BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-224P13
Chromosome19 (Build37)
Map Location 24,813,545 - 24,978,822
singlet/doubletdoublet
Overlap genePgm5, LOC672195, Foxd4
Upstream geneApba1, Gm967, 1700021P04Rik, Tjp2, Fxn, LOC667743, Pip5k1b, LOC100042457, 2900009I07Rik, E030010A14Rik
Downstream geneCbwd1, Dock8, LOC100042503, Ankrd15, LOC433233, LOC383474, Dmrt1, Dmrt3, Dmrt2, EG667806
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-224P13.bB6Ng01-224P13.g
ACCGA039285GA039286
length1,153916
definitionB6Ng01-224P13.b B6Ng01-224P13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,813,545 - 24,814,684)(24,977,951 - 24,978,822)
sequence
gaattctcatatcctaagaagcttctacgtccctaacaagcagaggagtg
gcccattcaataaaaaggaccatgtgttcaaggaggttctgggtaagttt
caggaaatgtgaacattcagcatgtggctctgagtgcactctccctggaa
gccagatgacaggtgacatgtacacccatacaagtacaaccgtaaacatc
acactggctcagaaagcagaattccagctgagtgaggccccttctaagat
aacactggggcaccaggcacgggtctcaggcatttcgtacatctctccta
aggcttacaatttgacagccctttattatagacaggggatggagtcaaga
tatgaggttacacatctattaagtaacagatttgaatctgggcagcttgg
ttccaaaacctatatagacttcctgactcctggaatagctcggtgatgag
agcatcttagaagtgagcaggtggagtgaccacgtggtcaagagcagagc
tcagccacccaaggatctggggggatggcttgcagcccttccttttcact
ctccacatcttaggagcttctatctgcttgcttctagttctcattcagct
gcggtgaaactctctccatctttgtgtcgtcttgccaagacggggatatt
tattttctttaaacagcaggaccacgaatcgaagccaggggaccagcatc
cctttcagagagactccagagcctgctgaggaattgtgatacaattcttg
tccgttttttcaaattaattatactcagctctctcacatctggtagaaaa
agatggttcgctaaaaatggtcattatatgactgttttctttttatatac
attatatatgatatatgggcatattattctatgctaaaattaagcactct
gaaatgcacagatgctcatcagtgggagagcaaagcttcacctgcctgga
atagggtcagtgctagctgtgagttcagaaaaggccaatgtggcagcaac
tgctgccccggtatcctcttgcacctggacgctccttgggttcttgaaca
agtgagagttgtagtaatagaacaacatattgccaacattgaaggtgctt
gtaatgatcttcatatctgacctaatctgatgatcgttagatagacacct
tga
gaattcttacctatggcctttaggtctttctgttgaatcatcgtggggga
actgaatgtaggacttcacacacgctcagcatgctttctgccactgagct
gtgccctagctggtatagtttgctgtgtcaaaccattgacccaaagtgat
gcaagaagggaagggctttatttcaacttacctttcaggtgatagtcctg
agtgaagccagaacaggagctcaaggcaggaacttggagtagggaccatg
gaagaatgatgcttgctaacttatgcttagcttccttccttgcacagttc
aggctcatctggcccacagtcagtgtggcagggacacatcagtcaccaat
caagacaatgtcacagatgtgaccacaggccaatctggtcaaagcaattc
ttcaattaacaaaggcttgcaagggagctgctctccaaaagatgctaact
tctttaaactactttaatcccaaaggtgatgagctatttttggtagtcag
tttctgatttctcaattaattaattaattcaatcctcttctcaggggatt
ttaggtagtatcacatagacaacaacaatgaccaaacaaacaaacaaaca
aacaaacaaacctaaccagtataccagtcttctttttactttgagataag
agctcactaaatttctcagactggtcttaaacttattcttaatagcccac
gtaggtctctaacttggaatcctcctcgcctagcttctgtagtgtagctg
aggttataggcttaattaaatgagaactgggtcaattttaagtaagaatt
tgtgtatgtgtgcccatggtagaggtcagaggccagcctattgtttcttc
aggtgctatcccccacgcacaactccaaacctcaaccgggcctctcccac
tcagggacccttcctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_24813545_24814684
seq2: B6Ng01-224P13.b_48_1200

seq1  GAATTCTCATATCCTAAGAAGCTTCTACGTCCCTAACAAGCAGAGGAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATATCCTAAGAAGCTTCTACGTCCCTAACAAGCAGAGGAGTG  50

seq1  GCCCATTCAATAAAAAGGACCATGTGTTCAAGGAGGTTCTGGGTAAGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATTCAATAAAAAGGACCATGTGTTCAAGGAGGTTCTGGGTAAGTTT  100

seq1  CAGGAAATGTGAACATTCAGCATGTGGCTCTGAGTGCACTCTCCCTGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAATGTGAACATTCAGCATGTGGCTCTGAGTGCACTCTCCCTGGAA  150

seq1  GCCAGATGACAGGTGACATGTACACCCATACAAGTACAACCGTAAACATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGATGACAGGTGACATGTACACCCATACAAGTACAACCGTAAACATC  200

seq1  ACACTGGCTCAGAAAGCAGAATTCCAGCTGAGTGAGGCCCCTTCTAAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGGCTCAGAAAGCAGAATTCCAGCTGAGTGAGGCCCCTTCTAAGAT  250

seq1  AACACTGGGGCACCAGGCACGGGTCTCAGGCATTTCGTACATCTCTCCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTGGGGCACCAGGCACGGGTCTCAGGCATTTCGTACATCTCTCCTA  300

seq1  AGGCTTACAATTTGACAGCCCTTTATTATAGACAGGGGATGGAGTCAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTACAATTTGACAGCCCTTTATTATAGACAGGGGATGGAGTCAAGA  350

seq1  TATGAGGTTACACATCTATTAAGTAACAGATTTGAATCTGGGCAGCTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGGTTACACATCTATTAAGTAACAGATTTGAATCTGGGCAGCTTGG  400

seq1  TTCCAAAACCTATATAGACTTCCTGACTCCTGGAATAGCTCGGTGATGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAAACCTATATAGACTTCCTGACTCCTGGAATAGCTCGGTGATGAG  450

seq1  AGCATCTTAGAAGTGAGCAGGTGGAGTGACCACGTGGTCAAGAGCAGAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTTAGAAGTGAGCAGGTGGAGTGACCACGTGGTCAAGAGCAGAGC  500

seq1  TCAGCCACCCAAGGATCTGGGGGGATGGCTTGCAGCCCTTCCTTTTCACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCACCCAAGGATCTGGGGGGATGGCTTGCAGCCCTTCCTTTTCACT  550

seq1  CTCCACATCTTAGGAGCTTCTATCTGCTTGCTTCTAGTTCTCATTCAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACATCTTAGGAGCTTCTATCTGCTTGCTTCTAGTTCTCATTCAGCT  600

seq1  GCGGTGAAACTCTCTCCATCTTTGTGTCGTCTTGCCAAGACGGGGATATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGTGAAACTCTCTCCATCTTTGTGTCGTCTTGCCAAGACGGGGATATT  650

seq1  TATTTTCTTTAAACAGCAGGACCACGAATCGAAGCCAGGGGACCAGCATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCTTTAAACAGCAGGACCACGAATCGAAGCCAGGGGACCAGCATC  700

seq1  CCTTTCAGAGAGACTCCAGAGCCTGCTGAGGAATTGTGATACAATTCTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCAGAGAGACTCCAGAGCCTGCTGAGGAATTGTGATACAATTCTTG  750

seq1  TCCGTTTTTTCAAATTAATTATACTCAGCTCTCTCACATCTGGTAGAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGTTTTTTCAAATTAATTATACTCAGCTCTCTCACATCTGGTAGAAAA  800

seq1  AGATGGTTCGCTAAAAATGGTCATTATATGACTGTTT--CTTTTATATAC  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||
seq2  AGATGGTTCGCTAAAAATGGTCATTATATGACTGTTTTCTTTTTATATAC  850

seq1  ATTATATATGATATAT-GGCATA-TATTCTATGCTAAAATTAAGCACTCT  896
      |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATATGATATATGGGCATATTATTCTATGCTAAAATTAAGCACTCT  900

seq1  GAAATGCACAGATGCTCATCAGTGGGAGAGCAAAGC-TCACCTGCCTGGA  945
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GAAATGCACAGATGCTCATCAGTGGGAGAGCAAAGCTTCACCTGCCTGGA  950

seq1  ATAGGGTCAGTGCTAGCTGTGAGTTCAG-AAAGGCC-ATGTGGCAGCAAC  993
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
seq2  ATAGGGTCAGTGCTAGCTGTGAGTTCAGAAAAGGCCAATGTGGCAGCAAC  1000

seq1  TGCTGCCCCCGTATCCTC-TGCA-CTGGACGCTCCTT-GGTTCTTG-ACA  1039
      ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| |||
seq2  TGCTGCCCCGGTATCCTCTTGCACCTGGACGCTCCTTGGGTTCTTGAACA  1050

seq1  AGTGAGAGTTGTAGTAATAGACAAACA-ATATGCAACA-TGAA-GTGCCT  1086
      |||||||||||||||||||||  |||| ||   ||||| |||| |||| |
seq2  AGTGAGAGTTGTAGTAATAGAACAACATATTGCCAACATTGAAGGTGCTT  1100

seq1  CTAATGATCTTTCATAATCTG-GCTAATCTGATGATCCTTTAAGTAG-CA  1134
       |||||||| ||||| |||||  ||||||||||||| | |||  ||| ||
seq2  GTAATGATC-TTCAT-ATCTGACCTAATCTGATGAT-CGTTAGATAGACA  1147

seq1  CCTTGA  1140
      ||||||
seq2  CCTTGA  1153

seq1: chr19_24977951_24978822
seq2: B6Ng01-224P13.g_71_947 (reverse)

seq1  TGGAG-TGTGCGTGGGGGATAGCACCTGAAG-AACAATAGGCTGGCCTCT  48
      ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTTGTGCGTGGGGGATAGCACCTGAAGAAACAATAGGCTGGCCTCT  50

seq1  GACCTCTA-CATGGGCACACATACAC-AATTCTTACTTAAAATTGACCCA  96
      |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCTACCATGGGCACACATACACAAATTCTTACTTAAAATTGACCCA  100

seq1  GTTCTCA-TTAATTAAGCCTATAACCTCAGCTACACTACAGAAGCTAGGC  145
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCATTTAATTAAGCCTATAACCTCAGCTACACTACAGAAGCTAGGC  150

seq1  GAGGAGGATTCCAAGTTAGAGACCTACGTGGGCTATTAAGAATAAGTTTA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGGATTCCAAGTTAGAGACCTACGTGGGCTATTAAGAATAAGTTTA  200

seq1  AGACCAGTCTGAGAAATTTAGTGAGCTCTTATCTCAAAGTAAAAAGAAGA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAGTCTGAGAAATTTAGTGAGCTCTTATCTCAAAGTAAAAAGAAGA  250

seq1  CTGGTATACTGGTTAGGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGGTCAT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTATACTGGTTAGGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGGTCAT  300

seq1  TGTTGTTGTCTATGTGATACTACCTAAAATCCCCTGAGAAGAGGATTGAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTTGTCTATGTGATACTACCTAAAATCCCCTGAGAAGAGGATTGAA  350

seq1  TTAATTAATTAATTGAGAAATCAGAAACTGACTACCAAAAATAGCTCATC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTAATTAATTGAGAAATCAGAAACTGACTACCAAAAATAGCTCATC  400

seq1  ACCTTTGGGATTAAAGTAGTTTAAAGAAGTTAGCATCTTTTGGAGAGCAG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTGGGATTAAAGTAGTTTAAAGAAGTTAGCATCTTTTGGAGAGCAG  450

seq1  CTCCCTTGCAAGCCTTTGTTAATTGAAGAATTGCTTTGACCAGATTGGCC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTTGCAAGCCTTTGTTAATTGAAGAATTGCTTTGACCAGATTGGCC  500

seq1  TGTGGTCACATCTGTGACATTGTCTTGATTGGTGACTGATGTGTCCCTGC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTCACATCTGTGACATTGTCTTGATTGGTGACTGATGTGTCCCTGC  550

seq1  CACACTGACTGTGGGCCAGATGAGCCTGAACTGTGCAAGGAAGGAAGCTA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGACTGTGGGCCAGATGAGCCTGAACTGTGCAAGGAAGGAAGCTA  600

seq1  AGCATAAGTTAGCAAGCATCATTCTTCCATGGTCCCTACTCCAAGTTCCT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAAGTTAGCAAGCATCATTCTTCCATGGTCCCTACTCCAAGTTCCT  650

seq1  GCCTTGAGCTCCTGTTCTGGCTTCACTCAGGACTATCACCTGAAAGGTAA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGAGCTCCTGTTCTGGCTTCACTCAGGACTATCACCTGAAAGGTAA  700

seq1  GTTGAAATAAAGCCCTTCCCTTCTTGCATCACTTTGGGTCAATGGTTTGA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAATAAAGCCCTTCCCTTCTTGCATCACTTTGGGTCAATGGTTTGA  750

seq1  CACAGCAAACTATACCAGCTAGGGCACAGCTCAGTGGCAGAAAGCATGCT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCAAACTATACCAGCTAGGGCACAGCTCAGTGGCAGAAAGCATGCT  800

seq1  GAGCGTGTGTGAAGTCCTACATTCAGTTCCCCCACGATGATTCAACAGAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGTGTGTGAAGTCCTACATTCAGTTCCCCCACGATGATTCAACAGAA  850

seq1  AGACCTAAAGGCCATAGGTAAGAATTC  872
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTAAAGGCCATAGGTAAGAATTC  877