BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-234C17
Chromosome19 (Build37)
Map Location 55,106,243 - 55,217,671
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGpam
Upstream geneShoc2, Adra2a, LOC100043004
Downstream geneTectb, Gucy2g, Acsl5, Zdhhc6, Vti1a, LOC100043479, Tcf7l2, Ppnr, LOC100043484
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-234C17.bB6Ng01-234C17.g
ACCGA046008GA046009
length5061,160
definitionB6Ng01-234C17.b B6Ng01-234C17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,217,132 - 55,217,671)(55,106,243 - 55,107,394)
sequence
gaattcattcgtttctgaagatacatgcttagtaaggaggtctgcacctg
ttatcccagcacttaggaggctaaggaagaagtgtgcatttcaatctagc
ctaggcttcatagtgaaccactgtcttgaacaacaacaaaacacataata
gtgtgtatatgcagacacatagacttatatgtgtgtgtgtgtattaaaaa
catagtcgtgccctaatagaacactactgctgtcattttgttaaatggac
acgatgtgcctgaaagctaccttctaagtagttctgttcacatccacagg
ttagtgatgctatcggccttaatcacagacgcttccttgtgctgtctgtg
gtggttgctaaagactcccaactggtccaagtgcttagaataagtaactc
tggaatgctcaaccttaaatgggacatctctctctctctctctctctctc
tctctctctctctctctcacacacacacacacacacactctcacacacac
acacac
gaattcactccaagcatgcaacattcaaagagatctcatgtagaaggcat
ggtgtagcactaaggtgcttccacagggagcacctcgggagcatctgaga
gcaccacccaccactacacctgactgggtaggtatgctgtactagattcc
acccactagggtgctccctgttctgggaaagaaaacaccctgtaaacgaa
aaggaactatttgggtgaccctcaggacagaaccaagctcactcagagag
ataaaaagaacacagttgcttttgaccaggccactttgtgacagacactg
cccttcggatgagcttaggtaaaagtgcaacttccaaaggtttggaagaa
aaaaaaatggaatgcaccaggtgaagaagtggtgggaaggaataaaagcc
agggatggcagtgggtatgaactccaggggcctctctgcaatgggttact
caggccatatgcagatcacagaggcaaagcccaatcctggcttgcataag
tcatagcctccctgggcttctgtttttgattgggataaagacactacgca
aaaagttaagatttctgcttttgtgtaattagagctgtgtgtgaacaaga
gattcttcagcactggtgtaagtcctgggagattctctctaaggtggatg
gagaggctccatgttggcagcttgggttaccacgaggtgtaacctgctta
atatggtggcaacaaagagatcaaatgtaccaaagaagtcacgtaggaaa
acaggcacagaaaatgtatggtgtccagactccaggccatgtccttaagg
aaagcaaactctacctatccaggttaaagagatagaattaagcctgcttc
atgtgctctctacagaatccagactgcgacaactccaacctttacccttg
gtacttttcaggcatagaaaccgaaccctcatgtaaccctgctggggtgc
agagcaggcctagggtttgttgctccagttcttcctattcagtctcatgg
atcatgcatccctcatggggattccgtgtcattggaccaagaagatctaa
ctgctctcctcctctttctcacagacgtagttgacttcaattctggtgac
ctcctttgtaggctcatctcctttccaattggacagtactatcccgtgaa
ctatttggta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_55217132_55217671
seq2: B6Ng01-234C17.b_45_550 (reverse)

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGACAGAGAGAGAGAGACAGAGAGAGAGAGA  50
      ||||||||||||||                                  ||
seq2  GTGTGTGTGTGTGT----------------------------------GA  16

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  100
      ||| | | | | | | | | | ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  66

seq1  GAGAGAGAGAGAGATGTCCCATTTAAGGTTGAGCATTCCAGAGTTACTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGATGTCCCATTTAAGGTTGAGCATTCCAGAGTTACTTA  116

seq1  TTCTAAGCACTTGGACCAGTTGGGAGTCTTTAGCAACCACCACAGACAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAGCACTTGGACCAGTTGGGAGTCTTTAGCAACCACCACAGACAGC  166

seq1  ACAAGGAAGCGTCTGTGATTAAGGCCGATAGCATCACTAACCTGTGGATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGAAGCGTCTGTGATTAAGGCCGATAGCATCACTAACCTGTGGATG  216

seq1  TGAACAGAACTACTTAGAAGGTAGCTTTCAGGCACATCGTGTCCATTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAGAACTACTTAGAAGGTAGCTTTCAGGCACATCGTGTCCATTTAA  266

seq1  CAAAATGACAGCAGTAGTGTTCTATTAGGGCACGACTATGTTTTTAATAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATGACAGCAGTAGTGTTCTATTAGGGCACGACTATGTTTTTAATAC  316

seq1  ACACACACACATATAAGTCTATGTGTCTGCATATACACACTATTATGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACATATAAGTCTATGTGTCTGCATATACACACTATTATGTGT  366

seq1  TTTGTTGTTGTTCAAGACAGTGGTTCACTATGAAGCCTAGGCTAGATTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGTTGTTCAAGACAGTGGTTCACTATGAAGCCTAGGCTAGATTGA  416

seq1  AATGCACACTTCTTCCTTAGCCTCCTAAGTGCTGGGATAACAGGTGCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCACACTTCTTCCTTAGCCTCCTAAGTGCTGGGATAACAGGTGCAGA  466

seq1  CCTCCTTACTAAGCATGTATCTTCAGAAACGAATGAATTC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTTACTAAGCATGTATCTTCAGAAACGAATGAATTC  506

seq1: chr19_55106243_55107394
seq2: B6Ng01-234C17.g_69_1228

seq1  GAATTCACTCCAAGCATGCAACATTCAAAGAGATCTCATGTAGAAGGCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCCAAGCATGCAACATTCAAAGAGATCTCATGTAGAAGGCAT  50

seq1  GGTGTAGCACTAAGGTGCTTCCACAGGGAGCACCTCGGGAGCATCTGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTAGCACTAAGGTGCTTCCACAGGGAGCACCTCGGGAGCATCTGAGA  100

seq1  GCACCACCCACCACTACACCTGACTGGGTAGGTATGCTGTACTAGATTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCACCCACCACTACACCTGACTGGGTAGGTATGCTGTACTAGATTCC  150

seq1  ACCCACTAGGGTGCTCCCTGTTCTGGGAAAGAAAACACCCTGTAAACGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACTAGGGTGCTCCCTGTTCTGGGAAAGAAAACACCCTGTAAACGAA  200

seq1  AAGGAACTATTTGGGTGACCCTCAGGACAGAACCAAGCTCACTCAGAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAACTATTTGGGTGACCCTCAGGACAGAACCAAGCTCACTCAGAGAG  250

seq1  ATAAAAAGAACACAGTTGCTTTTGACCAGGCCACTTTGTGACAGACACTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAAGAACACAGTTGCTTTTGACCAGGCCACTTTGTGACAGACACTG  300

seq1  CCCTTCGGATGAGCTTAGGTAAAAGTGCAACTTCCAAAGGTTTGGAAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCGGATGAGCTTAGGTAAAAGTGCAACTTCCAAAGGTTTGGAAGAA  350

seq1  AAAAAAATGGAATGCACCAGGTGAAGAAGTGGTGGGAAGGAATAAAAGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATGGAATGCACCAGGTGAAGAAGTGGTGGGAAGGAATAAAAGCC  400

seq1  AGGGATGGCAGTGGGTATGAACTCCAGGGGCCTCTCTGCAATGGGTTACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATGGCAGTGGGTATGAACTCCAGGGGCCTCTCTGCAATGGGTTACT  450

seq1  CAGGCCATATGCAGATCACAGAGGCAAAGCCCAATCCTGGCTTGCATAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCATATGCAGATCACAGAGGCAAAGCCCAATCCTGGCTTGCATAAG  500

seq1  TCATAGCCTCCCTGGGCTTCTGTTTTTGATTGGGATAAAGACACTACGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGCCTCCCTGGGCTTCTGTTTTTGATTGGGATAAAGACACTACGCA  550

seq1  AAAAGTTAAGATTTCTGCTTTTGTGTAATTAGAGCTGTGTGTGAACAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTTAAGATTTCTGCTTTTGTGTAATTAGAGCTGTGTGTGAACAAGA  600

seq1  GATTCTTCAGCACTGGTGTAAGTCCTGGGAGATTCTCTCTAAGGTGGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTTCAGCACTGGTGTAAGTCCTGGGAGATTCTCTCTAAGGTGGATG  650

seq1  GAGAGGCTCCATGTTGGCAGCTTGGGTTACCACGAGGTGTAACCTGCTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGCTCCATGTTGGCAGCTTGGGTTACCACGAGGTGTAACCTGCTTA  700

seq1  ATATGGTGGCAACAAAGAGATCAAATGTACCAAAGAAGTCACGTAGGAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGTGGCAACAAAGAGATCAAATGTACCAAAGAAGTCACGTAGGAAA  750

seq1  ACAGGCACAGAAAATGTATGGTGTCCAGACTCCAGGCCATGTCCTTAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCACAGAAAATGTATGGTGTCCAGACTCCAGGCCATGTCCTTAAGG  800

seq1  AAAGCAAACTCTACCTATCCAGGTTAAAGAGATAGAATTAAGCCTGCTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAAACTCTACCTATCCAGGTTAAAGAGATAGAATTAAGCCTGCTTC  850

seq1  ATGTGCTCTCTACAGAATCCAGACTGCGACAACTCCAACCTTTACCCTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATGTGCTCTCTACAGAATCCAGACTGCGACAACTCCAACCTTTACCCTTG  900

seq1  GTACTTTTCAGGCATAGAAACCGAA-CCTCATGTAA-CCTGCT-GGGTGC  947
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||
seq2  GTACTTTTCAGGCATAGAAACCGAACCCTCATGTAACCCTGCTGGGGTGC  950

seq1  AGAGCAGGCCTAGGGTTTG-TGCTCCAGTTC-TCCTATTCAGTCTCATGG  995
      ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAGGCCTAGGGTTTGTTGCTCCAGTTCTTCCTATTCAGTCTCATGG  1000

seq1  ATCATGCATCCCTCATGGGGATTCCGTGTCATTGG-CCCAGAAGATCTAA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
seq2  ATCATGCATCCCTCATGGGGATTCCGTGTCATTGGACCAAGAAGATCTAA  1050

seq1  CTGCTCTTCCTCCTCTTTCTCACAGACGTAGTTGACTTC-ATTCT-GTGA  1092
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
seq2  CTGCTC-TCCTCCTCTTTCTCACAGACGTAGTTGACTTCAATTCTGGTGA  1099

seq1  -CTCCTTTGTAGGGCTCTATCTC--TTCC-ATTGTACAAGGAATTATCCC  1138
       |||||||||| ||||| |||||  |||| |||| |||  | | ||||||
seq2  CCTCCTTTGTA-GGCTC-ATCTCCTTTCCAATTGGACA--GTACTATCCC  1145

seq1  -TGAACTATTTGGTA  1152
       ||||||||||||||
seq2  GTGAACTATTTGGTA  1160