BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-266G06
Chromosome19 (Build37)
Map Location 22,070,640 - 22,226,223
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTrpm3
Upstream geneLOC100042294, LOC100041602, LOC100041613, Zfand5, Gda, LOC100041633, 1110059E24Rik, 5730446C15Rik, Tmem2, EG433229
Downstream geneEG433230, Klf9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-266G06.bB6Ng01-266G06.g
ACCGA069799GA069800
length1,1611,153
definitionB6Ng01-266G06.b B6Ng01-266G06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,225,057 - 22,226,223)(22,070,640 - 22,071,793)
sequence
gaattctgggaagctcacaggccagctagcttggcatcattcccagcggt
gaacaaggtaacctatctcaaacaaggaccaacacttgaaattgtcctct
aacttctacatacactgtggcatttgtagacacctacacatgcatgcata
catgcacacatgcatatatgcacacaatcatatgtttccctcacatacaa
atacataaaaaatataaaaatgataattcattatatgataaatatggctt
caattcagtgagcccaaaactgaaaattacatcatttgttcctgagtcca
gttgataatttttctcaccaacttaaggtctcttatcaaacaatttagca
aattaatataataagatatgcttagtacacttgaaatatattttatatga
cattatgcaggctgtgtatatttggcacacatgtgagcacatgtggccag
cggtcttcctttatggatttctaccttatgttttgagacacagttgggtc
tcttttctttgtctctacagaatatcgtttattctatacagaacctccat
actctcatccacgtaaacggtgtgttttgaacatatgggctcccaactcc
cacttttactctctccaagaacaccccaactcctgctcccaacccctcca
aagactcctagtatgcccacctgcacccttaatgtccttcctttttgtta
aatgcccaccatgtccaatgactactgcctgttggaatgttgagggaact
tagtgacttgattttatacaggcagccatggcagcagtgagctcacgggt
gagatggccatgcaggaggatttctgagttcgaggccagcctggtctaga
aagtgagttccaggacagccagggctatacagagaaaccctgtcttgaaa
caaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacacacaaaatgcattcttattt
aacaagtctactgagtagaaggggagatcatttttatcttaagaattttc
agtctgaatcccatacttccaaaaaaaatggcacactgaagtaatatatg
atgcccatagagaaagagaacaatgcccctacaccaccacacaccacacc
atacacacttacagcactaccaattctatatgcaccacctgggatatgtt
tagttgcatga
gaattcttctcaataaacacccccaccccatttatctttagaaatggata
aaagggggtaagagggactacttgtgctttatgggtaattaatcagtctt
tggggggagggtagacccatatttaactgaggaattaatttgtggaactg
gaagaatattgtgacctctgtaatcatacagggaatgtttttccacgttc
ttagataagacacagggaaagccgagggagaagtggagatgtgctgtggg
tgtggtgtacagctcaggaccaagatcctgagccaggagccaggattcat
cccctcaacaaacacttgtcacagcgcctatggtgttgactaggcccact
tggggaagaatcctttcattccagctttagccaatgaggagcagaactaa
ctgggctggtgatgatgctagggatggtgtttaacaacttgttttcttca
tttctctatcacttcttcccatgggacagagattgaccagtagcttagaa
cttgaaatcaccatgtgatattctgctgtacatggtcaccatgtcaatgg
agtcacatcgatgccatgccttctttttagttccatcttctagacccatg
ctgctggtgggtttgcaatgtcatgctttttttctttctctctttccttc
tgggtgaggctgaccaagctagattgtggcagctcagaacacagctttga
agcatcatctgtcctttctgctggatgcctctgttcctctgtttctggcc
tgacaagacagccctctggtcctggtccatgggagtcagtgaatctagaa
ttgtctattttagtgctggctttacttgaggcccatggatcggaagctgg
tagtcccagcgtgacctcaagcatacactgctgtgcctcaattcagcttt
tgtcatcgcccagttctggaagtgcttatcaattaacaatgtgctttgtt
ggccagtgatccttgcaagcaccacttcattggccatggacttgaagagg
agagagagcagcaggttccatcctccaaaggcctcttacaggaagttatg
ggagactgtcttaggttttctatttcttgccacaacatcatgaaccaaga
gccaagttgcgaaggaaggcttattccggcctaactccatactgctgttc
atc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_22225057_22226223
seq2: B6Ng01-266G06.b_48_1208 (reverse)

seq1  TCATGCAAACTAACATATCCCAGGTGGTGGATATTAGATTGTGTGTG-TG  49
      ||||||||   |||||||||||||||||| ||||   ||||   ||| ||
seq2  TCATGCAACTAAACATATCCCAGGTGGTGCATATAGAATTGGTAGTGCTG  50

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGGGGCATTGTTCTTCT  99
      |  |||||| || ||||| |||||||   ||||||||||||||||| |||
seq2  TAAGTGTGTATG-GTGTG-GTGTGTGGTGGTGTAGGGGCATTGTTC-TCT  97

seq1  TTCTCTATGGGCATCATTATATTAC-TCAGTGTGCCCTTTTTTTTTGGAA  148
      |||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||
seq2  TTCTCTATGGGCATCA-TATATTACTTCAGTGTG-CCATTTTTTTTGGAA  145

seq1  GTATGGGATTCAGACTGAAAATTCTTAAGATAAAAATGATCTCCCCTTCT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGGATTCAGACTGAAAATTCTTAAGATAAAAATGATCTCCCCTTCT  195

seq1  ACTCAGTAGACTTG-TAAATAAGAATGCATTTTTGTTGTTGTTTTGTTTG  247
      |||||||||||||| ||||||||||||||||    ||||   ||||||||
seq2  ACTCAGTAGACTTGTTAAATAAGAATGCATT----TTGTGTGTTTGTTTG  241

seq1  TTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTCAAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTCAAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCT  291

seq1  GGCTGTCCTGGAACTCACTTTCTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTCCTGGAACTCACTTTCTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAA  341

seq1  TCCTCCTGCATGGCCATCTCACCCGTGAGCTCACTGCTGCCATGGCTGCC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTGCATGGCCATCTCACCCGTGAGCTCACTGCTGCCATGGCTGCC  391

seq1  TGTATAAAATCAAGTCACTAAGTTCCCTCAACATTCCAACAGGCAGTAGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAAAATCAAGTCACTAAGTTCCCTCAACATTCCAACAGGCAGTAGT  441

seq1  CATTGGACATGGTGGGCATTTAACAAAAAGGAAGGACATTAAGGGTGCAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGACATGGTGGGCATTTAACAAAAAGGAAGGACATTAAGGGTGCAG  491

seq1  GTGGGCATACTAGGAGTCTTTGGAGGGGTTGGGAGCAGGAGTTGGGGTGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCATACTAGGAGTCTTTGGAGGGGTTGGGAGCAGGAGTTGGGGTGT  541

seq1  TCTTGGAGAGAGTAAAAGTGGGAGTTGGGAGCCCATATGTTCAAAACACA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGAGAGAGTAAAAGTGGGAGTTGGGAGCCCATATGTTCAAAACACA  591

seq1  CCGTTTACGTGGATGAGAGTATGGAGGTTCTGTATAGAATAAACGATATT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTTACGTGGATGAGAGTATGGAGGTTCTGTATAGAATAAACGATATT  641

seq1  CTGTAGAGACAAAGAAAAGAGACCCAACTGTGTCTCAAAACATAAGGTAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGAGACAAAGAAAAGAGACCCAACTGTGTCTCAAAACATAAGGTAG  691

seq1  AAATCCATAAAGGAAGACCGCTGGCCACATGTGCTCACATGTGTGCCAAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCATAAAGGAAGACCGCTGGCCACATGTGCTCACATGTGTGCCAAA  741

seq1  TATACACAGCCTGCATAATGTCATATAAAATATATTTCAAGTGTACTAAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACACAGCCTGCATAATGTCATATAAAATATATTTCAAGTGTACTAAG  791

seq1  CATATCTTATTATATTAATTTGCTAAATTGTTTGATAAGAGACCTTAAGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCTTATTATATTAATTTGCTAAATTGTTTGATAAGAGACCTTAAGT  841

seq1  TGGTGAGAAAAATTATCAACTGGACTCAGGAACAAATGATGTAATTTTCA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAGAAAAATTATCAACTGGACTCAGGAACAAATGATGTAATTTTCA  891

seq1  GTTTTGGGCTCACTGAATTGAAGCCATATTTATCATATAATGAATTATCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGGGCTCACTGAATTGAAGCCATATTTATCATATAATGAATTATCA  941

seq1  TTTTTATATTTTTTATGTATTTGTATGTGAGGGAAACATATGATTGTGTG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATATTTTTTATGTATTTGTATGTGAGGGAAACATATGATTGTGTG  991

seq1  CATATATGCATGTGTGCATGTATGCATGCATGTGTAGGTGTCTACAAATG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATGCATGTGTGCATGTATGCATGCATGTGTAGGTGTCTACAAATG  1041

seq1  CCACAGTGTATGTAGAAGTTAGAGGACAATTTCAAGTGTTGGTCCTTGTT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGTGTATGTAGAAGTTAGAGGACAATTTCAAGTGTTGGTCCTTGTT  1091

seq1  TGAGATAGGTTACCTTGTTCACCGCTGGGAATGATGCCAAGCTAGCTGGC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATAGGTTACCTTGTTCACCGCTGGGAATGATGCCAAGCTAGCTGGC  1141

seq1  CTGTGAGCTTCCCAGAATTC  1167
      ||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAGCTTCCCAGAATTC  1161

seq1: chr19_22070640_22071793
seq2: B6Ng01-266G06.g_66_1218

seq1  GAATTCTTCTCAATAAACACCCCCACCCCATTTATCTTTAGAAATGGATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTCAATAAACACCCCCACCCCATTTATCTTTAGAAATGGATA  50

seq1  AAAGGGGGTAAGAGGGACTACTTGTGCTTTATGGGTAATTAATCAGTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGGGTAAGAGGGACTACTTGTGCTTTATGGGTAATTAATCAGTCTT  100

seq1  TGGGGGGAGGGTAGACCCATATTTAACTGAGGAATTAATTTGTGGAACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGGAGGGTAGACCCATATTTAACTGAGGAATTAATTTGTGGAACTG  150

seq1  GAAGAATATTGTGACCTCTGTAATCATACAGGGAATGTTTTTCCACGTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAATATTGTGACCTCTGTAATCATACAGGGAATGTTTTTCCACGTTC  200

seq1  TTAGATAAGACACAGGGAAAGCCGAGGGAGAAGTGGAGATGTGCTGTGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATAAGACACAGGGAAAGCCGAGGGAGAAGTGGAGATGTGCTGTGGG  250

seq1  TGTGGTGTACAGCTCAGGACCAAGATCCTGAGCCAGGAGCCAGGATTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGTACAGCTCAGGACCAAGATCCTGAGCCAGGAGCCAGGATTCAT  300

seq1  CCCCTCAACAAACACTTGTCACAGCGCCTATGGTGTTGACTAGGCCCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCAACAAACACTTGTCACAGCGCCTATGGTGTTGACTAGGCCCACT  350

seq1  TGGGGAAGAATCCTTTCATTCCAGCTTTAGCCAATGAGGAGCAGAACTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAAGAATCCTTTCATTCCAGCTTTAGCCAATGAGGAGCAGAACTAA  400

seq1  CTGGGCTGGTGATGATGCTAGGGATGGTGTTTAACAACTTGTTTTCTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCTGGTGATGATGCTAGGGATGGTGTTTAACAACTTGTTTTCTTCA  450

seq1  TTTCTCTATCACTTCTTCCCATGGGACAGAGATTGACCAGTAGCTTAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTATCACTTCTTCCCATGGGACAGAGATTGACCAGTAGCTTAGAA  500

seq1  CTTGAAATCACCATGTGATATTCTGCTGTACATGGTCACCATGTCAATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAATCACCATGTGATATTCTGCTGTACATGGTCACCATGTCAATGG  550

seq1  AGTCACATCGATGCCATGCCTTCTTTTTAGTTCCATCTTCTAGACCCATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACATCGATGCCATGCCTTCTTTTTAGTTCCATCTTCTAGACCCATG  600

seq1  CTGCTGGTGGGTTTGCAATGTCATGCTTTTTTTCTTTCTCTCTTTCCTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGGTGGGTTTGCAATGTCATGCTTTTTTTCTTTCTCTCTTTCCTTC  650

seq1  TGGGTGAGGCTGACCAAGCTAGATTGTGGCAGCTCAGAACACAGCTTTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGAGGCTGACCAAGCTAGATTGTGGCAGCTCAGAACACAGCTTTGA  700

seq1  AGCATCATCTGTCCTTTCTGCTGGATGCCTCTGTTCCTCTGTTTCTGGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCATCTGTCCTTTCTGCTGGATGCCTCTGTTCCTCTGTTTCTGGCC  750

seq1  TGACAAGACAGCCCTCTGGTCCTGGTCCATGGGAGTCAGTGAATCTAGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAGACAGCCCTCTGGTCCTGGTCCATGGGAGTCAGTGAATCTAGAA  800

seq1  TTGTCTATTTTAGTGCTGGCTTTACTTGAGGCCCATGGATCGGAAGCTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTATTTTAGTGCTGGCTTTACTTGAGGCCCATGGATCGGAAGCTGG  850

seq1  TAGTCCCAGCGTGACCTCAAGCATACACTGCTGTGCCTCAATTCAGCTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCCAGCGTGACCTCAAGCATACACTGCTGTGCCTCAATTCAGCTTT  900

seq1  TGTCATCGCCCAGTTCTGGAAGTGC-TATCAATTAACAATGTGCTTTGTT  949
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
seq2  TGTCATCGCCCAGTTCTGGAAGTGCTTATCAATTAACAATGTGCTTTG-T  949

seq1  TGGCCAGTGATCCTTGCAAGCA-CACTTCATTGGCCATGGACTTGAAGAA  998
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||
seq2  TGGCCAGTGATCCTTGCAAGCACCACTTCATTGGCCATGGACTT---GAA  996

seq1  GAGGAGGAAGAGCAGCA-GTTCCAATCTCCAAAGG-CTCTTACAAGAAGT  1046
      ||||||  ||||||||| ||||||  ||||||||| |||||||| |||||
seq2  GAGGAGAGAGAGCAGCAGGTTCCATCCTCCAAAGGCCTCTTACAGGAAGT  1046

seq1  TATGGGAGACTGTCTTAGGGTTTCTA-TTCCTGCACAAACATCATG-ACC  1094
      ||||||||||||||||||| |||||| ||| |||   ||||||||| |||
seq2  TATGGGAGACTGTCTTAGGTTTTCTATTTCTTGCCACAACATCATGAACC  1096

seq1  AAGAAGCAAGTTGCGGAGGAAAGAGTTTATT-CGGCTTACACTTCCATAC  1143
      ||||  ||||||||| |||||   | ||||| |||| || || |||||||
seq2  AAGAGCCAAGTTGCGAAGGAA--GGCTTATTCCGGCCTA-AC-TCCATAC  1142

seq1  TGCTGTTCATC  1154
      |||||||||||
seq2  TGCTGTTCATC  1153