BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-258F16
Chromosome19 (Build37)
Map Location 22,822,478 - 22,854,952
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTrpm3
Upstream geneTmem2, EG433229, EG433230
Downstream geneKlf9, Smc5, Mamdc2, 1700028P14Rik, LOC670565, LOC226030, EG625193, Ptar1, Apba1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-258F16.bB6Ng01-258F16.g
ACCGA063812GA063813
length1,1981,072
definitionB6Ng01-258F16.b B6Ng01-258F16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,822,478 - 22,823,698)(22,853,871 - 22,854,952)
sequence
gaattcagagacaaaacaaacaaacagtaaacaagaataaaaaaaaaact
cccctagacacctcaacagtgagcaccagcatagcagcatcaaccttggt
ttggtacaaagtctttagtcctttatcctgtacctcctcactcctcatct
tctctactgtgtcctggggacactaaaggatacagcaagacaatcaggga
cacaaccaatgtacccctttgtctactttttaactgtaccaccatgattt
gcctccttatttatatgggatcctttgagatttttcttcctgaggatgtt
atatacctagggaagaataaactgaaatgcaagcatgtgtggttcattct
gcaggagagatgtaacaaagccagatttattcaactttattatttatttg
tttattgctcagttccttaccccaatacaagaaatattggggcttgtatg
gttgctacctattagaagctttgcttacagtatttagcaagtggtctgat
tgccacacacagagtatattcttatgagcttaattgtcctcagaagtaaa
ctaattatggacactctgggaaatctactgtcactactcttggattgtta
ctttatgaacaatagagaagccaaagaaagtgaccccatgtactgcagga
tgctgcatgtccggtgctttgagggctagtcctccatggttctctcaacg
cactcactgtttcaacaacgaacctttatcatctcataggcctgaggaag
ggctcagtggtgacccatgaaaacgggcataatgcttctcaccagccatc
tgcccttgctcagtctgtggtcccaacaaatgccactaactgggggcttc
tctagaaatctagctcagtcctaaaaagctggggtcataagtttcaccat
gagggtctgcagttcgactaaatttctgttctgatgctgcaaagaccacc
aaggaaggcaagtgcagactcgtttcctttggctcagattgagtagcagt
gtttttttgcaccagctagacaaagctggcttggtcccagtgagcagctc
ccagacaggtcttacctgtgatgtctttcccgtgaggagcagcaaacagc
tagagggaatctacacactgcaatagcctgatgactgtagaaaaagaagg
aagtctggaacagattcccttgctagccaatgagcgagcgaaaagagc
gaattcagtgagactccaagagctaatctgaggttaattaacagctttcg
aggagagcagtcctcctgagacccctgcggatgctgttagatgctgcaga
tagtgtgagagattttacttatataaataaaactgtgaatgcccacactt
ggtgcttaaatgacaccgtttccagtggaatctgtactttactaaagaaa
acagaaatttttatcatttatttgaagccaaagaaaacgcctaaatgtta
aataaagggcaccgaaagttgtccttaaatgagattatagagaatgacaa
tctctgtgattgtccccttccctttatttatttatttttatttatttatt
tatttatttatttatttatttatttatttttggtgaaagttaccacttcc
tttcaaatgccactactctgttgccacaagtaacagcatggtccgtctgt
agaggctggacagctttgaacaggctctctgtggtttttacttagccctt
tgtccctttcatatacgaaacatggaagtgagaaagtatttctcacagac
atctgaattagatgagttcaggctcataaaggacctggtgtatagcgatg
ctgttataatgtttttgttttattttttaggaaagagtcattggtggttt
ctttcccattaaatagaatggcctgtgatggcagctggtcttgaattata
atctctgtagagagatttttcccatttgagagagtttaaagagctgcagt
gttttcttacttttgggaaattgagatatttagatttagctaagctttat
taaaatggagatttgcaaacaccccatgtagacatttgcacacccattca
ctcactcattcattcactcactcattcattcactcattcatttacttact
catttactcactcattcattcactcattcactcactcattcatcacttac
aaatccatttactcacttgtcatttacttatcactcactcactcactcac
ccacccactcatcactcatcatcatcatcatccaccaaagcagagtgatg
atggctgtactgcatatgctgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_22822478_22823698
seq2: B6Ng01-258F16.b_45_1242

seq1  GAATTCAGAGACAAAACAAACAAACAGTAAACAAGAATAAAAAAAAAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGACAAAACAAACAAACAGTAAACAAGAATAAAAAAAAAACT  50

seq1  CCCCTAGACACCTCAACAGTGAGCACCAGCATAGCAGCATCAACCTTGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTAGACACCTCAACAGTGAGCACCAGCATAGCAGCATCAACCTTGGT  100

seq1  TTGGTACAAAGTCTTTAGTCCTTTATCCTGTACCTCCTCACTCCTCATCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTACAAAGTCTTTAGTCCTTTATCCTGTACCTCCTCACTCCTCATCT  150

seq1  TCTCTACTGTGTCCTGGGGACACTAAAGGATACAGCAAGACAATCAGGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTACTGTGTCCTGGGGACACTAAAGGATACAGCAAGACAATCAGGGA  200

seq1  CACAACCAATGTACCCCTTTGTCTACTTTTTAACTGTACCACCATGATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACCAATGTACCCCTTTGTCTACTTTTTAACTGTACCACCATGATTT  250

seq1  GCCTCCTTATTTATATGGGATCCTTTGAGATTTTTCTTCCTGAGGATGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCTTATTTATATGGGATCCTTTGAGATTTTTCTTCCTGAGGATGTT  300

seq1  ATATACCTAGGGAAGAATAAACTGAAATGCAAGCATGTGTGGTTCATTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACCTAGGGAAGAATAAACTGAAATGCAAGCATGTGTGGTTCATTCT  350

seq1  GCAGGAGAGATGTAACAAAGCCAGATTTATTCAACTTTATTATTTATTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAGAGATGTAACAAAGCCAGATTTATTCAACTTTATTATTTATTTG  400

seq1  TTTATTGCTCAGTTCCTTACCCCAATACAAGAAATATTGGGGCTTGTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGCTCAGTTCCTTACCCCAATACAAGAAATATTGGGGCTTGTATG  450

seq1  GTTGCTACCTATTAGAAGCTTTGCTTACAGTATTTAGCAAGTGGTCTGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTACCTATTAGAAGCTTTGCTTACAGTATTTAGCAAGTGGTCTGAT  500

seq1  TGCCACACACAGAGTATATTCTTATGAGCTTAATTGTCCTCAGAAGTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACACACAGAGTATATTCTTATGAGCTTAATTGTCCTCAGAAGTAAA  550

seq1  CTAATTATGGACACTCTGGGAAATCTACTGTCACTACTCTTGGATTGTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTATGGACACTCTGGGAAATCTACTGTCACTACTCTTGGATTGTTA  600

seq1  CTTTATGAACAATAGAGAAGCCAAAGAAAGTGACCCCATGTACTGCAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGAACAATAGAGAAGCCAAAGAAAGTGACCCCATGTACTGCAGGA  650

seq1  TGCTGCATGTCCGGTGCTTTGAGGGCTAGTCCTCCATGGTTCTCTCAACG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCATGTCCGGTGCTTTGAGGGCTAGTCCTCCATGGTTCTCTCAACG  700

seq1  CACTCACTGTTTCAACAACGAACCTTTATCATCTCATAGGCCTGAGGAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCACTGTTTCAACAACGAACCTTTATCATCTCATAGGCCTGAGGAAG  750

seq1  GGCTCAGTGGTGACCCATGAAAACGGGCATAATGCTTCTCACCAGCCATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAGTGGTGACCCATGAAAACGGGCATAATGCTTCTCACCAGCCATC  800

seq1  TGCCCTTGCTCAGTCTGTGGTCCCAACAAATGCCACTAACT-GGGGCTTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGCCCTTGCTCAGTCTGTGGTCCCAACAAATGCCACTAACTGGGGGCTTC  850

seq1  TCTAGAAATCTAGCTCAGTCCTAAAAAGCTGGGGTCATAAGTTTCACCAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAAATCTAGCTCAGTCCTAAAAAGCTGGGGTCATAAGTTTCACCAT  900

seq1  GAGGGTCTGCAGTTCGACTAAA-TTCTGTTCTGATGCTGCAAAGACCACC  948
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTCTGCAGTTCGACTAAATTTCTGTTCTGATGCTGCAAAGACCACC  950

seq1  -AGGAAGGCAAGTGCAGACTCGTTTCCTTTGGCTCAGATTGAGTAGCAGG  997
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAGGAAGGCAAGTGCAGACTCGTTTCCTTTGGCTCAGATTGAGTAGCAGT  1000

seq1  TGTTTTTTGCACCAGCTAGACAAAAGCTGGCTTGGTTCCCCAGTGAGCAG  1047
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||
seq2  GTTTTTTTGCACCAGCTAGAC-AAAGCTGGCTTGGT--CCCAGTGAGCAG  1047

seq1  CTCCCAGACAGGGTCTTACCTGTGAATGTCTTTCCCGTGAGGGAGGCAGC  1097
      |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||   |||||
seq2  CTCCCAGACA-GGTCTTACCTGTG-ATGTCTTTCCCGTGAGG--AGCAGC  1093

seq1  AAAACCAGCTAGAGGGGAAATCTAACACACTGCAATAGCTTTGATGACTG  1147
      |||  |||||||||||  ||||| |||||||||||||||  |||||||||
seq2  AAA--CAGCTAGAGGG--AATCT-ACACACTGCAATAGC-CTGATGACTG  1137

seq1  TTAAAGAAAAAGAGAGGGAGTGTTGGGGAGACAGATACCCCTCTGGCTAG  1197
      |   ||||||||| ||| ||| |   ||| |||||| ||   || |||||
seq2  T---AGAAAAAGA-AGGAAGTCT---GGA-ACAGATTCC---CTTGCTAG  1176

seq1  CCAATGAGCGAGCGAGAAAAGAGC  1221
      |||||||||||||  |||||||||
seq2  CCAATGAGCGAGC--GAAAAGAGC  1198

seq1: chr19_22853871_22854952
seq2: B6Ng01-258F16.g_66_1137 (reverse)

seq1  ACAGCATATGGCAGTAACAGGCATCATCACTCTGCTTTGTTGAATGAATG  50
      ||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| || ||| |||
seq2  ACAGCATAT-GCAGT-ACAGCCATCATCACTCTGCTTTGGTGGATG-ATG  47

seq1  AATGAATGAATGAGTGAATGAGTGGGTGGGTGAGTGAGTGAGTGAGTGAA  100
       ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  -ATG-ATG-ATGAGTG-ATGAGTGGGTGGGTGAGTGAGTGAGTGAGTG-A  92

seq1  TAAGTAAATGAACAAGTGAGTAAATGGATTTGTAAGTGATTGAATGAGTG  150
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TAAGTAAATG-ACAAGTGAGTAAATGGATTTGTAAGTGA-TGAATGAGTG  140

seq1  AGTGAATGAGTGAATGAATGAGTGAGTAAATGAGTAAGTAAATGAATGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAATGAGTGAATGAATGAGTGAGTAAATGAGTAAGTAAATGAATGAG  190

seq1  TGAATGAATGAGTGAGTGAATGAATGAGTGAGTGAATGGGTGTGCAAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGAATGAGTGAGTGAATGAATGAGTGAGTGAATGGGTGTGCAAATG  240

seq1  TCTACATGGGGTGTTTGCAAATCTCCATTTTAATAAAGCTTAGCTAAATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACATGGGGTGTTTGCAAATCTCCATTTTAATAAAGCTTAGCTAAATC  290

seq1  TAAATATCTCAATTTCCCAAAAGTAAGAAAACACTGCAGCTCTTTAAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATCTCAATTTCCCAAAAGTAAGAAAACACTGCAGCTCTTTAAACT  340

seq1  CTCTCAAATGGGAAAAATCTCTCTACAGAGATTATAATTCAAGACCAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAAATGGGAAAAATCTCTCTACAGAGATTATAATTCAAGACCAGCT  390

seq1  GCCATCACAGGCCATTCTATTTAATGGGAAAGAAACCACCAATGACTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCACAGGCCATTCTATTTAATGGGAAAGAAACCACCAATGACTCTT  440

seq1  TCCTAAAAAATAAAACAAAAACATTATAACAGCATCGCTATACACCAGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAAAAATAAAACAAAAACATTATAACAGCATCGCTATACACCAGGT  490

seq1  CCTTTATGAGCCTGAACTCATCTAATTCAGATGTCTGTGAGAAATACTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTATGAGCCTGAACTCATCTAATTCAGATGTCTGTGAGAAATACTTT  540

seq1  CTCACTTCCATGTTTCGTATATGAAAGGGACAAAGGGCTAAGTAAAAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTTCCATGTTTCGTATATGAAAGGGACAAAGGGCTAAGTAAAAACC  590

seq1  ACAGAGAGCCTGTTCAAAGCTGTCCAGCCTCTACAGACGGACCATGCTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAGCCTGTTCAAAGCTGTCCAGCCTCTACAGACGGACCATGCTGT  640

seq1  TACTTGTGGCAACAGAGTAGTGGCATTTGAAAGGAAGTGGTAACTTTCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGTGGCAACAGAGTAGTGGCATTTGAAAGGAAGTGGTAACTTTCAC  690

seq1  CAAAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAAATA  740

seq1  AATAAATAAAGGGAAGGGGACAATCACAGAGATTGTCATTCTCTATAATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATAAAGGGAAGGGGACAATCACAGAGATTGTCATTCTCTATAATC  790

seq1  TCATTTAAGGACAACTTTCGGTGCCCTTTATTTAACATTTAGGCGTTTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTAAGGACAACTTTCGGTGCCCTTTATTTAACATTTAGGCGTTTTC  840

seq1  TTTGGCTTCAAATAAATGATAAAAATTTCTGTTTTCTTTAGTAAAGTACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCTTCAAATAAATGATAAAAATTTCTGTTTTCTTTAGTAAAGTACA  890

seq1  GATTCCACTGGAAACGGTGTCATTTAAGCACCAAGTGTGGGCATTCACAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCACTGGAAACGGTGTCATTTAAGCACCAAGTGTGGGCATTCACAG  940

seq1  TTTTATTTATATAAGTAAAATCTCTCACACTATCTGCAGCATCTAACAGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTATATAAGTAAAATCTCTCACACTATCTGCAGCATCTAACAGC  990

seq1  ATCCGCAGGGGTCTCAGGAGGACTGCTCTCCTCGAAAGCTGTTAATTAAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCGCAGGGGTCTCAGGAGGACTGCTCTCCTCGAAAGCTGTTAATTAAC  1040

seq1  CTCAGATTAGCTCTTGGAGTCTCACTGAATTC  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGATTAGCTCTTGGAGTCTCACTGAATTC  1072