BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-220C04
Chromosome19 (Build37)
Map Location 33,300,034 - 33,436,394
singlet/doubletdoublet
Overlap gene6530404N21Rik
Upstream geneSgms1, 2700046G09Rik, LOC100042138, LOC672490, LOC100042823, Minpp1, Papss2, Atad1, Pten, B430203M17Rik
Downstream geneLOC638381, EG668095, LOC628236, AI747699, EG668106, EG668112, EG668114, EG329055, EG433241, LOC668127, Lipf, Lipk, EG383462, Lipn, Ankrd22, Stambpl1, Acta2, Fas
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-220C04.bB6Ng01-220C04.g
ACCGA035772GA035773
length1,1141,153
definitionB6Ng01-220C04.b B6Ng01-220C04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,300,034 - 33,301,132)(33,435,231 - 33,436,394)
sequence
gaattctttttattgacttcctgtgatttctcaactgaaaagattgtttt
tatttgactgcttagccctccttttatatgtctctttactatgaagctct
atgaagttaaaacctaggatttcacacaccacccaggaaagtagtgcata
gtgcttagtgggtgcttgatagctgtgttgaatgaatgaatgaatgaatg
aatgagcaaccagagctttagcatgtttggtgttccatgacacctctcta
ccaacaactagggacagggctcctgtaggacagtctgttgttctgtaatt
cttttcaaagtcatgattgctaataagctaccatcatttagaaagttctg
tgaaattcctaacataatttctgaaagtggggggaggaaaatcttgttta
gacctaggcctggggcatggtaacaatgcataggtaccacccactggtca
tataagttgtcaactttttttttatttgcccaaattgtgtctctgaggga
taaacatatccttagcaaaatgcatcaacctattgggattttaaagtcat
aattgagccaacgccttggtcaaagtattgttgctttaattatgcccatt
tatttcaacattccaattttggaaattttttagctgccccattacatttt
cttttgcaagtgaaaattgtcacgatgccctctggtggaattaaaatttt
tcttccttctttcctttcttccctagctctgtccctcgcgccctctttcc
ctccttccatcttcccttatctgtttatccttttatgtatttagaatgaa
acacaggagccatgggatttatattactttgcaatgctgactgactaggt
attatatcaaaggtcagattaaagatgatggtaactacaacactcatagc
tatatttacaaacatgatcagaacagaggagcaagagttggctgtggctc
acccaagaataagcaggacttgttgtcattaatatccccactagagctga
tgcagctgacagaatggcaaaggctttcaaaactggttctgtgcaccaag
gtcacgacttcagtacttctttgtagaagccatgtcaatctcgttcatcc
tttcctaccttcct
gaattcataatatatctgttttggcctcctgagtgctgagcagacagaca
tgtgtcaccatgctcaacctatatatactttggctgtgatagtgattttt
ttattttggaatcaaaattttaggatttatgttctttattttactttact
aatcaaggtatggttgaaaaatagtatttatatttatttaagatgtataa
tatgttttgatgtacatatatatcataaaatgtttcagcataaatctaat
aaacataatttattccaaatagagtaatttactctttataagaattcccc
tctacaaaccccctatctgatcccctctaccctgcttctatgagggtgcg
cccacacccacccacttcctcctcaccaccctagcatttgcctatgctgt
ggcatcaaatgttcacaaaaccaagggcctcccctccccttgatgccaga
ttagttagtcctctgctacatacacagctggagccatgggtccctccaag
tggattctttggttggtggtttagtgcctgggagctctggggggtctgat
tggttgatactgttgttcttccaatgaggttgcaaacccccttttgctcc
ttcagtcctttccctaacttctccattggagtccccgtgctcagtctgat
ggttggcctcaagcatccacatctgtatcggtaaggctccagccaagcct
ctcagtctatcccattcttcatcaccatttatattcttctcctaccaaat
aaatatataagtaaataaatacatacatacatgtaagaataaagtaaacc
atagttttgcagttattgtagaattgtggtagcaactgtgtatagaaatt
atagacagttttcattttctttatcttgatgtccagtgtgccagtcagat
taatcactcctcaaagatgtcaacaggttaattctaggaacttgatgtat
tatgttatatggcaagcaagactttacagacatatttgttaatgatttga
gatgaaatattactcttttggatgaatgtattcttacatgaggcaaagga
gaaggaaagaagtaaactcaagagggaggcatgatgaactggagcacatt
cacagaagaccaaaagggtggccatatgctggaatcacatggtttgccag
cca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_33300034_33301132
seq2: B6Ng01-220C04.b_47_1160

seq1  GAATTCTTTTTATTGACTTCCTGTGATTTCTCAACTGAAAAGATTGTTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTTATTGACTTCCTGTGATTTCTCAACTGAAAAGATTGTTTT  50

seq1  TATTTGACTGCTTAGCCCTCCTTTTATATGTCTCTTTACTATGAAGCTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGACTGCTTAGCCCTCCTTTTATATGTCTCTTTACTATGAAGCTCT  100

seq1  ATGAAGTTAAAACCTAGGATTTCACACACCACCCAGGAAAGTAGTGCATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGTTAAAACCTAGGATTTCACACACCACCCAGGAAAGTAGTGCATA  150

seq1  GTGCTTAGTGGGTGCTTGATAGCTGTGTTGAATGAATGAATGAATGAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTAGTGGGTGCTTGATAGCTGTGTTGAATGAATGAATGAATGAATG  200

seq1  AATGAGCAACCAGAGCTTTAGCATGTTTGGTGTTCCATGACACCTCTCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGCAACCAGAGCTTTAGCATGTTTGGTGTTCCATGACACCTCTCTA  250

seq1  CCAACAACTAGGGACAGGGCTCCTGTAGGACAGTCTGTTGTTCTGTAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAACTAGGGACAGGGCTCCTGTAGGACAGTCTGTTGTTCTGTAATT  300

seq1  CTTTTCAAAGTCATGATTGCTAATAAGCTACCATCATTTAGAAAGTTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCAAAGTCATGATTGCTAATAAGCTACCATCATTTAGAAAGTTCTG  350

seq1  TGAAATTCCTAACATAATTTCTGAAAGTGGGGGGAGGAAAATCTTGTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTCCTAACATAATTTCTGAAAGTGGGGGGAGGAAAATCTTGTTTA  400

seq1  GACCTAGGCCTGGGGCATGGTAACAATGCATAGGTACCACCCACTGGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTAGGCCTGGGGCATGGTAACAATGCATAGGTACCACCCACTGGTCA  450

seq1  TATAAGTTGTCAACTTTTTTTTTATTTGCCCAAATTGTGTCTCTGAGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGTTGTCAACTTTTTTTTTATTTGCCCAAATTGTGTCTCTGAGGGA  500

seq1  TAAACATATCCTTAGCAAAATGCATCAACCTATTGGGATTTTAAAGTCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACATATCCTTAGCAAAATGCATCAACCTATTGGGATTTTAAAGTCAT  550

seq1  AATTGAGCCAACGCCTTGGTCAAAGTATTGTTGCTTTAATTATGCCCATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAGCCAACGCCTTGGTCAAAGTATTGTTGCTTTAATTATGCCCATT  600

seq1  TATTTCAACATTCCAATTTTGGAAATTTTTTAGCTGCCCCATTACATTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCAACATTCCAATTTTGGAAATTTTTTAGCTGCCCCATTACATTTT  650

seq1  CTTTTGCAAGTGAAAATTGTCACGATGCCCTCTGGTGGAATTAAAATTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGCAAGTGAAAATTGTCACGATGCCCTCTGGTGGAATTAAAATTTT  700

seq1  TCTTCCTTCTTTCCTTTCTTCCCTAGCTCTGTCCCTCGCGCCCTCTTTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTTCTTTCCTTTCTTCCCTAGCTCTGTCCCTCGCGCCCTCTTTCC  750

seq1  CTCCTTCCATCTTCCCTTATCTGTTTATCCTTTTATGTATTTAGAATGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCCATCTTCCCTTATCTGTTTATCCTTTTATGTATTTAGAATGAA  800

seq1  ACACAGGAGCCATGGGATTTATATTACTTTGCAATGCTGACTGACTAGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGGAGCCATGGGATTTATATTACTTTGCAATGCTGACTGACTAGGT  850

seq1  ATTATATCAAAGGTCAGATTAAAGATGATGGTAACTACAACACTCATAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATCAAAGGTCAGATTAAAGATGATGGTAACTACAACACTCATAGC  900

seq1  TATATTTACAAACATGATCAGAACAGAGGAGCAAGAGTTGGCTGTGGCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTACAAACATGATCAGAACAGAGGAGCAAGAGTTGGCTGTGGCTC  950

seq1  A-CCAAGAATAAGCAGGACTTG-TGTCATT-ATATCCCCACTAGAGCTGA  997
      | |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ACCCAAGAATAAGCAGGACTTGTTGTCATTAATATCCCCACTAGAGCTGA  1000

seq1  TGCAGCTGACAGAATGGC-AAGGCTTTCAAAACTGGTTCTGTGCACC-AG  1045
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGCAGCTGACAGAATGGCAAAGGCTTTCAAAACTGGTTCTGTGCACCAAG  1050

seq1  GTCACGACTTCAGTACTTCTTTGTAG-AGCCATGTCA------TTCTTCC  1088
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||      ||| |||
seq2  GTCACGACTTCAGTACTTCTTTGTAGAAGCCATGTCAATCTCGTTCATCC  1100

seq1  TTTCCT---TTCCT  1099
      ||||||   |||||
seq2  TTTCCTACCTTCCT  1114

seq1: chr19_33435231_33436394
seq2: B6Ng01-220C04.g_63_1215 (reverse)

seq1  TGGCTGGCAACCCCTTTGTGTTTCCAGCACTGTGCAAACCCCCTTTTGCT  50
      |||||||||| ||   |||| ||||||||    ||   | |||||||| |
seq2  TGGCTGGCAAACC--ATGTGATTCCAGCATATGGC---CACCCTTTTGGT  45

seq1  CCTTCTGTGAAATGTGCTCCTG-TCATCATGCTTCCCTCTTGGAGTTTTA  99
       |||||||| |||||||||| | ||||||||| |||||||| ||| ||||
seq2  -CTTCTGTG-AATGTGCTCCAGTTCATCATGCCTCCCTCTT-GAG-TTTA  91

seq1  CTCTTTTCCTTCTCTTTCCCTTCATGTAAGATTACATTTCATCC-AAAGA  148
      ||  |||||||||| ||  | |||||||||| |||| ||||||| |||||
seq2  CTTCTTTCCTTCTCCTTTGCCTCATGTAAGAATACA-TTCATCCAAAAGA  140

seq1  GTAATATTTCCATCTCAAAATCATTAACAATTATGTCTGTAAAGTCTTGC  198
      ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTAATATTT-CATCTC-AAATCATTAACAAATATGTCTGTAAAGTCTTGC  188

seq1  TTGCCATATAACATAATACATTCAAGTTCCTAGAATTAACCTGTTGACAT  248
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCATATAACATAATACA-TCAAGTTCCTAGAATTAACCTGTTGACAT  237

seq1  CTTTGAGGAGTGATTATTCTGACTGGCACACTGGACATCAAGATAAAGAA  298
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAGGAGTGATTAATCTGACTGGCACACTGGACATCAAGATAAAGAA  287

seq1  AATGAAAACTGTCTATAATTTCTATACACAGTTGCTACCACAATTCTACA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAAACTGTCTATAATTTCTATACACAGTTGCTACCACAATTCTACA  337

seq1  ATAACTGCAAAACTATGGTTTACTTTATTCTTACATGTATGTATGTATTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTGCAAAACTATGGTTTACTTTATTCTTACATGTATGTATGTATTT  387

seq1  ATTTACTTATATATTTATTTGGTAGGAGAAGAATATAAATGGTGATGAAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACTTATATATTTATTTGGTAGGAGAAGAATATAAATGGTGATGAAG  437

seq1  AATGGGATAGACTGAGAGGCTTGGCTGGAGCCTTACCGATACAGATGTGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGATAGACTGAGAGGCTTGGCTGGAGCCTTACCGATACAGATGTGG  487

seq1  ATGCTTGAGGCCAACCATCAGACTGAGCACGGGGACTCCAATGGAGAAGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTGAGGCCAACCATCAGACTGAGCACGGGGACTCCAATGGAGAAGT  537

seq1  TAGGGAAAGGACTGAAGGAGCAAAAGGGGGTTTGCAACCTCATTGGAAGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAAAGGACTGAAGGAGCAAAAGGGGGTTTGCAACCTCATTGGAAGA  587

seq1  ACAACAGTATCAACCAATCAGACCCCCCAGAGCTCCCAGGCACTAAACCA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAGTATCAACCAATCAGACCCCCCAGAGCTCCCAGGCACTAAACCA  637

seq1  CCAACCAAAGAATCCACTTGGAGGGACCCATGGCTCCAGCTGTGTATGTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCAAAGAATCCACTTGGAGGGACCCATGGCTCCAGCTGTGTATGTA  687

seq1  GCAGAGGACTAACTAATCTGGCATCAAGGGGAGGGGAGGCCCTTGGTTTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGACTAACTAATCTGGCATCAAGGGGAGGGGAGGCCCTTGGTTTT  737

seq1  GTGAACATTTGATGCCACAGCATAGGCAAATGCTAGGGTGGTGAGGAGGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACATTTGATGCCACAGCATAGGCAAATGCTAGGGTGGTGAGGAGGA  787

seq1  AGTGGGTGGGTGTGGGCGCACCCTCATAGAAGCAGGGTAGAGGGGATCAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGTGGGTGTGGGCGCACCCTCATAGAAGCAGGGTAGAGGGGATCAG  837

seq1  ATAGGGGGTTTGTAGAGGGGAATTCTTATAAAGAGTAAATTACTCTATTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGGGTTTGTAGAGGGGAATTCTTATAAAGAGTAAATTACTCTATTT  887

seq1  GGAATAAATTATGTTTATTAGATTTATGCTGAAACATTTTATGATATATA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAAATTATGTTTATTAGATTTATGCTGAAACATTTTATGATATATA  937

seq1  TGTACATCAAAACATATTATACATCTTAAATAAATATAAATACTATTTTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACATCAAAACATATTATACATCTTAAATAAATATAAATACTATTTTT  987

seq1  CAACCATACCTTGATTAGTAAAGTAAAATAAAGAACATAAATCCTAAAAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCATACCTTGATTAGTAAAGTAAAATAAAGAACATAAATCCTAAAAT  1037

seq1  TTTGATTCCAAAATAAAAAAATCACTATCACAGCCAAAGTATATATAGGT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATTCCAAAATAAAAAAATCACTATCACAGCCAAAGTATATATAGGT  1087

seq1  TGAGCATGGTGACACATGTCTGTCTGCTCAGCACTCAGGAGGCCAAAACA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCATGGTGACACATGTCTGTCTGCTCAGCACTCAGGAGGCCAAAACA  1137

seq1  GATATATTATGAATTC  1164
      ||||||||||||||||
seq2  GATATATTATGAATTC  1153