BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-245C12
Chromosome19 (Build37)
Map Location 16,979,199 - 16,980,082
singlet/doubletsinglet
Overlap genenone
Upstream genePsat1, LOC100041424, Cep78, LOC100042048, Gnaq, E030024N20Rik, LOC624438, Gna14, LOC666665, Vps13a, Foxb2
Downstream geneA230083H22Rik, Gcnt1, Rfk, Pcsk5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-245C12.bB6Ng01-245C12.g
ACCGA054112GA054113
length885440
definitionB6Ng01-245C12.b B6Ng01-245C12.g
singlet/doubletsinglet---
BLAST hituniqueno hit data
sequence
gaattccaggatgacataggaaatcacatggagagagaagaagagattga
gagacccacccaacactgtctttgatagtagacttactttcaagataact
cattattaagtcattaagctactcacagaatgaatgggttaattcattcg
caagaagacttccttagtcacctcttaaagatctcacttgatcaaatctt
ttaaaaaatagtttttggaggcagggtctccctatgtaaccgaggctggt
tttgaactctggaacttcctgcctcagcttcccgaatgttggggcttgca
aacatcaccatgcccagcttggtcctacctcttaatcactcataacacta
gttatatttcagcatcaattttagaagaaataaatcataaccagggatga
gggtagtgagaaaaaatagaatgaaaagtccagtgtgggtagagttaagc
tgcaacttcatccatgtaaaaaaaaatctctgtgtcacttgtcaaaaagt
aacctaacaagcctctatactgaactcccatccgatgcttacaccaccaa
cctgtgccacagagaaaggagggacgcatctgttatttttattatggaac
tggaccaaaataacacaagaaggaaaaccacaaactactcttactttata
ttgctgatacaaaaattgccaaggttgtttgaaaagtcataattttattg
ttttatatttacctaaaagtacataatacatatatatgtatagttacatt
tacatatttatatgtatatgtaaatatatgtgtatataattatctaaaat
tacatacatatatgtatgtaccacacaaacatatacatagggtatatatg
tagtatgtatatgtgtatatgtatatatgtatgta

agttagaaaaggtaagctgacaatgtgcctgtattccttacttcttaggg
aagaatgtggtgaagccacactagcaagatttcgctgaaaggacccagat
atagctgtctctcctgaggctatgccggagcctagcaaacacagaagtgg
atgcttacagtcagctattggatggatcacagggcccccaatggaggagc
tagagaaagtacccaaggagctaaagggatctgcaaccctataggtggaa
caacaatatgaactaaccagtaccccccaccccaccccaccccagaactc
gtgtctctagctgcgtatgtatcagaagatggcctagttggccatcagtg
gaaagagaggcccattggtcttgcaaactttatatgcctcagtacagggg
aacgccagggccaagaagtaggagtgggtgggtgggggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_16979199_16980082
seq2: B6Ng01-245C12.b_47_931

seq1  GAATTCCAGGATGACATAGGAAATCACATGGAGAGAGAAGAAGAGATTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGATGACATAGGAAATCACATGGAGAGAGAAGAAGAGATTGA  50

seq1  GAGACCCACCCAACACTGTCTTTGATAGTAGACTTACTTTCAAGATAACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCCACCCAACACTGTCTTTGATAGTAGACTTACTTTCAAGATAACT  100

seq1  CATTATTAAGTCATTAAGCTACTCACAGAATGAATGGGTTAATTCATTCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATTAAGTCATTAAGCTACTCACAGAATGAATGGGTTAATTCATTCG  150

seq1  CAAGAAGACTTCCTTAGTCACCTCTTAAAGATCTCACTTGATCAAATCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAGACTTCCTTAGTCACCTCTTAAAGATCTCACTTGATCAAATCTT  200

seq1  TTAAAAAATAGTTTTTGGAGGCAGGGTCTCCCTATGTAACCGAGGCTGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAATAGTTTTTGGAGGCAGGGTCTCCCTATGTAACCGAGGCTGGT  250

seq1  TTTGAACTCTGGAACTTCCTGCCTCAGCTTCCCGAATGTTGGGGCTTGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAACTCTGGAACTTCCTGCCTCAGCTTCCCGAATGTTGGGGCTTGCA  300

seq1  AACATCACCATGCCCAGCTTGGTCCTACCTCTTAATCACTCATAACACTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCACCATGCCCAGCTTGGTCCTACCTCTTAATCACTCATAACACTA  350

seq1  GTTATATTTCAGCATCAATTTTAGAAGAAATAAATCATAACCAGGGATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATATTTCAGCATCAATTTTAGAAGAAATAAATCATAACCAGGGATGA  400

seq1  GGGTAGTGAGAAAAAATAGAATGAAAAGTCCAGTGTGGGTAGAGTTAAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAGTGAGAAAAAATAGAATGAAAAGTCCAGTGTGGGTAGAGTTAAGC  450

seq1  TGCAACTTCATCCATGTAAAAAAAAATCTCTGTGTCACTTGTCAAAAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACTTCATCCATGTAAAAAAAAATCTCTGTGTCACTTGTCAAAAAGT  500

seq1  AACCTAACAAGCCTCTATACTGAACTCCCATCCGATGCTTACACCACCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTAACAAGCCTCTATACTGAACTCCCATCCGATGCTTACACCACCAA  550

seq1  CCTGTGCCACAGAGAAAGGAGGGACGCATCTGTTATTTTTATTATGGAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGCCACAGAGAAAGGAGGGACGCATCTGTTATTTTTATTATGGAAC  600

seq1  TGGACCAAAATAACACAAGAAGGAAAACCACAAACTACTCTTACTTTATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACCAAAATAACACAAGAAGGAAAACCACAAACTACTCTTACTTTATA  650

seq1  TTGCTGATACAAAAATTGCCAAGGTTGTTTGAAAAGTCATAATTTTATTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGATACAAAAATTGCCAAGGTTGTTTGAAAAGTCATAATTTTATTG  700

seq1  TTTTATATTTACCTAAAAGTACATAATACATATATATGTATAGTTACATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATATTTACCTAAAAGTACATAATACATATATATGTATAGTTACATT  750

seq1  TACATATTTATATGTATATGTAAATATATGTGTATATAATTATCTAAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATTTATATGTATATGTAAATATATGTGTATATAATTATCTAAAAT  800

seq1  TACATACATATATGTATGTACCACACAAACATATACATA-GGTATATATG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TACATACATATATGTATGTACCACACAAACATATACATAGGGTATATATG  850

seq1  TAGTATGTATATGTGTATATGTATATATGTATGTA  884
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATGTATATGTGTATATGTATATATGTATGTA  885


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |