BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-222E05
Chromosome19 (Build37)
Map Location 44,456,224 - 44,618,126
singlet/doubletdoublet
Overlap geneScd1, Wnt8b, Sec31b
Upstream geneLOC545291, Cnnm1, Got1, Nkx2-3, LOC100042700, LOC100043245, Slc25a28, Entpd7, Cox15, Cutc, Abcc2, Dnmbp, LOC668408, Cpn1, Cyp2c44, Erlin1, Chuk, Cwf19l1, Bloc1s2, Pkd2l1, Scd3, LOC629152, Scd2, Scd4
Downstream geneNdufb8, Hif1an, Pax2, LOC383450, LOC100042752, 6030443O07Rik, Sema4g, Mrpl43, Peo1, Lzts2, Pdzd7, EG435601, LOC100042760, Sfxn3, Kazald1, Tlx1, Lbx1, Btrc, EG627889
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-222E05.bB6Ng01-222E05.g
ACCGA037328GA037329
length1,2441,172
definitionB6Ng01-222E05.b B6Ng01-222E05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,456,224 - 44,457,456)(44,616,947 - 44,618,126)
sequence
gaattcccttattctcaattaaataaaagtacaaaggataattagtatct
tagaagaaagaatagccactcaaaaagctctcttcaaaataaggatagac
aggggcctggagagatggctcagtgattaaaagcacgtgctgctcttcca
aaagacccgggttcaggtctcaccaccctcatggcagctcacaactgtct
gtaacagttgtacagattccagttgcagggaatctgacacacccacagag
gcacaaataccaatgcacataaaataaatcattagaagaatacacaaagt
attttcatgactaaatgtcaacctaacgaactcataggagcacatagcaa
cagggtaaagaccaaaaagtgttacttttctgaccacctcaggcacagat
gcaccagtacccacccagcagtgtgtgaggaggacttgcagtgtccacta
caagcaagatgctgtgggagggaaagaacaaagagaagactcagggatgt
tgcaacagatgctcagaacacatctgcacaggatgtgtgtgtgtgtgcgc
gcccgtgtatacatacacacgcacatcatatacatatatattatatacat
actcacgtgtatatgcatatgcatatacgtctctcagtataggtgacaga
ctcaggactaatgcacgcctgggacatgccagcagcattggcaccacagg
ataatagtttgatgcatcttttccatgcattgaatctccttgatctcaca
tctgcccccagaaatgttaagttaaatagagtcaccaccttaaacaggag
gaaacaacaaggtagttgttcccaaacatctcaggatcccttagaccccc
ctcggaacttattgatgggccccttactatctacaaaatggagagctata
attataaaactctgtggagacgaccaagcataaatctttacgacctcaaa
tcagacaaagggttttatcccctagaagtatttagtgctttcaggggtcc
acgaccaccacactgaatatgtgtgtgtaaaatggcctcttccccaagcc
acgcacccactaagctctggatttaaaacctgaaacctagggttatgtag
gccttctgtctatttaaacatatgccatgaggtgcatttggttgtgcata
taaccaagccagtgaacaagaataggacctataatgagagactcacgtta
ttcagtgactcggaatatcacaggccgttttaccatagcacaga
gaattccttaatgaccatgagagacagctgtaggattatgtcaggttggg
tacctggtaacagccttggactagggcctgagggcggcacctcatgcttt
ccttgcggttacctctagagaaaaggatgctcctatctctcttctgttct
gtttcctccccgctccctaacctattagtacccagtattttcccatgcat
acattgttgctcatttgctgcctcttctttcctttccatgtgactaggaa
catctgctcagcaactagatgcctcctttagcacaaatgccaccctggaa
atatttgagattgatttcagggacccttctctggacttgaaacacaaagg
aattctttctgtctccagcaggtactatgttgggtctatgagtgggtatt
caggtcagaccctgatggatatactgatagagggtcctaggggtggtgtg
tgcaattcagggatcatgggggtgagaagtatggggaacaggagttatgt
ttcagaggaggtcgtgctggtcaaagggacttgagaactaaccactttca
ccttactaggcagtggcagcagcagcagcagtatcaggcagcgtgcaggt
gatagagctatcttgcacaagccaggactacctgtatcaggtctcctttt
gaacccatggacattgattcctccctcccttggcttttgttaggacagca
agcttacacaataccacactcttctgccaacaaggaggatgacgaacgat
ctctcctcatggctcttgggtgttgattgggtgtcgcaggtttcgtggct
cttgcgagctggatgctctgctcgtaggtttcttggctgtcttgtgcaag
agcaatgaaaagaggatcattgatcctctcctttattatggcagaaatgg
ctgcaagaaatccttgaggagcttgggtaggaggagcactatcactggga
cccttcagatctacttcagtcctcagaataagcctggatagacatgccac
tacttccattacatggggcgatggaagccttagaaggtggacttggaatg
gaaggcatgttccatctgatggcaagtctatcttcctagtatgtcacagc
tatgtttaagacaggtcttgctaagctggcattgcactcactggtctcta
aactcatctctgaaagctggta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_44456224_44457456
seq2: B6Ng01-222E05.b_47_1290

seq1  GAATTCCCTTATTCTCAATTAAATAAAAGTACAAAGGATAATTAGTATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTTATTCTCAATTAAATAAAAGTACAAAGGATAATTAGTATCT  50

seq1  TAGAAGAAAGAATAGCCACTCAAAAAGCTCTCTTCAAAATAAGGATAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGAAAGAATAGCCACTCAAAAAGCTCTCTTCAAAATAAGGATAGAC  100

seq1  AGGGGCCTGGAGAGATGGCTCAGTGATTAAAAGCACGTGCTGCTCTTCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCCTGGAGAGATGGCTCAGTGATTAAAAGCACGTGCTGCTCTTCCA  150

seq1  AAAGACCCGGGTTCAGGTCTCACCACCCTCATGGCAGCTCACAACTGTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACCCGGGTTCAGGTCTCACCACCCTCATGGCAGCTCACAACTGTCT  200

seq1  GTAACAGTTGTACAGATTCCAGTTGCAGGGAATCTGACACACCCACAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACAGTTGTACAGATTCCAGTTGCAGGGAATCTGACACACCCACAGAG  250

seq1  GCACAAATACCAATGCACATAAAATAAATCATTAGAAGAATACACAAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAAATACCAATGCACATAAAATAAATCATTAGAAGAATACACAAAGT  300

seq1  ATTTTCATGACTAAATGTCAACCTAACGAACTCATAGGAGCACATAGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCATGACTAAATGTCAACCTAACGAACTCATAGGAGCACATAGCAA  350

seq1  CAGGGTAAAGACCAAAAAGTGTTACTTTTCTGACCACCTCAGGCACAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTAAAGACCAAAAAGTGTTACTTTTCTGACCACCTCAGGCACAGAT  400

seq1  GCACCAGTACCCACCCAGCAGTGTGTGAGGAGGACTTGCAGTGTCCACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCAGTACCCACCCAGCAGTGTGTGAGGAGGACTTGCAGTGTCCACTA  450

seq1  CAAGCAAGATGCTGTGGGAGGGAAAGAACAAAGAGAAGACTCAGGGATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAAGATGCTGTGGGAGGGAAAGAACAAAGAGAAGACTCAGGGATGT  500

seq1  TGCAACAGATGCTCAGAACACATCTGCACAGGATGTGTGTGTGTGTGCGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACAGATGCTCAGAACACATCTGCACAGGATGTGTGTGTGTGTGCGC  550

seq1  GCCCGTGTATACATACACACGCACATCATATACATATATATTATATACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCGTGTATACATACACACGCACATCATATACATATATATTATATACAT  600

seq1  ACTCACGTGTATATGCATATGCATATACGTCTCTCAGTATAGGTGACAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACGTGTATATGCATATGCATATACGTCTCTCAGTATAGGTGACAGA  650

seq1  CTCAGGACTAATGCACGCCTGGGACATGCCAGCAGCATTGGCACCACAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGACTAATGCACGCCTGGGACATGCCAGCAGCATTGGCACCACAGG  700

seq1  ATAATAGTTTGATGCATCTTTTCCATGCATTGAATCTCCTTGATCTCACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAGTTTGATGCATCTTTTCCATGCATTGAATCTCCTTGATCTCACA  750

seq1  TCTGCCCCCAGAAATGTTAAGTTAAATAGAGTCACCACCTTAAACAGGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCCCCAGAAATGTTAAGTTAAATAGAGTCACCACCTTAAACAGGAG  800

seq1  GAAACAACAAGGTAGTTGTTCCCAAACATCTCAGGATCCCTTAGACCCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAACAAGGTAGTTGTTCCCAAACATCTCAGGATCCCTTAGACCCCC  850

seq1  CTCGGAAC-TATTGATGGGCCCCTTACTATCTACAAAATGGAGAGCTATA  899
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGAACTTATTGATGGGCCCCTTACTATCTACAAAATGGAGAGCTATA  900

seq1  ATTATAAAACTCTGTGGAGACGACCAAGCATAAATCTTTACGACCTCAAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAAAACTCTGTGGAGACGACCAAGCATAAATCTTTACGACCTCAAA  950

seq1  TCAGACAAAGGGTTTTATCCCCTAGAAGTATTTAGGTGCTTTCAGGGGTC  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCAGACAAAGGGTTTTATCCCCTAGAAGTATTTA-GTGCTTTCAGGGGTC  999

seq1  CACGACCA-CACACTGAATATGTGTGTGTAAAATGG-CTCT--CCCAAAG  1045
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||  
seq2  CACGACCACCACACTGAATATGTGTGTGTAAAATGGCCTCTTCCCCAAGC  1049

seq1  CACGCACCCACTAAGCTCTGGATTTAAAACTTGAAA-CTA-GGTTATGTA  1093
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||
seq2  CACGCACCCACTAAGCTCTGGATTTAAAACCTGAAACCTAGGGTTATGTA  1099

seq1  GG-CTTCTGTCTAATTATACATATG-CATGAGGTGCATT--GTTGTGCAT  1139
      || |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||  |||||||||
seq2  GGCCTTCTGTCTATTTAAACATATGCCATGAGGTGCATTTGGTTGTGCAT  1149

seq1  AATAACAAAGCCAGTG-ACACAGATAGGAACTATAATGAG-GACTCACGT  1187
       ||||| ||||||||| |||   |||||| |||||||||| |||||||||
seq2  -ATAACCAAGCCAGTGAACAAGAATAGGACCTATAATGAGAGACTCACGT  1198

seq1  TATATCATTACATCGAATAATCACAGGCCGTGTTA-CATAGCACAGA  1233
      ||| ||| |   ||| |  |||||||||||| ||| |||||||||||
seq2  TAT-TCAGTGACTCGGAATATCACAGGCCGTTTTACCATAGCACAGA  1244

seq1: chr19_44616947_44618126
seq2: B6Ng01-222E05.g_67_1238 (reverse)

seq1  TACCAGCTTCTCAGGAGGATGAGTTGGGAGGACAGTGAGTTCAAAGCCAG  50
      ||||||||| ||||   ||||||||  |||  |||||||| ||| |||||
seq2  TACCAGCTT-TCAG--AGATGAGTTTAGAGACCAGTGAGTGCAATGCCAG  47

seq1  CCTTAGCAAGACTTTGTCTAAAGACAAAAGCTGTGACATACTAGGAAGA-  99
       |||||||||||  ||||| || || | ||||||||||||||||||||| 
seq2  -CTTAGCAAGAC-CTGTCTTAA-AC-ATAGCTGTGACATACTAGGAAGAT  93

seq1  AGACTTGGCACTCAGATGGGAACATG-CTTCCATTCCAAGTCCACCTTCT  148
      ||||||| || |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| 
seq2  AGACTTGCCA-TCAGAT-GGAACATGCCTTCCATTCCAAGTCCACCTTC-  140

seq1  TAAGGCTTCCATCG-CCCATGTAAAATGGAAGTAGTGGCATGTCTAATTC  197
      |||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||| || |
seq2  TAAGGCTTCCATCGCCCCATGT--AATGGAAGTAGTGGCATGTCT-ATCC  187

seq1  AGGCTTATTCTGAGGACTG-AGTAGAATCTGAAGGGTCCCAGTGATAGTG  246
      ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTATTCTGAGGACTGAAGTAG-ATCTGAAGGGTCCCAGTGATAGTG  236

seq1  CT-CTCCTA-CCAAGCTCCTCAAGGATTTCTTGCAGCCATTTCTGCCATT  294
      || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTCCTCCTACCCAAGCTCCTCAAGGATTTCTTGCAGCCATTTCTGCCATA  286

seq1  ATAAAGGAGAGGATCAATGATCCTCTTTTCATTGCTCTTGCACAAGACAG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGGAGAGGATCAATGATCCTCTTTTCATTGCTCTTGCACAAGACAG  336

seq1  CCAAGAAACCTACGAGCAGAGCATCCAGCTCGCAAGAGCCACGAAACCTG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAAACCTACGAGCAGAGCATCCAGCTCGCAAGAGCCACGAAACCTG  386

seq1  CGACACCCAATCAACACCCAAGAGCCATGAGGAGAGATCGTTCGTCATCC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACACCCAATCAACACCCAAGAGCCATGAGGAGAGATCGTTCGTCATCC  436

seq1  TCCTTGTTGGCAGAAGAGTGTGGTATTGTGTAAGCTTGCTGTCCTAACAA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTTGGCAGAAGAGTGTGGTATTGTGTAAGCTTGCTGTCCTAACAA  486

seq1  AAGCCAAGGGAGGGAGGAATCAATGTCCATGGGTTCAAAAGGAGACCTGA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAAGGGAGGGAGGAATCAATGTCCATGGGTTCAAAAGGAGACCTGA  536

seq1  TACAGGTAGTCCTGGCTTGTGCAAGATAGCTCTATCACCTGCACGCTGCC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGTAGTCCTGGCTTGTGCAAGATAGCTCTATCACCTGCACGCTGCC  586

seq1  TGATACTGCTGCTGCTGCTGCCACTGCCTAGTAAGGTGAAAGTGGTTAGT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACTGCTGCTGCTGCTGCCACTGCCTAGTAAGGTGAAAGTGGTTAGT  636

seq1  TCTCAAGTCCCTTTGACCAGCACGACCTCCTCTGAAACATAACTCCTGTT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAGTCCCTTTGACCAGCACGACCTCCTCTGAAACATAACTCCTGTT  686

seq1  CCCCATACTTCTCACCCCCATGATCCCTGAATTGCACACACCACCCCTAG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATACTTCTCACCCCCATGATCCCTGAATTGCACACACCACCCCTAG  736

seq1  GACCCTCTATCAGTATATCCATCAGGGTCTGACCTGAATACCCACTCATA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTCTATCAGTATATCCATCAGGGTCTGACCTGAATACCCACTCATA  786

seq1  GACCCAACATAGTACCTGCTGGAGACAGAAAGAATTCCTTTGTGTTTCAA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAACATAGTACCTGCTGGAGACAGAAAGAATTCCTTTGTGTTTCAA  836

seq1  GTCCAGAGAAGGGTCCCTGAAATCAATCTCAAATATTTCCAGGGTGGCAT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGAGAAGGGTCCCTGAAATCAATCTCAAATATTTCCAGGGTGGCAT  886

seq1  TTGTGCTAAAGGAGGCATCTAGTTGCTGAGCAGATGTTCCTAGTCACATG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCTAAAGGAGGCATCTAGTTGCTGAGCAGATGTTCCTAGTCACATG  936

seq1  GAAAGGAAAGAAGAGGCAGCAAATGAGCAACAATGTATGCATGGGAAAAT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGAAAGAAGAGGCAGCAAATGAGCAACAATGTATGCATGGGAAAAT  986

seq1  ACTGGGTACTAATAGGTTAGGGAGCGGGGAGGAAACAGAACAGAAGAGAG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGTACTAATAGGTTAGGGAGCGGGGAGGAAACAGAACAGAAGAGAG  1036

seq1  ATAGGAGCATCCTTTTCTCTAGAGGTAACCGCAAGGAAAGCATGAGGTGC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAGCATCCTTTTCTCTAGAGGTAACCGCAAGGAAAGCATGAGGTGC  1086

seq1  CGCCCTCAGGCCCTAGTCCAAGGCTGTTACCAGGTACCCAACCTGACATA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCCTCAGGCCCTAGTCCAAGGCTGTTACCAGGTACCCAACCTGACATA  1136

seq1  ATCCTACAGCTGTCTCTCATGGTCATTAAGGAATTC  1180
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTACAGCTGTCTCTCATGGTCATTAAGGAATTC  1172