BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-250F16
Chromosome19 (Build37)
Map Location 23,478,631 - 23,647,995
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMamdc2, 1700028P14Rik
Upstream geneTrpm3, EG433230, Klf9, Smc5
Downstream geneLOC670565, LOC226030, EG625193, Ptar1, Apba1, Gm967, 1700021P04Rik, Tjp2, Fxn, LOC667743, Pip5k1b, LOC100042457, 2900009I07Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-250F16.bB6Ng01-250F16.g
ACCGA057925GA057926
length1,2121,132
definitionB6Ng01-250F16.b B6Ng01-250F16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,646,783 - 23,647,995)(23,478,631 - 23,479,766)
sequence
gaattctcataactctcaagctctcgggcactgatgctgccaggaagcaa
cactgagaaagctggcagtagttgctggttaccaccaagctaaatcttcc
acccagatccattagcctgcctaaattggattttgttgttttgaacaaaa
caacaacaacaacaacaaacaaacaaacacaacagcaacaaaaagaaaac
caagaaaatctagatattttctttgactatccatttctaaaatattgctg
ggaacacaagtacagtttcatttttatagaagaacaaattattctttacc
cagaattctaaatataggaactaggctccttttggcttgtaactggggtt
tgcctagtctccttaatgtgcaagtacagtgagcctaggatcactttgct
tactcattacctatagttaaaactctgccctggaggcttaggatgtcagc
tctcttggttttcatagtgtgtgtcttcatctccatcactctagagactt
ccttttgaactgggctagcttacattcccagtggaagacaaacgattcat
ctagcatttctgtatggttaggaggtagaggctggggacagtctatgatc
ttagacaccttggtatctatcacaatctctttagtcattacctagcacag
aatgtggggcatgaggtcaaaggatttttgagggagaaagtggatgatag
aatctggagaccacagagcacctaggattcaaacatgggacttggtagct
ataagtgctaggacaggagcacattgccttgtgaagaattagaagtaatt
gaaggaatgcttgctgaagacaggtagaactgtggagggcctgggaagac
tggacttaaaaaattttatcagtgtcgatctttcctgaaacatatatgtt
tcacgccactatctttcttttgggagacattctttttctgacatcttggc
ttctccttcccagggtgtttttcgacaacgtattctgaagatttcactcc
acagtatgaatatccaccacctgtaagtacagaatcatactgtaatccca
cccgtgttatgggactcatcacatctagtgccatagttactcttgggtga
gagggggtgctgaaatttataatgtcttaatattatcacgagaacctgtc
ggcttaagaatcatgcatgcataatagcctattggctgattttgaattaa
atggccatttta
gaattcactgagtaaaccatgctaacctcaagactgtggcagccttcctg
cttccacctcccgaggcgaggattacagacttggaccatcatactgagct
ttatgcagtgttggggatcaaatccaggtctttgtatgcgctaaggaaca
cacgccaacaaaggagctacttccccagtctactccttcaactttgttga
cacggccaatttatatctctttacttctatgagagggctataaaaacaca
gcctcaggacctccttagctctcattttggagctactatagacagaagaa
acctagaataaattaactgaggtccctcagtcagaacaacaatctttcac
catgtaaacagtttatttagtttttagttattgctttttaagtaaagaaa
aattgacctaaaatttcagctcttctctctagctggtgatggttgaggta
tgtcccctgagcctcctgggccttcacagccctaaaggacaatctgcaat
ggaaagtacccattctgttttagcaacggactctgtgccttgagacctga
cttgacaggaaaggctaagaggactattttgagagaacaatctgttatgg
agagactctgtcatgtgcccactcaagggtattataagtcagcattcttc
caagcacagaaaacaccctgtcaggatgagcatgctggctgagagtcatc
tgaattcaacaggagaggaatatcataggtatcaggaagagggacacacc
cttatcacactgcactaaaggatggaaagcctgtcttcactccaggattt
ggatggagcctttccagtcagggaggcgaaaaagctaatacaatctcaga
aacataggatcccccaagagacatattgacgtgtttcctctttgccatga
tgtgggggagaggaagaagtcctgagtgttattgttgatatgagcatgac
catgtcaggacactggtgcctcagattacggggacagcaaagccttcctt
tgctctgagttccagatgttcacagtgtgtgcagaaagcaccaaccagag
cgttaagctctagatgactgtagcttgagactgctccccatcgtgactgc
tatgcgccttcttcttcagcttaatatgataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_23646783_23647995
seq2: B6Ng01-250F16.b_48_1259 (reverse)

seq1  TAAAATGCCCATTAATTTCCAAAATCAACC-ATA-GCTATTATACATCCC  48
      ||||||| ||||| | || |||||||| || ||| |||||||| ||| | 
seq2  TAAAATGGCCATTTAATT-CAAAATCAGCCAATAGGCTATTATGCATGC-  48

seq1  ATTGATTCTTAAAGCCGACAGTGTCTCTTAATAAATATAAGACATTATAA  98
        |||||||| ||||||||||  |||| | ||||   |||||||||||||
seq2  -ATGATTCTT-AAGCCGACAGGTTCTCGTGATAATATTAAGACATTATAA  96

seq1  ATCTCAGCAACCCCTTCTCA-CCAAGAGTAACTTATGCACTAGATGTGAT  147
      || ||||| ||||| ||||| ||||||||||||   ||||||||||||||
seq2  ATTTCAGC-ACCCCCTCTCACCCAAGAGTAACTATGGCACTAGATGTGAT  145

seq1  GAGTCCCAT-ACACGGGTGGGATTACAGTATGATTCTTGTACTTACAGGT  196
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GAGTCCCATAACACGGGTGGGATTACAGTATGATTC-TGTACTTACAGGT  194

seq1  GGTGGATATTCATACTGTGGAGTGAAATCTTCAGAATACGTTGTCGAAAA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGATATTCATACTGTGGAGTGAAATCTTCAGAATACGTTGTCGAAAA  244

seq1  ACA-CCTGGGAAGGAGAAGCCAAGATGTCAGAAAAAGAATGTCTCCCAAA  295
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCTGGGAAGGAGAAGCCAAGATGTCAGAAAAAGAATGTCTCCCAAA  294

seq1  AGAAAGATAGTGGCGTGAAACATATATGTTTCAGGAAAGATCGACACTGA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGATAGTGGCGTGAAACATATATGTTTCAGGAAAGATCGACACTGA  344

seq1  TAAAATTTTTTAAGTCCAGTCTTCCCAGGCCCTCCACAGTTCTACCTGTC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTTTTTAAGTCCAGTCTTCCCAGGCCCTCCACAGTTCTACCTGTC  394

seq1  TTCAGCAAGCATTCCTTCAATTACTTCTAATTCTTCACAAGGCAATGTGC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCAAGCATTCCTTCAATTACTTCTAATTCTTCACAAGGCAATGTGC  444

seq1  TCCTGTCCTAGCACTTATAGCTACCAAGTCCCATGTTTGAATCCTAGGTG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTCCTAGCACTTATAGCTACCAAGTCCCATGTTTGAATCCTAGGTG  494

seq1  CTCTGTGGTCTCCAGATTCTATCATCCACTTTCTCCCTCAAAAATCCTTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGGTCTCCAGATTCTATCATCCACTTTCTCCCTCAAAAATCCTTT  544

seq1  GACCTCATGCCCCACATTCTGTGCTAGGTAATGACTAAAGAGATTGTGAT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCATGCCCCACATTCTGTGCTAGGTAATGACTAAAGAGATTGTGAT  594

seq1  AGATACCAAGGTGTCTAAGATCATAGACTGTCCCCAGCCTCTACCTCCTA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACCAAGGTGTCTAAGATCATAGACTGTCCCCAGCCTCTACCTCCTA  644

seq1  ACCATACAGAAATGCTAGATGAATCGTTTGTCTTCCACTGGGAATGTAAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATACAGAAATGCTAGATGAATCGTTTGTCTTCCACTGGGAATGTAAG  694

seq1  CTAGCCCAGTTCAAAAGGAAGTCTCTAGAGTGATGGAGATGAAGACACAC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCCAGTTCAAAAGGAAGTCTCTAGAGTGATGGAGATGAAGACACAC  744

seq1  ACTATGAAAACCAAGAGAGCTGACATCCTAAGCCTCCAGGGCAGAGTTTT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGAAAACCAAGAGAGCTGACATCCTAAGCCTCCAGGGCAGAGTTTT  794

seq1  AACTATAGGTAATGAGTAAGCAAAGTGATCCTAGGCTCACTGTACTTGCA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATAGGTAATGAGTAAGCAAAGTGATCCTAGGCTCACTGTACTTGCA  844

seq1  CATTAAGGAGACTAGGCAAACCCCAGTTACAAGCCAAAAGGAGCCTAGTT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAGGAGACTAGGCAAACCCCAGTTACAAGCCAAAAGGAGCCTAGTT  894

seq1  CCTATATTTAGAATTCTGGGTAAAGAATAATTTGTTCTTCTATAAAAATG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATATTTAGAATTCTGGGTAAAGAATAATTTGTTCTTCTATAAAAATG  944

seq1  AAACTGTACTTGTGTTCCCAGCAATATTTTAGAAATGGATAGTCAAAGAA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGTACTTGTGTTCCCAGCAATATTTTAGAAATGGATAGTCAAAGAA  994

seq1  AATATCTAGATTTTCTTGGTTTTCTTTTTGTTGCTGTTGTGTTTGTTTGT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCTAGATTTTCTTGGTTTTCTTTTTGTTGCTGTTGTGTTTGTTTGT  1044

seq1  TTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTGTTCAAAACAACAAAATCCAATTTAGGC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTGTTCAAAACAACAAAATCCAATTTAGGC  1094

seq1  AGGCTAATGGATCTGGGTGGAAGATTTAGCTTGGTGGTAACCAGCAACTA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTAATGGATCTGGGTGGAAGATTTAGCTTGGTGGTAACCAGCAACTA  1144

seq1  CTGCCAGCTTTCTCAGTGTTGCTTCCTGGCAGCATCAGTGCCCGAGAGCT  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAGCTTTCTCAGTGTTGCTTCCTGGCAGCATCAGTGCCCGAGAGCT  1194

seq1  TGAGAGTTATGAGAATTC  1213
      ||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGTTATGAGAATTC  1212

seq1: chr19_23478631_23479766
seq2: B6Ng01-250F16.g_69_1200

seq1  GAATTCACTGAGTAAACCATGCTAACCTCAAGACTGTGGCAGCCTTCCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGAGTAAACCATGCTAACCTCAAGACTGTGGCAGCCTTCCTG  50

seq1  CTTCCACCTCCCGAGGCGAGGATTACAGACTTGGACCATCATACTGAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCACCTCCCGAGGCGAGGATTACAGACTTGGACCATCATACTGAGCT  100

seq1  TTATGCAGTGTTGGGGATCAAATCCAGGTCTTTGTATGCGCTAAGGAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCAGTGTTGGGGATCAAATCCAGGTCTTTGTATGCGCTAAGGAACA  150

seq1  CACGCCAACAAAGGAGCTACTTCCCCAGTCTACTCCTTCAACTTTGTTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCCAACAAAGGAGCTACTTCCCCAGTCTACTCCTTCAACTTTGTTGA  200

seq1  CACGGCCAATTTATATCTCTTTACTTCTATGAGAGGGCTATAAAAACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGCCAATTTATATCTCTTTACTTCTATGAGAGGGCTATAAAAACACA  250

seq1  GCCTCAGGACCTCCTTAGCTCTCATTTTGGAGCTACTATAGACAGAAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAGGACCTCCTTAGCTCTCATTTTGGAGCTACTATAGACAGAAGAA  300

seq1  ACCTAGAATAAATTAACTGAGGTCCCTCAGTCAGAACAACAATCTTTCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGAATAAATTAACTGAGGTCCCTCAGTCAGAACAACAATCTTTCAC  350

seq1  CATGTAAACAGTTTATTTAGTTTTTAGTTATTGCTTTTTAAGTAAAGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAAACAGTTTATTTAGTTTTTAGTTATTGCTTTTTAAGTAAAGAAA  400

seq1  AATTGACCTAAAATTTCAGCTCTTCTCTCTAGCTGGTGATGGTTGAGGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGACCTAAAATTTCAGCTCTTCTCTCTAGCTGGTGATGGTTGAGGTA  450

seq1  TGTCCCCTGAGCCTCCTGGGCCTTCACAGCCCTAAAGGACAATCTGCAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCCTGAGCCTCCTGGGCCTTCACAGCCCTAAAGGACAATCTGCAAT  500

seq1  GGAAAGTACCCATTCTGTTTTAGCAACGGACTCTGTGCCTTGAGACCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGTACCCATTCTGTTTTAGCAACGGACTCTGTGCCTTGAGACCTGA  550

seq1  CTTGACAGGAAAGGCTAAGAGGACTATTTTGAGAGAACAATCTGTTATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACAGGAAAGGCTAAGAGGACTATTTTGAGAGAACAATCTGTTATGG  600

seq1  AGAGACTCTGTCATGTGCCCACTCAAGGGTATTATAAGTCAGCATTCTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTCTGTCATGTGCCCACTCAAGGGTATTATAAGTCAGCATTCTTC  650

seq1  CAAGCACAGAAAACACCCTGTCAGGATGAGCATGCTGGCTGAGAGTCATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCACAGAAAACACCCTGTCAGGATGAGCATGCTGGCTGAGAGTCATC  700

seq1  TGAATTCAACAGGAGAGGAATATCATAGGTATCAGGAAGAGGGACACACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTCAACAGGAGAGGAATATCATAGGTATCAGGAAGAGGGACACACC  750

seq1  CTTATCACACTGCACTAAAGGATGGAAAGCCTGTCTTCACTCCAGGATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCACACTGCACTAAAGGATGGAAAGCCTGTCTTCACTCCAGGATTT  800

seq1  GGATGGAGCCTTTCCAGTCAGGGAGGCGAAAAAGCTAATACAATCTCAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGAGCCTTTCCAGTCAGGGAGGCGAAAAAGCTAATACAATCTCAGA  850

seq1  AACATAGGATCCCCCAAAGAGACATATTGACGTGTTTCC-CTTTGCCATG  899
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AACATAGGATCCCCC-AAGAGACATATTGACGTGTTTCCTCTTTGCCATG  899

seq1  ATGTGGGGGAGAGGAAGAAGTCCTGAGTG-TATTGTTGATATGAGCATGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGGGGAGAGGAAGAAGTCCTGAGTGTTATTGTTGATATGAGCATGA  949

seq1  CCATGTCAGGACACTGGTGCCTCAGATTTACGGGGACAGCAAAGCCTTCC  998
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTCAGGACACTGGTGCCTCAGA-TTACGGGGACAGCAAAGCCTTCC  998

seq1  CTTGCTCTGAG-TCCAGATGTTCACAGTGTGTGCAGAAAGCACCAACCAG  1047
       |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTCTGAGTTCCAGATGTTCACAGTGTGTGCAGAAAGCACCAACCAG  1048

seq1  AGCGTTAAGCTCCTAGATGACTGTAGCCTGAGACTGCTTCCCCCATCGTG  1097
      ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||
seq2  AGCGTTAAGCT-CTAGATGACTGTAGCTTGAGACTGCT--CCCCATCGTG  1095

seq1  ACTTGCTAATGCGCCTTCTCCTTCAGCTGTATATGATAA  1136
      || |||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||
seq2  AC-TGCT-ATGCGCCTTCTTCTTCAGCTTAATATGATAA  1132