacgttccccctc
atttaggaacctcctgcatctactttctctctatacttagaatatttgtt
atcatattcaactccactggtagacatgcttgtcttacgagaactgattt
tacatttagactggagattaacctctttggctttgcagatggatagagac
tctagaggccaacttttacctatcaactgtgtacctatttagaaggaaat
gagttctgttaacttgtcagtgcaatgctgttgaaaaatatgctaataaa
agcaatagctgcttgttttgggctgatgtccctgagtttaccggaggagt
tcagagtagtaaaaatccacatttatcattacttgggtatgagaaacccc
agcctgatacttaatttcctggcttccttgctgacttcagtatcccagaa
tgtgatcctccatgtgcagaga
gaattcagatctcctgaaatcaagtcctaaggtttctacaacaataaaac
aaacattcaaggtggaatattcacgtgtccctggtttgtccacacttgtc
agggccagaagaaaatggtggtgatttgagacctttcctgagacaagcac
tctcaggctgtgcccagaagctcttatggttccataatgactggagtttc
tacataagaaggagctgttcaagactacaagtacgtggctcagtggtaga
gtcagagctcagcatgggtgagaggctgggttggattcctcatcagaggt
gaaagttaaagaacaacaatggaacataaacgtgagaagctggtgctgac
tccagcatccctttcctttcctgtgtgtaccttcacatctttgtgaatac
acaaacaacagaggcaaagcaagccaatcaaattgcttaatgaattttca
caagtcttgacatttcctacacgagtgacacagtatctggtaaacacaaa
caaatctatgttgaaagggaactcagaatgagagcttagtagaaacaagg
gagggaaattagccaaactggcattgtgaccatggccttgaaaaggcttt
gtcaatgaaacaattccaaatggtccttggaacagccgataaagtttcac
aaaccgagtcggcttatgaccctattaaaattcatatttcacggtatttc
ataaaaactacaagcatgattcattttctggctgacgtaagagtgccagt
gactacatgctgttagataatatactacatgcagtttcataatctcactt
ttattgttcaaataaagcaatgaatctggcttcaatctcagtggatccct
ttctttcgatcagccaatgactgaatcaaagactgacttgattagactga
ctactgattacattcatacaatttgggcaactactgattgaaaaaaaatt
tcttggatttggatcctgtcctaggtggatcaactactgatcacacccca
agctccacctaggactacggaggttgactccatcagcccaataatttgtc
ttcaaccaccagaattggaatcccttagcaattgactggatccaatggct
gaactgaagcaagttcctggaataatatcttctactgacctggatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_17857834_17858992
seq2: B6Ng01-212L02.b_46_1217 (reverse)

seq1  TCTCTGCCACATGGAG---CTCA-TCTTGGATACTGGAAGTCCAGGCAGG  46
      |||||| |||||||||   | || ||| ||||||| ||||| |||  |||
seq2  TCTCTG-CACATGGAGGATCACATTCTGGGATACT-GAAGT-CAGCAAGG  47

seq1  AAGCCA-GAAATTAGTTATCA-GCTGGGGTTTCT-ATA-CCAAGTAATGA  92
      |||||| |||||||  ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||
seq2  AAGCCAGGAAATTAAGTATCAGGCTGGGGTTTCTCATACCCAAGTAATGA  97

seq1  TTAATGTGGATTTTTACTACTCTGAACTCCTCC-GTAACTCCAGGGACAT  141
      | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||
seq2  TAAATGTGGATTTTTACTACTCTGAACTCCTCCGGTAAACTCAGGGACAT  147

seq1  CAG-CCAAAAC-AGCAACTATTGC-TTTATTAGCATATTTT--CACAGCA  186
      ||| ||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||   ||||||
seq2  CAGCCCAAAACAAGCAGCTATTGCTTTTATTAGCATATTTTTCAACAGCA  197

seq1  TTGCACTGACAAGTT-ACAGAACTCATTCCTTTCTAAATAGGTACACAGT  235
      ||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||
seq2  TTGCACTGACAAGTTAACAGAACTCATTTCCTTCTAAATAGGTACACAGT  247

seq1  TGATAGGT-AAAGTTGGCCTCTAGAGTCTCTATCCATCTGCAAAGCCAAA  284
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGGTAAAAGTTGGCCTCTAGAGTCTCTATCCATCTGCAAAGCCAAA  297

seq1  GAGGTTAATCTCCAGTCTAAATGTAAAATCAGTTCTCGTAAGACAAGCAT  334
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTAATCTCCAGTCTAAATGTAAAATCAGTTCTCGTAAGACAAGCAT  347

seq1  GTCTACCAGTGGAGTTGAATATGATAACAAATATTCTAAGTATAGAGAGA  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACCAGTGGAGTTGAATATGATAACAAATATTCTAAGTATAGAGAGA  397

seq1  AAGTAGATGCAGGAGGTTCCTAAATGAGGGGGAACGTGGAATATGGAAAT  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGATGCAGGAGGTTCCTAAATGAGGGGGAACGTGGAATATGGAAAT  447

seq1  GCAATCCCAATAGCACTGTGGACTGATGGGGAAATCATAAGTGACACCTA  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATCCCAATAGCACTGTGGACTGATGGGGAAATCATAAGTGACACCTA  497

seq1  CTCAAGATGGCAATTAATGGTTCGGAATGAGCATTAAGAAATAGCTCATC  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGATGGCAATTAATGGTTCGGAATGAGCATTAAGAAATAGCTCATC  547

seq1  TGCTCCTTGATTTCACGAGTGAAGTAGGAGCAATGAGAAGTGGCATGTTA  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCTTGATTTCACGAGTGAAGTAGGAGCAATGAGAAGTGGCATGTTA  597

seq1  ATAGCAACTCTAAGCTGGTAGTAAGGTAGAGAGAGCAGAATACAGATATC  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAACTCTAAGCTGGTAGTAAGGTAGAGAGAGCAGAATACAGATATC  647

seq1  CAATTTATCCAAGCCTCTGCCCCCTTTCTACCAGTGTTTCTCCAATGGCT  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTATCCAAGCCTCTGCCCCCTTTCTACCAGTGTTTCTCCAATGGCT  697

seq1  GTGCATATGTCCACACTTAAAAGAAAAAAGTGCCCTGTATGCCATCAAAA  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATATGTCCACACTTAAAAGAAAAAAGTGCCCTGTATGCCATCAAAA  747

seq1  GGTGATGCAAGAGAAAAATCACAGCTCCCAGCTTTCCTACTGTTTCTGTT  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATGCAAGAGAAAAATCACAGCTCCCAGCTTTCCTACTGTTTCTGTT  797

seq1  GCTTATCTTCCTTTATAAACAACACAGTGGCACTCTTCTATCTACTGGTT  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATCTTCCTTTATAAACAACACAGTGGCACTCTTCTATCTACTGGTT  847

seq1  CTCAAAGTGTTTCAGGGCACAGGAATATCCCCGTAAATAAGATACAAGGC  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAGTGTTTCAGGGCACAGGAATATCCCCGTAAATAAGATACAAGGC  897

seq1  AGGACTCAAACAACAAAGAAAGAAACAATCTCGGTAGATATACAAAAGAC  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTCAAACAACAAAGAAAGAAACAATCTCGGTAGATATACAAAAGAC  947

seq1  ATTAACATGCTGAAGCCAGCCAATGAGACTGAGAATATACTTTAAACAAT  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACATGCTGAAGCCAGCCAATGAGACTGAGAATATACTTTAAACAAT  997

seq1  GTTTATAAGGAAAATCATCCGAAGGAGCTAACATATACTTTAAACATGAA  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATAAGGAAAATCATCCGAAGGAGCTAACATATACTTTAAACATGAA  1047

seq1  GGAAGAGAACCTGGGTATGGAGACAAGTGCCTGGAATCCCAACACTTGGG  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGAACCTGGGTATGGAGACAAGTGCCTGGAATCCCAACACTTGGG  1097

seq1  AGGTAATGACAGAAAGGTCAGGAGTTTAAGATCATTCCCCGTTATATAAC  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAATGACAGAAAGGTCAGGAGTTTAAGATCATTCCCCGTTATATAAC  1147

seq1  AAATTCAAGGAGACACATTGAATTC  1159
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCAAGGAGACACATTGAATTC  1172

seq1: chr19_17765571_17766695
seq2: B6Ng01-212L02.g_69_1214

seq1  GAATTCAGATCTCCTGAAATCAAGTCCTAAGGTTTCTACAACAATAAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATCTCCTGAAATCAAGTCCTAAGGTTTCTACAACAATAAAAC  50

seq1  AAACATTCAAGGTGGAATATTCACGTGTCCCTGGTTTGTCCACACTTGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTCAAGGTGGAATATTCACGTGTCCCTGGTTTGTCCACACTTGTC  100

seq1  AGGGCCAGAAGAAAATGGTGGTGATTTGAGACCTTTCCTGAGACAAGCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCAGAAGAAAATGGTGGTGATTTGAGACCTTTCCTGAGACAAGCAC  150

seq1  TCTCAGGCTGTGCCCAGAAGCTCTTATGGTTCCATAATGACTGGAGTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGGCTGTGCCCAGAAGCTCTTATGGTTCCATAATGACTGGAGTTTC  200

seq1  TACATAAGAAGGAGCTGTTCAAGACTACAAGTACGTGGCTCAGTGGTAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAAGAAGGAGCTGTTCAAGACTACAAGTACGTGGCTCAGTGGTAGA  250

seq1  GTCAGAGCTCAGCATGGGTGAGAGGCTGGGTTGGATTCCTCATCAGAGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAGCTCAGCATGGGTGAGAGGCTGGGTTGGATTCCTCATCAGAGGT  300

seq1  GAAAGTTAAAGAACAACAATGGAACATAAACGTGAGAAGCTGGTGCTGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTTAAAGAACAACAATGGAACATAAACGTGAGAAGCTGGTGCTGAC  350

seq1  TCCAGCATCCCTTTCCTTTCCTGTGTGTACCTTCACATCTTTGTGAATAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCATCCCTTTCCTTTCCTGTGTGTACCTTCACATCTTTGTGAATAC  400

seq1  ACAAACAACAGAGGCAAAGCAAGCCAATCAAATTGCTTAATGAATTTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAACAGAGGCAAAGCAAGCCAATCAAATTGCTTAATGAATTTTCA  450

seq1  CAAGTCTTGACATTTCCTACACGAGTGACACAGTATCTGGTAAACACAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCTTGACATTTCCTACACGAGTGACACAGTATCTGGTAAACACAAA  500

seq1  CAAATCTATGTTGAAAGGGAACTCAGAATGAGAGCTTAGTAGAAACAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCTATGTTGAAAGGGAACTCAGAATGAGAGCTTAGTAGAAACAAGG  550

seq1  GAGGGAAATTAGCCAAACTGGCATTGTGACCATGGCCTTGAAAAGGCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAAATTAGCCAAACTGGCATTGTGACCATGGCCTTGAAAAGGCTTT  600

seq1  GTCAATGAAACAATTCCAAATGGTCCTTGGAACAGCCGATAAAGTTTCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATGAAACAATTCCAAATGGTCCTTGGAACAGCCGATAAAGTTTCAC  650

seq1  AAACCGAGTCGGCTTATGACCCTATTAAAATTCATATTTCACGGTATTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCGAGTCGGCTTATGACCCTATTAAAATTCATATTTCACGGTATTTC  700

seq1  ATAAAAACTACAAGCATGATTCA-TTTCTGGCTGACGTAAGAGTGCCAGT  749
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAACTACAAGCATGATTCATTTTCTGGCTGACGTAAGAGTGCCAGT  750

seq1  GACTACATGCTGTTAGATAATATACTACATGCAGTTTCATAATCTCACTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACATGCTGTTAGATAATATACTACATGCAGTTTCATAATCTCACTT  800

seq1  TTATTGTTCAAATAAAGCAATGAATCTGGCTTCAATCTCAGTGGATTCCT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTATTGTTCAAATAAAGCAATGAATCTGGCTTCAATCTCAGTGGATCCCT  850

seq1  TTCTTTCGATCAGCCAATGACTGAATCAAAGACTGACTTGATTAGACTGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCGATCAGCCAATGACTGAATCAAAGACTGACTTGATTAGACTGA  900

seq1  CTACTGATTACA-TCATACAA-TTGGGCAACTACTGATTGAAAAAAAAAT  947
      |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTACTGATTACATTCATACAATTTGGGCAACTACTGATTG-AAAAAAAAT  949

seq1  TTCTT-GATTTGGATCCTGTCCTAGGTGGATCAACTACTGATCACA-CCC  995
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTCTTGGATTTGGATCCTGTCCTAGGTGGATCAACTACTGATCACACCCC  999

seq1  AAGCTCCAACTA-GACTAC-GAGG-TGACTCCATCAG-CCAATAA-TTGT  1040
      |||||||| ||| |||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||
seq2  AAGCTCCACCTAGGACTACGGAGGTTGACTCCATCAGCCCAATAATTTGT  1049

seq1  C-TCAACCA-CAGAAT--GGATCC--TAGCAA-TGACTGGATCAAAT-GC  1082
      | ||||||| ||||||  | ||||  |||||| |||||||||| ||| ||
seq2  CTTCAACCACCAGAATTGGAATCCCTTAGCAATTGACTGGATCCAATGGC  1099

seq1  TG-ACTGAAGCAGGTTCCTGGA--TATATCTTCTACTGA-CTGGATC  1125
      || ||||||||| |||||||||   |||||||||||||| |||||||
seq2  TGAACTGAAGCAAGTTCCTGGAATAATATCTTCTACTGACCTGGATC  1146