BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-229C23
Chromosome19 (Build37)
Map Location 23,478,631 - 23,628,244
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMamdc2
Upstream geneTrpm3, EG433230, Klf9, Smc5
Downstream gene1700028P14Rik, LOC670565, LOC226030, EG625193, Ptar1, Apba1, Gm967, 1700021P04Rik, Tjp2, Fxn, LOC667743, Pip5k1b, LOC100042457, 2900009I07Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-229C23.bB6Ng01-229C23.g
ACCGA042404GA042405
length1,1721,100
definitionB6Ng01-229C23.b B6Ng01-229C23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,627,079 - 23,628,244)(23,478,631 - 23,479,734)
sequence
gaattcctattcaattggaagtcttgtcttttatctggcagtctcactct
ggctcccttggcatggtgagagagccagcaggtgacataggaagtggacc
aagaacagtgtttccattatgttccttctggctgattgcatcccttggct
gaaggtcatacttgtccatcagtccccggccttcatgttgcagtaccctc
ttttttcatgtgtttcttatgatccaggggaagtacatctaatatgcatt
ctctgggtcctgtcttgttggctcagggcagcaataactttctactttct
cacgtttcctgcactgcttctctgcccctgttactactcaagtagcttga
gtaggcatgctattttctacctgcatgcagaagtagatgatcttgtaggg
actcagtttcaggggtgtctttggggtgttgacaactttaatttctcaca
gcactgggaatattgagtcttgggctaacatgagctaccatgcaatatcc
ttccttttccagcatctatatcactggtttatttcctgtactcttaattt
tccagcagtttccaaggactgacctttttctgctgcctttacacaatgac
ttggtttcagctatttaaaaaatgtatgcaaaattgtgatcttattcttt
tagttagcatgatatcaatgagagaatgcttatagctattgatacaaaag
cttaggaaatgccagagatgagttctcaagaaattggtaatgaaaccata
cagtggttataatgacaaccatatatgtcaaatttactaagcaacactgc
ccatattgtcaaacattattctagatgtttctgtgagagtgtttaagatg
agacattttaagcttgtggagtttgtgtgaagcagtttgatttccaaaat
atggacaagctcagctagtgtgctggatagttctgttaacttgatacaag
ctggagtcaactggaaagagcaaacctcagtctttcattagattggcctg
ggggcatgtctgtagtgacaatttttctgattaaaagagggctcaaccct
cctgttggtttttgtttttctttgggcaggtggccggtgaattatctaag
aaaaacaggcttgaatcaagtcattgggaaccatccatagctttcttcca
attccttcccttaagtcctgcc
gaattcactgagtaaaccatgctaacctcaagactgtggcagccttcctg
cttccacctcccgaggcgaggattacagacttggaccatcatactgagct
ttatgcagtgttggggatcaaatccaggtctttgtatgcgctaaggaaca
cacgccaacaaaggagctacttccccagtctactccttcaactttgttga
cacggccaatttatatctctttacttctatgagagggctataaaaacaca
gcctcaggacctccttagctctcattttggagctactatagacagaagaa
acctagaataaattaactgaggtccctcagtcagaacaacaatctttcac
catgtaaacagtttatttagtttttagttattgctttttaagtaaagaaa
aattgacctaaaatttcagctcttctctctagctggtgatggttgaggta
tgtcccctgagcctcctgggccttcacagccctaaaggacaatctgcaat
ggaaagtacccattctgttttagcaacggactctgtgccttgagacctga
cttgacaggaaaggctaagaggactattttgagagaacaatctgttatgg
agagactctgtcatgtgcccactcaagggtattataagtcagcattcttc
caagcacagaaaacaccctgtcaggatgagcatgctggctgagagtcatc
tgaattcaacaggagaggaatatcataggtatcaggaagagggacacacc
cttatcacactgcactaaaggatggaaagcctgtcttcactccaggattt
ggatggagcctttccagtcagggaggcgaaaaagctaatacaatctcaga
aacataggatcccccaaagagacatattgacgtgtttccctttgccatga
tgtggggagaggaagaagtcctgagtgtattgttgatatgagcatgacca
tgtcagacactggtgcctcagatttacggacagcaatgccttccttgctc
tgagttcagattgtcacagtgtgtgcagaaagccaccaccagagcgttaa
gctcctaggatgactgatgctgaaactgctttccccaatcgtgacttgct

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_23627079_23628244
seq2: B6Ng01-229C23.b_44_1215 (reverse)

seq1  GGCAGGAACCTAGGGGAAGG-ATTTGAAGAAAAGGCTAT-GATGGTTCCC  48
      |||||| || || ||||||| ||| |||||||  ||||| ||||||||||
seq2  GGCAGG-ACTTAAGGGAAGGAATTGGAAGAAA--GCTATGGATGGTTCCC  47

seq1  AATGACTTGAT--CAGCTTG-TTTTCCTAGATAATTCA-CGGCAACCTGC  94
      |||||||||||   ||| || ||||| ||||||||||| |||| ||||||
seq2  AATGACTTGATTCAAGCCTGTTTTTCTTAGATAATTCACCGGCCACCTGC  97

seq1  CCAAAGATAA--CAATACCCACA-GAGGGTTGAGCCCTCTTTTAATCA-A  140
      ||||||| ||   || ||| ||| |||||||||||||||||||||||| |
seq2  CCAAAGAAAAACAAAAACCAACAGGAGGGTTGAGCCCTCTTTTAATCAGA  147

seq1  GAAAATGTCACTACAGACATGCCCACAGGCCAATCTAATGAAAGACTGAG  190
       ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGTCACTACAGACATGCCCCCAGGCCAATCTAATGAAAGACTGAG  197

seq1  GTTTGCTCTTTCCAGTTGACTCCAGCTTGTATCAAGTTAACAGAACTATC  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCTCTTTCCAGTTGACTCCAGCTTGTATCAAGTTAACAGAACTATC  247

seq1  CAGCACACTAGCTGAGCCTTGTCCATATTTTGGAAATCAAACTGCTTCAC  290
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACACTAGCTGAG-CTTGTCCATATTTTGGAAATCAAACTGCTTCAC  296

seq1  ACAAACTCCACAAGCTTAAAATGTCTCATCTTAAACACTCTCACAGAAAC  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACTCCACAAGCTTAAAATGTCTCATCTTAAACACTCTCACAGAAAC  346

seq1  ATCTAGAATAATGTTTGACAATATGGGCAGTGTTGCTTAGTAAATTTGAC  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGAATAATGTTTGACAATATGGGCAGTGTTGCTTAGTAAATTTGAC  396

seq1  ATATATGGTTGTCATTATAACCACTGTATGGTTTCATTACCAATTTCTTG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGGTTGTCATTATAACCACTGTATGGTTTCATTACCAATTTCTTG  446

seq1  AGAACTCATCTCTGGCATTTCCTAAGCTTTTGTATCAATAGCTATAAGCA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTCATCTCTGGCATTTCCTAAGCTTTTGTATCAATAGCTATAAGCA  496

seq1  TTCTCTCATTGATATCATGCTAACTAAAAGAATAAGATCACAATTTTGCA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCATTGATATCATGCTAACTAAAAGAATAAGATCACAATTTTGCA  546

seq1  TACATTTTTTAAATAGCTGAAACCAAGTCATTGTGTAAAGGCAGCAGAAA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTTTTAAATAGCTGAAACCAAGTCATTGTGTAAAGGCAGCAGAAA  596

seq1  AAGGTCAGTCCTTGGAAACTGCTGGAAAATTAAGAGTACAGGAAATAAAC  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCAGTCCTTGGAAACTGCTGGAAAATTAAGAGTACAGGAAATAAAC  646

seq1  CAGTGATATAGATGCTGGAAAAGGAAGGATATTGCATGGTAGCTCATGTT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGATATAGATGCTGGAAAAGGAAGGATATTGCATGGTAGCTCATGTT  696

seq1  AGCCCAAGACTCAATATTCCCAGTGCTGTGAGAAATTAAAGTTGTCAACA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAAGACTCAATATTCCCAGTGCTGTGAGAAATTAAAGTTGTCAACA  746

seq1  CCCCAAAGACACCCCTGAAACTGAGTCCCTACAAGATCATCTACTTCTGC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAAGACACCCCTGAAACTGAGTCCCTACAAGATCATCTACTTCTGC  796

seq1  ATGCAGGTAGAAAATAGCATGCCTACTCAAGCTACTTGAGTAGTAACAGG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGGTAGAAAATAGCATGCCTACTCAAGCTACTTGAGTAGTAACAGG  846

seq1  GGCAGAGAAGCAGTGCAGGAAACGTGAGAAAGTAGAAAGTTATTGCTGCC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGAAGCAGTGCAGGAAACGTGAGAAAGTAGAAAGTTATTGCTGCC  896

seq1  CTGAGCCAACAAGACAGGACCCAGAGAATGCATATTAGATGTACTTCCCC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCCAACAAGACAGGACCCAGAGAATGCATATTAGATGTACTTCCCC  946

seq1  TGGATCATAAGAAACACATGAAAAAAGAGGGTACTGCAACATGAAGGCCG  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCATAAGAAACACATGAAAAAAGAGGGTACTGCAACATGAAGGCCG  996

seq1  GGGACTGATGGACAAGTATGACCTTCAGCCAAGGGATGCAATCAGCCAGA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTGATGGACAAGTATGACCTTCAGCCAAGGGATGCAATCAGCCAGA  1046

seq1  AGGAACATAATGGAAACACTGTTCTTGGTCCACTTCCTATGTCACCTGCT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACATAATGGAAACACTGTTCTTGGTCCACTTCCTATGTCACCTGCT  1096

seq1  GGCTCTCTCACCATGCCAAGGGAGCCAGAGTGAGACTGCCAGATAAAAGA  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTCTCACCATGCCAAGGGAGCCAGAGTGAGACTGCCAGATAAAAGA  1146

seq1  CAAGACTTCCAATTGAATAGGAATTC  1166
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACTTCCAATTGAATAGGAATTC  1172

seq1: chr19_23478631_23479734
seq2: B6Ng01-229C23.g_63_1162

seq1  GAATTCACTGAGTAAACCATGCTAACCTCAAGACTGTGGCAGCCTTCCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGAGTAAACCATGCTAACCTCAAGACTGTGGCAGCCTTCCTG  50

seq1  CTTCCACCTCCCGAGGCGAGGATTACAGACTTGGACCATCATACTGAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCACCTCCCGAGGCGAGGATTACAGACTTGGACCATCATACTGAGCT  100

seq1  TTATGCAGTGTTGGGGATCAAATCCAGGTCTTTGTATGCGCTAAGGAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCAGTGTTGGGGATCAAATCCAGGTCTTTGTATGCGCTAAGGAACA  150

seq1  CACGCCAACAAAGGAGCTACTTCCCCAGTCTACTCCTTCAACTTTGTTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCCAACAAAGGAGCTACTTCCCCAGTCTACTCCTTCAACTTTGTTGA  200

seq1  CACGGCCAATTTATATCTCTTTACTTCTATGAGAGGGCTATAAAAACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGCCAATTTATATCTCTTTACTTCTATGAGAGGGCTATAAAAACACA  250

seq1  GCCTCAGGACCTCCTTAGCTCTCATTTTGGAGCTACTATAGACAGAAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAGGACCTCCTTAGCTCTCATTTTGGAGCTACTATAGACAGAAGAA  300

seq1  ACCTAGAATAAATTAACTGAGGTCCCTCAGTCAGAACAACAATCTTTCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGAATAAATTAACTGAGGTCCCTCAGTCAGAACAACAATCTTTCAC  350

seq1  CATGTAAACAGTTTATTTAGTTTTTAGTTATTGCTTTTTAAGTAAAGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAAACAGTTTATTTAGTTTTTAGTTATTGCTTTTTAAGTAAAGAAA  400

seq1  AATTGACCTAAAATTTCAGCTCTTCTCTCTAGCTGGTGATGGTTGAGGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGACCTAAAATTTCAGCTCTTCTCTCTAGCTGGTGATGGTTGAGGTA  450

seq1  TGTCCCCTGAGCCTCCTGGGCCTTCACAGCCCTAAAGGACAATCTGCAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCCTGAGCCTCCTGGGCCTTCACAGCCCTAAAGGACAATCTGCAAT  500

seq1  GGAAAGTACCCATTCTGTTTTAGCAACGGACTCTGTGCCTTGAGACCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGTACCCATTCTGTTTTAGCAACGGACTCTGTGCCTTGAGACCTGA  550

seq1  CTTGACAGGAAAGGCTAAGAGGACTATTTTGAGAGAACAATCTGTTATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACAGGAAAGGCTAAGAGGACTATTTTGAGAGAACAATCTGTTATGG  600

seq1  AGAGACTCTGTCATGTGCCCACTCAAGGGTATTATAAGTCAGCATTCTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTCTGTCATGTGCCCACTCAAGGGTATTATAAGTCAGCATTCTTC  650

seq1  CAAGCACAGAAAACACCCTGTCAGGATGAGCATGCTGGCTGAGAGTCATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCACAGAAAACACCCTGTCAGGATGAGCATGCTGGCTGAGAGTCATC  700

seq1  TGAATTCAACAGGAGAGGAATATCATAGGTATCAGGAAGAGGGACACACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTCAACAGGAGAGGAATATCATAGGTATCAGGAAGAGGGACACACC  750

seq1  CTTATCACACTGCACTAAAGGATGGAAAGCCTGTCTTCACTCCAGGATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCACACTGCACTAAAGGATGGAAAGCCTGTCTTCACTCCAGGATTT  800

seq1  GGATGGAGCCTTTCCAGTCAGGGAGGCGAAAAAGCTAATACAATCTCAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGAGCCTTTCCAGTCAGGGAGGCGAAAAAGCTAATACAATCTCAGA  850

seq1  AACATAGGATCCCCCAAAGAGACATATTGACGTGTTTCCCTTTGCCATGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAGGATCCCCCAAAGAGACATATTGACGTGTTTCCCTTTGCCATGA  900

seq1  TGTGGGGGAGAGGAAGAAGTCCTGAGTGTATTGTTGATATGAGCATGACC  950
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGT-GGGGAGAGGAAGAAGTCCTGAGTGTATTGTTGATATGAGCATGACC  949

seq1  ATGTCAGGACACTGGTGCCTCAGATTTACGGGGACAGCAAAGCCTTCCCT  1000
      |||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| |||
seq2  ATGTCA-GACACTGGTGCCTCAGATTTAC--GGACAGCAATGCCTT-CCT  995

seq1  TGCTCTGAGTCCAGATGTTCACAGTGTGTGCAGAAAGCACCAACCAGAGC  1050
      |||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||  | ||||||||
seq2  TGCTCTGAGTTCAGATTGTCACAGTGTGTGCAGAAAGCCACCACCAGAGC  1045

seq1  GTTAAGCTCCTA-GATGACTGTAGCCTGAGACTGC-TTCCCCCATCGTGA  1098
      |||||||||||| |||||||| |  |||| ||||| |||||| |||||||
seq2  GTTAAGCTCCTAGGATGACTG-ATGCTGAAACTGCTTTCCCCAATCGTGA  1094

seq1  CTTGCT  1104
      ||||||
seq2  CTTGCT  1100